View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20555_low_7 (Length: 484)

Name: NF20555_low_7
Description: NF20555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20555_low_7
NF20555_low_7
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (116-465)||(28838356-28838705)
chr3 (140-444)||(9450548-9450852)
chr3 (136-394)||(17724447-17724705)
chr3 (136-394)||(19025676-19025934)
chr3 (129-415)||(28830404-28830690)
chr3 (129-304)||(26640704-26640879)
chr3 (144-302)||(20798757-20798914)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (112-465)||(1466600-1466953)
chr1 (130-318)||(35923210-35923398)
chr1 (141-303)||(5050499-5050661)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (143-318)||(19242376-19242551)
chr5 (143-302)||(9211371-9211530)
chr5 (141-323)||(38783791-38783973)
chr5 (134-298)||(12560131-12560296)
chr5 (129-302)||(9369955-9370128)
chr5 (141-302)||(35181989-35182150)
chr5 (170-294)||(12556892-12557016)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (141-299)||(19538753-19538911)
chr7 (140-302)||(19545403-19545565)
chr7 (146-302)||(47228519-47228675)
chr7 (177-302)||(47465706-47465831)
chr7 (173-302)||(19549755-19549885)
chr7 (173-286)||(19554968-19555081)
chr7 (222-279)||(19551972-19552029)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (144-302)||(9939644-9939802)
chr8 (143-300)||(9937274-9937431)
chr8 (142-300)||(9945694-9945855)
chr8 (161-275)||(3427899-3428013)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (143-302)||(44089673-44089832)
chr4 (144-189)||(38052155-38052200)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (143-230)||(7959615-7959702)
chr2 (234-298)||(43924042-43924105)
chr2 (172-212)||(43923991-43924031)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 116 - 465
Target Start/End: Original strand, 28838356 - 28838705
Alignment:
Q  116 ttcaaaagacttcaactaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagga 215  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28838356 ttcaaaagacttgaactaaaattggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaa 28838455  T
Q  216 aggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28838456 aggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatataatacaatgccat 28838555  T
Q  316 accctttctttatatatcccactttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatttgcacacactactgttgtttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28838556 accctttctttatatatcccactttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatttgcacacactactgttgtttg 28838655  T
Q  416 tgctttcaatattctttctaaacaattgggtatccatttggaatggctac 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28838656 tgctttcaatattctttctaaacaattgggtatccatttggaatggctac 28838705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 140 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 9450852 - 9450548
Alignment:
Q  140 gagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgg 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9450852 gagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccaaagtgcaatgg 9450753  T
Q  240 aggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttctttatatatcccactt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9450752 aggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatagcctttctttatatatcccactt 9450653  T
Q  340 tcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatttgcacacactactgttgtttgtgctttcaatattctttctaaaca 439  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9450652 tccacacctctgtgtctgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatgcatttgcacacactacttttgtttgtgctttcaatattctttctaaaca 9450553  T
Q  440 attgg 444  Q
    |||||    
T  9450552 attgg 9450548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 136 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 17724705 - 17724447
Alignment:
Q  136 attagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgca 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17724705 attagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgca 17724606  T
Q  236 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttctttatatatccc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  17724605 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccataccctttctttatatatcac 17724506  T
Q  336 actttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatt 394  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17724505 actttcctcaccgctgtgtttgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatt 17724447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 136 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 19025934 - 19025676
Alignment:
Q  136 attagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgca 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19025934 attagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgca 19025835  T
Q  236 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttctttatatatccc 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  19025834 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccataccctttctttatatatcac 19025735  T
Q  336 actttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatt 394  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19025734 actttcctcaccgctgtgtttgatattgtcgatgtgggacatattgtttcacatacatt 19025676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 129 - 415
Target Start/End: Original strand, 28830404 - 28830690
Alignment:
Q  129 aactaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcct 228  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  28830404 aactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacaacaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaagcacccctcct 28830503  T
Q  229 aagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttctttat 328  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  28830504 aagtgcaatggaggtcacctttctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatataatccaatgccataccctttcttttt 28830603  T
Q  329 atatcccactttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatttgcacacactactgttgtttg 415  Q
    ||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  28830604 atatcccactttcctcactgctctatctgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatgcatttgcacacactactgttatttg 28830690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 129 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 26640879 - 26640704
Alignment:
Q  129 aactaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcct 228  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  26640879 aactagaaatagaaggggccgcgcgaacgcaggcccccactgcaacaaattatgatgtaggttccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcct 26640780  T
Q  229 aagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaa 304  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26640779 aagtgcaatggaggtcacttgtctaggccatgggccttcttgatcacccatcgaccccatccaggtaagtaagtaa 26640704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 144 - 302
Target Start/End: Original strand, 20798757 - 20798914
Alignment:
Q  144 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggt 243  Q
    |||| ||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||    
T  20798757 gggctgcgcgaacgcaagccccg-ctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctttcctaagtgcaatggaggt 20798855  T
Q  244 caccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    ||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20798856 cacttgcctaggccatgaacattcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 20798914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 112 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 1466953 - 1466600
Alignment:
Q  112 caacttcaaaagacttcaactaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctt 211  Q
    ||||||||||| | || |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1466953 caacttcaaaatatttaaactaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctt 1466854  T
Q  212 aggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatg 311  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1466853 agaaaggcacccctcctaagtgcaatggaagtcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatttaatccaatg 1466754  T
Q  312 ccataccctttctttatatatcccactttcctcaccattgtgtctgatattgtcgatgtgggacatattgtatcacatacatttgcacacactactgttg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||| |||    
T  1466753 ccataccctttctttatatatcccactttcctcaccgctctgtttgatattgtcgatgtgggacttattgtttcacatacatttgcacaagctactattg 1466654  T
Q  412 tttgtgctttcaatattctttctaaacaattgggtatccatttggaatggctac 465  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  1466653 tttgtgctttctatattctttctaaacaattggatatccatttgtaatggctac 1466600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 35923398 - 35923210
Alignment:
Q  130 actaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccta 229  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  35923398 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaagcacccctccta 35923299  T
Q  230 agtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 318  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  35923298 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtaagtaattcaatgccatacc 35923210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 141 - 303
Target Start/End: Original strand, 5050499 - 5050661
Alignment:
Q  141 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgga 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | ||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  5050499 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggcgagcacccctcctaagtgcaatgga 5050598  T
Q  241 ggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgta 303  Q
    |||||||  |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5050599 ggtcaccaacctaggccatggacctttttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgta 5050661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 143 - 318
Target Start/End: Original strand, 19242376 - 19242551
Alignment:
Q  143 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggagg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  19242376 ggggccgcgcgaacgcaggcccccgctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatggagg 19242475  T
Q  243 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 318  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19242476 tcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaattcaatgtcatacc 19242551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 143 - 302
Target Start/End: Original strand, 9211371 - 9211530
Alignment:
Q  143 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggagg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| || | |||||||||| |||    
T  9211371 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctcttcaaagtgcaatgaagg 9211470  T
Q  243 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9211471 tcacttgcctaggccatgggccttcctgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9211530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 141 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 38783973 - 38783791
Alignment:
Q  141 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgga 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38783973 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttaagtaggcacccctcctaagtgcaatgga 38783874  T
Q  241 ggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccctttc 323  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  38783873 ggtcaccaacctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgttgtccaatgtcatacactttc 38783791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 134 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 12560296 - 12560131
Alignment:
Q  134 aaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggg-tagaccttaggaaggcacccctcctaagt 232  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| ||||    
T  12560296 aaattggaaggggctgcgcgaacgcaaacccccacggcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggggtagaccttaggctagcacccctccaaagt 12560197  T
Q  233 gcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 298  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560196 gcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 12560131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 129 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9370128 - 9369955
Alignment:
Q  129 aactaaaattagagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcct 228  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |     
T  9370128 aactaaaattgggaggggccgcgcgaacgcaagccccaaccacaacatattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccccttca 9370029  T
Q  229 aagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9370028 aagtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggcctttttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9369955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 141 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35182150 - 35181989
Alignment:
Q  141 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgga 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | |||||||    |||||||||| ||||||||||||    
T  35182150 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagactagcacccctccaaagtgcaatgga 35182051  T
Q  241 ggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    |||||||   ||||||||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35182050 ggtcaccaatctaggccatgaaccttaatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 35181989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 170 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 12557016 - 12556892
Alignment:
Q  170 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttctt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||   || ||||| ||| ||||||||    
T  12557016 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttaggccagcacccctccaaagtgcaatggaggtcattgtcttaggctatgagccttctt 12556917  T
Q  270 gatcacccattgaccccatccaggt 294  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  12556916 gatcacctattgaccccatccaggt 12556892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 141 - 299
Target Start/End: Original strand, 19538753 - 19538911
Alignment:
Q  141 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgga 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19538753 agggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttaggtagaccttaggatagcacccctccaaagtgcaatgga 19538852  T
Q  241 ggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagta 299  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19538853 ggtcactttcctaggccatgggccttcgtgatcacccattgaccccatccaggtaagta 19538911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 140 - 302
Target Start/End: Original strand, 19545403 - 19545565
Alignment:
Q  140 gagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatgg 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||    
T  19545403 gagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaagagcacccctccaaagtgcaatgg 19545502  T
Q  240 aggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19545503 aggtcacttttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 19545565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 146 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 47228675 - 47228519
Alignment:
Q  146 gccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtca 245  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  47228675 gccgcgcgaacgcagaccccctcagcaacaaattataatgtaggctccaccacttggatagaccttagaaaaacacccctcctaagtgcaatggaggtca 47228576  T
Q  246 ccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47228575 cctttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 47228519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 177 - 302
Target Start/End: Original strand, 47465706 - 47465831
Alignment:
Q  177 attatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacc 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  47465706 attatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttagaaaagcacccctcccaagtgcaatggaggccacctttctaggccatgggccttcatgatcacc 47465805  T
Q  277 cattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465806 cattgaccccatccaggtaagtatgt 47465831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 302
Target Start/End: Original strand, 19549755 - 19549885
Alignment:
Q  173 acaaattatgatgtagg-ctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttga 271  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||||  | ||| ||||||||||||||||||| |||||    ||||| |||||||||| ||||    
T  19549755 acaaattatgacgtaggtctccaccacttgggtgagccttagacaagcaaccctcctaagtgcaatggaagtcactcgtctaggtcatgggccttattga 19549854  T
Q  272 tcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19549855 tcacccattgaccccgtccaggtatgtatgt 19549885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 286
Target Start/End: Original strand, 19554968 - 19555081
Alignment:
Q  173 acaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgat 272  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||    ||| |||||||||||||||||||||| ||    ||||| ||||| |||| |||||    
T  19554968 acaaattatgacgtaggcaccaccacttgggtgggccttagaccagcaaccctcctaagtgcaatggaggttactcgtctaggtcatggacctttttgat 19555067  T
Q  273 cacccattgacccc 286  Q
    || |||||||||||    
T  19555068 catccattgacccc 19555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 279
Target Start/End: Original strand, 19551972 - 19552029
Alignment:
Q  222 ccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccat 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19551972 ccctcctaagtgcaatggaggtcactcgtctaggtcatgggccttcttgatcacccat 19552029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 144 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9939802 - 9939644
Alignment:
Q  144 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  9939802 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggtaggcacccctccaaagtgcaatggaggt 9939703  T
Q  244 caccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    ||||  |||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9939702 caccaacctaggccatagaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 9939644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 143 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 9937431 - 9937274
Alignment:
Q  143 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggagg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| | | |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  9937431 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaactatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccgaagtgcaatggagg 9937332  T
Q  243 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 300  Q
    |||||  |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9937331 tcaccaacctaggccatggaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtat 9937274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 142 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 9945855 - 9945694
Alignment:
Q  142 gggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctcca---ccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatg 238  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    | ||||| | | |||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  9945855 gggggccacgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattataatgtaggctgctgttctacttgagaacaccttaggcagacacccctccaaagtgcaatg 9945756  T
Q  239 gaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 300  Q
    |||||||||  |||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9945755 gaggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcgtccattgaccccatccaggtaagtat 9945694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 275
Target Start/End: Original strand, 3427899 - 3428013
Alignment:
Q  161 gcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcaccttcctaggccatg 260  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| |   |||||||||| | ||||||||||||||||   ||||| | |||    
T  3427899 gcccctactgcaacaaattacgatgtaaactccaccacttgggcagaccttaagctagcacccctccaaggtgcaatggaggtcacacgcctagacgatg 3427998  T
Q  261 ggccttcttgatcac 275  Q
    |||||||||||||||    
T  3427999 ggccttcttgatcac 3428013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 143 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 44089832 - 44089673
Alignment:
Q  143 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaagtgcaatggagg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | ||||| | | |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  44089832 ggggccgcgcgaacgcaggccccctcagcaacaaattatgatgtagactgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccaaagtgcaatggagg 44089733  T
Q  243 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 302  Q
    |||||  ||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  44089732 tcaccaacctaggccatgagccttcatgatcactcatagaccccatccaggtaagtatgt 44089673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 38052200 - 38052155
Alignment:
Q  144 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtagg 189  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  38052200 gggccgcgcgcacgcaggcctccacaacaacaaattataatgtagg 38052155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 143 - 230
Target Start/End: Original strand, 7959615 - 7959702
Alignment:
Q  143 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctaa 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  7959615 ggggccgcgcgaacgcagacccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccatttggatagaccttaaaaaggcacccctcctaa 7959702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 234 - 298
Target Start/End: Original strand, 43924042 - 43924105
Alignment:
Q  234 caatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 298  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  43924042 caatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatca-ccattgaccccattcaggtaagt 43924105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 212
Target Start/End: Original strand, 43923991 - 43924031
Alignment:
Q  172 aacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43923991 aacaaattataatgtaggctccaccacttgagtagacctta 43924031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University