View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20539_low_2 (Length: 753)

Name: NF20539_low_2
Description: NF20539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20539_low_2
NF20539_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (102-737)||(7461945-7462590)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 737
Target Start/End: Original strand, 7461945 - 7462590
Alignment:
Q  102 ctgtttctttcaatttgtttcctaattccgtacaataatattatcatgaagtagaaacgtgacataccctctaatcaatgtcctacatcacgtgcatgtc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7461945 ctgtttctttcaatttgtttcctaattccgtacaata---ttatcatgaagtagaaacgtgacataccctctaatcaatgtcctacatcacgtgcatgtc 7462041  T
Q  202 tttttcattatcttaacctttcaataatctttgcttaaattagatcttatcatcttaactcttaattaccatatatgttaaattannnnnnngtagatgt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||    
T  7462042 tttttcattatcttaacctttcaataatctttgcttaaattagatcttatcatcttaactcttaattaccatatatgttcaattatttttttgtagatgt 7462141  T
Q  302 tgaagctaagagagcagctttctgaggcagagaaggaaattcaacgccttcgagagcctaatagtagctctagtactgcatcaatttcacaatccatgga 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  7462142 tgaagctaagagagcagctttctgaggcagagaaggaaattcaacgccttcgagagcctaatagtagctctagtacttcatcaatttcacaattcatgga 7462241  T
Q  402 agtagtggatccacaatttcatgatgaatttgaagttaatcatatatata---atgatgtgtttttcacgtcggatgcgacatattacttcaatggccaa 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7462242 agtagtggatccacaatttcatgatgaatttgaagttaatcatatatataatgatgatgtgtttttcatgccggatgcgacatattacttcaatggccaa 7462341  T
Q  499 gaatggatt---------atctaagaaactaaaacaataataatatttactaattaacttagcatttgtagataatgtgaaggatatccctcaatatgta 589  Q
    |||||||||         |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7462342 gaatggattaatgtgtagatctaagaaactaaaacaataagaatatttactaattaacttagcatttgtagataatgtgaaggatatccctcaatatgta 7462441  T
Q  590 aattaattgttcatagctac-ttagtgtgtttattgtatgactatggattgtggaatatgtatccattgacataatgatttttattttgacctataaatg 688  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7462442 aattaattgttcatagctactttagtgtgtttattgtatgactatggattgtggaatatgtatccattgacataataatttttattttgacctataaatg 7462541  T
Q  689 gtagtgttttattgtcgttccattaacttagcttttgtcacctattaag 737  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7462542 gtagtgttttattgtcgttccattaacttaacttttgtcacctattaag 7462590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University