View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20518_high_6 (Length: 284)

Name: NF20518_high_6
Description: NF20518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20518_high_6
NF20518_high_6
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (18-274)||(3300474-3300730)
chr1 (18-270)||(43044744-43044996)
chr1 (18-270)||(43066995-43067247)
chr1 (18-274)||(43083584-43083840)
chr1 (18-274)||(45983980-45984236)
chr1 (18-274)||(43076850-43077098)
chr1 (18-259)||(38138144-38138385)
chr1 (18-243)||(50912150-50912375)
chr1 (23-274)||(7891241-7891492)
chr1 (26-274)||(40034985-40035233)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-274)||(4231205-4231461)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (18-275)||(4619428-4619685)
chr8 (23-274)||(1846229-1846480)
chr8 (17-208)||(4787693-4787884)
chr8 (17-208)||(4297288-4297479)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-243)||(16348918-16349143)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (24-275)||(34690585-34690836)
chr2 (24-275)||(34712997-34713248)
chr2 (18-247)||(16231954-16232183)
chr2 (18-98)||(33860757-33860837)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-273)||(7520006-7520261)
chr6 (56-273)||(7529581-7529798)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-113)||(39242561-39242650)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3300730 - 3300474
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300730 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 3300631  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300630 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 3300531  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300530 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 3300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 43044996 - 43044744
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  43044996 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaatgagcctaagag 43044897  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044896 gccttcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 43044797  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43044796 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43044744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 43066995 - 43067247
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43066995 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaacgagcctaagag 43067094  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43067095 gccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 43067194  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43067195 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43067247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 43083840 - 43083584
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43083840 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttgaccaaatcaacgagcctaagag 43083741  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083740 gccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 43083641  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43083640 cctggaatggttatcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtctgtg 43083584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Original strand, 45983980 - 45984236
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  45983980 gttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagctattgaccaaatcaacgagcctatgag 45984079  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||  | | ||     
T  45984080 gccatcagacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtgggacgtgttgagactggttccttgaac 45984179  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    |||||||||||  | ||||||||| | ||||| |||  | |||||||||||||||||    
T  45984180 cctggaatggtgctgacttttgccgcaactgggctgcaagctgaagtgaagtctgtg 45984236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Original strand, 43076850 - 43077098
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  43076850 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatcaacgagcctaagag 43076949  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||         ||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||| | |||    
T  43076950 gccttcagacaagcacctccgactac--------aatgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgtcttgaaa 43077041  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||    
T  43077042 cctggaatggtggtgacttttgcccctactggactgacagctaaagtcacgtctgtg 43077098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 259
Target Start/End: Original strand, 38138144 - 38138385
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38138144 gttttgagggagataacatcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaaggagcctaagag 38138243  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    || || ||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||  |||||| | |||    
T  38138244 gctattagacaagcctctccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggacgggttgagagcggtgtcttgaaa 38138343  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaact 259  Q
    || |||||||  || ||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  38138344 ccaggaatggcggtgacttttgccccaactgggctgaaaact 38138385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 50912375 - 50912150
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  50912375 gttttgagggagataacatcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaagctcttgatcaaatcaaggagcctaatag 50912276  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
     |||||| ||| ||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||| ||| | ||||| |||||| | |||    
T  50912275 accatcacacatgcctctccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgtgggacgtattgagaccggtgtcttgaaa 50912176  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccc 243  Q
    | ||||||||| || |||||||||||    
T  50912175 cgtggaatggtggtgacttttgcccc 50912150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 274
Target Start/End: Original strand, 7891241 - 7891492
Alignment:
Q  23 gagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccat 122  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| | || ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    ||||||||||  |     
T  7891241 gagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaattcagaaggcctaagaggttaa 7891340  T
Q  123 cagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctgg 222  Q
     |  || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||    
T  7891341 tattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctgg 7891440  T
Q  223 aatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    ||||||  | ||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  7891441 aatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 7891492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 274
Target Start/End: Original strand, 40034985 - 40035233
Alignment:
Q  26 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcag 125  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||| | ||||||||||| |  || |||||||||||||    
T  40034985 ggagaaaacatcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagctatcgaccaaatcaaagtaccgaagaggccatcag 40035084  T
Q  126 acaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaat 225  Q
    | ||||| |||||  ||||  | |||  ||| |||| |||||||||||||||    |||||||| || |||||   |||||||||| | ||||| |||||    
T  40035085 ataagcctctccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttggtcgtgttatgactggtgtcttgaaaccaggaat 40035184  T
Q  226 ggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    || ||| ||||||||||| |||||  ||  ||||||||||| |||||||    
T  40035185 ggctgtgacttttgccccaactggggtgcaaactgaagtgaggtctgtg 40035233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4231461 - 4231205
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  4231461 gttttgagggagataacatgattgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttgatcaaatcaatgagcctaagag 4231362  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||  ||| |||    
T  4231361 gccatcagacaagcccctccgactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacgtgttgagactggtaccatgaaa 4231262  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    ||||||||||| || |||||||| || |||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  4231261 cctggaatggtggtgacttttgctccaactggactgcaaactgaagtcaagtctgtg 4231205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4619685 - 4619428
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4619685 gttttgagggagataacttgattgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaacgagcctaatag 4619586  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    ||||||| ||||||| |||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| |||||| | |||    
T  4619585 gccatcaaacaagcctctccgattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgttgagaccggtgtcttgaaa 4619486  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 275  Q
    ||||||||| | || ||||||||||| | ||| |||  | ||||||| ||||||||||    
T  4619485 cctggaatgatggtgacttttgccccgattgggctgcaagctgaagtaaagtctgtgc 4619428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 1846480 - 1846229
Alignment:
Q  23 gagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccat 122  Q
    |||||||||||||| || |||| |||| | || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||  |     
T  1846480 gagggagataacatcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaa 1846381  T
Q  123 cagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctgg 222  Q
     |  || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||    
T  1846380 tattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctgg 1846281  T
Q  223 aatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 274  Q
    ||||||  | ||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  1846280 aatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 1846229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 4787693 - 4787884
Alignment:
Q  17 agttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaaga 116  Q
    |||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||| |||||||||| | |||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| || ||||||||||    
T  4787693 agttttgatggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtaaatgggtccgacccttcttgaagctattgacagaatgaaagagcctaaga 4787792  T
Q  117 ggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggt 208  Q
    |||||||| |   ||| ||||| |||||  ||  |||| ||||||||||||||||||| ||   |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  4787793 ggccatcaaatttgcctctccgactaccaattatggatttctacaagattggaggaatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagactggt 4787884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 4297479 - 4297288
Alignment:
Q  17 agttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaaga 116  Q
    |||||||| ||||||||| |||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  ||| || | ||||  ||    
T  4297479 agttttgacggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctattgacataatgaaagggcctgcga 4297380  T
Q  117 ggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggt 208  Q
    |||||||| |    || ||||| ||| |  |||||||| |||| || |||||||||||  |   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  4297379 ggccatcaaattttcctctccgactatcaattcaggatttctagaatattggaggaatcagagatgtgcctgtgggccgtgtcgagactggt 4297288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 16349143 - 16348918
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||||||||||||| || | |||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16349143 gttttgagggagataacttggttgagccctctacaaaacttgatgggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagcctaagag 16349044  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    || |||||||||||| |||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  || || |||  ||  |||||  |||||||||| | |||    
T  16349043 gctatcagacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaagattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgtcttgaaa 16348944  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccc 243  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||    
T  16348943 cctggaatggtggtgactttttcccc 16348918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 34690836 - 34690585
Alignment:
Q  24 agggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatc 123  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  34690836 agggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttc 34690737  T
Q  124 agacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctgga 223  Q
    || ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||||    
T  34690736 aggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctgga 34690637  T
Q  224 atggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 275  Q
    |||||  | ||||||||||| ||||| |||  | ||| ||| ||||||||||    
T  34690636 atggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34690585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 24 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 34713248 - 34712997
Alignment:
Q  24 agggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatc 123  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  34713248 agggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatcgacgagcctaagaggccttc 34713149  T
Q  124 agacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctgga 223  Q
    || ||||||  |  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||||    
T  34713148 aggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctgga 34713049  T
Q  224 atggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtgc 275  Q
    |||||  | ||||||||||| ||||| |||  | ||| ||| ||||||||||    
T  34713048 atggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34712997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 16232183 - 16231954
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||| || ||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||  | || ||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16232183 gttttaagtgagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagctattgaccaaatcagcgagcctaagag 16232084  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
    |||   || |||||| || || || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  ||||     
T  16232083 gcccgaaggcaagcctctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaag 16231984  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctact 247  Q
    || ||||||||  | |||||||||||||||    
T  16231983 cccggaatggtactgacttttgcccctact 16231954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 33860837 - 33860757
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgacc 98  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  33860837 gttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgacc 33860757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 273
Target Start/End: Original strand, 7520006 - 7520261
Alignment:
Q  18 gttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagag 117  Q
    ||||||| || || |||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7520006 gttttgaaggtgacaacatgattgagaggtctaccaaccttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagag 7520105  T
Q  118 gccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaa 217  Q
     ||  |||||||||||||| | || ||  | || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||| |  | ||     
T  7520106 acccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagttggacgtgttgagaccggtattgtgaag 7520205  T
Q  218 cctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgt 273  Q
    || || |||||||| |||||||  || |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  7520206 cccggtatggttgtgacttttggacccactggtttgacaactgaagttaagtctgt 7520261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 56 - 273
Target Start/End: Original strand, 7529581 - 7529798
Alignment:
Q  56 cttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatg 155  Q
    ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || ||  | || ||||    
T  7529581 cttgactggtacaagggaccaactctccttgaggctcttgaccagatcaacgagcccaagagacccacagacaagcccctcaggcttccattgcaagatg 7529680  T
Q  156 tctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgac 255  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||| |  | || || || |||||||| |||||||  || ||||| || ||    
T  7529681 tttacaagattggtggtattggaactgtgccagtcggacgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggacccactggtctaac 7529780  T
Q  256 aactgaagtgaagtctgt 273  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  7529781 aactgaagttaagtctgt 7529798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 113
Target Start/End: Original strand, 39242561 - 39242650
Alignment:
Q  26 ggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttga--ggctcttgaccaaatcaacgagccta 113  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||||||   |||||||||| | ||||||||||||    
T  39242561 ggagataacttgattgagcgctctactaatattgactggtacaacagtcccacccttcttgaagcgctcttgaccgattcaacgagccta 39242650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University