View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20534_low_2 (Length: 824)

Name: NF20534_low_2
Description: NF20534
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20534_low_2
NF20534_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-720)||(6908287-6909005)
chr4 (122-669)||(44924311-44924857)
chr4 (122-423)||(6901390-6901692)
chr4 (140-349)||(44927080-44927289)
chr4 (1-123)||(44925271-44925393)
chr4 (477-637)||(6901694-6901855)
chr4 (772-824)||(6908171-6908223)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-720)||(201982-202700)
chr3 (122-637)||(206482-206999)
chr3 (754-824)||(202737-202807)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (122-612)||(29514294-29514790)
chr1 (125-535)||(43626003-43626417)
chr1 (333-490)||(43997909-43998065)
chr1 (539-643)||(43632255-43632354)
chr1 (585-669)||(43997814-43997903)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (162-539)||(24652658-24653035)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 688; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 688; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 6909005 - 6908287
Alignment:
Q  1 ttgcgtatactacctcataactgcctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaattttcatcaatatattttatgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6909005 ttgcgtatactacctcataactgcctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaattttcatcaatatattttatgt 6908906  T
Q  101 atcaaaagaagtagatatcattatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908905 atcaaaagaagtagatatcattatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatg 6908806  T
Q  201 gtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6908805 gtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaaacgaaagaacttaaaggctgcag 6908706  T
Q  301 ccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908705 ccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccct 6908606  T
Q  401 agactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatctt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6908605 agactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcaagacatgttgtttttgatctt 6908506  T
Q  501 ttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagct 600  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908505 ttcttttctaagtatt-agttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaactttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagct 6908407  T
Q  601 gtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcattgattgaagcatagttgattttgaatattag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908406 gtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcattgattgaagcatagttgattttgaatattag 6908307  T
Q  701 tttgattctgtgtgtaagag 720  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  6908306 tttgattatgtgtgtaagag 6908287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 44924857 - 44924311
Alignment:
Q  122 tatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaag 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924857 tatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaag 44924758  T
Q  222 cacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924757 cacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagtgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtg 44924658  T
Q  322 atggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcat 421  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  44924657 acggtgatgaggaggatgaagattaaattatgatttcattttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcat 44924558  T
Q  422 gcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagtt 521  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  44924557 gcaaatgacttttaccatttt-ccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgttttttatcctttcttttctaagtattaagtt 44924459  T
Q  522 ttgctccaatacatttgatgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgttttta 621  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  44924458 ttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgctgcgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttattttga 44924359  T
Q  622 tggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 669  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924358 tggtatacctgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 44924311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 122 - 423
Target Start/End: Original strand, 6901390 - 6901692
Alignment:
Q  122 tatgtttgggaatggatgataatgtcatttt-tggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaa 220  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6901390 tatgtctgggcatggatgataatgttattttttggtttcatagagttgggaggcaggttgttaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaa 6901489  T
Q  221 gcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6901490 gcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggt 6901589  T
Q  321 gatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtca 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  6901590 gatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcattttcttagatccttgctctcgcctttttatatctgtcctagactttagattttctatca 6901689  T
Q  421 tgc 423  Q
    |||    
T  6901690 tgc 6901692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 140 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 44927289 - 44927080
Alignment:
Q  140 ataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactc 239  Q
    ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44927289 ataatgtcgcttttgctttcacagggttgggaggcaggttgttaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttccctc 44927190  T
Q  240 acaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatg 339  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44927189 acaagtccctttggtggtggtcttcctggtcgcgtgaagtgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggagatgaggaggatg 44927090  T
Q  340 aagattaaat 349  Q
    ||||||||||    
T  44927089 aagattaaat 44927080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 44925393 - 44925271
Alignment:
Q  1 ttgcgtatactacctcataactgcctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaattttcatcaatatattttatgt 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44925393 ttgcatatactacctcataactgtctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaattttcatcaatatattctatgt 44925294  T
Q  101 atcaaaagaagtagatatcatta 123  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  44925293 atcaaaagaagtagatatcatta 44925271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 477 - 637
Target Start/End: Original strand, 6901694 - 6901855
Alignment:
Q  477 tcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttga-tgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgct 575  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  6901694 tcgagacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttgaattatctttgttataattgaaccttttacctgatggt 6901793  T
Q  576 gtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtat 637  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  6901794 gtgtgtaagagaatattatttagcagtttgatattgcatgttttgatggtatatccgtgtat 6901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 772 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 6908223 - 6908171
Alignment:
Q  772 aggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatct 824  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908223 aggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatct 6908171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 720
Target Start/End: Original strand, 201982 - 202700
Alignment:
Q  1 ttgcgtatactacctcataactgcctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaattttcatcaatatattttatgt 100  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  201982 ttgcgtatacta--tcataactgcctgtaactctttctttacttgcatcttttgtagtggctgttagggtatcattaatttgcatcaatatattctatgt 202079  T
Q  101 atcaaaagaagtagatatcattatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202080 atcaaaagaagtagatatcattatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatg 202179  T
Q  201 gtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202180 gtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcag 202279  T
Q  301 ccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatt-atgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202280 ccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatttatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccc 202379  T
Q  400 tagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatct 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  202380 tagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttgatct 202479  T
Q  500 tttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  202480 tttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgatgattgaaccttttacttgatgctctgtgtaagagaatattatttagc 202579  T
Q  600 tgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcattgattgaagcatagttgattttgaatatta 699  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202580 tgtttgatattgcttgttttgatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcattgattgaagcatagttgattttgaatatta 202679  T
Q  700 gtttgattctgtgtgtaagag 720  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  202680 gtttgattctgtgtgtaagag 202700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 206999 - 206482
Alignment:
Q  122 tatgtttgggaatggatgataatgtcattttt-ggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaa 220  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  206999 tatgtctgggcatggatgataatgttattttttggtttcatagggttgggaggcaggttgtgaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaa 206900  T
Q  221 gcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  206899 gcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggt 206800  T
Q  321 gatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtca 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  206799 gatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcattttcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatca 206700  T
Q  421 tgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagt 520  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  206699 tgcaaatgacttttaccgttttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgcttgagacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagt 206600  T
Q  521 tttgctccaatacattt-gatgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttt 619  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  206599 tttgctccaatacatttaaatgatctttgttataattgaaccttttacttgatggtgtgtgtaagagaatattatttagcagtttgatattgcatgtttt 206500  T
Q  620 tatggtatacccgtgtat 637  Q
     |||||||| ||||||||    
T  206499 gatggtatatccgtgtat 206482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 754 - 824
Target Start/End: Original strand, 202737 - 202807
Alignment:
Q  754 ttgattctaaattaaggaaggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatct 824  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  202737 ttgattctaaattaaggaaggaaatatgtttgattctaaattctaaagttgtaaaatttgattttgaatct 202807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 122 - 612
Target Start/End: Original strand, 29514294 - 29514790
Alignment:
Q  122 tatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaag 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29514294 tatgtttgggaatggatgataatgtcatttttggtttcacagggttgggaggcaggttgtgaacatcccatcattcatggtgagggttgattcacagaag 29514393  T
Q  222 cacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29514394 cacattgacttttcactcacaagtccttttggtggtggtcttcccggtcgcgtgaagcgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttctggtggtg 29514493  T
Q  322 atggtgatgaggaggatgaaga------ttaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  29514494 atggtgatgaggaggatgaagattaaatttaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctcttgatatctgtcctagactttagattttc 29514593  T
Q  416 tgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtat 515  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||    
T  29514594 tatcatgcatatgacttttaccattttcctatccttgtttattgtgcgagtaaatctttgctcgagagatgttctttttgagcttttcttttccaagtat 29514693  T
Q  516 taagttttgctccaatacatttgatgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgc 612  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||  || |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  29514694 agagttttgctccaatacatttgatgatctttatgataattgaaccttttacttaatggagtttgtatgagtatattatttagcagtttgattttgc 29514790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 125 - 535
Target Start/End: Original strand, 43626003 - 43626417
Alignment:
Q  125 gtttgggaatggatgataatgtcatttttgg-tttcatagggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatgg--tgagggttgattcacagaag 221  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  43626003 gtttggggatggatgataatgtcattttttgatttcatagggttaggaggcaggttgttaacatcccatccttcatggggtgagggttgattcacagaag 43626102  T
Q  222 cacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggct-gcagccaagaaggcttccggtggt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  43626103 cacattgacttttcactcacaagtccttttggtggttgtcttcctggtcgtgtgaagcgaaagaaccttaagactggcagccaagaaggcttccggtggt 43626202  T
Q  321 gatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtca 420  Q
     ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| | |    
T  43626203 catgttgacgaggaggatgaaggttaaattatgattttcttttacttagatccttgctctagcctttt--tatctgtcctagactttagattttctatga 43626300  T
Q  421 tgcaaatgacttttacca-ttttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctc-gagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaa 518  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||| || ||||||    
T  43626301 tgcatatgacttttaccatttttctcatccttgtttattgtgtaaggaaatcttttctcagagacgtgttgttttttatctcttcttttccaaatattaa 43626400  T
Q  519 gttttgctccaatacat 535  Q
    |||||||||||||||||    
T  43626401 gttttgctccaatacat 43626417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 333 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 43998065 - 43997909
Alignment:
Q  333 gaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgactt 432  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  43998065 gaggatgaaggttaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttag--ctgtcctagactttagattttctatgatgcatatgactt 43997968  T
Q  433 ttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctc-gagacatgttgt 490  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  43997967 ttaccattttcccatccttgtttattgtgtgaggaaatcttttctcagagacgtgttgt 43997909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 539 - 643
Target Start/End: Original strand, 43632255 - 43632354
Alignment:
Q  539 atgatccttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatc 638  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||     | || ||||| ||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  43632255 atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgttgtatgtaag-----aatagttagcagtttgattttgcatattttgatggtatacccgtgtatc 43632349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 585 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 43997903 - 43997814
Alignment:
Q  585 agaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtata-cccgtgtat----ccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 669  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| |||||||| |||||||||    |||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  43997903 agaatattatttagcagtttgattttgcatattttgatggtataccccgtgtatccaaccaaccaaaactttgaatcaactatgcttcat 43997814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 314; Significance: 1e-176; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 162 - 539
Target Start/End: Original strand, 24652658 - 24653035
Alignment:
Q  162 agggttgggaggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24652658 agggttgggaggcaggttgtgaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtc 24652757  T
Q  262 ttcctggtcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttctt 361  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24652758 ttcctggtcgtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcat 24652857  T
Q  362 ttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtg 461  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24652858 tttcttagatccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccgttttcccatccctgtttattgtg 24652957  T
Q  462 tgaggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttga 539  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24652958 tgaggaaatctttgctcaaaacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttga 24653035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University