View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20539_low_7 (Length: 651)

Name: NF20539_low_7
Description: NF20539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20539_low_7
NF20539_low_7
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-633)||(42067841-42068479)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 42068479 - 42067841
Alignment:
Q  1 tgacccatatacaaaatgtattaagattttacgttaaaatattatgtttaaatcatttatatggttgcccttgattcaacgtggaacccgagctcc---c 97  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  42068479 tgacccatatacaaaatatcttaagattttacgttaaaatattatgtttaactcatttatatgattgcccttgattcaacgtggaacccgagctcctccc 42068380  T
Q  98 ttcatgagcaaacaaaaatacaacccacttgaggggtgatagaagatagagag--tagtattgattctgagtatagtttgccaattgaccaatcaacaac 195  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068379 ttcatgatcaaacaaaaatacaacccacttgaggggtgatagaagatagagagggtagtattgattctgagtatagtttgccaattgaccaatcaacaac 42068280  T
Q  196 actatttacttcacgataaacatatgcttcacatagacctctcaaccacgatccaatcaatacttccatgtttgaaacatcctcaactaaggtattagat 295  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068279 actatttacttcacgataaacat--gcttcacatagacctctcaaccacgatccaatcaatacttccatgtttgaaacatcctcaactaaggtattagat 42068182  T
Q  296 ttgcagtgattttgagagaagtaaaaagaaagcccaattttatgcttaaaaaataattttattttgtaccgatgattatgaagaaaaattccatgataaa 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068181 ttgcagtgattttgagagaagtaaaaagaaagcccaattttatgcttaaaaaataattttattttgtaccgatgattatgaagaaaaattccatgataaa 42068082  T
Q  396 ccgcacctctgtggagtatgcaataatccatcaacaacaaaaatctaacacgtaacttcactaactaatttaaatgatgcaaaattataagtgtgttaca 495  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42068081 ccgcacctctgtgcagtatgcaataatccatcaacaacaaaaatctaacacgtaacttcactaactaatttaaatgatgcaaaattataagtgtattaca 42067982  T
Q  496 agtacaacacacaaccatatatt-ataaaaggaaattagaaaacccctcttcagaaaaaataaaatgaacacggaaatacatgggg--acctatagtccg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  42067981 agtacaacacacaaccatatattaataaaaggaaattagaaaacccctcttcagaaaaaataaaatgaacacggaaatacatgggggaccctatagtccg 42067882  T
Q  593 ttttatttgtcaaaatgttactcatgcatgccacatccata 633  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42067881 ttttatttgtcaaaatgttacacatgcatgccacatccata 42067841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University