View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20562_low_7 (Length: 544)

Name: NF20562_low_7
Description: NF20562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20562_low_7
NF20562_low_7
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-509)||(33953620-33954133)
chr8 (1-515)||(33976221-33976726)
chr8 (1-532)||(33960926-33961448)
chr8 (1-416)||(33993140-33993557)
chr8 (24-297)||(33914465-33914735)
chr8 (24-184)||(33943182-33943342)
chr8 (75-289)||(33983300-33983518)
chr8 (356-499)||(33983680-33983829)
chr8 (1-44)||(33983246-33983289)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-292)||(8275516-8275807)
chr7 (313-484)||(8275222-8275395)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (7-297)||(13190-13480)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 433; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 433; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 33953620 - 33954133
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33953620 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 33953719  T
101 taatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
33953720 taatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgc 33953819  T
201 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttcttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
33953820 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttcttt 33953919  T
301 gaatgacttttgtatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttt--gtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaata 398  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
33953920 gaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaata 33954019  T
399 aattcaatttttaatttt---aactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagc 495  Q
    ||||||||||||||||||   | |  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
33954020 aattcaatttttaatttttttatcagctcattctattgatttatttacattctaataaggtggtagtaaatccttctatgcttctccaactctaaaaagc 33954119  T
496 ttttcgtagtcctt 509  Q
    |||| |||||||||    
33954120 tttttgtagtcctt 33954133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 515
Target Start/End: Original strand, 33976221 - 33976726
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
33976221 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 33976320  T
101 taatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
33976321 taatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaacttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgc 33976420  T
201 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttcttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
33976421 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcacaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttcttt 33976520  T
301 gaatgacttttgtatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc-tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataa 399  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
33976521 gaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaatat 33976620  T
400 attcaatttttaattttaactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagctttt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||  ||||||||||||||    
33976621 attcaatttttaattttaactactcattctaatgatttatttacatgataataaggtggtag----------tatgcttctccagttctaaaaagctttt 33976710  T
500 cgtagtccttatgttc 515  Q
    ||||||||||| ||||    
33976711 cgtagtccttaggttc 33976726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 532
Target Start/End: Original strand, 33960926 - 33961448
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33960926 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 33961025  T
101 taatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgc 200  Q
    |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
33961026 taatctttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttttcaatcttcagaatttgaagacgataacctgc 33961125  T
201 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttcttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
33961126 gatgaagagacggctgctacatgggaagattttcagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttcttt 33961225  T
301 gaatgacttttgtatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc-tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataa 399  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
33961226 gaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaatat 33961325  T
400 attcaatttttaattttaactactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactctaaaaagctttt 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||          ||||||||||||  ||||||||| ||||    
33961326 attcaatttttaattttaactactcattctaatgatttatttacaagataataagctggtag----------tatgcttctccagttctaaaaagttttt 33961415  T
500 cgtagtccttatgttcatactttcttgttcctt 532  Q
    ||||||||||| |||| |  ||| |||||||||    
33961416 cgtagtccttaggttcctttttttttgttcctt 33961448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 416
Target Start/End: Original strand, 33993140 - 33993557
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
33993140 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 33993239  T
101 taatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
33993240 taatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacctgc 33993339  T
201 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttcttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
33993340 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttcttt 33993439  T
301 gaatgacttttgtatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc--tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaata 398  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
33993440 gaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaata 33993539  T
399 aattcaatttttaatttt 416  Q
     |||||||||||||||||    
33993540 tattcaatttttaatttt 33993557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 297
Target Start/End: Original strand, 33914465 - 33914735
Alignment:
24 attggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatc 123  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| |||| |||||||| ||||    
33914465 attggaaggcttttaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacctgaggacttcggcaatctgtgtaatctaagaaatc 33914564  T
124 tgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaagagacggctgctacatg 223  Q
    | |||||| | |||||| || ||  |||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |||  ||||   || |||||||||||||||||| ||||    
33914565 tatacatgtctagttgtacaagttgtgaattgccattttcagttgtcaatcttgcgaatttaaaggtgata---tgtgatgaagagacggctgcttcatg 33914661  T
224 ggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttc 297  Q
    ||||  ||||||   |||| || ||||| | |  |||||||||| ||| ||| | || ||||||||||||||||    
33914662 ggaatctttccaatctatgatttccaatctcactatagaggttcctcaagttgaagtcaacttaaattggcttc 33914735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 184
Target Start/End: Original strand, 33943182 - 33943342
Alignment:
24 attggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatc 123  Q
    ||||||| ||| | |||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||| | ||||    
33943182 attggaaggctttcaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacccgaggactttggcaatctgtgtaatctacgaaatc 33943281  T
124 tgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaattt 184  Q
    |  ||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
33943282 tcgacatgactagttgtgcaagttgtgaattgccattctccgttgtcaatcttcagaattt 33943342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 289
Target Start/End: Original strand, 33983300 - 33983518
Alignment:
75 ctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatc 174  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  | ||  ||||||  |||||||||| | |||||    
33983300 ctttcaaatttatctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtacgttgcaggttgtttaagttgtgaattatcattctcagtcgccaatc 33983399  T
175 ttcagaatttgaagacgata---aac-tgcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttc 270  Q
    ||   |||||||    ||||   ||| ||| |||||||||||   | |  ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
33983400 ttttaaatttgatagtgatatataacgtgcaatgaagagacgatagtttgatgagaagatttccagcttatgcttcctaatatgaagatagaggttcctc 33983499  T
271 atgttcatgttaacttaaa 289  Q
    | ||| ||| |||||||||    
33983500 aggttgatgctaacttaaa 33983518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 356 - 499
Target Start/End: Original strand, 33983680 - 33983829
Alignment:
356 tttgtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaatttttaatttt-----aactactcattctattgatttatttacatgataa 450  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||     |  | |||||||||| ||||| ||||||||||||    
33983680 tttgtataactacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaatttttttttttttttaattttctcattctatagatttttttacatgataa 33983779  T
451 taaggtggtagtaaacccttc--tatgcttctccaactc-taaaaagctttt 499  Q
    |||   | ||||||| |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||    
33983780 taa--agctagtaaatccttctatatggttctccaactcttaaaaagctttt 33983829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Original strand, 33983246 - 33983289
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatcta 44  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
33983246 acttggaagctataccgacttccattggtaagctactaaatcta 33983289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8275807 - 8275516
Alignment:
1 acttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
8275807 acttggaagctataccgacttccattggaaagttgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacccgaggaatttgg 8275708  T
101 taatttgtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||    
8275707 taatttgtgcaacctaaggaatctatacatggcaagttgtgcaagtattgagcttccattttcagatgtcaatcttcagaatttgaagacgaaaacctgc 8275608  T
201 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattg 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
8275607 gatgaagagacggctgctacatgggaagatttccatcatacgcttcctagtatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattg 8275516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 313 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 8275395 - 8275222
Alignment:
313 tatagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttt-gtataaatacatgatttgtattagctattctcgatcaataaattcaattttta 411  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||    
8275395 tatagtatataactaaaattcttttgtaatcttttgtaaattcttttgtataaatgcatgatttgtattagctattcttaatcaatagattaaattttta 8275296  T
412 attttaa-ctactcattctattgatttatttacatgataataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaa 484  Q
    ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
8275295 atttttatctactcattctatagatttgtttacatgataataaggtgctagtaaatcctcctatgcttctccaa 8275222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 7 - 297
Target Start/End: Original strand, 13190 - 13480
Alignment:
7 aagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaattt 106  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
13190 aagcgataccgagttccattggaaagcttttcaatttaagacatcttgacatctcaaactgcataagcctttcaagtttacctgaggaatttggtaatct 13289  T
107 gtgcaatctaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataaactgcgatgaa 206  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
13290 ttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaacttgaagacgataacttgcgatgaa 13389  T
207 gagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttcatgttaacttaaattggcttc 297  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
13390 gagacagctgcctcatgggaagattttcagcctatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattggcttc 13480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University