View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20529_low_1 (Length: 712)

Name: NF20529_low_1
Description: NF20529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20529_low_1
NF20529_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (42-694)||(40646235-40646887)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 694
Target Start/End: Original strand, 40646235 - 40646887
Alignment:
Q  42 agttgaagtaatccaatcaatcctcaactgtctaaaatctggccacatccaaaaagccgcatccattctctttgacttcccactacccttccctcactct 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40646235 agttgaagtaatccaatcaatcctcaactgtctaaaatctggccacatccaaaaagccgcatccattctctttgacttcccactacccttccctcactct 40646334  T
Q  142 ctctacgcccatttcttccgtcactgtcgctccccaaaatccatcgccgctgcccataaagtcgagttccacttagttgccaccactcgcaatccaccta 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40646335 ctctacgcccatttcttccgtcactgtcgctccccaaaatccatcgccgctgcccataaagtcgagttccacttagttgccaccactcgcaatccaccta 40646434  T
Q  242 tattcctccgcaaccgtgcacttgaagcttatgcgaaatgctcctctcttcacgatgcacaggaactgtttgatgaaatgcctcaacgagatggtgggtc 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40646435 tattcctccgcaaccgtgcacttgaagcttatgcgaaatgctcctctcttcatgatgcacaggaactgtttgatgaaatgcctcaacgagatggtgggtc 40646534  T
Q  342 atggaatgctttgattactgcttattttcgattgcggtatccagatgaagcgatttctttgtttctttcaatgaataaggatggtgttcacgccaataac 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40646535 atggaatgctttgattactgcttattctcgattgcggtatccagatgaagcgatttctttgtttctttggatgaataaggatggtgttcgcgccaataac 40646634  T
Q  442 atcacatttgccagtgttcttgggtcgtgtgctgatgtttatgagctttctctgtcacaacaggttcacgggcttgttgtgaaatttggtttttcaagca 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40646635 atcacatttgccagtgttcttgggtcgtgtgctgatgtttatgagctttctctgtcacaacaggttcacgggcttgttgtgaaatttggtttttcgagca 40646734  T
Q  542 atgtgataattgggagtgctcttgttgatgtttatgctaaatgtgggattatggtttatgctcgcaggatgtttcatgaaattcctcgtccaaatgctgt 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40646735 atgtgataattgggagtgctcttgttgatgtttatgctaaatgtgggattatggtttatgctcgcaggatgtttcatgaaattcctcgtccaaatgctgt 40646834  T
Q  642 tacttggaatgttattgtaagacggtatcttgatgttggcgatgcaaaggaag 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40646835 tacttggaatgttattgtaagacggtatcttgatgttggtgatgcaaaggaag 40646887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University