View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20557_low_3 (Length: 508)
Name: NF20557_low_3
Description: NF20557
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20557_low_3 |
 | |
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| [»] scaffold0651 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0651 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0651
Description:
Target: scaffold0651; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Original strand, 2200 - 2689
Alignment:
| Q |
1 |
ttatgaaatgtgcagttcttggataatttagcattctttgtttgtagtctagtcctgattcccatggatatagtgctgaaaatgatgatggtcctagtaa |
100 |
Q |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
2200 |
ttatgaaatgtgctgttcttggataatttagcattctttgtttgtagtccagtcctgattcccatggatatagtgctgaaaatgatgatggtcctagtaa |
2299 |
T |
|
| Q |
101 |
cggtgtttcaattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagatgtgattattcctccctcattcgcttta |
200 |
Q |
| |
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|
| T |
2300 |
cggtgtttcaattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagacgtgattattcctccctcattcgcttta |
2399 |
T |
|
| Q |
201 |
cctgttaggaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggagaacgaattatgctagcattgtacactctttaattgtttgaaacttaaacga |
300 |
Q |
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| T |
2400 |
cctgttgggaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggaaaaagaattatgctagcaatgtacactctttaattgtttgaaacttaaacga |
2499 |
T |
|
| Q |
301 |
gtctcattaagtttatgttggtcctacatgatttagcgatgcttgtttgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagatnnnnnnnnctcattag |
400 |
Q |
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| T |
2500 |
gtctcatgaagtttatgttagtcctacatgatttagcgatgcttgtatgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagataaaaaaaactcattag |
2599 |
T |
|
| Q |
401 |
atttcatattaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaacaattaaagaactaaaattgt |
493 |
Q |
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|
| T |
2600 |
atttcatattaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaaca---aaagaactaaaattgt |
2689 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 31333724 - 31333235
Alignment:
| Q |
1 |
ttatgaaatgtgcagttcttggataatttagcattctttgtttgtagtctagtcctgattcccatggatatagtgctgaaaatgatgatggtcctagtaa |
100 |
Q |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
31333724 |
ttatgaaatgtgctgttcttggataatttagcattctttgtttgtagtccagtcctgattcccatggatatagtgctgaaaatgatgatggtcctagtaa |
31333625 |
T |
|
| Q |
101 |
cggtgtttcaattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagatgtgattattcctccctcattcgcttta |
200 |
Q |
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| T |
31333624 |
cggtgtttcaattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagacgtgattattcctccctcattcgcttta |
31333525 |
T |
|
| Q |
201 |
cctgttaggaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggagaacgaattatgctagcattgtacactctttaattgtttgaaacttaaacga |
300 |
Q |
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| T |
31333524 |
cctgttgggaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggaaaaagaattatgctagcaatgtacactctttaattgtttgaaacttaaacga |
31333425 |
T |
|
| Q |
301 |
gtctcattaagtttatgttggtcctacatgatttagcgatgcttgtttgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagatnnnnnnnnctcattag |
400 |
Q |
| |
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|
| T |
31333424 |
gtctcatgaagtttatgttagtcctacatgatttagcgatgcttgtatgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagataaaaaaaactcattag |
31333325 |
T |
|
| Q |
401 |
atttcatattaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaacaattaaagaactaaaattgt |
493 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31333324 |
atttcatattaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaaca---aaagaactaaaattgt |
31333235 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 31321463 - 31320982
Alignment:
| Q |
9 |
tgtgcagttcttggataatttagcattctttgtttgtagtctagtcctgattcccatggatatagtgctgaaaatgatgatggtcctagtaacggtgttt |
108 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31321463 |
tgtgctgttcttggatattttagcattctttgtttgaagtcaagtcctgattcccatggatatattgatgcaaatgatgatggtcctagtaacggtgttt |
31321364 |
T |
|
| Q |
109 |
caattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagatgtgattattcctccctcattcgctttacctgttag |
208 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
31321363 |
caattattgctcttgtatccgatattgaatcatcatttgatgatgagggtactctatggacagacgtgattattcctccctcattcgctttacctgttgg |
31321264 |
T |
|
| Q |
209 |
gaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggagaacgaattatgctagcattgtacactctttaattgtttgaaacttaaacgagtctcatt |
308 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31321263 |
gaatcacgggatcaaatagatgaagattcagctcctaggaaaaagaattatgctagcaatgtacactctttaattgtttgaaacttaaacgagtctcatg |
31321164 |
T |
|
| Q |
309 |
aagtttatgttggtcctacatgatttagcgatgcttgtttgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagatnnnnnnnnctcattagatttcata |
408 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
31321163 |
aagtttatgttagtcctacatgatttagcgatgcttgtatgaattttgatcaattagagactgtatgttgatagataaaaaaaactcattagatttcata |
31321064 |
T |
|
| Q |
409 |
ttaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaacaattaaagaactaaaattgt |
493 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
31321063 |
ttaattagaagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagctgaggagaagattaaca---aaagaactaaaattgt |
31320982 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 417 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 27933932 - 27933891
Alignment:
| Q |
417 |
aagataatgaaaatgattacaccctgctctttatatagagct |
458 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
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| T |
27933932 |
aagataatgaaaatgattacactttactctttatatagagct |
27933891 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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