View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20559_low_13 (Length: 374)

Name: NF20559_low_13
Description: NF20559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20559_low_13
NF20559_low_13
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-357)||(54396122-54396478)
chr4 (6-353)||(23587851-23588198)
chr4 (6-353)||(23596703-23597050)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-356)||(8017526-8017881)
chr7 (49-350)||(8102373-8102674)
chr7 (64-353)||(39985349-39985638)
chr7 (216-332)||(17259965-17260081)
chr7 (216-338)||(17267657-17267779)
chr7 (20-92)||(8570275-8570347)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (22-94)||(12258715-12258787)
chr2 (263-357)||(12234388-12234482)
chr2 (16-150)||(17716815-17716949)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (262-323)||(43744549-43744610)
chr8 (269-325)||(42325181-42325237)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 54396478 - 54396122
Alignment:
Q  1 tttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396478 tttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactg 54396379  T
Q  101 ctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396378 ctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttag 54396279  T
Q  201 gaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396278 gaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattcca 54396179  T
Q  301 aaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtatt 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396178 aaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtatt 54396122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 353
Target Start/End: Original strand, 23587851 - 23588198
Alignment:
Q  6 gaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcag 105  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||     
T  23587851 gaggaagaataagaaggatattagtggaaatccaagggctcttagaagattgagaactgcttgcgagagagctaagaggaccctttcctctactgctcaa 23587950  T
Q  106 acaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaat 205  Q
    || || || ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||  | || || ||  ||||  | ||||||||  | || |||||| |||||||||| |    
T  23587951 accaccattgaaattgattcattgtttgagggtattgacttttacactaccatcactcgggctcgttttgaagagctcaacatggatctgtttaggaagt 23588050  T
Q  206 gtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 305  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||    
T  23588051 gtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataagaacagtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggt 23588150  T
Q  306 tcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagag 353  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  23588151 tcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaagag 23588198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 6 - 353
Target Start/End: Original strand, 23596703 - 23597050
Alignment:
Q  6 gaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcag 105  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| | || || || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||     
T  23596703 gaggaagaataagaaagatattagtggaaatccaagggctcttagaaggttgagaactgcttgtgagagagctaagaggactctttcctctactgctcaa 23596802  T
Q  106 acaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaat 205  Q
    || || || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  | || |||||  | ||  | ||||||||  | || |||||| | |||||||| |    
T  23596803 accaccattgaaattgattctttgtttgagggtattgacttttacactaccattactcgcgctcgttttgaagagctcaacatggatctatttaggaagt 23596902  T
Q  206 gtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagt 305  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||    |||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||    
T  23596903 gtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataagaacagtgttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggt 23597002  T
Q  306 tcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagag 353  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  23597003 tcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagag 23597050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 8017526 - 8017881
Alignment:
Q  1 tttaggaggaaaaataagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactg 100  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||| ||  | |||||  | ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  8017526 tttaagaggaagaacaagaaggatattagtggaaaccctagagcacttaggaggttgaggacagcttgtgagagagcgaagagaactctctcttctactg 8017625  T
Q  101 ctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttag 200  Q
    | || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | || || ||  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| ||    
T  8017626 cacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgatttttacaccacaatcacccgtgcaagatttgaggaacttaacatggatctgttcag 8017725  T
Q  201 gaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattcca 300  Q
     || |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| || ||||    ||||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||     
T  8017726 aaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatggacaagaactctgttcatgatgttgttcttgttggcggttcaactagaattccc 8017825  T
Q  301 aaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtat 356  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8017826 aaagttcagcaactgttgcaagatttcttcaatggtaaagagctttgcaagagtat 8017881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8102674 - 8102373
Alignment:
Q  49 aggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttct 148  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| || || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| |    
T  8102674 aggagattgagaaccgcatgtgagagagcgaagagaactctctcatcaaccgcacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgattttt 8102575  T
Q  149 atgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattga 248  Q
    |  | || || ||  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||    
T  8102574 acaccacaatcacccgtgccagatttgaggaacttaacatggatctgttcaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatgga 8102475  T
Q  249 taagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgc 348  Q
     |||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||    
T  8102474 caagagcacagttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgc 8102375  T
Q  349 aa 350  Q
    ||    
T  8102374 aa 8102373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 39985638 - 39985349
Alignment:
Q  64 gcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaa 163  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||  |  | |||||      
T  39985638 gcttgtgaaagagcgaagagaactctctcttctactgcccagaccaccattgaaattgattctctttttgaaggaattgatttctactcccccattactc 39985539  T
Q  164 gggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttca 263  Q
    | || |||||||| ||  | || |||||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| ||| | || ||||| ||||| || ||||    ||| ||    
T  39985538 gtgcaagatttgaggagctcaacatggatctctttagaaaatgtatggagccagttgagaaatgtttgagagatgccaagatggacaagaaaagtgtcca 39985439  T
Q  264 tgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagag 353  Q
     || ||||| ||||| || || || || || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  39985438 cgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaacttttgcaagatttctttaacggaaaggagctatgcaagag 39985349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 216 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 17260081 - 17259965
Alignment:
Q  216 tgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagctt 315  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||     || |||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||| || || ||     
T  17260081 tgttgagaagtgtcttagtgatggtaagattgacaagagcagaattgatgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaacta 17259982  T
Q  316 ttgcaggatttcttcaa 332  Q
    |||||||||||||||||    
T  17259981 ttgcaggatttcttcaa 17259965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 17267779 - 17267657
Alignment:
Q  216 tgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagctt 315  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    ||| |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||| || || ||     
T  17267779 tgttgagaagtgtcttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtgcagcaacta 17267680  T
Q  316 ttgcaggatttcttcaatgggaa 338  Q
    |||||| | |||||||| |||||    
T  17267679 ttgcagaacttcttcaaggggaa 17267657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 8570347 - 8570275
Alignment:
Q  20 aggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttc 92  Q
    ||||||||||| | ||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  8570347 aggatattagtaggaacccaaaagccttgaggaggttaagaacagcttgtgagagggcaaaaaggacactttc 8570275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 94
Target Start/End: Original strand, 12258715 - 12258787
Alignment:
Q  22 gatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttctt 94  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || ||| |||||||||    
T  12258715 gatataagtggaaatccaagagctttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttctt 12258787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 12234482 - 12234388
Alignment:
Q  263 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtatt 357  Q
    |||||||||| ||| |||| || ||  | |||||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  12234482 atgaagttgtccttattggcgggtcctctaggattcccaaagtgcagcaactattgcaggattttttcaaggggaaggagctgtgcaagagtatt 12234388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Original strand, 17716815 - 17716949
Alignment:
Q  16 aagaaggatattagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatag 115  Q
    |||||||| |||||||| ||  |||||||| | | ||| || || || ||||||||||| || |||||| | || || || ||||| ||||| || || |    
T  17716815 aagaaggacattagtggcaacccaagagctcttatgaggttgaggactgcttgtgagagggcgaagagagctctatcatctactgcccagaccaccattg 17716914  T
Q  116 aaattgattctttgtttgaaggaattgatttctat 150  Q
    ||||||||| | | ||||| |||||||||||||||    
T  17716915 aaattgattgtctatttgagggaattgatttctat 17716949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 43744610 - 43744549
Alignment:
Q  262 catgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcagga 323  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  43744610 catgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaactattgcagga 43744549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 325
Target Start/End: Original strand, 42325181 - 42325237
Alignment:
Q  269 ttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatt 325  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  42325181 ttgttcttgttggtggaagcacaaggattccaaaggtacaacaacttttgaaggatt 42325237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University