View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20525_high_1 (Length: 553)

Name: NF20525_high_1
Description: NF20525
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20525_high_1
NF20525_high_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (5-536)||(11780124-11780656)
chr1 (17-189)||(10424593-10424765)
chr1 (17-187)||(1624838-1625008)
chr1 (41-100)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-543)||(17158540-17159082)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (5-540)||(12101531-12102064)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (5-340)||(14977470-14977808)
chr6 (132-303)||(11776308-11776482)
chr6 (427-536)||(14977301-14977410)
chr6 (132-188)||(9352421-9352477)
chr6 (132-180)||(24353638-24353686)
chr6 (486-531)||(11776668-11776713)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (17-303)||(5781902-5782191)
chr5 (17-303)||(19069420-19069709)
chr5 (29-126)||(17763963-17764060)
chr5 (132-189)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (22-189)||(16311632-16311799)
chr3 (22-189)||(18488416-18488583)
chr3 (22-189)||(18492626-18492793)
chr3 (37-200)||(19829018-19829181)
chr3 (51-189)||(16314023-16314161)
chr3 (51-189)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (33-189)||(17459431-17459587)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (476-534)||(140467-140525)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 536
Target Start/End: Original strand, 11780124 - 11780656
Alignment:
Q  5 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780124 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 11780223  T
Q  105 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaaccg 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  11780224 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatcatgcaatcg 11780323  T
Q  205 gg-aaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 303  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780324 gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 11780423  T
Q  304 tgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagggtccgga 403  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780424 tgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgctgaagtagaattaacaaccgaccccatgtgtgagctagcaataatagggtccgga 11780523  T
Q  404 atagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtcc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11780524 atagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggaactctctgagaagtggtgactgtcgaagtaatcggaaccggaacctaagtcc 11780623  T
Q  504 aagtacttccattggccgaagtggaagcccccc 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780624 aagtacttccattggccgaagtggaagcccccc 11780656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  17 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 116  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  117 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  17 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 116  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  117 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 187  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  41 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 5 - 543
Target Start/End: Original strand, 17158540 - 17159082
Alignment:
Q  5 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 104  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17158540 tgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgaga 17158639  T
Q  105 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---a 200  Q
    | || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  17158640 gtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaa 17158739  T
Q  201 accgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacga 300  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  17158740 actaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacga 17158839  T
Q  301 caatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataatagggtcc 400  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||    
T  17158840 caatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactgctgaagtagaagtaacaaccggccccatgtgtgagctagcaatagtacggacc 17158939  T
Q  401 ggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaag 500  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17158940 ggaatagcctgagaagacagagccagtgttgaaggggtagtagtaaccagaactctctgaaaagtggtgactgttgaagtaatcggaaccggaacccaag 17159039  T
Q  501 tccaagtacttccattggccgaagtggaagccccccatctgtg 543  Q
    || | ||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  17159040 tcgaggtactgccattggccaaagttgaagccccccatatgtg 17159082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 5 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 12102064 - 12101531
Alignment:
Q  5 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccacatcatcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    |||||||||         
T  12102064 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccacat----- 12101970  T
Q  101 gagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 200  Q
        |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  12101969 ----gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcatcgtgca 12101874  T
Q  201 acc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttga 297  Q
          |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12101873 caattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttga 12101774  T
Q  298 cgacaatgatgtcctaggcatagggac-----cgtcatatgagaagtaacaactgatgatgtagaattaacaaccggccccatgtgtgagctagcaataa 392  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| ||      | |||| || |||||| |||||| ||| ||||| | |||||||| ||||||| |||||| ||          
T  12101773 cgacaatgacgtcataggcatagtgattccttcatcatctgtgaagtatcaactgttgaagtagagtgaacaaccgaccccatgggtgagcaag------ 12101680  T
Q  393 tagggtccggaatagcctgagaaggcggagctagtgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccgg 492  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||| |||| ||| | ||||||||||| ||| |||    
T  12101679 taggggccggaatagccagagaaggctgagccagtgttgaaggggcagaagtgaccagaactctctgagtagtggtgactatcgaagtaatcagaatcgg 12101580  T
Q  493 aacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcc-ccccatct 540  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  12101579 aacccaagtccaggtactgccattggctgaagtggaagcctccccatct 12101531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 6e-54; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 14977808 - 14977470
Alignment:
Q  5 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 104  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||  || |    
T  14977808 tgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcataagata 14977709  T
Q  105 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac 202  Q
    |||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||    
T  14977708 gcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaac 14977609  T
Q  203 -cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 301  Q
      |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| ||||||||||| |||    
T  14977608 tggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgttgatgac 14977509  T
Q  302 aatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 340  Q
    || || ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977508 aaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 132 - 303
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  132 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  229 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 303  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 427 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 14977410 - 14977301
Alignment:
Q  427 tgttgaaggggcagtagtaaccggagctctctgagaagtgctgattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtg 526  Q
    ||||| || ||||| |||||| ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  14977410 tgttgcagaggcagaagtaactggaactctctgagaggtagtaattgtcgaagtaatcggaaccggaacccaagtacaagtactgccattggctgaagtg 14977311  T
Q  527 gaagcccccc 536  Q
    ||||| ||||    
T  14977310 gaagctcccc 14977301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 188
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  132 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 188  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 180
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  132 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 531
Target Start/End: Original strand, 11776668 - 11776713
Alignment:
Q  486 gaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagc 531  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  11776668 gaaccggaacccacgtccaagcgcttccattggccgaaatggaagc 11776713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 303
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  17 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 116  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  117 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 213  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  214 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 303  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 303
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  17 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 116  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  117 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 213  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  214 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 303  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  29 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 126  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  132 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  22 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 121  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  122 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  22 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 121  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  122 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  22 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 121  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  122 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 200
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  37 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 136  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  137 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 200  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  51 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 150  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  151 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  51 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 150  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  151 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  33 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 132  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  133 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 189  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 476 - 534
Target Start/End: Original strand, 140467 - 140525
Alignment:
Q  476 gaagtaatcggaaccggaacccaagtccaagtacttccattggccgaagtggaagcccc 534  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  140467 gaagtaataggaaccgggaaccaagtccaagtacctccattggccgaagttgaagcccc 140525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University