View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20539_low_6 (Length: 686)

Name: NF20539_low_6
Description: NF20539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20539_low_6
NF20539_low_6
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (115-678)||(7713922-7714486)
chr4 (18-685)||(7128839-7129506)
chr4 (18-669)||(7527767-7528418)
chr4 (18-669)||(7494050-7494701)
chr4 (18-685)||(7481632-7482299)
chr4 (18-669)||(7519717-7520368)
chr4 (18-685)||(7722113-7722780)
chr4 (284-632)||(7506351-7506699)
chr4 (201-252)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (150-651)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (143-223)||(10126928-10127008)
chr3 (143-223)||(10363787-10363867)
chr3 (143-223)||(10663526-10663606)
chr3 (201-252)||(4497228-4497279)
chr3 (201-252)||(4528479-4528530)
chr3 (143-223)||(10088790-10088870)
chr3 (143-223)||(10195673-10195753)
chr3 (143-223)||(10375834-10375914)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 678
Target Start/End: Original strand, 7713922 - 7714486
Alignment:
Q  115 tgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaag 214  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||   |||| |||    
T  7713922 tgatctttgcagcaatatcttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgtttcacttctttgtcaccatataaaag 7714021  T
Q  215 ttgagcaagtgca-gtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctat 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  7714022 ttgagcaagtgcacgtctttccaagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctccttcacatcgttgccggtgttaaacaacaactctat 7714121  T
Q  314 caactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 413  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714122 caactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 7714221  T
Q  414 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttgg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714222 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttgg 7714321  T
Q  514 atgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggc 613  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7714322 atgatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggc 7714421  T
Q  614 atcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 678  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7714422 atcataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 685
Target Start/End: Original strand, 7128839 - 7129506
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||  ||||||||||  || |||||| ||||| ||||||||| | |||    
T  7128839 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttcggccatcaactttttcgcggagtttcgattgcattttatccatctcaacattatttttagattctatga 7128938  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    | |||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  7128939 tttttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttg 7129038  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7129039 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaac 7129138  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7129139 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaa 7129238  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    |||||||   |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  7129239 aattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatga 7129338  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7129339 tgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtcatcaagcaagtcatcggcatca 7129438  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 685  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7129439 tcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgttggctccctgctgctcctc 7129506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 7528418 - 7527767
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||| ||| || |||||| |  |||| ||||||||| |||    
T  7528418 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttattgcggagttccaattgcacttcttccatctcagctgtagtgttagattttatga 7528319  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  7528318 tctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcattgtatacaaattg 7528219  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7528218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgctagtgttaaacaacaactctatcaac 7528119  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7528118 tctttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttgtaa 7528019  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    |||||||   |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  7528018 aattaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatga 7527919  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7527918 tgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatcggcatca 7527819  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 669  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7527818 tcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgttgg 7527767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 7494701 - 7494050
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||  |||||| ||| ||||||||| |  |||| ||||||||| |||    
T  7494701 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttatcgcggagttccaattgcacttcttctatctcagctgtagtgttagattttatga 7494602  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||    
T  7494601 tctttgcagcaataacttttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttgtttcactttcttgtcattgtatacaaattg 7494502  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7494501 agcaagcgcagtcttccccagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaac 7494402  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  7494401 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcacgatttgtaa 7494302  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    |||||||   |||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  7494301 aattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatga 7494202  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  7494201 tgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatca 7494102  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 669  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7494101 tcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7494050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 7482299 - 7481632
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||| ||  |||||| ||  || |||||| ||||||||||||||| | |||    
T  7482299 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagctccaattgcactttatccatctcatcattagttttagattctatga 7482200  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    ||||||  |||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  7482199 tctttgatgcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccactttttcaactgaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttg 7482100  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7482099 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctctttcacattgttgccggtgttaaacaacaactctatcaac 7482000  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  7481999 tctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttgtaa 7481900  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    |||||||| |||||| |  | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  7481899 aattaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatga 7481800  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    |||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  7481799 tgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggcatca 7481700  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 685  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  7481699 tcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7481632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 7520368 - 7519717
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||||  |||| | ||  || |||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  7520368 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagttccaattgaactttatccatctcaacattagtttgagattctgtga 7520269  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  7520268 tctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcattgtatacaaattg 7520169  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7520168 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctgtcacattgttgctagtgttaaacaacaactctatcaac 7520069  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520068 tctttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 7519969  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    | ||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  7519968 agttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttggatga 7519869  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  7519868 tgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaagttatcggcatca 7519769  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 669  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7519768 tcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7519717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 685
Target Start/End: Original strand, 7722113 - 7722780
Alignment:
Q  18 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagattttgtga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||   ||||||| ||  || |||||| || |||||||||||| | |||    
T  7722113 caattgtcatccaagacaagcaaatatcttatcccttcaactttttcacggagtatagattgcactttatcgatctcaacactagttttagattctatga 7722212  T
Q  118 tctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttg 217  Q
    |||||| ||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||   ||||||||||||    
T  7722213 tctttgaagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttctttgtcgccgtatacaagttg 7722312  T
Q  218 agcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaac 317  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  7722313 agcaagcgcagtctttccgagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcaaattgttgccggtgttaaacaacaactctatcagc 7722412  T
Q  318 tttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaa 417  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7722413 tctttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgtaa 7722512  T
Q  418 aattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatga 517  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  7722513 aattaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatga 7722612  T
Q  518 tgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatca 617  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||    
T  7722613 tgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatca 7722712  T
Q  618 tcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 685  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  7722713 tcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7722780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 284 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 7506699 - 7506351
Alignment:
Q  284 attgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgt 383  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7506699 attgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgt 7506600  T
Q  384 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaa 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7506599 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaa 7506500  T
Q  484 ccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttc 583  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  7506499 ccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttc 7506400  T
Q  584 cgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttg 632  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7506399 ggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 18035190 - 18035241
Alignment:
Q  201 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 252  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  18035190 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 18035241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 150 - 651
Target Start/End: Original strand, 16750270 - 16750769
Alignment:
Q  150 tcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattc 249  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16750270 tcagcaacacacacccactttttcaattcaaaatgttgttgaacggtcttatcat-gtacacaagttgagcaa-tgcggtctttccaagtcctccaattc 16750367  T
Q  250 caattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttc 349  Q
    |||| || |||||||||||||||||  |||| |||| | || ||||||| ||||| |||| |||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||     
T  16750368 caatgatggaaataactgaaacatttcctttgacatcgatgtcagtgttcaacaataactttatcaaatccttcttttcgtcgtctcttcctatgacttt 16750467  T
Q  350 ttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcc 449  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||| || || ||| | | |||||  ||    
T  16750468 ttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcctatcaacgttaagaccc 16750567  T
Q  450 tcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttct 549  Q
    ||||||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16750568 tcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcgaacctttttagccttct 16750667  T
Q  550 tgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatag 649  Q
    |||  ||  |||  ||||| |||  || |||||| ||    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  16750668 tgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttgagcttctccacccatag 16750767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10127008 - 10126928
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10127008 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10126928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Original strand, 10363787 - 10363867
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10363787 aaaatcctcagagacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10363867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10663606 - 10663526
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10663606 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10663526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4497279 - 4497228
Alignment:
Q  201 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 252  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4497279 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 4497228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 4528530 - 4528479
Alignment:
Q  201 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 252  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4528530 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatcccaa 4528479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10088870 - 10088790
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10088870 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10088790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10195753 - 10195673
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10195753 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10195673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 223
Target Start/End: Original strand, 10375834 - 10375914
Alignment:
Q  143 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 223  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||   ||||| |||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| |||||    
T  10375834 aaaatcctcagacacacaagcccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaactttttcatcattgtaaacaagttgtgcaag 10375914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University