View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20554_high_8 (Length: 346)

Name: NF20554_high_8
Description: NF20554
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20554_high_8
NF20554_high_8
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (18-330)||(13861138-13861450)
chr6 (1-320)||(14086272-14086591)
chr6 (1-320)||(13942669-13942988)
chr6 (9-320)||(13471146-13471457)
chr6 (7-320)||(14016685-14016998)
chr6 (5-264)||(13873433-13873692)
chr6 (18-301)||(14112100-14112383)
chr6 (115-323)||(14026643-14026851)
chr6 (3-301)||(13891149-13891445)
chr6 (7-181)||(14048917-14049091)
chr6 (221-301)||(14048838-14048918)
chr6 (1-67)||(14026857-14026923)
chr6 (267-330)||(14086109-14086172)
chr6 (283-323)||(13942513-13942553)
chr6 (267-323)||(14016529-14016585)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 330
Target Start/End: Original strand, 13861138 - 13861450
Alignment:
Q  18 gatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaataattggctgcaaa 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| |  |||    
T  13861138 gatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgataaatttaatagttggttaaaaa 13861237  T
Q  118 tggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattctaaattcaacctttc 217  Q
    |||||||  || || ||||| | |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||    ||||| || || |||||| ||||    
T  13861238 tggttggtaagttaccaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaacttttc 13861337  T
Q  218 cacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattgttgagcttgac 317  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  | | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13861338 caattctctttctatccttgatctctctgtgaacaactttgtgtcatccatgatattcccgttgttgtcaaacataagttccaatcttgttgagcttgac 13861437  T
Q  318 ctttcttttaacc 330  Q
    |||||||| ||||    
T  13861438 ctttctttcaacc 13861450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 14086591 - 14086272
Alignment:
Q  1 tgacaattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||  ||||| |||||||||| |||    
T  14086591 tgacaattgacaacaaggatcacagtggaggtcagtggttgtctaatctaacttctttaacccatcttcgcctgatgtgaatatctaatcttgataaatt 14086492  T
Q  101 taataattggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcat 200  Q
    ||||| |||| | |||||||||||  || |||||||| | |||||||| ||||||  |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||  |||||     
T  14086491 taatagttggtttcaaatggttggtaagttaacaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttcttatcatttcatccattccctgagtcaa 14086392  T
Q  201 tctaaattcaacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttcca 300  Q
    || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14086391 tccaagttcaacttttccacttctctttctatcctcgatctctcttggaacagctttgcttcatctttgatattccagtgggtgtcaaacataagttcca 14086292  T
Q  301 acattgttgagcttgacctt 320  Q
    |  |||||  ||||||||||    
T  14086291 atcttgttttgcttgacctt 14086272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13942988 - 13942669
Alignment:
Q  1 tgacaattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatt 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||| ||| ||     
T  13942988 tgactattgacaacgaagatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatcttaataaatc 13942889  T
Q  101 taataattggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcat 200  Q
    ||||| |||| || ||||||||||  || || ||||  | |||||||| ||||||  | |||||| |||||||||||||||||||| |||    |||||     
T  13942888 taatagttggttgaaaatggttggtaagttaccaaatctaagagaactaagtttaagatattgtgacctttctgatcattttatccattcattgagtcaa 13942789  T
Q  201 tctaaattcaacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttcca 300  Q
    || || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13942788 tccaagttcaacttttcaacttctctttctatccttgatctctcttggaacaactttgcatcatccttgatattccaatgggtgtcaaacataagttcta 13942689  T
Q  301 acattgttgagcttgacctt 320  Q
    |  |||||||||||||||||    
T  13942688 atcttgttgagcttgacctt 13942669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 320
Target Start/End: Original strand, 13471146 - 13471457
Alignment:
Q  9 gacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaataatt 108  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  13471146 gacaacgaagatcacagtagaggtcagtggctgtctaattttacctctttaacccatcttcacatgtcgtcgatatcaaatctttatagatttaatagtt 13471245  T
Q  109 ggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattctaaatt 208  Q
    || || |||  |||||  ||||| ||||| ||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||| || || ||    
T  13471246 ggttggaaacagttggtaagctaccaaaactgatagaactaagtttaagaaattgtggcctttctgatcattttgtccattccttgagtcaatccaagtt 13471345  T
Q  209 caacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattgtt 308  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||| ||   |||||||||||||||||||||  |||||    
T  13471346 caaattttccacttctctttctatccttgatctctctcggaacaaatttgtgtcatcattgatatttcatatggtgtcaaacataagttccaatcttgtt 13471445  T
Q  309 gagcttgacctt 320  Q
    ||||||||||||    
T  13471446 gagcttgacctt 13471457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 14016998 - 14016685
Alignment:
Q  7 ttgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaataa 106  Q
    |||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||| ||| || |||||     
T  14016998 ttgacaacgacgaacccagtggaggtcagtggttgtctaatcttaattctttaacccatcttcacatgtcgtcgatatctaatcttaataaatctaatag 14016899  T
Q  107 ttggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattctaaa 206  Q
    |||| |||||||||||||  || || ||||| |||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||| || ||     
T  14016898 ttggttgcaaatggttggtaagttaccaaaactgagagaactaagtttaagagattgtggcctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaag 14016799  T
Q  207 ttcaacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattg 306  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||| | ||  |||    
T  14016798 ttcaacttttccacttctctttctatccttgatctctccgataacaactttgcatcatccttgatattccattgggtgtcaaacataagtgctaatcttg 14016699  T
Q  307 ttgagcttgacctt 320  Q
    ||||||||||||||    
T  14016698 ttgagcttgacctt 14016685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 264
Target Start/End: Original strand, 13873433 - 13873692
Alignment:
Q  5 aattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |  || |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13873433 aattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgttgaatctaacttctttaacccatcttcagatgttgtcaatatctaatcttgatagatttaat 13873532  T
Q  105 aattggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattcta 204  Q
    | |||| ||||| |||||||  ||||| ||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||  |||||  | |||| || ||    
T  13873533 agttggttgcaattggttggtaagctaccaaaactgaaagaactaagtttagaaagttgtggtctttctgatcatattactctttcatcgagtcctt-ta 13873631  T
Q  205 aat-tcaacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcat 264  Q
    ||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13873632 aatcttaacttttccagttctctctctatccttgacctctctcggaacaactttgtgtcat 13873692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 14112383 - 14112100
Alignment:
Q  18 gatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaataattggctgcaaa 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| | ||||    
T  14112383 gatcacagtggaggtcagtggttgtctaatctaacctctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgataaatttaatagttggtttcaaa 14112284  T
Q  118 tggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattctaaattcaacctttc 217  Q
    |||||||  || || ||||| | |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||    ||||| || || |||||| ||||    
T  14112283 tggttggtaagttaccaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaacttttc 14112184  T
Q  218 cacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaa 301  Q
    || ||||||||| ||||||||||| |||  |||| |||||  ||||||  |||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  14112183 caattctctttcaatccttgatctttctttgaactactttacgtcatctttgatatttgagtgggtgtcaaacataagttccaa 14112100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 115 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14026851 - 14026643
Alignment:
Q  115 aaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcattctaaattcaacct 214  Q
    ||||||||||  || || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||| || || |||||| |    
T  14026851 aaatggttggtaagttaccaaaactgagagaactaagtttacaaaattgtggcctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaactt 14026752  T
Q  215 ttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattgttgagctt 314  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||  |||||    
T  14026751 ttccacttccctttctatccttgatctatctgataaccactttgcatcatccttgatattccattgggtgtcaaacataagttccaatcttgtaaagctt 14026652  T
Q  315 gacctttct 323  Q
    |||||||||    
T  14026651 gacctttct 14026643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 301
Target Start/End: Original strand, 13891149 - 13891445
Alignment:
Q  3 acaattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagattta 102  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||| | |||||||| ||  |    
T  13891149 acaattgacaacggagatcacaacggaggtc--tggttatctaatcttacttctttaacccatcttcacatgttgtcaatatctagtcttgataaatcca 13891246  T
Q  103 ataattggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaact-gagtttagaaaattgtggcctttctgatcattttatcctttccccaagtcatt 201  Q
    ||| |||| |||||||||||||  |||||  |||| |||||||||| ||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||    ||| | |    
T  13891247 atagttggttgcaaatggttggtaagctactaaaactgagagaactagag-ttaataagttgtggcctttctgatcattttatccattctttgagtaaat 13891345  T
Q  202 ctaaattcaacctttccacttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaa 301  Q
    | || |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  13891346 cgaagttcaatttttccacatctctttctatccttgatctctcttcgaacaacttcgcatcatctttgatattccagtgggtgtcaaacattagtcccaa 13891445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 14049091 - 14048917
Alignment:
Q  7 ttgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatctttacctgctgtcgatatcaaatcttgatagatttaataa 106  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||  |||||||||||||||||||     
T  14049091 ttgacaacagggatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtcgtcaatattgaatcttgatagatttaatag 14048992  T
Q  107 ttggctgcaaatggttggcgagctaacaaaattgagagaactgagtttagaaaattgtggcctttctgatcattt 181  Q
    || | || ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| | ||||  | |||||| |||||||||||||||    
T  14048991 tttgttggaaatggttggtaagctaccaaaattgggagaactaaatttaacagattgtgacctttctgatcattt 14048917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 221 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 14048918 - 14048838
Alignment:
Q  221 ttctctttctatccttgatctctctgggaacaactttgtgtcatcgatgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  14048918 ttctctttctatccttgatctctcttggaacaactttgcgtcatcctcgatattccattgggtgtcaaacattagtcccaa 14048838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 14026923 - 14026857
Alignment:
Q  1 tgacaattgacaacgaggatcacagtggaggtaagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 67  Q
    |||| |||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026923 tgactattgacaacagggatcacaacggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 14026857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 14086172 - 14086109
Alignment:
Q  267 atgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattgttgagcttgacctttcttttaacc 330  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||| |||||||    
T  14086172 atgatattccaattggtgtcaaacataagttccaatcttgttaagcttgacatttcatttaacc 14086109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13942553 - 13942513
Alignment:
Q  283 tgtcaaacataagttccaacattgttgagcttgacctttct 323  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13942553 tgtcaaacataagttccaatcttgttgagcttgacctttct 13942513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14016585 - 14016529
Alignment:
Q  267 atgatattccaatgggtgtcaaacataagttccaacattgttgagcttgacctttct 323  Q
    |||||||| || |||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||    
T  14016585 atgatatttcagtgggtgtcaaacatgagttccaatcttattgagcttgacctttct 14016529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University