View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20560_low_1 (Length: 778)

Name: NF20560_low_1
Description: NF20560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20560_low_1
NF20560_low_1
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (19-439)||(45270351-45270771)
chr7 (135-439)||(45293577-45293881)
chr7 (135-439)||(45302537-45302841)
chr7 (453-768)||(45270801-45271113)
chr7 (134-434)||(45282236-45282536)
chr7 (134-435)||(45273992-45274294)
chr7 (453-768)||(45274331-45274646)
chr7 (453-768)||(45282574-45282887)
chr7 (453-768)||(45293959-45294275)
chr7 (453-768)||(45302919-45303235)
chr7 (18-77)||(45273882-45273941)
chr7 (18-77)||(45282126-45282185)
chr7 (18-71)||(45293466-45293519)
chr7 (18-71)||(45302426-45302479)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (284-327)||(38587600-38587643)
chr1 (721-766)||(38583244-38583289)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 439
Target Start/End: Original strand, 45270351 - 45270771
Alignment:
Q  19 caatgctgcttctgggacgatattgcagtcctggataacaataccagtattcatattcacctgcggtgatccgtctgcgacaattacgttgtattcattt 118  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45270351 caatgctgcttctgggatgatattgcagtcctggataacaataccagtattcatattcaccagcggtgatccgtctgcgacaattacgttgtattcatta 45270450  T
Q  119 ttatcataattgccttttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtagcagatgttccaaagatgaagtcaatggtaccggagataacacagttgc 218  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270451 tgatcataattgccttttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtggcagatgttccaaagatgaagtcaatggtaccggagataacacagttgc 45270550  T
Q  219 ggtagaattgcctgttggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  45270551 ggtagaattgcctgttggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctcctatgtttctaaatgccac 45270650  T
Q  319 agcttggtgaccagcaggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaatt 418  Q
    ||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270651 agcttgcataccggcaggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaatt 45270750  T
Q  419 agtaacttcgatcacaccggc 439  Q
    ||||||||| || ||||||||    
T  45270751 agtaacttctataacaccggc 45270771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 135 - 439
Target Start/End: Original strand, 45293577 - 45293881
Alignment:
Q  135 ttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtagcagatgttccaaagatgaagtcaatggtaccggagataacacagttgcggtagaattgcctgtt 234  Q
    |||| |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45293577 ttcttacgatgatcgtagagtcttggatcaaggtggcagatgttccaaagatgaaatcaacggtaccagagataacacaattgcggtagaattgcctgtt 45293676  T
Q  235 ggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccagca 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45293677 ggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacccaggatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccagca 45293776  T
Q  335 ggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatcaca 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45293777 ggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccaatgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatcaca 45293876  T
Q  435 ccggc 439  Q
    |||||    
T  45293877 ccggc 45293881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 135 - 439
Target Start/End: Original strand, 45302537 - 45302841
Alignment:
Q  135 ttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtagcagatgttccaaagatgaagtcaatggtaccggagataacacagttgcggtagaattgcctgtt 234  Q
    |||| |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45302537 ttcttacgatgatcgtagagtcttggatcaaggtggcagatgttccaaagatgaaatcaacggtaccagagataacacaattgcggtagaattgcctgtt 45302636  T
Q  235 ggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccagca 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45302637 ggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacccaggatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccagca 45302736  T
Q  335 ggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatcaca 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45302737 ggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccaatgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatcaca 45302836  T
Q  435 ccggc 439  Q
    |||||    
T  45302837 ccggc 45302841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 453 - 768
Target Start/End: Original strand, 45270801 - 45271113
Alignment:
Q  453 cttttcaatgtgagttaaagttttcatcataaatgaattttcaaagtgaagctacaatttcaaatctactctctcttcattcataaggtacacaattaat 552  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| | ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270801 cttttcaatgtgagttaatgtttttttcaaaaatgaattttgagagtgatgctactatttcacatctactctctcttcattcataaggtacacaattaat 45270900  T
Q  553 taaataaaataaaaaagctttgatcgataataactgaattacgtaccaaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactaccag 652  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  45270901 taaataaaataaaa--gctttgatcgata-taactgaattacgtacaaaaggtggcagtgttctgtgtgttggtaccggccatttggttctttctaccag 45270997  T
Q  653 tgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagat 752  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45270998 tgacaatggtctttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcctccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagat 45271097  T
Q  753 aacatatctgcctttg 768  Q
    |||||||||| |||||    
T  45271098 aacatatctgtctttg 45271113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 134 - 434
Target Start/End: Original strand, 45282236 - 45282536
Alignment:
Q  134 tttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtagcagatgttccaaagatgaagtcaatggtaccggagataacacagttgcggtagaattgcctgt 233  Q
    ||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||| ||||||||| | || ||||    
T  45282236 tttcttacaatgattgtagagtgttggatcaaggtagcagatgatccaaagatgaagtcaacggtacccgagacaagacaattgcggtagtactgtctgt 45282335  T
Q  234 tggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccagc 333  Q
    || ||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45282336 tgctttgaacatacaagctgtcttggtaacccacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccatc 45282435  T
Q  334 aggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatcac 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  45282436 aggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcattcatggataatcaattaattagtaatttcgatcac 45282535  T
Q  434 a 434  Q
    |    
T  45282536 a 45282536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 134 - 435
Target Start/End: Original strand, 45273992 - 45274294
Alignment:
Q  134 tttctcacgatgatggtagagctttggatcaaggtagcagatgttccaaagatgaagtcaatggt-accggagataacacagttgcggtagaattgcctg 232  Q
    ||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||| ||||||||| | ||||||    
T  45273992 tttcttacaatgattgtagagtgttggatcaaggtagcagatgatccaaagatgaagtcaacggttaccagagacaagacaattgcggtagtactgcctg 45274091  T
Q  233 ttggtttgaacgtacaaagtgtcttggtaacctacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtgaccag 332  Q
    ||| ||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||     
T  45274092 ttgctttgaacatacaagctgtcttggtaacccacgatatggcaacccaccaaagcagacatatctcctacgtttctaaatgccacagcttggtgaccat 45274191  T
Q  333 caggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccccattgcggtgttggctgcatgcatggatgatcaattaattagtaacttcgatca 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  45274192 caggaccggctgtgttctcaaatgtcattgcctttccaatgaaccctattgcggtgttggctgcacgcatggataatcaattaattagtaatttcgatca 45274291  T
Q  433 cac 435  Q
    |||    
T  45274292 cac 45274294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 453 - 768
Target Start/End: Original strand, 45274331 - 45274646
Alignment:
Q  453 cttttcaatgtgagttaaagttttcatcataaatgaattttcaaagtgaagctacaatttcaaatctactctctcttcattcataaggtacacaattaat 552  Q
    |||||||||| ||||||  |||||| ||| |||| |||||| | ||||| |||||  ||||  || |||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  45274331 cttttcaatgcgagttat-gttttcttcaaaaataaattttgagagtgatgctactttttcttatatactctttcttcaatcataaggtatacaattaat 45274429  T
Q  553 taaataaaataaaaaa-gctttgatcgataataactgaattacgtaccaaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactacca 651  Q
     ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||  | | |    | |||||||||||      |||||| |||||     
T  45274430 caaataaaataaaaaaagctttgatagataataattgaattacgtaccgaaggtggcggtttgcatggtcttggtaccggcagcaaagttctttctaccg 45274529  T
Q  652 gtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtaga 751  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45274530 gtgacaatggtccttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttgggtacagtgatgtattcgtcatagacaccagccttaacgtaga 45274629  T
Q  752 taacatatctgcctttg 768  Q
    ||| ||| |||||||||    
T  45274630 taaaatacctgcctttg 45274646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 453 - 768
Target Start/End: Original strand, 45282574 - 45282887
Alignment:
Q  453 cttttcaatgtgagttaaagttttcatcataaatgaattttcaaagtgaagctacaatttcaaatctactctctcttcattcataaggtacacaattaat 552  Q
    ||||||||||| |||||  |||||| ||| ||||||||||| | ||||| || ||  ||||  || |||||| |||||||||||||| || | |||||||    
T  45282574 cttttcaatgttagttat-gttttcttcaaaaatgaattttgagagtgatgccactttttctcatatactctttcttcattcataag-taaataattaat 45282671  T
Q  553 taaataaaataaaaaagctttgatcgataataactgaattacgtaccaaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactaccag 652  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| |||  | | |    | |||  ||| ||      | |||| |||||||    
T  45282672 taaataaaataaaaaagttttgatcgatgataattgaattaagtaccgaaggtggcggtttgcatggtcttgacaccagcagcaaagctctttctaccag 45282771  T
Q  653 tgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagat 752  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45282772 tgacaatggtccttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtagat 45282871  T
Q  753 aacatatctgcctttg 768  Q
    ||||||||||||||||    
T  45282872 aacatatctgcctttg 45282887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 453 - 768
Target Start/End: Original strand, 45293959 - 45294275
Alignment:
Q  453 cttttcaatgtgagttaaagttttcatcataaatgaattttcaaagtgaagctacaatttcaaatc--tactctctcttcattcataaggtacacaatta 550  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||| | ||||| | ||| |||||  |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  45293959 cttttcaatgtgagttat-gttttcttcaaaaatgaattttgagagtgatgttactatttctcatcattaccctttcttcattcataaggtacacaattt 45294057  T
Q  551 attaaataaaataaaaaagctttgatcgataataactgaattacgtaccaaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactacc 650  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||  | | |    | |||  ||| ||      |||||| || ||    
T  45294058 attaaataaaataaaaaagttgtgatcgatgataattgaattacttaccgaaggtggcggtttgcatggtcttgacaccagcagcaccgttctttcttcc 45294157  T
Q  651 agtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtag 750  Q
     || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  45294158 ggtaacaatggtctttccggggccatcaccatacataagaatgttaacagcgtctttgggaatagtgatgtattcatcatagacgccagccttaacgtag 45294257  T
Q  751 ataacatatctgcctttg 768  Q
    |||  |||||||||||||    
T  45294258 atagtatatctgcctttg 45294275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 453 - 768
Target Start/End: Original strand, 45302919 - 45303235
Alignment:
Q  453 cttttcaatgtgagttaaagttttcatcataaatgaattttcaaagtgaagctacaatttcaaatc--tactctctcttcattcataaggtacacaatta 550  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||| | ||||| | ||| |||||  |||  ||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  45302919 cttttcaatgtgagttat-gttttcttcaaaaatgaattttgagagtgatgttactatttctcatcattaccctttcttcattcataaggtacacaattt 45303017  T
Q  551 attaaataaaataaaaaagctttgatcgataataactgaattacgtaccaaagggggcactgttctgtatattggtaccggcgttttggttcttactacc 650  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||| |||| |||| |||  | | |    | |||  ||| ||      |||||| || ||    
T  45303018 attaaataaaataaaaaagttgtgatcgatgataattgaattacttaccgaaggtggcggtttgcatggtcttgacaccagcagcaccgttctttcttcc 45303117  T
Q  651 agtgacaatggtttttgcagggccatcaccatacataagaatgttaacagcatccttggggacagtgatgtattcgtcatagacaccggccttaacgtag 750  Q
     || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  45303118 ggtaacaatggtctttccggggccatcaccatacataagaatgttaacagcgtctttgggaatagtgatgtattcatcatagacgccagccttaacgtag 45303217  T
Q  751 ataacatatctgcctttg 768  Q
    |||  |||||||||||||    
T  45303218 atagtatatctgcctttg 45303235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Original strand, 45273882 - 45273941
Alignment:
Q  18 acaatgctgcttctgggacgatattgcagtcctggataacaataccagtattcatattca 77  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  45273882 acaatgctgcttctgggatgatattgcaatcctggatcacaataccagtattcaaattca 45273941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Original strand, 45282126 - 45282185
Alignment:
Q  18 acaatgctgcttctgggacgatattgcagtcctggataacaataccagtattcatattca 77  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  45282126 acaatgctgcttctgggatgatattgcaatcctggatcacaataccagtattcaaattca 45282185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 71
Target Start/End: Original strand, 45293466 - 45293519
Alignment:
Q  18 acaatgctgcttctgggacgatattgcagtcctggataacaataccagtattca 71  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  45293466 acaatgctgcttctgggacaatattgcagccttggatcacaataccagtattca 45293519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 71
Target Start/End: Original strand, 45302426 - 45302479
Alignment:
Q  18 acaatgctgcttctgggacgatattgcagtcctggataacaataccagtattca 71  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  45302426 acaatgctgcttctgggacaatattgcagccttggatcacaataccagtattca 45302479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 284 - 327
Target Start/End: Original strand, 38587600 - 38587643
Alignment:
Q  284 aaagcagacatatctccttggtttctaaatgccacagcttggtg 327  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38587600 aaagcagacatgtctccttggtttctaaatgccactgcttggtg 38587643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 721 - 766
Target Start/End: Original strand, 38583244 - 38583289
Alignment:
Q  721 tattcgtcatagacaccggccttaacgtagataacatatctgcctt 766  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38583244 tattcgtcatagacaccagccttgacgtagatgacatatctacctt 38583289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University