View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20547_low_3 (Length: 446)

Name: NF20547_low_3
Description: NF20547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20547_low_3
NF20547_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-429)||(30265809-30266216)
chr4 (19-429)||(30285972-30286379)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 30266216 - 30265809
Alignment:
Q  19 aaaaccgagtgatgaaaacttagtccccaaatagttcggaaactactaattatgacgggcttttatggaaattcttggagcacgcgagcatttggcccct 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  30266216 aaaaacgagtgatgaaaacttagtcctcaaatagttcggaaactacaaattatgacgggcttttatggaaattcgaggagcacgggagcatttggcccct 30266117  T
Q  119 attgagctgtttttctattaacttttattaaataagattatccaagtcaatttatgatgaaacaatttgtgattaaactttacttacctctcaatatagt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30266116 attgagctgtttttc-attaacttttattaaataagattatccaagtcaatttatgatgaaataatttgtggttaaactttacttacctctcaatatagt 30266018  T
Q  219 ctcggttaccttgaaaactggagggtnnnnnnnnnnntccaaaatgatttggttgataataatacaagacaagaaggggcctgattcagacaaatcatac 318  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30266017 ctc-gttaccttgaaaactggagggtaaaaaaaaaaatccaaaatgatttggttgataataatacaagacaagaaggggcctgattcagacaaatcatac 30265919  T
Q  319 agggtctagttgtacattaatgctttcactgcagcaacctaaataaaaataacaaacattgtacccttgaaaccatttaagcggtgctcgaattaatgtc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30265918 agggtctagttgtacattaatgctttcgctgcagcaacctaaat-aaaataacaaacattgtacccttgaaaccatttaagcggtgctcgaattaatgtc 30265820  T
Q  419 caagtcgatcg 429  Q
    |||||||||||    
T  30265819 caagtcgatcg 30265809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Original strand, 30285972 - 30286379
Alignment:
Q  19 aaaaccgagtgatgaaaacttagtccccaaatagttcggaaactactaattatgacgggcttttatggaaattcttggagcacgcgagcatttggcccct 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  30285972 aaaaacgagtgatgaaaacttagtcctcaaatagttcggaaactacaaattatgacgggcttttatggaaattcgaggagcacgggagcatttggcccct 30286071  T
Q  119 attgagctgtttttctattaacttttattaaataagattatccaagtcaatttatgatgaaacaatttgtgattaaactttacttacctctcaatatagt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30286072 attgagctgtttttc-attaacttttattaaataagattatccaagtcaatttatgatgaaataatttgtggttaaactttacttacctctcaatatagt 30286170  T
Q  219 ctcggttaccttgaaaactggagggtnnnnnnnnnnntccaaaatgatttggttgataataatacaagacaagaaggggcctgattcagacaaatcatac 318  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30286171 ctc-gttaccttgaaaactggagggtaaaaaaaaaaatccaaaatgatttggttgataataatacaagacaagaaggggcctgattcagacaaatcatac 30286269  T
Q  319 agggtctagttgtacattaatgctttcactgcagcaacctaaataaaaataacaaacattgtacccttgaaaccatttaagcggtgctcgaattaatgtc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30286270 agggtctagttgtacattaatgctttcgctgcagcaacctaaat-aaaataacaaacattgtacccttgaaaccatttaagcggtgctcgaattaatgtc 30286368  T
Q  419 caagtcgatcg 429  Q
    |||||||||||    
T  30286369 caagtcgatcg 30286379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University