View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20556_high_36 (Length: 211)

Name: NF20556_high_36
Description: NF20556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20556_high_36
NF20556_high_36
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (1-211)||(15838429-15838638)
chr8 (1-211)||(3648607-3648817)
chr8 (1-211)||(39914658-39914868)
chr8 (2-207)||(23402253-23402454)
chr8 (1-211)||(2729013-2729219)
chr8 (1-207)||(4404152-4404354)
chr8 (1-207)||(34136646-34136848)
chr8 (2-211)||(36408696-36408890)
chr8 (1-207)||(16787846-16788048)
chr8 (23-207)||(9877386-9877566)
chr8 (1-211)||(42231081-42231287)
chr8 (1-139)||(29728271-29728409)
chr8 (39-211)||(3435447-3435615)
chr8 (1-133)||(40470366-40470498)
chr8 (123-208)||(29728173-29728255)
chr8 (101-206)||(378683-378781)
chr8 (39-143)||(32540332-32540436)
chr8 (39-87)||(9174949-9174997)
chr8 (39-129)||(15317526-15317616)
chr8 (39-129)||(15497895-15497985)
chr8 (44-143)||(34675051-34675153)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-207)||(8394269-8394475)
chr7 (1-208)||(5555631-5555838)
chr7 (1-211)||(36630960-36631170)
chr7 (1-208)||(3113913-3114119)
chr7 (1-211)||(14776920-14777130)
chr7 (1-207)||(26624890-26625092)
chr7 (1-207)||(43184289-43184491)
chr7 (1-207)||(36658325-36658527)
chr7 (1-211)||(33685708-33685913)
chr7 (1-207)||(40919824-40920026)
chr7 (1-207)||(37001966-37002167)
chr7 (1-207)||(34388877-34389079)
chr7 (1-207)||(7002869-7003071)
chr7 (1-207)||(7048740-7048942)
chr7 (1-207)||(8867552-8867754)
chr7 (1-211)||(10868273-10868479)
chr7 (1-180)||(38638083-38638259)
chr7 (1-68)||(35090312-35090379)
chr7 (39-84)||(8725489-8725534)
chr7 (39-115)||(13072042-13072118)
[»] chr4 (36 HSPs)
chr4 (1-211)||(36382159-36382369)
chr4 (1-207)||(6235664-6235870)
chr4 (1-211)||(40529159-40529369)
chr4 (1-203)||(29319526-29319728)
chr4 (1-211)||(17511046-17511256)
chr4 (1-211)||(25930852-25931062)
chr4 (1-211)||(20129454-20129664)
chr4 (2-211)||(34407097-34407306)
chr4 (2-211)||(43356049-43356258)
chr4 (2-211)||(26439092-26439301)
chr4 (23-211)||(10352701-10352885)
chr4 (1-211)||(47500917-47501127)
chr4 (1-211)||(29995801-29996006)
chr4 (1-211)||(13012332-13012542)
chr4 (1-211)||(48989472-48989678)
chr4 (2-211)||(1817862-1818067)
chr4 (1-207)||(6690056-6690258)
chr4 (1-207)||(30216563-30216765)
chr4 (1-207)||(35546097-35546299)
chr4 (1-207)||(3292717-3292919)
chr4 (1-207)||(43143405-43143607)
chr4 (1-190)||(30077469-30077654)
chr4 (1-205)||(48130122-48130322)
chr4 (1-211)||(26448196-26448402)
chr4 (1-206)||(30110119-30110320)
chr4 (23-206)||(42333598-42333777)
chr4 (1-204)||(50204901-50205100)
chr4 (1-207)||(44156795-44156995)
chr4 (72-207)||(13395040-13395171)
chr4 (72-207)||(33136268-33136399)
chr4 (1-90)||(28877184-28877273)
chr4 (60-124)||(45766100-45766164)
chr4 (39-124)||(18990711-18990799)
chr4 (1-69)||(13392836-13392904)
chr4 (1-69)||(13395975-13396043)
chr4 (154-206)||(29134439-29134491)
[»] chr5 (25 HSPs)
chr5 (1-211)||(1776189-1776399)
chr5 (1-208)||(10034071-10034278)
chr5 (1-211)||(16155141-16155351)
chr5 (1-211)||(13818121-13818331)
chr5 (1-211)||(36293434-36293644)
chr5 (1-211)||(39434840-39435050)
chr5 (1-208)||(16333692-16333899)
chr5 (1-208)||(39657322-39657529)
chr5 (1-211)||(26283131-26283341)
chr5 (2-211)||(36291516-36291722)
chr5 (1-211)||(43069021-43069228)
chr5 (1-207)||(33430465-33430667)
chr5 (1-207)||(12278681-12278883)
chr5 (1-207)||(31680511-31680713)
chr5 (1-207)||(37254785-37254987)
chr5 (4-207)||(28801453-28801652)
chr5 (22-207)||(31501539-31501720)
chr5 (1-143)||(17332432-17332574)
chr5 (1-143)||(38269276-38269419)
chr5 (39-143)||(23236734-23236838)
chr5 (2-109)||(192106-192213)
chr5 (2-78)||(19986084-19986160)
chr5 (39-89)||(31271070-31271120)
chr5 (158-207)||(22761051-22761100)
chr5 (39-143)||(23033064-23033168)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-211)||(40081554-40081764)
chr3 (1-211)||(34083933-34084145)
chr3 (1-211)||(19390290-19390500)
chr3 (1-211)||(22968257-22968467)
chr3 (1-211)||(6269239-6269449)
chr3 (2-211)||(39771935-39772144)
chr3 (1-211)||(45336018-45336224)
chr3 (23-211)||(19565318-19565502)
chr3 (1-211)||(5135432-5135638)
chr3 (1-207)||(6930715-6930917)
chr3 (1-207)||(33041097-33041299)
chr3 (1-207)||(45183125-45183327)
chr3 (1-210)||(35514406-35514611)
chr3 (5-204)||(27935326-27935521)
chr3 (1-207)||(11018031-11018235)
chr3 (1-207)||(6503390-6503592)
chr3 (2-111)||(22922240-22922349)
chr3 (39-129)||(8257012-8257102)
chr3 (71-143)||(29565029-29565101)
chr3 (39-85)||(38282592-38282638)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-208)||(34948574-34948781)
chr6 (1-205)||(13837965-13838169)
chr6 (1-211)||(29743427-29743633)
chr6 (1-211)||(398761-398971)
chr6 (1-211)||(33229153-33229359)
chr6 (1-187)||(18339250-18339432)
chr6 (1-207)||(28996874-28997076)
chr6 (39-124)||(23217213-23217299)
chr6 (39-115)||(23217864-23217940)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (1-208)||(32126957-32127164)
chr2 (1-208)||(35962859-35963066)
chr2 (1-211)||(17444854-17445064)
chr2 (1-211)||(31581434-31581645)
chr2 (1-211)||(41251447-41251657)
chr2 (1-211)||(6403617-6403827)
chr2 (38-208)||(2957961-2958131)
chr2 (1-205)||(18981760-18981962)
chr2 (1-207)||(12756658-12756860)
chr2 (1-207)||(45418727-45418929)
chr2 (1-211)||(771143-771349)
chr2 (1-207)||(8059154-8059356)
chr2 (1-211)||(44084420-44084626)
chr2 (2-211)||(4555009-4555214)
chr2 (65-208)||(42442193-42442336)
chr2 (1-211)||(26238087-26238293)
chr2 (2-207)||(8147497-8147698)
chr2 (8-204)||(7072355-7072547)
chr2 (1-205)||(26162525-26162725)
chr2 (3-211)||(45121381-45121585)
chr2 (1-94)||(2286006-2286099)
chr2 (1-85)||(16405744-16405828)
chr2 (161-211)||(2286096-2286146)
chr2 (1-65)||(42440130-42440194)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-208)||(7433589-7433796)
chr1 (6-211)||(42310754-42310959)
chr1 (1-211)||(32981869-32982079)
chr1 (1-207)||(35907696-35907898)
chr1 (1-211)||(41972074-41972279)
chr1 (1-211)||(3829127-3829333)
chr1 (1-211)||(33489850-33490056)
chr1 (1-204)||(17445457-17445655)
chr1 (1-133)||(26144399-26144531)
chr1 (2-128)||(321273-321399)
chr1 (41-106)||(9901903-9901968)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-211)||(480270-480480)
[»] scaffold2142 (1 HSPs)
scaffold2142 (1-211)||(666-876)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (1-207)||(53069-53271)
[»] scaffold0154 (1 HSPs)
scaffold0154 (1-210)||(31624-31829)
[»] scaffold0502 (1 HSPs)
scaffold0502 (1-143)||(5374-5516)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (39-124)||(17494-17579)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 15838429 - 15838638
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15838429 gcacactattgacgggttcatatatcttattttaacgggttaattgtttaaatttatcctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 15838528  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15838529 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttga-caccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 15838627  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  15838628 tttttcactat 15838638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 3648817 - 3648607
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||     
T  3648817 gcacactattgacgggttcatctctattattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaagtgacccaataaaatac 3648718  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  3648717 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccatcctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacgggttgaat 3648618  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  3648617 tttttcactat 3648607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 39914658 - 39914868
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  39914658 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgagttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 39914757  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  39914758 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgatcaccctataatatacgcgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 39914857  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  39914858 tttttcactat 39914868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 23402253 - 23402454
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||| |    
T  23402253 cacactattgactggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaataca 23402352  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  23402353 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaatt 23402448  T
Q  202 ttttca 207  Q
    ||||||    
T  23402449 ttttca 23402454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2729219 - 2729013
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  2729219 gcacactattgatggattcatctctcttattttaacgagttaattgctcatattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 2729120  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2729119 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctggtctaaaaatgagacctacaggttgaat 2729024  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  2729023 tttttcactat 2729013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 4404152 - 4404354
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  4404152 gcacacaattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 4404251  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4404252 aaaacatatattctagcattgtgacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 4404347  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  4404348 tttttca 4404354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 34136848 - 34136646
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || | |||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  34136848 gcacacaattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactccgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 34136749  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  34136748 aaaacatatattctagcattgtagcttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 34136653  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  34136652 tttttca 34136646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 36408696 - 36408890
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||| ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36408696 cacactattgccggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgacccaataaaatata 36408795  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    |||||||           ||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36408796 aaacata-----------tgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaatt 36408880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16788048 - 16787846
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||  |||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  16788048 gcacactattgacgggttcatctctcttatttgaacgggttaattgtttaaattgactctgtcatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 16787949  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  16787948 aaaacatatattatagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 16787853  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  16787852 tttttca 16787846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 207
Target Start/End: Original strand, 9877386 - 9877566
Alignment:
Q  23 tctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgt 122  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  9877386 tctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgacccttaaaaatacaaagcatatattatagcattgt 9877485  T
Q  123 aacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttca 207  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  9877486 aacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaacgtgacctacatgttgaattttttca 9877566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 42231081 - 42231287
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||| || || ||| ||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |  |||||||     
T  42231081 gcacactattgacggattcatctcttttattttaacggattaattgttcaaattgaccatgtaatatacattatgtctgaaaaatgacactgtaaaatac 42231180  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||| | ||||| |    
T  42231181 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctggtataaaaatgtgacctacaagttgact 42231276  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  42231277 tttttcactat 42231287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 29728409 - 29728271
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  29728409 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgctcaaattgaccatgtaatatactttatgtttgaaaaatgacctaataaaatac 29728310  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttctt 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29728309 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttctt 29728271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 211
Target Start/End: Original strand, 3435447 - 3435615
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttct 138  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435447 gttaatttttcaaattgaccctataatatacattatgtttgaaaaatgaccatgtaaaatacaaaacacatattctagcattgtaacttgaatttcttct 3435546  T
Q  139 tatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcactat 211  Q
    |||||    | || |||| |||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3435547 tattt----tggagcaccctataatatacgcatagtctaaaaatgtgaccaacaggttgaattttttcactat 3435615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 40470498 - 40470366
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |  |||||||     
T  40470498 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggataattgttcaaattgaccttgtaatatacattatgtctgaaaaatgacgctgtaaaatac 40470399  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaattt 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40470398 aaaacatatattatagcattgtaacttgaattt 40470366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 123 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29728255 - 29728173
Alignment:
Q  123 aacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcac 208  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29728255 aacttgaatttcttctt---taattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaattttttcac 29728173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 206
Target Start/End: Original strand, 378683 - 378781
Alignment:
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||    ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||    
T  378683 aaaacatatattctagcattgtaattcgagtttcttcttattt----ttgaccc---tataatatacgcgtagtataaaaatgtgacatagaggttgaat 378775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 32540436 - 32540332
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttct 138  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||  || ||||    
T  32540436 gttaattgtacaaattgaccctctaatatacacattgtttgaaaaatgatcctgtaaaataaaaaacatatattttagccttgtaatttgatattattct 32540337  T
Q  139 tattt 143  Q
    |||||    
T  32540336 tattt 32540332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 87
Target Start/End: Original strand, 9174949 - 9174997
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatga 87  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  9174949 gttaattgttcaaatttatcttgtaatatacattatgtttgaaaaatga 9174997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 15317616 - 15317526
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttga 129  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| | | || |||||||| |||   ||||| |||||| |||||||||| | |||||| ||||    
T  15317616 gttaattgttcaaattgaccatgtaatatacgcaaagtctgaaaaataaccttttaaaaaataaaatatatattctaaccttgtaatttga 15317526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 15497985 - 15497895
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttga 129  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| | | || |||||||| |||   ||||| |||||| |||||||||| | |||||| ||||    
T  15497985 gttaattgttcaaattgaccatgtaatatacgcaaagtctgaaaaataaccttttaaaaaataaaatatatattctaaccttgtaatttga 15497895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 34675153 - 34675051
Alignment:
Q  44 ttgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaat---ataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttctta 140  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| | |||| |||||||| | || |||||||   |||||| |||||||||| |  ||||| ||||  |||||||||    
T  34675153 ttgttcaaattgaccctctaatatacgcgatgtctgaaaaataaacctataaaataaaataaaatatatattctaactctgtaatttgatattcttctta 34675054  T
Q  141 ttt 143  Q
    |||    
T  34675053 ttt 34675051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 8394269 - 8394475
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394269 gcacactattgacgggtttatctctcttattttaacgggttaattgttcaaatttactctgtaaaatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 8394368  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8394369 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatatgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 8394468  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  8394469 tttttca 8394475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 5555631 - 5555838
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  5555631 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 5555730  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  5555731 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttacaggttgaat 5555830  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  5555831 tttttcac 5555838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 36630960 - 36631170
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36630960 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaatttaccctgtaatatactttatatttgaaaaatgacccaataaaatat 36631059  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  36631060 aaaacatatattccagcattctaacttgaatttcttcttatttaattttgaccatcctataaaatacgtgtagtctagaaatgtgacctacaggttgaat 36631159  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  36631160 tttttcactat 36631170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3114119 - 3113913
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||     
T  3114119 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaa-taacctaataaaatac 3114021  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3114020 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttacaggttgaat 3113921  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  3113920 tttttcac 3113913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 14777130 - 14776920
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || ||  |||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  14777130 gcacactattgacagtttcatcgctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 14777031  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  14777030 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttggccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 14776931  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  14776930 tttttcactat 14776920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 26624890 - 26625092
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  26624890 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 26624989  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26624990 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctatatgttgaat 26625085  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  26625086 tttttca 26625092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 43184491 - 43184289
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  43184491 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 43184392  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  43184391 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 43184296  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  43184295 tttttca 43184289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 36658325 - 36658527
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  36658325 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 36658424  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  36658425 aaaacatatattctagcattataacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgatctacatgttgaat 36658520  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  36658521 tttttca 36658527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 33685708 - 33685913
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  33685708 gcacactattgacgggtttatctcttttattttaacggattaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 33685807  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||    
T  33685808 aaaacatatattctagcattgcaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctggtctaaaaatgtgacctacaggttg-at 33685902  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  33685903 tttttcactat 33685913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 40920026 - 40919824
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||||||   ||||||     
T  40920026 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgactctgtaatatatcttatgtttgaaaaatgacccttaaaaatac 40919927  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  40919926 aaaacatatattctagcattataacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 40919831  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  40919830 tttttca 40919824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 37002167 - 37001966
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| | ||||||||||| |   ||||||     
T  37002167 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatctctgaaaaatgacacttaaaaatac 37002068  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  37002067 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt----ttgac-accctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 37001973  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  37001972 tttttca 37001966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 34389079 - 34388877
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| ||| |||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||   |||||||    
T  34389079 gcacattatcgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattaaccctgtaatataccttatgtctgaaaaacgacccttaaaaatat 34388980  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  34388979 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattg----ttgatcaccctgtaatatacatgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 34388884  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  34388883 tttttca 34388877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 7002869 - 7003071
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||     
T  7002869 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatatacataatgtctgaaaaatgacccttcaaaatac 7002968  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  7002969 aaaacatatactatagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgactaccctgtaatatatgtgtagtctaaaaaagtgacctacatgttgaat 7003064  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  7003065 tttttca 7003071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 7048740 - 7048942
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||   |||| |||||||||||||   ||||||     
T  7048740 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatatacataatgtctgaaaaatgacccttcaaaatac 7048839  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  7048840 aaaacatatactatagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgactaccctgtaatatatgtgtagtctaaaaaagtgacctacatgttgaat 7048935  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  7048936 tttttca 7048942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 8867754 - 8867552
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||| || ||  |||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  8867754 gcacactattgacggattcatcactcttattttaatggattaattgttcaaattgaccctataatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 8867655  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  8867654 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacatgtactctaaaaatgtgacctacatgttgaat 8867559  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  8867558 tttttca 8867552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 10868479 - 10868273
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||||||| | | |||| |||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  10868479 gcacacttttgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattggtcaaattgatcatgtagtatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 10868380  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  || | |    
T  10868379 aaaatatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacaaattaatt 10868284  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  10868283 tttttcactat 10868273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 38638259 - 38638083
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaa-tatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaata 99  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||  ||||| ||||||||| |||   ||||||    
T  38638259 gcacactattgacgggttcatctatcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccttgtaaatataccttatgtctgaaaaatggcccttaaaaata 38638160  T
Q  100 taaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaa 180  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  38638159 caaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtatagtctaaaa 38638083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Original strand, 35090312 - 35090379
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatata 68  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  35090312 gcacactattgacggattcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgaccttgtaatata 35090379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 8725534 - 8725489
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaa 84  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||    
T  8725534 gttaattgttcaaattgatcctgtaatatacaatatgtttgaaaaa 8725489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 115
Target Start/End: Original strand, 13072042 - 13072118
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattcta 115  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||  | | || |||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||    
T  13072042 gttaattattgaaattgaccctgtaatatatgcgaagtctgaaaaatgaccccgtaaaataaaaaacacatattcta 13072118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 171; Significance: 5e-92; HSPs: 36)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 36382369 - 36382159
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36382369 gcacactattgacgggttcatctctcttatcttaacgggttaattgttcaaatttaccctctaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 36382270  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  36382269 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatatgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaat 36382170  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  36382169 tttttcactat 36382159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 6235664 - 6235870
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6235664 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 6235763  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  6235764 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgatcatcctataatatacgtgtggtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 6235863  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  6235864 tttttca 6235870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 40529159 - 40529369
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||     
T  40529159 gcacactattgacgggttcatatctcttattttaacggattaattgttcaaattgacactgtaatatactttatgtttgaaaaatgatccaataaaatac 40529258  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  40529259 aaaacatacattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacagattgaat 40529358  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  40529359 tttttcactat 40529369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29319728 - 29319526
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  29319728 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 29319629  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  29319628 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttagaggttaaat 29319529  T
Q  201 ttt 203  Q
    |||    
T  29319528 ttt 29319526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17511256 - 17511046
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| ||||||  |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  17511256 gcacattattgatcggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaatgaccaaataaaatac 17511157  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17511156 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgatcaccctataatatacatatagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 17511057  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  17511056 tttttcactat 17511046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 25930852 - 25931062
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||     
T  25930852 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgactcaataaagtac 25930951  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  25930952 aaaacatacattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacatacatgttgaat 25931051  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  25931052 tttttcactat 25931062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 20129454 - 20129664
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  20129454 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 20129553  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  20129554 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttacttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 20129653  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  20129654 tttttcactat 20129664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 34407306 - 34407097
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34407306 cacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaataca 34407207  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  34407206 aaatatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaatt 34407107  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  34407106 ttttcactat 34407097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 43356049 - 43356258
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43356049 cacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaataca 43356148  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  43356149 aaatatatactctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaatt 43356248  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  43356249 ttttcactat 43356258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 26439301 - 26439092
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||| | || || ||||| ||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26439301 cacactattgacagtttcatctctctaattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaataca 26439202  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  26439201 aaatatatactctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaatt 26439102  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  26439101 ttttcactat 26439092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 10352885 - 10352701
Alignment:
Q  23 tctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgt 122  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10352885 tctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcatagt 10352786  T
Q  123 aacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcactat 211  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10352785 aacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaattttttcactat 10352701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 47500917 - 47501127
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  47500917 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 47501016  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  47501017 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 47501116  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  47501117 tttttcactat 47501127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 29996006 - 29995801
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||| || || ||| ||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29996006 gcacactattgacggattcatctctattattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaa-tgacccaataaaatat 29995908  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29995907 aaaacatatattctagcattgtaacttaaatttcctcttat----ttttgaccaccctataatatatgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 29995812  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  29995811 tttttcactat 29995801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 13012332 - 13012542
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||| | |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  13012332 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaatgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 13012431  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  13012432 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgaacaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 13012531  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  13012532 tttttcactat 13012542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 48989472 - 48989678
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  48989472 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 48989571  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  48989572 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttctt----tttatttttgaccaccctataatatacgtctggtctaaaaatgagacctacaggttgaat 48989667  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  48989668 tttttcactat 48989678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 1817862 - 1818067
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||| ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||     
T  1817862 cacactattgtcggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatttactttatgtctgaaaaatgatccaataaaatatg 1817961  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1817962 aaatatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttggccaccctataatatacatgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaatt 1818057  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  1818058 ttttcactat 1818067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6690258 - 6690056
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  6690258 gcacactattgacgggttcgtctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 6690159  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  6690158 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttaaat 6690063  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  6690062 tttttca 6690056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30216765 - 30216563
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  30216765 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 30216666  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30216665 agaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgactaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 30216570  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  30216569 tttttca 30216563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 35546097 - 35546299
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  35546097 gcacactattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattaaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 35546196  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  35546197 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtatagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 35546292  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  35546293 tttttca 35546299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3292919 - 3292717
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||  ||||| ||||||||||| |   ||||||     
T  3292919 gcacactattgacgagttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatataccttatgtctgaaaaatgactcttaaaaatac 3292820  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  3292819 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 3292724  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  3292723 tttttca 3292717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 43143607 - 43143405
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  43143607 gcacacaattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactttgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 43143508  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  43143507 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 43143412  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  43143411 tttttca 43143405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 30077654 - 30077469
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||| || ||| || || ||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  30077654 gcacactagtgccggattcatctctcttattttaacagattaattgttcaaattgaccatgtaatatactttatgtctgaaaaatgactcaataaaatat 30077555  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgaccta 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30077554 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtcaaaaaatgtgaccta 30077469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 48130122 - 48130322
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  48130122 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccatataatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 48130221  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  48130222 aaaacatatattctaacattgtaacatggatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgcgtagtcttaaaatgtgacctacaagttgaat 48130317  T
Q  201 ttttt 205  Q
    |||||    
T  48130318 ttttt 48130322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 26448196 - 26448402
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |   ||||||||||  ||||| ||||||||||||   |||||||     
T  26448196 gcacactattggcggatttatctcttttattttaacgggttaattgttcaaattgaaaatgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccatgtaaaatac 26448295  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  26448296 aaaacatatattctagcattgtaagttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctagtctaaaagtgtgacctacatgttgaat 26448391  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  26448392 tttttcactat 26448402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 30110119 - 30110320
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| | |||||||||||    ||||| |     
T  30110119 gcacactattgacgggttcatctctcttgttttaacgggttaagtgttcaaattgaccctgtaatatacattatctctgaaaaatgactttgtaaaagac 30110218  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30110219 aaaacatatattctagcattgtgacttgaatttcttcttattt----ttgaccaccctataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaat 30110314  T
Q  201 tttttc 206  Q
    ||||||    
T  30110315 tttttc 30110320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 42333777 - 42333598
Alignment:
Q  23 tctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgt 122  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42333777 tctcttattttaacggattaattgttcaaattgactctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatacaaaacatatattctagcattgt 42333678  T
Q  123 aacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttc 206  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  42333677 aacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacatgtagtctaaaaatgtgacctagatgttgaattttttc 42333598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 50205100 - 50204901
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  50205100 gcacactattgacgggttcatcactcttattttaacggattaatggttcaaattgaccatgtaatatacattatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 50205001  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  50205000 aaaacatatattctagcattgcaacttgattttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgatctacatgttgaat 50204905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 44156795 - 44156995
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |  |||||||| |||||| || |||||| |||   ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  44156795 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaatggattaattgt-caaattgactctgtaa-ataaattatgtctgaaaaatgacccttgaaaatac 44156892  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||    
T  44156893 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccttgtaatatacgtgcagtctaaaaatgtgacctacgtgttgaat 44156988  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  44156989 tttttca 44156995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 13395171 - 13395040
Alignment:
Q  72 tatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgt 171  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||    
T  13395171 tatgtctgaaaaatgacccttaaaaatacaaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgt 13395076  T
Q  172 agtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttca 207  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  13395075 agtctaaaaatgtgacctacatattgaattttttca 13395040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 59; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 33136399 - 33136268
Alignment:
Q  72 tatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgt 171  Q
    ||||| |||||| ||||||   |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||    ||||||||| | | ||||||||||    
T  33136399 tatgtctgaaaattgacccttaaaaatacaaaacatatattttagtattctaacttgaattttttcttattt----ttgaccaccctgtgatatacgtgt 33136304  T
Q  172 agtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttca 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  33136303 agtctaaaaatgtgacctacatgttgaattttttca 33136268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 28877273 - 28877184
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgaccc 90  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  28877273 gcacactattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccc 28877184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 124
Target Start/End: Original strand, 45766100 - 45766164
Alignment:
Q  60 tgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaa 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||    
T  45766100 tgtaatatacactatgtttgaaaaatgacccaatcaaataaaaagcttatattctagccttgtaa 45766164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 18990799 - 18990711
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata---aaacatatattctagcattgtaa 124  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||| |   |||||||||||||||| ||||||    
T  18990799 gttaattatttaaattaaccttgtaatatatactatgtttgaaaaatgaccctgtaaaataaaaagaaacatatattctagccttgtaa 18990711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 13392904 - 13392836
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatac 69  Q
    ||||||||||||  | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13392904 gcacactattgaatgattcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatatac 13392836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 13396043 - 13395975
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatac 69  Q
    ||||||||||||  | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13396043 gcacactattgaatgattcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatatac 13395975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 29134491 - 29134439
Alignment:
Q  154 accatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttc 206  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||    
T  29134491 accatataatattcatgtagtctaaaaaagtgacttaaatgttgaattttttc 29134439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 25)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 1776399 - 1776189
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||| ||| |||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1776399 gcacactatcgacaggttcatctttcttattttaacgggttaattgttcaaatttaccctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 1776300  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  1776299 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 1776200  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  1776199 tttttcactat 1776189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 10034071 - 10034278
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  10034071 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 10034170  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10034171 aaaacatatattctagaattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 10034270  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  10034271 tttttcac 10034278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 16155141 - 16155351
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  16155141 gcacactattgacagattcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccatgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 16155240  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  16155241 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaat 16155340  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  16155341 tttttcactat 16155351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 13818121 - 13818331
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||     
T  13818121 gcacactattgacgggctcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaatgatctaataaaatac 13818220  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  13818221 aaaacatatattctagcattataacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacagtttgaat 13818320  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  13818321 tttttcactat 13818331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 36293644 - 36293434
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||| || | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  36293644 gcacactatttacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 36293545  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  36293544 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctaaatgttgaat 36293445  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  36293444 tttttcactat 36293434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 39434840 - 39435050
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  39434840 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 39434939  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  39434940 aaaacatatattctagcactgtaacttgaatttcttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 39435039  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  39435040 tttttcactat 39435050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16333899 - 16333692
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||| ||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  16333899 gcacactattgacggattcatgtctcttattttatagggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 16333800  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16333799 aaaacatatattatagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 16333700  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  16333699 tttttcac 16333692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39657529 - 39657322
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  39657529 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaacttgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 39657430  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  39657429 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaat 39657330  T
Q  201 tttttcac 208  Q
     |||||||    
T  39657329 cttttcac 39657322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 26283341 - 26283131
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26283341 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 26283242  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  26283241 aaaatatatactctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 26283142  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  26283141 tttttcactat 26283131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 36291516 - 36291722
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36291516 cacactattgacgggttcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgacccaataaaatata 36291615  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgacca-ccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  36291616 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccacccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgatctacatgttgaat 36291711  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  36291712 tttttcactat 36291722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 43069021 - 43069228
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||| ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| | |||||||||  ||||||||||    
T  43069021 gcacactattgccggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatgctttatgtctaaaaaatgactaaataaaatat 43069120  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgacca-ccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaa 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43069121 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccacccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaa 43069216  T
Q  200 ttttttcactat 211  Q
    ||||||||||||    
T  43069217 ttttttcactat 43069228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 33430465 - 33430667
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |   ||||||     
T  33430465 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtttgaaaaatgactcttaaaaatac 33430564  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33430565 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 33430660  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  33430661 tttttca 33430667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12278883 - 12278681
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  12278883 gcacactattgacaggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 12278784  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  12278783 ataacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 12278688  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  12278687 tttttca 12278681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 31680511 - 31680713
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |   ||||||     
T  31680511 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgactcttaaaaatac 31680610  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  31680611 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 31680706  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  31680707 tttttca 31680713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 37254785 - 37254987
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||   |||||||    
T  37254785 gcacattattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattaaccctgtaatataccttatgtctgaaaaacgacccttaaaaatat 37254884  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  37254885 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 37254980  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  37254981 tttttca 37254987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 207
Target Start/End: Original strand, 28801453 - 28801652
Alignment:
Q  4 cactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaa 103  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| | ||||||||||||   ||||||| |||    
T  28801453 cactattgacaggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatatctgaaaaatgaccttgtaaaatacaaa 28801552  T
Q  104 acatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatttt 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28801553 acatatattctagtattgtaacttgaatttctt----tttatttttgaccaccctataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaatttt 28801648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 22 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31501720 - 31501539
Alignment:
Q  22 atctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattg 121  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||||    
T  31501720 atctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccatgtaatatacattatatctgaaaaatgacccttaaaaatacaaaacatatattctagcattg 31501621  T
Q  122 taacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  31501620 taacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaattttttca 31501539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 17332574 - 17332432
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  17332574 gcacactattgacggattcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctataatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 17332475  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17332474 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 17332432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 38269419 - 38269276
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaat-a 99  Q
    ||||||||||| | |||| || ||||||||| | | | |||||||||||||||| | | ||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| |    
T  38269419 gcacactattggcaggttcatctctcttattttgaagggttaattgttcaaattgatcatgtgatatacactatgtttgaaagatgaccctctaaaataa 38269320  T
Q  100 taaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 143  Q
     |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||    
T  38269319 aaaaacatatattctagcattgtaattcgagtttcttcttattt 38269276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 23236838 - 23236734
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttct 138  Q
    |||||||||| |||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||| |||||| ||||| || ||||    
T  23236838 gttaattgtttaaattgttcctgtaatatacactatgtttgaaaaatgaccctgtgaaataaaacacatatattctagccttgtaatttgaaattattct 23236739  T
Q  139 tattt 143  Q
    |||||    
T  23236738 tattt 23236734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 109
Target Start/End: Original strand, 192106 - 192213
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||  |||| || ||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  192106 cacactattgataggttcatctctcttattttaaagggttaattgtttaaattgaccatgtaatatacactatgtctgaaaaatgaccctgtaaaataca 192205  T
Q  102 aaacatat 109  Q
    ||||||||    
T  192206 aaacatat 192213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 78
Target Start/End: Original strand, 19986084 - 19986160
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgttt 78  Q
    |||||||||||| |||| || || |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  19986084 cacactattgacaggttcatctcccttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctataatatactttatgttt 19986160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 89
Target Start/End: Original strand, 31271070 - 31271120
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacc 89  Q
    |||||||||| ||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  31271070 gttaattgtttaaattgatcctgaaatatacactatgtttgaaaaatgacc 31271120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 158 - 207
Target Start/End: Original strand, 22761051 - 22761100
Alignment:
Q  158 tataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttca 207  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||    
T  22761051 tataatatacgcgtagtctaaaaaagttacctagaggttgaaatttttca 22761100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 143
Target Start/End: Original strand, 23033064 - 23033168
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttct 138  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||    |||||||  ||||||||||| | |  |||||| ||||  |||||||    
T  23033064 gttaattgttcaaattgacgttgtaatatacactatgattgaaaactgactttgtaaaataagaaacatatattattgtcttgtaatttgatattcttct 23033163  T
Q  139 tattt 143  Q
    |||||    
T  23033164 tattt 23033168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 40081764 - 40081554
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  40081764 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 40081665  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  40081664 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctatagtatacttgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 40081565  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  40081564 tttttcactat 40081554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 34084145 - 34083933
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattat--aacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaat 98  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34084145 gcacactattgatgggttcatctctcttattttttaacaggttaattgttcaaatttacccggtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaat 34084046  T
Q  99 ataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttga 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  34084045 ataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttga 34083946  T
Q  199 attttttcactat 211  Q
    |||||||||||||    
T  34083945 attttttcactat 34083933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 19390290 - 19390500
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  19390290 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 19390389  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  19390390 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccttataatatacgtgtagtctaaaaatgcgacctacatgttgaat 19390489  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  19390490 tttttcactat 19390500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 22968467 - 22968257
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  22968467 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 22968368  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  22968367 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 22968268  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  22968267 tttttcactat 22968257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6269449 - 6269239
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || | ||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  6269449 gcacactattgacagtttcatctatcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 6269350  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  6269349 aaaacatatattctaacattgcaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 6269250  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  6269249 tttttcactat 6269239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Original strand, 39771935 - 39772144
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39771935 cacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaataca 39772034  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  39772035 aaatatatactctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaatt 39772134  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  39772135 ttttcactat 39772144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 45336018 - 45336224
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||| || ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  45336018 gcacactagtgccggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgactcaataaaatat 45336117  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  45336118 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgatctacaggttgaat 45336213  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  45336214 tttttcactat 45336224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 19565502 - 19565318
Alignment:
Q  23 tctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgt 122  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19565502 tctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgactcaataaaatataaaacatatattatagcattgt 19565403  T
Q  123 aacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcactat 211  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19565402 aacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaattttttcactat 19565318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 5135432 - 5135638
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||     
T  5135432 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattattcaaattgaccatgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctataaaatac 5135531  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||     
T  5135532 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacgtacatgttgaaa 5135627  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  5135628 tttttcactat 5135638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6930917 - 6930715
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  6930917 gcacactattgacgagttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 6930818  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  6930817 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttacatgttgaat 6930722  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  6930721 tttttca 6930715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 33041097 - 33041299
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  33041097 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctataatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 33041196  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33041197 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 33041292  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  33041293 tttttca 33041299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 45183125 - 45183327
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | |||||||||||   ||||||     
T  45183125 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctaaaaaatgacccttaaaaatac 45183224  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  45183225 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccgtgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 45183320  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  45183321 tttttca 45183327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 35514406 - 35514611
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||   ||||| |||||||||| ||   ||||||     
T  35514406 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgaccttgtaatatagattatgtctgaaaaatgatcctggaaaatac 35514505  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  35514506 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccttataatatacgtgtagtttaaaaatgtgacctacatgttgaat 35514601  T
Q  201 tttttcacta 210  Q
    ||||||||||    
T  35514602 tttttcacta 35514611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 204
Target Start/End: Original strand, 27935326 - 27935521
Alignment:
Q  5 actattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaa 104  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||   ||||| ||||||| ||||   ||||||| ||||    
T  27935326 actattgacgggttcatctctcttattctaacgggttaatttttcaaattgaccctgtaatataaattatgtctgaaaaaagaccttgtaaaatacaaaa 27935425  T
Q  105 catatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27935426 catatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctggtctaaaaatgtgacctacaggttgaattttt 27935521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 11018235 - 11018031
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  11018235 gcacacaattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 11018136  T
Q  101 aaaacat--atattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttga 198  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||    
T  11018135 aaaacatatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttaaccaccctgtaatatacatgtagtctaaaaatgtgacctacatgttga 11018040  T
Q  199 attttttca 207  Q
    |||||||||    
T  11018039 attttttca 11018031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6503592 - 6503390
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||    ||||||     
T  6503592 gcacacaattgatgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactatgtaatataccttatgtctgaaaaatgaccgttaaaaatac 6503493  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  6503492 aaaacatatatactagcattgtaacttgaatttcttcatattt----ttgaccaccctgtaatatacgtgtattctaaaaatgtgacctacatgttgaat 6503397  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  6503396 tttttca 6503390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 111
Target Start/End: Original strand, 22922240 - 22922349
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22922240 cacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 22922339  T
Q  102 aaacatatat 111  Q
    ||||||||||    
T  22922340 aaacatatat 22922349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Original strand, 8257012 - 8257102
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttga 129  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8257012 gttaattgttcaaattaaccttgtaatatacactatgtttgaaaaatgacaatgtaaaataaaaaacatatattctagccttgtaatttga 8257102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 71 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 29565101 - 29565029
Alignment:
Q  71 ctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 143  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||    
T  29565101 ctatgtttgaaaaatgaccttgtaaaataaaaaacatatattatagccttgtaatttgatattcttcttattt 29565029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 85
Target Start/End: Original strand, 38282592 - 38282638
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaat 85  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  38282592 gttaattgttcaaattgaccatgtaatatacactatgtctgaaaaat 38282638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34948781 - 34948574
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  34948781 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 34948682  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  34948681 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttacagattgaat 34948582  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  34948581 tttttcac 34948574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 13837965 - 13838169
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  13837965 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaacttgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 13838064  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  13838065 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaaatctgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatatgacctacaagttgaat 13838164  T
Q  201 ttttt 205  Q
     ||||    
T  13838165 ctttt 13838169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 29743427 - 29743633
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||| || ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29743427 gcacactagtgccggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtctgaaaaatgacccaataaaatat 29743526  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29743527 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----tttttaccaccctataatatatgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 29743622  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  29743623 tttttcactat 29743633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 398761 - 398971
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  398761 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 398860  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  398861 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 398960  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  398961 tttttcactat 398971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 33229359 - 33229153
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||| ||| || || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||||||| || |||||||    
T  33229359 gcacactattgccggattcatctctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccttgtaatatgctttatgtctgaaaaatgaccaaacaaaatat 33229260  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33229259 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaacaccttataatatatgtgtagtctaaaaatgtgaactataggttgaat 33229164  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  33229163 tttttcactat 33229153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 18339250 - 18339432
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||   ||||||     
T  18339250 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtttgaaaaatgacccttaaaaatac 18339349  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgac 187  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18339350 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgac 18339432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 28996874 - 28997076
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||  ||||| ||||||||||| |   ||||||     
T  28996874 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatataccttatgtctgaaaaatgactcttaaaaatac 28996973  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  28996974 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctgtaatatacgtgtattctaaaaatgtgacctacatgttgaat 28997069  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  28997070 tttttca 28997076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 124
Target Start/End: Original strand, 23217213 - 23217299
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgttt-gaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaa 124  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  |||||||||   |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||    
T  23217213 gttaattgttcaaattgaccctataatatacactatgtttaaaaaaatgactttataaaataaaaaacgtatattatagccttgtaa 23217299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 23217940 - 23217864
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattcta 115  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||    |||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  23217940 gttaattattgaaattgaccctgtaatataagtgatgtctgaaaaatgacctagtaaaatataaaacacatattcta 23217864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 32127164 - 32126957
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  32127164 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaacttgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 32127065  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32127064 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttctttttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 32126965  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  32126964 tttttcac 32126957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 35962859 - 35963066
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  35962859 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 35962958  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  35962959 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccatcctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacttacaggttgaat 35963058  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  35963059 tttttcac 35963066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17445064 - 17444854
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  17445064 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 17444965  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  17444964 aaaacatatattctaccattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 17444865  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  17444864 tttttcactat 17444854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 31581645 - 31581434
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  31581645 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 31581546  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaa-tttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaa 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  31581545 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttttttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctagaaatgtgacctacatgttgaa 31581446  T
Q  200 ttttttcactat 211  Q
    ||||||||||||    
T  31581445 ttttttcactat 31581434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 41251657 - 41251447
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  41251657 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 41251558  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  41251557 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 41251458  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  41251457 tttttcactat 41251447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6403827 - 6403617
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  6403827 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 6403728  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  6403727 aaaatatatactctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 6403628  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  6403627 tttttcactat 6403617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 38 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2958131 - 2957961
Alignment:
Q  38 tgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttc 137  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2958131 tgttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatatttgaaaaataacctaataaaatacaaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttc 2958032  T
Q  138 ttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcac 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  2958031 ttatttaattttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgatctacaggttgaattttttcac 2957961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 18981760 - 18981962
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  18981760 gcacactgttgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 18981859  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18981860 aaaacatatattctagcattgtaactttaatttcttcttatttaa--ttgaccaccctaaaatatatgtgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 18981957  T
Q  201 ttttt 205  Q
    |||||    
T  18981958 ttttt 18981962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 12756860 - 12756658
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   ||||||     
T  12756860 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaatac 12756761  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  12756760 aaaacatatattctagcattgtaacttaaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 12756665  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  12756664 tttttca 12756658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 45418727 - 45418929
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  45418727 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgatcctgtaatataccttatgtctgaaaaatgaccctttaaaatac 45418826  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  45418827 aaaacatatattttagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 45418922  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  45418923 tttttca 45418929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 771143 - 771349
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| |||||||||||| || | ||||||  ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  771143 gcacattattgacgggttcatctatcttatcttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 771242  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  771243 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccttataatatacgtgtagtctaaaaatgtgtcttacaggttgaat 771338  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  771339 tttttcactat 771349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 8059356 - 8059154
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||   ||||||     
T  8059356 gcacacaattgacgggttcatttctcttattttaacaggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaattgacccttaaaaatac 8059257  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  8059256 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 8059161  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  8059160 tttttca 8059154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 44084626 - 44084420
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| | |||||||||||||  |||||||     
T  44084626 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatttctgaaaaatgaccctgtaaaatac 44084527  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  44084526 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctataatatacgtctggtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 44084431  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||| ||||    
T  44084430 tttttcgctat 44084420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 2 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 4555214 - 4555009
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  4555214 cacactattgacgagttcatctctcttattttaacgagttaattgttcaaattgaccatgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaataca 4555115  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||    
T  4555114 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgcgtagtataaaaatgtgacctacatgttaaatt 4555019  T
Q  202 ttttcactat 211  Q
    ||||||||||    
T  4555018 ttttcactat 4555009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 65 - 208
Target Start/End: Original strand, 42442193 - 42442336
Alignment:
Q  65 tatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataata 164  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42442193 tatactttatgtttgaaaaataacctaataaaatacaaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataata 42442292  T
Q  165 tacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcac 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  42442293 tacgtgtagtctaaaaatgtgatctacatgttgaattttttcac 42442336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 26238087 - 26238293
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  26238087 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgagttatttgttcaaattgactctataatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 26238186  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  26238187 aaaacatatattctagcattgtaaattgaatttcttcttat----ttttgaccacctcataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacaaattgaat 26238282  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  26238283 tttttcactat 26238293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 8147497 - 8147698
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||| |    
T  8147497 cacactattgacgggttcatctatcttattttgacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtctgaaaaatgacccttaaaaataca 8147596  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatt 201  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  8147597 aaacatatattctagcattataacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctgtgatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaatt 8147692  T
Q  202 ttttca 207  Q
    ||||||    
T  8147693 ttttca 8147698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 7072547 - 7072355
Alignment:
Q  8 attgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacat 107  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  7072547 attgacgggttcatctctcttattttaactggttaattgttcaaattgaccctctaatatacattatgtctgaaaaatgactctgtaaaatataaaacat 7072448  T
Q  108 atattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttt 204  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||    |||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7072447 atattctagaattgtaacttgaatttattcttat----ttttgatcatcctataatatacgcgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaattttt 7072355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 26162725 - 26162525
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |  || ||||     
T  26162725 gcacattattgacgggttcatctctcttattttaacagtttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgacactgtagaatac 26162626  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| ||||  ||||||||||| | ||||||||||| |||||| | |||||||    
T  26162625 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgatcacccaataatatacgtctggtctaaaaatgagacctacatgttgaat 26162530  T
Q  201 ttttt 205  Q
    |||||    
T  26162529 ttttt 26162525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 211
Target Start/End: Original strand, 45121381 - 45121585
Alignment:
Q  3 acactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataa 102  Q
    ||||||||| | |||| || ||||||||| ||| |  |||||| |||||||| |||  ||||||||| ||| || |||||||||||    ||||||| ||    
T  45121381 acactattggcaggttcatgtctcttattttaaaggattaattattcaaattgaccaggtaatatacactacgtctgaaaaatgacattgtaaaatacaa 45121480  T
Q  103 aacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattt 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  45121481 aacatatattctagcaatgtaacttgagcttcttcttattt----ttgaccaccctataatatatgcgtagtctaaaaatgtgacttacaagttgaattt 45121576  T
Q  203 tttcactat 211  Q
    |||||||||    
T  45121577 tttcactat 45121585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Original strand, 2286006 - 2286099
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaata 94  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2286006 gcacactattgacgtgttcatttctcttattttaacgggttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaata 2286099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Original strand, 16405744 - 16405828
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaat 85  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16405744 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatactttatgtttgaaaaat 16405828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 211
Target Start/End: Original strand, 2286096 - 2286146
Alignment:
Q  161 aatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaattttttcactat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2286096 aatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacaagttgaattttttcactat 2286146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Original strand, 42440130 - 42440194
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaat 65  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42440130 gcacactattgacggattcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaat 42440194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 7433589 - 7433796
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||     
T  7433589 gcacactattgacgggttcatgtctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctggaatgtactttatgtttgaaaaataacctaataaaatac 7433688  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  7433689 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacatgtagtctaaaaatgtgacttacaggttgaat 7433788  T
Q  201 tttttcac 208  Q
    ||||||||    
T  7433789 tttttcac 7433796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42310959 - 42310754
Alignment:
Q  6 ctattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaac 105  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  42310959 ctattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccttgtaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaataaaaaat 42310860  T
Q  106 atatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaatttttt 205  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  42310859 atatattctagcattgcaacttgaatttcttcttatttaattttgaccactctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgccctacatgttgaatttttt 42310760  T
Q  206 cactat 211  Q
    ||||||    
T  42310759 cactat 42310754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 32982079 - 32981869
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||| |||||||| | || || ||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  32982079 gcactctattgacagattcatctctcttattttaaagggttaattgttcaaattgaccctgtaaaatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 32981980  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  32981979 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccctataatatacatgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 32981880  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  32981879 tttttcactat 32981869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 35907696 - 35907898
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| |||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||   |||||||    
T  35907696 gcacattattgacgagttcatctctcttattttaacgggttaactgttcaaattaaccctgtaatataccttatgtttgaaaaacgacccttaaaaatat 35907795  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  35907796 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 35907891  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  35907892 tttttca 35907898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 41972279 - 41972074
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||  | ||| |||||||||| ||  |||||||     
T  41972279 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgaccgtgtaatatacattttgtctgaaaaatgaacctgtaaaatac 41972180  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41972179 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccacc-tataatataggcgtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 41972085  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  41972084 tttttcactat 41972074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 3829127 - 3829333
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||  |||||||     
T  3829127 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctgaaaaatgaccctgtaaaatac 3829226  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||| |   ||||||||    
T  3829227 aaaacatatattctaactttgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtctggtctaaaaatgagacttccgggttgaat 3829322  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  3829323 tttttcactat 3829333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 33489850 - 33490056
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||||||||||| |  |||||||     
T  33489850 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggctaattgttcaaattgaccttgcaatatacaatatgtctgaaaaatgacactgtaaaatac 33489949  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33489950 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttat----ttttgaccatcctataatatacgcatagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 33490045  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  33490046 tttttcactat 33490056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 17445457 - 17445655
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||| |||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| || ||||||||||   ||||||     
T  17445457 gcacattattgacgggttcatctttcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctg-aaaatgacccttaaaaatac 17445555  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  17445556 aaaacatatattctagcattgtaacttaaatttcttcttat----ttttgactaccctgtaatatacgtgtagtctaaaaatttgacctacatgttgaat 17445651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 26144399 - 26144531
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  26144399 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 26144498  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaattt 133  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26144499 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattt 26144531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 321399 - 321273
Alignment:
Q  2 cacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatata 101  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||||| |  ||||||| |    
T  321399 cacattattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatatacattatgtctaaaaaatgactctgtaaaataca 321300  T
Q  102 aaacatatattctagcattgtaacttg 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  321299 aaacatatattctaccattgtaacttg 321273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 9901968 - 9901903
Alignment:
Q  41 taattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaaca 106  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || | ||||||||||||| | || |||||||| ||||||    
T  9901968 taattgttcaaattaactctgtaatacacgcgatgtttgaaaaataatcctataaaataaaaaaca 9901903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 480480 - 480270
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  480480 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgacccaataaaatac 480381  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  480380 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 480281  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  480280 tttttcactat 480270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2142 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold2142
Description:

Target: scaffold2142; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 666 - 876
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||     
T  666 gcacactattgacagtttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgactctttaatatactttatgtttgaaaaatgatccaataaaatac 765  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  766 aaaatatatactctaacattgtaacttgaattttttcttatttaattttgatcaccctataatatacgtgtagtctaaacatgtgacctaaatgttgaat 865  T
Q  201 tttttcactat 211  Q
    |||||||||||    
T  866 tttttcactat 876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 53069 - 53271
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||||||   ||||||     
T  53069 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacggattaattgttcaaattgactctgtaatatatcttatgtttgaaaaatgacccttaaaaatac 53168  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  53169 aaaacatatattctagcattataacttgaatttcttcttat----ttttgaccaccctataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctacatgttgaat 53264  T
Q  201 tttttca 207  Q
    |||||||    
T  53265 tttttca 53271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0154 (Bit Score: 109; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0154
Description:

Target: scaffold0154; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 31624 - 31829
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||    ||||| ||||||| ||| |  |||||||     
T  31624 gcacactattgacaggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccttgtaatattgattatgtctgaaaaacgacactgtaaaatac 31723  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttatttaattttgaccaccatataatatacgtgtagtctaaaaatgtgacctataggttgaat 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31724 aaaacatatattctaacattgtaacttgaatttcttcttattt----ttgaccaccttataatatacgggtagtctaaaaatgtgacctacaggttgaat 31819  T
Q  201 tttttcacta 210  Q
    ||||||||||    
T  31820 tttttcacta 31829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 5374 - 5516
Alignment:
Q  1 gcacactattgacgggtttatatctcttattataacgtgttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatat 100  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||   ||||||     
T  5374 gcacactattgacgggttcatctctcttattttaacgggttaattgttcaaattgaccctgtaatataccttatgtttgaaaaatgacccttaaaaatac 5473  T
Q  101 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5474 aaaacatatattctagcattgtaacttgaatttcttcttattt 5516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 124
Target Start/End: Original strand, 17494 - 17579
Alignment:
Q  39 gttaattgttcaaatttaccctgtaatatactctatgtttgaaaaatgacccaataaaatataaaacatatattctagcattgtaa 124  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||   | || | | |||||||||||| |||| ||||||    
T  17494 gttaatttttcaaattgaccctataatatacactatgtttaaaaaatgactataaaataaaaaaaacatatattatagccttgtaa 17579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University