View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20570_high_27 (Length: 360)
Name: NF20570_high_27
Description: NF20570
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20570_high_27 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37592262 - 37592586
Alignment:
| Q |
19 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37592262 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
37592361 |
T |
|
| Q |
119 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37592362 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
37592461 |
T |
|
| Q |
219 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37592462 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
37592561 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37592562 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
37592586 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37531055 - 37531379
Alignment:
| Q |
19 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37531055 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatggatattgttcaattattcattcattgccgcagtatcctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
37531154 |
T |
|
| Q |
119 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37531155 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
37531254 |
T |
|
| Q |
219 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37531255 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
37531354 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37531355 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
37531379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37694621 - 37694945
Alignment:
| Q |
19 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37694621 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattatttattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
37694720 |
T |
|
| Q |
119 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37694721 |
taaaggagcgataattacataaaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttaaacactgaaatagattaaatatta |
37694820 |
T |
|
| Q |
219 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37694821 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
37694920 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37694921 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
37694945 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37709550 - 37709874
Alignment:
| Q |
19 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
37709550 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcaacaccctaatcgagtcgatgacacacttgcacaggca |
37709649 |
T |
|
| Q |
119 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
218 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37709650 |
taaaggagtgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
37709749 |
T |
|
| Q |
219 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
318 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37709750 |
cacactgaggatatggtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaacatccttcaatcgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
37709849 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37709850 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
37709874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Original strand, 37821663 - 37821987
Alignment:
| Q |
19 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgccgcagtaccctaatcgagtcgatgacacacttgaacaggca |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
37821663 |
tgaatgtgtatgtatttacgcatgttttaatgaatattgttcaattattcattcattgcagcagtatcctaatcgagtcgatgacacacttgcacaggca |
37821762 |
T |
|
| Q |
119 |
taaaggagcgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacactgaaatagattaaatatta |
218 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37821763 |
taaaggagtgataattacatagaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttataagagaagttgaacgctgaaatagattaaatatta |
37821862 |
T |
|
| Q |
219 |
cacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatta |
318 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |
|
|
| T |
37821863 |
cacactgaggatatggtttcaaatatgcattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatcctttaattgaagcaccaacatctatatccgtcgtataaatta |
37821962 |
T |
|
| Q |
319 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37821963 |
aaaacaacatattttgatatgtgtg |
37821987 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 218 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 37394728 - 37394622
Alignment:
| Q |
218 |
acacaatgaggatattgtttcaaatatacattattcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcaccaacatctatatccatcatagaaatt |
317 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37394728 |
acacactgaggatatggtttcgaataaacattcttcaaaaggtaaaaaacatcaccatccttcaattgaagcacaaacatctatatccatcatagaaatt |
37394629 |
T |
|
| Q |
318 |
aaaaaca |
324 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
37394628 |
aaaaaca |
37394622 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 45782960 - 45782917
Alignment:
| Q |
140 |
gaaataatatttggatgctgtgacaccattcaattccattttat |
183 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45782960 |
gaaataatatttggatgttgtgacaccattcaattccattttat |
45782917 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University