View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20509_low_1 (Length: 811)

Name: NF20509_low_1
Description: NF20509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20509_low_1
NF20509_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-800)||(35481360-35482159)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 35482159 - 35481360
Alignment:
Q  1 ccaacgtgctgctgcagcacgtttcattgtggagaagagatatgatggtaaaggtgctcaagatctagctcgttcgataaaggatttccctagcagacgc 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35482159 ccaacgtgctgctgcagcgcgtttcattgtggagaagagatatgatggtaaaggtgctcaagatctagctcgttcgataaaggatttccctagcagacgc 35482060  T
Q  101 ggcgaaaagcactgggaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35482059 ggcgaaaagcactgggaaagttttgattatcatctcccaggagattgtcttgcttatttgtattacagacaaagtaaggagaataagaatccttctgatc 35481960  T
Q  201 caagaactgcttttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagctaaatggaaaggctgaagaggagga 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  35481959 caagaactgcatttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagttgaatggaaaggctgaagaggagaa 35481860  T
Q  301 agttgaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaa 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481859 ggttgaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggttgttttgcccgtgtgtaaa 35481760  T
Q  401 gctgaggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcagagaaagggtgggagaaatggg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35481759 gctgaggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcggagaaagggtgggagaaatggg 35481660  T
Q  501 tggtgttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481659 tggtgttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatggaaggctaataataggtg 35481560  T
Q  601 gtgtaaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgtt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481559 gtgtaaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaagatgatggtaatgatgtt 35481460  T
Q  701 ggtttaaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttaggccacctactgaaaatgatg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35481459 ggtttaaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttagaccacctactgaaaatgatg 35481360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University