View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20506_low_1 (Length: 625)

Name: NF20506_low_1
Description: NF20506
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20506_low_1
NF20506_low_1
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (100-606)||(2798587-2799093)
chr3 (102-602)||(2808497-2808997)
chr3 (96-606)||(2791540-2792050)
chr3 (96-606)||(2770289-2770796)
chr3 (114-602)||(2854233-2854721)
chr3 (142-602)||(2837051-2837511)
chr3 (102-606)||(2819786-2820290)
chr3 (114-602)||(2750225-2750713)
chr3 (102-606)||(2760440-2760944)
chr3 (143-602)||(5414116-5414574)
chr3 (1-96)||(2799126-2799221)
chr3 (1-92)||(2770829-2770920)
chr3 (1-92)||(2792083-2792174)
chr3 (2-84)||(2750772-2750854)
chr3 (2-66)||(2836882-2836946)
[»] scaffold0691 (2 HSPs)
scaffold0691 (142-606)||(4600-5064)
scaffold0691 (1-88)||(4430-4517)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (114-566)||(11116172-11116625)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (96-184)||(31681562-31681650)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 100 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2799093 - 2798587
Alignment:
Q  100 gagatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  2799093 gagatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctgaactccttaaat 2798994  T
Q  200 tccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798993 tccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaagattttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttc 2798894  T
Q  300 catcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttca 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2798893 catcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttgtgagcttgtttatttca 2798794  T
Q  400 cttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataactta 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798793 cttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataactta 2798694  T
Q  500 ggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtga 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2798693 ggtttatgtaccttatgtgacaaagactcaccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtcaagcaccttcaatatcctagactgtga 2798594  T
Q  600 acacagt 606  Q
    |||||||    
T  2798593 acacagt 2798587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 102 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 2808997 - 2808497
Alignment:
Q  102 gatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattc 201  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  2808997 gatattaagattttcaaggtgtttcatttctactattgcagcacataaggcattcccatgttctcttctcacatgccttaaacctaacctccttaactgc 2808898  T
Q  202 cttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttcca 301  Q
    | || ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2808897 cctaacattttcatctcttgaatgagatctacccccccatgatctacctccacataataaaggttttgaagggaagtcaagtttttaatacctttttcca 2808798  T
Q  302 tcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcact 401  Q
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  2808797 cgaacacacccgttgtaaagcctaaaagagaatacttttcttcgtagttacggtggaaagcaagaaggtgccttagctttttgagcttgtttatttcact 2808698  T
Q  402 tggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttagg 501  Q
    |||||| ||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||  || ||||  ||||||    
T  2808697 tggtatctcacgcacaagtgtgtcccttaaatccaatgtctctaagttctgcagttcaccaacagatttaggaagagcctgtatttttgtattccttagg 2808598  T
Q  502 tttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaac 601  Q
    |||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||| |  |||||||| || ||||||| |||||    
T  2808597 tttaagtaccttaagtgaaaaagattccccaaatttttaggaatatgatgcaaggatgtaccttgaatgtcaaataccttcaaaatactagactttgaac 2808498  T
Q  602 a 602  Q
    |    
T  2808497 a 2808497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 96 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2792050 - 2791540
Alignment:
Q  96 tgcagagatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctcctt 195  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| || || ||||| ||||||||||||    
T  2792050 tgcagagatattaagatattcaaggtgtttcatttctgctactgcagcacataaggcattcccatgttctcgtcttacttgacttaagcctaacctcctt 2791951  T
Q  196 aaattccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctt 295  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  2791950 aactgccttagcattttcatctcttgaatgagatctactcccccatgatctacctccacgtgataaaggttttgaagggaagtcaagattttaatacctt 2791851  T
Q  296 tttccatcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttat 395  Q
    ||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||  ||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||||   | |||||||||    
T  2791850 tttgcatcctcacaccagttgtatagcccaaaagagaataatttcctttgtagttactatggcgaacaagaaggttccgtagcttttccaacttgtttat 2791751  T
Q  396 ttcacttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataa 495  Q
    ||||  ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  2791750 ttcatgtggtagttcatgcacaagtgtttctcttaaatctaatgtctctaaattctgtagctcaccaacagatttaggaagagtttgtacattagtatag 2791651  T
Q  496 cttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagact 595  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||    
T  2791650 cttaggtttatgtacctcaagtgaaaaagacttcccagatttttaggaatatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctagact 2791551  T
Q  596 gtgaacacagt 606  Q
    | |||||||||    
T  2791550 gcgaacacagt 2791540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 96 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2770796 - 2770289
Alignment:
Q  96 tgcagagatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctcctt 195  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  2770796 tgcacagatattaagatgttcaaggtgtttcatttctgctactgcagcacataaggcgttcccatgttctcgtcttactcgccttaagcctaacctcctt 2770697  T
Q  196 aaattccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctt 295  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2770696 aactgccttagcattttcatctcttgaatgagatatacgcccccatgatctacctccacatcataaagattttgtagggaagtcatgtttttaatacctt 2770597  T
Q  296 tttccatcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttat 395  Q
    ||| ||||  | ||||||||||   ||||||||||||||| |   |||| ||||||| |||| || |||||||||  |||||||||   |  ||||||||    
T  2770596 tttgcatcctcccaccagttgt---gcccaaaagagaataatttccttcgtagttactatggcaaacaagaaggtttcgtagcttttccaatttgtttat 2770500  T
Q  396 ttcacttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataa 495  Q
    ||||  ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2770499 ttcatgtggtagttcatgcacaagtgtttctcttaaatctaatgtctctaaattctttagctcaccaacagatttaggaagagtctgtacattagtataa 2770400  T
Q  496 cttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagact 595  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||    
T  2770399 cttaggtttatgtaccttaagtgaaaaagacttcccaaatttttaggaatatgattcaacgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatgctaggct 2770300  T
Q  596 gtgaacacagt 606  Q
    |||||||||||    
T  2770299 gtgaacacagt 2770289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 114 - 602
Target Start/End: Original strand, 2854233 - 2854721
Alignment:
Q  114 ttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttc 213  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  2854233 ttcaaggtgttgcatctcttctactgcagcacttatggcctccccatgttctcttcttacatgccttaaacctaaccttcttaactgccttaacattttc 2854332  T
Q  214 atttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccag 313  Q
    || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |    
T  2854333 atctcttgaatgagatctacccccccatgatcgacctccacataatataggttttgaagggaagtcaagtttttaataccttttttcaccaacacaccgg 2854432  T
Q  314 ttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatg 413  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||    
T  2854433 ttgtaaatcccaaaagagaatactttgcatcataattattatggaaagcaagaaggtgccgtagctttgtaagcttgtttatttcacttggcatctcatg 2854532  T
Q  414 cacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtacctt 513  Q
     |||  ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  || ||| || ||||  |||||||||| |||||||    
T  2854533 aacagatgtgtctcttaagtccaatgtctctaagttctgtagttcaccaatagatttaggaagaacctttacttttgtattccttaggtttaagtacctt 2854632  T
Q  514 atgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaaca 602  Q
    | |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  2854633 aagtgaaaaagattcccaaaattattaggaatataattcaaagacgtaccttgaatgtcaagtaccttcaatatcctagactgtgaaca 2854721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 142 - 602
Target Start/End: Original strand, 2837051 - 2837511
Alignment:
Q  142 gcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccat 241  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||| | ||||| ||||| ||| |||| ||| ||||| || || ||||    
T  2837051 gcacttaaggcattcccatgttctctttttacatgccttaaacctaacttccataattgccttaacatttccatctcttcaataagatctactcccccat 2837150  T
Q  242 gatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgc 341  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  2837151 gatctacctccacataacaaagtttttgaagggaagtcaagtttttaatacctttaaccatccgcacaccagttgtaaagcccaaaacagaatactttgc 2837250  T
Q  342 ttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtc 441  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| |||| | ||| || |||||||||    
T  2837251 atcatagttacgatggaaagcaagaaggtgtcgtagctttgtgagcttgtttatttcacctggcatctcatgaacatgtgtttctcttaagtccaatgtc 2837350  T
Q  442 tctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttag 541  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||  || ||| || ||||  |||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  2837351 tctaagttctgtaattcaccaatagatttaggaagaacctttacttttgtattccttaggtttaagtaccttaagtgaaaaagattccccaaatttttag 2837450  T
Q  542 gaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaaca 602  Q
    ||||||  ||||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2837451 gaatatgattcaaagacgtaccctgaatgtcaagtaccttcaatatcctagagtgtgaaca 2837511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 102 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2820290 - 2819786
Alignment:
Q  102 gatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattc 201  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  2820290 gatattaagatcttcaaggtgtttcatttctactataacagcacttaaggcatccccatgttctcttcttacatgccttaaacctaacctccttaactgc 2820191  T
Q  202 cttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttcca 301  Q
     ||| ||||||||| || | ||||||||| || || | ||| | ||| |||||||||||||| || || |  |||  || ||||||||||||||||||||    
T  2820190 tttaacattttcatctcgttaatgagatcgactcccctatgttttacatccacataataaagtttctgcaatgaagccatgtttttaatacctttttcca 2820091  T
Q  302 tcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcact 401  Q
    ||  |||||||| |||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  2820090 tcttcacaccagatgtaaagcccaacagagaataattttcttcatagttacgatgtaatgcaagaaggtgacgtagctttgtgagcttgtttatctgact 2819991  T
Q  402 tggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttagg 501  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  || ||||   |||||    
T  2819990 tggtatctcacgcacaagtgtgtatcttatatcgagtgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttaggaagagcatgtatttttgtattctttagg 2819891  T
Q  502 tttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaac 601  Q
    |||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||| |||||    
T  2819890 tttaagtaccttaagtggaaaagactccccaaatttttaggtacatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatccgagactttgaac 2819791  T
Q  602 acagt 606  Q
     ||||    
T  2819790 ccagt 2819786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 114 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 2750713 - 2750225
Alignment:
Q  114 ttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttc 213  Q
    ||||||||||  ||| |||  ||| |||||||||| || |||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  2750713 ttcaaggtgttgcatctcttgtactgcagcacttatggcattcccatgttcccttcttacatgctttaaacctaacttccttaactgccttagcattttc 2750614  T
Q  214 atttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccag 313  Q
    || |||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  2750613 atctcttcaatgagatctactcccccatgatctacctccacataataaaggttttttagggaaatcatgtttttaatacctttttcaatcagcacgccag 2750514  T
Q  314 ttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatg 413  Q
    ||||| ||||||||  |||||| |    ||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2750513 ttgtagagcccaaagcagaatatttttgttcatagttgcgatgaaaagcaagcagatgccgtaactttgtcagcttgtttatttcactaggtatctcatg 2750414  T
Q  414 cacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtacctt 513  Q
    ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||||| || |||||| ||||  |||||||| |||||||      
T  2750413 cactagtgtttctcttaaatccaatgtctctaagttatgtaactcaccaatagatttaggaagagcctttacatttgtattccttaggttaatgtaccgc 2750314  T
Q  514 atgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaaca 602  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| |||||    
T  2750313 aagtgaaaaagattccccaaatttttagggatatgattcaacgacgtcccttgaatgtcaaggaccttcaaaattcttgactgcgaaca 2750225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 102 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 2760944 - 2760440
Alignment:
Q  102 gatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattc 201  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||| |||| ||| | ||||||||| ||  | |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |      
T  2760944 gatattaagatcttcaaggtgtttcaattctactataacagcacttatggcctccccatgctctcttcttacatgccttaaacctaaccttcttaactga 2760845  T
Q  202 cttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttcca 301  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  2760844 cttaacattttcatctcttgaatgagatcaactcccccatgatttacctccacataataaagcttttgtagggaagccatgtttttaatacctttttcca 2760745  T
Q  302 tcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcact 401  Q
    ||  |||||||| |||||| || || || |||||||   ||||||||||||| || || || | |||||| || |||||| ||||||||||||| || ||    
T  2760744 tcttcacaccagatgtaaatccaaacagtgaatacttttcttcatagttacggtgtaatgcgaaaaggtgacgaagctttgtgagcttgtttatctctct 2760645  T
Q  402 tggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttagg 501  Q
    |||||| |||||||||||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  || ||  || |||    |||||    
T  2760644 tggtatctcatgcacaagtgtgtatgttatatccaatatctctaagttctgtagctcaccaactgatttaggaagaacctttatttttgtactctttagg 2760545  T
Q  502 tttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaac 601  Q
    |||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| || |||||||| |||||||| |  ||||    
T  2760544 tttaagtaccttaagtgaaaaagattccccaaatttttaggaatatgattcaacgatgtaccttcaatgtcaagtaccttcaaaatcctagatttcgaac 2760445  T
Q  602 acagt 606  Q
    |||||    
T  2760444 acagt 2760440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 143 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 5414574 - 5414116
Alignment:
Q  143 cacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccatg 242  Q
    |||||| || |||||| ||||||| ||| |||||| ||||||| ||| ||||||| | | | ||||| ||||| |||| ||||||||| || || |||||    
T  5414574 cacttatggcattcccgtgttctcttcttacatgctttaaacccaacttccttaactgcttaagcatcttcatctcttcaatgagatccactcccccatg 5414475  T
Q  243 atctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgct 342  Q
    |||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| | |  |||||| |   ||    
T  5414474 atctacctgcacataataaaaattttgtagggaagtcatgtttttaatacctttttccatcagcacaccagttgtcgagcctagagcagaatatttttct 5414375  T
Q  343 tcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtct 442  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  5414374 tcaaagttacgatggaaagcaagaagatgccgtaaatttttcagcttgtttatttcacttggtatctcatgcacaagtgtttctcttaaatccaatgtct 5414275  T
Q  443 ctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttagg 542  Q
    ||||||| |  || ||| | |||||||| ||||||  || ||| || ||||  |||||||| |||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  5414274 ctaagttatacagctca-ctacagatttaggaagaacctttactttcgtattccttaggttaatgtacctcaagtgaaaaagattccccaagtttttagg 5414176  T
Q  543 aatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaaca 602  Q
     ||||  |||||  |||||||||||||||| || |||||||  |||| |||| |||||||    
T  5414175 gatatgattcaacaatgtaccttgaatgtcaagaaccttcagaatccgagaccgtgaaca 5414116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 2799221 - 2799126
Alignment:
Q  1 taacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccactgaagttggggtggggatgatataaagt 96  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2799221 taacgagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccgctgaagttggggtggggatgatataaagt 2799126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 2770920 - 2770829
Alignment:
Q  1 taacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccactgaagttggggtggggatgatata 92  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2770920 taacaaggcactcaagttctggaatccaatcaggcaacttctgtagtctagctttcaaatgtagccgcagaagttggggtggggatgatata 2770829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 2792174 - 2792083
Alignment:
Q  1 taacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccactgaagttggggtggggatgatata 92  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  2792174 taacaaggcactcaagttctggaatccaatcaggcaacttttgtagtctagctttcaaatgtagccgcagaagttggggaggggatgatata 2792083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 2750854 - 2750772
Alignment:
Q  2 aacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccactgaagttggggtgggg 84  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||| ||||  |||||||  |||||||    
T  2750854 aacaagacactcaaattttggaatccaatcaggaaacttctctagtctagctttcaaatggagccgttgaagttttggtgggg 2750772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 66
Target Start/End: Original strand, 2836882 - 2836946
Alignment:
Q  2 aacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagcc 66  Q
    |||||||| ||||||||| | || |||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  2836882 aacaagaccctcaagtttggaaacccaattaggcaacttctgtagtctagctttcaaatgaagcc 2836946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 142 - 606
Target Start/End: Original strand, 4600 - 5064
Alignment:
Q  142 gcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttcatttcttgaatgagatcaacccctccat 241  Q
    |||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||| || || ||||    
T  4600 gcacttaaggcatggctatgttctcttcttacatgccttaaacctaacttccttaactgccttagtattttcatctcttcaatgagatctactcccccat 4699  T
Q  242 gatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccagttgtaaagcccaaaagagaatactccgc 341  Q
    |||||| ||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |   |    
T  4700 gatctagctcgacataacaaatattttgtagggaagtcaagtttttaatacctttttccatcagcacaccagttgtaaagcctaaaatagaatatttatc 4799  T
Q  342 ttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatgcacaagtgtgtttctcaaatccaatgtc 441  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||| | || | ||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| | ||| |||||||| |||    
T  4800 ttcatagttacgatggaaagcaagtagatgtcgtaaccttgtcagcttgtttatttcaattggcaactcatgcacaagtgtttctcttaaatccaacgtc 4899  T
Q  442 tctaagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtaccttatgtgacaaagactccccaaatttttag 541  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| || ||| || || |  | ||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||| |    
T  4900 tctaagttttgtagctcaccaacagatttaggaagagcctctacttttgtgttccgtaggtttatgtacctcaagtgaaaaagattccccaaatttttgg 4999  T
Q  542 gaatatttttcaatgatgtaccttgaatgtctagcaccttcaatatcctagactgtgaacacagt 606  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  5000 gaatatgattcaatgatgtaccttgaatgtcaagtaccttcaaaatcttagactgtgagcacagt 5064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 88
Target Start/End: Original strand, 4430 - 4517
Alignment:
Q  1 taacaagacactcaagttttgcaatccaatcgggcaacttctgtagtctacctttcaaatgtagccactgaagttggggtggggatga 88  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||||| || ||| ||| || |||  |||||||||| || | |||||||| ||||||||||||    
T  4430 taacaagaaactcgagttttggaatccaatcaggtaacctctctaatctggctttcaaatgaagtcgctgaagtttgggtggggatga 4517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 114 - 566
Target Start/End: Original strand, 11116172 - 11116625
Alignment:
Q  114 ttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaacctaacctccttaaattccttagcattttc 213  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||  ||||||||||| | |||| || |||||| | | ||| |||||||||||||| | ||||| | ||||| |||||||    
T  11116172 ttcaaggtgttgcatctcttctattgcagcacttaatgcattcacaagttctcttttcacacgccttaaacctaactttcttaactgccttaacattttc 11116271  T
Q  214 atttcttgaatgagatcaacccctccatgatctacctccacataataaaggttttgtagggaaatcaagtttttaatacctttttccatcaacacaccag 313  Q
    || ||||  || ||||| || || ||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  11116272 atctcttctataagatctactcccccatgatctacctccacataacacatattttgaagggaagtcaagtttttaatacctttttccataagcacaccag 11116371  T
Q  314 ttgtaaagcccaaaagagaatactccgcttcatagttacgatggaaagcaagaaggtgccgtagctttctgagcttgtttatttcacttggtatttcatg 413  Q
    || |||||||||||| |||||| |   ||||||||| |||||||||||||||||  |  |||| |||| | |||||||||||  || |||||||||||||    
T  11116372 ttataaagcccaaaacagaatatttttcttcatagtaacgatggaaagcaagaaaatttcgtaactttgtcagcttgtttataacatttggtatttcatg 11116471  T
Q  414 cacaagtgtgtttctcaaatccaatgtctc-taagttctgtagttcaccaacagatttcggaagagtctgtacattagtataacttaggtttatgtacct 512  Q
    ||||||||| | ||| ||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||||  |||||| || | ||  || ||||||| |||| |    
T  11116472 cacaagtgtttctcttaaatccattgcctcttaagttctgtagctcaccaacagatttacgaagaacctgtacttttgcattcctcaggtttacgtactt 11116571  T
Q  513 tatgtgacaaagactccccaaatttttaggaatatttttcaatgatgtaccttg 566  Q
     | |||| ||||| |||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||    
T  11116572 caagtgaaaaagattccccaaattttcaggaatacgattcaacgatgtaccttg 11116625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 31681650 - 31681562
Alignment:
Q  96 tgcagagatattcagattttcaaggtgtgtcatttctgctacagcagcacttaaggaattcccatgttctcctctgacatgccttaaac 184  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||| | |  || |||| || || |||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  31681650 tgcagtgatattaagattttcaaggtgtttcgtttctacgattgctgcacatacggcattcccgtgttctcttcttacatgccttaaac 31681562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University