View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20521_high_11 (Length: 297)

Name: NF20521_high_11
Description: NF20521
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20521_high_11
NF20521_high_11
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (9-282)||(15429111-15429385)
chr5 (9-270)||(15331496-15331757)
chr5 (9-270)||(16396988-16397249)
chr5 (9-282)||(15083269-15083539)
chr5 (17-270)||(15452965-15453218)
chr5 (11-270)||(16414315-16414574)
chr5 (9-258)||(15347321-15347570)
chr5 (49-270)||(16403620-16403841)
chr5 (11-258)||(15335950-15336197)
chr5 (9-270)||(15357590-15357851)
chr5 (16-267)||(17927918-17928169)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-258)||(8187421-8187670)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (103-246)||(9225-9368)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 9 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 15429385 - 15429111
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaa-cttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcct 107  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15429385 gcaaattcaagtaaacttaatctcaatgcaggcatgacattttcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagcgccactccttttcct 15429286  T
Q  108 ctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15429285 ctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttcctatgaccactagctcttcccg 15429186  T
Q  208 ttctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagattcgatatatc 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15429185 ttctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagcttcgatatatc 15429111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 270
Target Start/End: Original strand, 15331496 - 15331757
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||    
T  15331496 gcaaattcaagtaacttaatctcaaggtaggcatgacataatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagtgccactcatttacctc 15331595  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| || || || ||||| ||||| ||  ||    
T  15331596 tcttttaaaacgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtactccgccacacttctttagtatctctttccctattaccacaagctcatcttgt 15331695  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    |||||||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  15331696 tctacctcatttggcccaaaagctcgttgtttaaacaattcccaacaatctacatcagatag 15331757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 270
Target Start/End: Original strand, 16396988 - 16397249
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||    
T  16396988 gcaaatgcaagtaacttaatctcaaggcaggcatgacataagcttcaccttgtaaattccatagcttgctttccttgacatatagccattccttttcttc 16397087  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||| || | || ||| |||||||   ||    
T  16397088 tcttttaaaccgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagagggaatcccccacacttctttattatctccttccctacgatcacaagctctttttgt 16397187  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    | ||||||||||| |||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16397188 tgtacctcatttggtccaaaggctcgttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 16397249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 282
Target Start/End: Original strand, 15083269 - 15083539
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||    
T  15083269 gcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatggcataatcttcatcttgtaaactccatagtttgctttccttcacatagtgccactctttttcctc 15083368  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||||| ||| ||| |||||||||| | |||||| | |||| |  ||||    
T  15083369 tgttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcgctcccccacacttctttaatatctcctttactatgaccgcaagctttgtccgt 15083468  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatagattcgatatatc 282  Q
    |   ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||    
T  15083469 t---cctcatttgatccaaaagctctttgtttaaacaattcccaacaatcctcgtcggataacttcgatatatc 15083539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 15453218 - 15452965
Alignment:
Q  17 aagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctctcttttaa 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||  || |||  |||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  15453218 aagtagcttaatctcaaggcaggcatgacagaattttcgccttgtaaactccaaagtttgcttttcttgacatagagccactctttttcttctcttttaa 15453119  T
Q  117 agcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgttctacctc 216  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||| ||||| ||  ||| ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| ||    
T  15453118 aacgcaagagacttcctagtgcaattgctgccaaaggaactcctccacacttatttactatctccttgcctatgaccacaagctcttcctgttctacttc 15453019  T
Q  217 atttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    ||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  15453018 atttggtccaaaagctcgttgtttaaacaatttccaacaatctttgtcagatag 15452965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 270
Target Start/End: Original strand, 16414315 - 16414574
Alignment:
Q  11 aaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctctc 110  Q
    |||| |||||||||||| || || |||||||||||    |  ||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| || |||||||||  |||||||||    
T  16414315 aaattcaagtaacttaaccttaaggcaggcatgacgcagttctcaccttgtaaatcccatagcttgctttccttgacattgagccactctatttcctctc 16414414  T
Q  111 ttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgttc 210  Q
    |||| || |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| || || |||||||| || |||||||||||    
T  16414415 ttttgaaacgcaagagacttcctaatgccattgcggcaagaggtactcccctacatttctttactatctctttccctatgaccacgagttcttcccgttc 16414514  T
Q  211 tacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    | | ||||||| |||||| ||  ||||||| ||||| ||| |||| || | |||||||||    
T  16414515 ttcatcatttggtccaaaggctctttgtttcaacaaatccaaacagtcattgtcagatag 16414574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 258
Target Start/End: Original strand, 15347321 - 15347570
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||  ||| |||||||||||||||  || |||||||||| |||| |||| |||||||| ||    
T  15347321 gcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacagaattctcaccttgtaaattccatagcttactttccttgacatagcgccattccttttcttc 15347420  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    || |||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||  ||| |||||| || || |||||  | || |||  ||||    
T  15347421 tcgtttaaaccgcaataaacttcccagtgcttttgctgcgagagggactcccctacacttttttactatctctttccctatgactgcaagatctgaccgt 15347520  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatc 258  Q
    ||  ||||| ||| |||||| ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  15347521 tcagcctcagttggtccaaatgctcgttgtttaaacaattcccaacaatc 15347570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 270
Target Start/End: Original strand, 16403620 - 16403841
Alignment:
Q  49 atcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgca 148  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||  || |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  16403620 atcttcaccttctaaactccatagcttactttccttcacatagagccactctttttcttctcttttaaaccgcaaaagacttcctagtgctattgccgca 16403719  T
Q  149 agaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgttctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaatt 248  Q
    ||||| |||| | |||| ||  |||||||||||||||| |||||||| |||| |||   |||| ||||||||| |||||| ||   |||  |||||||||    
T  16403720 agagggactcacacacacttttttagtatctcctttcctatgaccacaagcttttcatcttctgcctcatttggtccaaacgctcgttgcctaaacaatt 16403819  T
Q  249 cccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    ||||||| ||||  ||||||||    
T  16403820 cccaacagtctttatcagatag 16403841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 11 - 258
Target Start/End: Original strand, 15335950 - 15336197
Alignment:
Q  11 aaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctctc 110  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||   ||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  15335950 aaattcaaataacttagtctcaaggcaggcatgactgaattatcaccttgtaaactccatagcttgctttccttgacatagagccactcattttcgtctc 15336049  T
Q  111 ttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgttc 210  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||| ||  | | |||||| || || || ||||| |||| | | | |||    
T  15336050 ttttgaaacacaagagacttcctagtgctattgccgcaagaggcactcccacacactttttaactatctcgttccctataaccacaagctttgcacattc 15336149  T
Q  211 tacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatc 258  Q
    | ||||||||| |||||| ||    |||||||||||||||||||||||    
T  15336150 ttcctcatttggtccaaaggctcgctgtttaaacaattcccaacaatc 15336197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 9 - 270
Target Start/End: Original strand, 15357590 - 15357851
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| | || ||||||   ||  ||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||    
T  15357590 gcaaattcaagtaacttaacctcaaggaagacatgactgaattctcaccttgtaaactccatagattgctttccttgacatagcgccattccttttcttc 15357689  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    || |||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||| ||||||||| || |||||||| || ||   ||||    
T  15357690 tcgtttaaaacgtaagaaacttcctagtgcttttgccgcaagaggaactcccccacacttttttactatctccttccctatgaccacaagatcgggccgt 15357789  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcagatag 270  Q
    ||  ||||||||| |||||| ||    || |||| ||||||||| ||||||  |||||||||    
T  15357790 tcatcctcatttggtccaaatgctcgctgcttaatcaattcccagcaatctgtgtcagatag 15357851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Original strand, 17927918 - 17928169
Alignment:
Q  16 caagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctctctttta 115  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||   |  ||| |||||||  |||| |  ||||| ||||||| ||||| ||| || ||||| |||||||||    
T  17927918 caagtaacttaatctcaaggcctgcatgacagagttctcaccttgtaagctccacaacttgctgtccttgacatagatccattctttttcttctctttta 17928017  T
Q  116 aagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgttctacct 215  Q
    |||||||| |||||||||| || | ||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||| || |||||  |||| |||| |  | |||||||||    
T  17928018 aagcgcaacagacttcctaatgttattgctgcaagaggcactcccctacacttctttaggatctctttcccaattgccacaagctttgtcagttctacct 17928117  T
Q  216 catttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatcttcgtcaga 267  Q
    |||||| |||||| ||   |||||||||||| ||||| || |||| ||||||    
T  17928118 catttggtccaaatgctcgttgtttaaacaactcccagcagtctttgtcaga 17928169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 258
Target Start/End: Original strand, 8187421 - 8187670
Alignment:
Q  9 gcaaatccaagtaacttaatctcaatgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaattccatattttgctttccttgatatagagccactccttttcctc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||  ||| |||||||| ||||||  || ||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  8187421 gcaaattcaagtaacttaatctcaaggcaggcatgactgtattctcaccttgtaaactccatagattactttccaagacatagagccactccttttcctc 8187520  T
Q  109 tcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctcttcccgt 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||  ||  ||||||||| || |||||||| |||||| |  ||    
T  8187521 tcttttaaaacgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtacacccccacacttttttgctatctccttccctatgaccacaagctctgcatgt 8187620  T
Q  209 tctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaattcccaacaatc 258  Q
    ||  |||||| ||||||||| ||   || | |||||| ||||||||||||    
T  8187621 tcatcctcatctgttccaaaggctcgttctctaaacatttcccaacaatc 8187670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 103 - 246
Target Start/End: Original strand, 9225 - 9368
Alignment:
Q  103 ttcctctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatctcctttccaatgaccactagctct 202  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||    ||| ||||||| || | || |||||| || ||  |||| ||||||    
T  9225 ttcctcacttttaaagcgcaaaagacttcctagtactttggcggcaagaggcgaacccacacattttctcactaactccttgcctattgccacaagctct 9324  T
Q  203 tcccgttctacctcatttgttccaaaagcattttgtttaaacaa 246  Q
     | || ||| |   ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9325 gcacgctcttctctatttgtttcaaaagctttttgtttaaacaa 9368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University