View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20518_high_1 (Length: 1426)

Name: NF20518_high_1
Description: NF20518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20518_high_1
NF20518_high_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (13-1402)||(29433822-29435213)
chr4 (716-1340)||(29466802-29467430)
chr4 (16-402)||(29468047-29468426)
chr4 (441-621)||(29467786-29467968)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1313; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1313; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1402
Target Start/End: Complemental strand, 29435213 - 29433822
Alignment:
Q  13 ggacatcatcatgattccctgcatgaacatccaatgaaatatgaaaaattaacacatgtggatcatgtggtaggtttcaagtagagttttcctatccatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29435213 ggacatcatcatgattccctgcatgaacaaccaatgaaatatgaaaaattaacacgtgtggatcatgtggtaggtttcaagtagagttttcctatccatt 29435114  T
Q  113 tgttcttacaatgattccagctcctgtaacgattcccataaggaaatttggaacaagcgaagctacaaccatcatgatactctcgatcactgagaggcat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29435113 tgttcttacaatgattccagctcctgtaacgattcccataaggaaatttggaacaagcgaagctacaaccatcatgatactctcgatcactgagaggcat 29435014  T
Q  213 ccatagacgttaagagtgaaaaacacatagtgaatgaatcctggcctgaatttcaccatgctatatgtgattgtgcaagaagtaagagcaataacaacca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29435013 ccatagacgttaagagtgaaaaacacatagtgaatgaatcctggcctgaatttcaccatgttatatgtgattgtgcaagaagtaagagcaataacaacca 29434914  T
Q  313 ggaatgggaatgatgaaataaagtttgctaaaatataggctgctactccgtagtatccattcatcctttctctataaaatacctgtttcatatgtataaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434913 ggaatgggaatgatgaaataaagtttgctaaaatataggctgctactccgtagtatccattcatcctttctctataaaatacctgtttcatatgtataaa 29434814  T
Q  413 ttcagtgcttatcgtacatgaacttatgtataagttgtctgtataatcaaagaggaaacgaaggcataatctacatatgccaagagttatagcgtatgac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434813 ttcagtgcttatcgtacatgaacttatgtataagttgtctgtataatcaaagaggaaacgaaggcataatccacatatgccaagagttatagcgtatgac 29434714  T
Q  513 aatgagctatctggaagaacttgtgaaaaa-gctgaaaatgatttaaaaacttaacctaagctattttcagaggcttttccaaaaatttacactagtact 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29434713 aatgagctatctggaagaacttgtgaaaaaagctgaaaatgttttaaaaacttaacctaagctattttcagatgcttttccaaaaatttacactagtact 29434614  T
Q  612 tatgtcatagaacttgtttggatgcacaatttaattaagtgcttatagaaaactcagattgctgacttaaataattatttaatttcttgaatcaannnnn 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||         
T  29434613 tatgtcatagaacttgtttggatgcacaatttaattaagtgcttatagaaaactcagattgctgacttaaatatttatttaatttcttgaatcaattttt 29434514  T
Q  712 nnnnaccttcatttcttcaatgacggatggcaagcttccaattgagatggtagtcataaatcctgttacaaatgcaccacaggcaccgcgagccaagatg 811  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434513 ttttaccttcatttcttcaatgacggatggcaagcttccaattgagatggtagtcataaatcctgttacaaatgcaccacaggcaccgcgagccaagatg 29434414  T
Q  812 gaagtatagctatagccaacatcaaaatagagagttccaacacatatagatacaatgatgttaattataattctcaaccagtagtaaccaatatctctac 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434413 gaagtatagctatagccaacatcaaaatagagagttccaacacatatagatacaatgatgttaattataattctcaaccagtagtaaccaatatctctac 29434314  T
Q  912 acatgttcacaaatgatctcctcgtcagtgtagagagttgcttccaccaactagcttggcttccatagtttgtctcagtttcaatcccttcctgtaatac 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434313 acatgttcacaaatgatctcctcgtcagtgtagagagttgcttccaccaactagcttggcttccatagtttgtctcagtttcaatcccttcctgtaatac 29434214  T
Q  1012 atttatcattaactaaatcaagattatgaagtaccgacacggacaccggatacgatactggcacagaaaaagaatatcct-aggatttcagctcggcata 1110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29434213 atttatcattaactaaatcaagattatgaagtactgacacggacaccggatacgatactggcacagaaaaagaatatcctaaggatttcagctcggcata 29434114  T
Q  1111 gatatcagttgaattatatgtaatgaagtgtatagctaaatataaatgcttacattggttgattgttcttgaatattgtattttacccttctggcgtacg 1210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434113 gatatcagttgaattatatgtaatgaagtgtatagctaaatataaatgcttacattggttgattgttcttgaatattgtattttacccttctggcgtacg 29434014  T
Q  1211 ttgaacgcttaaatctctcaactagcattgacttaatctgtgctgtagccaaattcatgaaaggatctgctgaatttggaacatcctaacaaggaaaaaa 1310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29434013 ttgaacgcttaaatctctcaactagcattgacttaatctgtgctgtagccaaattcatgaaaggatctgctgaatttggaacatcctaacaaggaaaaaa 29433914  T
Q  1311 gtgaaagaaacaaatccatgtgaataagtgatgctatgaaaatcaaattagatcttagaaagggaagtttatagggttccccaagttatcac 1402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29433913 gtgaaagaaacaaatccatgtgaataagtgatgctatgaaaatcaaattagatcttagaaagggaactttatagggttccccaagttatcac 29433822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 716 - 1340
Target Start/End: Complemental strand, 29467430 - 29466802
Alignment:
Q  716 accttcatttcttcaatgacggatggcaagcttccaattgagatggtagtcataaatcctgttacaaatgcaccacaggcaccgcgagccaagatggaag 815  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29467430 accttcatttcttcaataaaagatggaaagcctccaattgacatgaaagtcataaatcctgatataaatgcaccacaggcaccacgagccaagatggaag 29467331  T
Q  816 tatagctatagccaacatcaaaatagagagttccaacacatatagatacaatgatgttaattataattctcaaccagtagtaaccaatatctctacacat 915  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  29467330 tgtagccgtagccaacatcaaaatagatggttccaacacatatagatacaatgatatagatcataatcctcagccagtagtaaccaacatctctgcacat 29467231  T
Q  916 gttcacaaatgatctcctcgtcagtgtagagagttgcttccaccaactagcttggcttccatagtttgtctcagtttcaatcccttcctgtaatacattt 1015  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  29467230 gttcacaaatgatctccttgtcagtgttttgagttgcttccaccaactagcttggcttccaaggtttatctcagtttcaagcccttcctgtagtacattt 29467131  T
Q  1016 atcattaactaaatcaagattatgaagtaccgacacggacaccggatacgatactggcacagaaaaagaatatcc-taggatttcagctcggcatagata 1114  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||  || |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  29467130 atcattaacaaaatcaatattatgaatgactgacacggacaccggttactatactgacacagaaaaagagtatccttaggatttcagctcggcatggata 29467031  T
Q  1115 tcagttgaattatatgtaatgaagtgtatagctaaatataaatgcttacattggttgattgttcttgaatattgtattttacccttctggcgtacgttga 1214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  29467030 tcagttgaattatatgtaatgaagtgtatagctaaatataaatgcttacattggttgattgttcttgaatcttgtcttttacccttctggcatacgttga 29466931  T
Q  1215 acgcttaaatctctcaactagcattgacttaatctgtgctgtagccaaattcatgaaaggatctgctgaatttggaacatcctaacaag--gaaaaaagt 1312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  29466930 acgcttaaatctctcaactagcattgacttaatttgtgctgtagccaaattcatgaaaggatctgctgaatttggaacatcctaataaggcgaaaaaagt 29466831  T
Q  1313 gaaag-aaacaaatccatgtgaataagtg 1340  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  29466830 gaaagaaaaaaaatccatgtcaataagtg 29466802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 29468426 - 29468047
Alignment:
Q  16 catcatcatgattccctgcatgaacatccaatgaaatatgaaaaattaacacatgtggatcatgtggtaggtttcaagtagagttttcctatccatttgt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||   |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||||||    
T  29468426 catcatcatgattccctgcatgaataac-aat---atatgacaaattaacacatggggatcatgtggtaggtttcaagtagaattttcg---ccatttgt 29468334  T
Q  116 tcttacaatgattccagctcctgtaacgattcccataaggaaatttggaacaagcgaagctacaaccatcatgatactctcgatcactgagaggcatcca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||     
T  29468333 tcttacaatgattccagctcctgtaatgattcccatgagaaaatttggaacaagtgcagctacaaccatcatgagactctcaatcactgagatgcatccg 29468234  T
Q  216 tagacgttaagagtgaaaaacacatagtgaatgaatcctggcctgaatttcaccatgctatatgtgattgtgcaagaagtaagagcaataacaaccagga 315  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  29468233 tagatgttaatagtgaaaaacgcatagtgaatgaatccgggtctgaatttcaccatgttatatgtgattgtgcaagaagtaagagcaatagcaaccaaga 29468134  T
Q  316 atgggaatgatgaaataaagtttgctaaaatataggctgctactccgtagtatccattcatcctttctctataaaatacctgtttca 402  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29468133 atgggaatgatgaaagaaagtttgataaaataaatgctgctacaccataatatccattcatcctttctctataaaatacctgtttca 29468047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 441 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 29467968 - 29467786
Alignment:
Q  441 tataagttgtctgtataatcaaagaggaaacgaaggcataatctacatatgccaagagttatagcgtatgacaatgagctatctggaagaacttgtgaaa 540  Q
    |||||||||  | |||||||||||  |||| ||||| | | ||| ||||||| || ||||||| | ||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  29467968 tataagttggttctataatcaaagttgaaatgaaggtaaactctgcatatgctaaaagttataacttatgacactgagctatctgaaagagcttatgaaa 29467869  T
Q  541 a--agctgaaaatgatttaaaaacttaacctaagctattttcagaggcttttccaaaaatttacactagtacttatgtcatag 621  Q
    |  | |||||||| || |  | ||||| | ||||||||||||||||||| || |||| | ||| || ||| |||||| |||||    
T  29467868 atgaactgaaaataatatttagacttagcataagctattttcagaggctcttgcaaagacttatacaagtgcttatggcatag 29467786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University