View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20573_low_34 (Length: 340)

Name: NF20573_low_34
Description: NF20573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20573_low_34
NF20573_low_34
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (21-323)||(46490216-46490518)
chr7 (22-323)||(46479015-46479316)
chr7 (22-323)||(46520445-46520746)
chr7 (21-326)||(46494514-46494819)
chr7 (111-323)||(46524600-46524812)
chr7 (25-323)||(46532067-46532365)
chr7 (21-320)||(46326455-46326754)
chr7 (25-326)||(46516807-46517108)
chr7 (21-326)||(46322744-46323049)
chr7 (24-119)||(46464890-46464985)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-221)||(7475308-7475508)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (205-245)||(49833648-49833688)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 46490216 - 46490518
Alignment:
Q  21 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46490216 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaacgccaagtgagtcgatgagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 46490315  T
Q  121 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46490316 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatg 46490415  T
Q  221 aataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46490416 aataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 46490515  T
Q  321 gtg 323  Q
    |||    
T  46490516 gtg 46490518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Original strand, 46479015 - 46479316
Alignment:
Q  22 atggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctac 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  46479015 atggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgc 46479114  T
Q  122 taatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 221  Q
    | || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46479115 ttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 46479214  T
Q  222 ataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctg 321  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46479215 ataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctg 46479314  T
Q  322 tg 323  Q
    ||    
T  46479315 tg 46479316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Original strand, 46520445 - 46520746
Alignment:
Q  22 atggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctac 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  46520445 atggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgc 46520544  T
Q  122 taatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 221  Q
    | || || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46520545 ttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatga 46520644  T
Q  222 ataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctg 321  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46520645 ataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttcttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttccaccgttctg 46520744  T
Q  322 tg 323  Q
    ||    
T  46520745 tg 46520746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 21 - 326
Target Start/End: Original strand, 46494514 - 46494819
Alignment:
Q  21 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 120  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || ||     
T  46494514 gatggcaccccaatcatgagccacaaggaagacttgatcaaccccaagcgagtcgatgagcgcaacaatgtcaccaaccaagtggaagattgtataactg 46494613  T
Q  121 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatg 220  Q
     | |  ||    ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  46494614 tttaccgaactggggacatcagtatcgccataaccacgaagatcgggagccacagcccggtaaccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaag 46494713  T
Q  221 aataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 320  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46494714 agtaccagagttcagggaatccgtgaaggaacaggacaacaggtccttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttct 46494813  T
Q  321 gtgctc 326  Q
    ||||||    
T  46494814 gtgctc 46494819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 111 - 323
Target Start/End: Original strand, 46524600 - 46524812
Alignment:
Q  111 tgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctgg 210  Q
    ||||||||||||||  || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||    
T  46524600 tgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacaatctgg 46524699  T
Q  211 tggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcactt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46524700 tggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcactt 46524799  T
Q  311 ccactgttctgtg 323  Q
    ||||| |||||||    
T  46524800 ccactcttctgtg 46524812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 323
Target Start/End: Original strand, 46532067 - 46532365
Alignment:
Q  25 gcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaa 124  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | || || || ||||| | |||||| || |  || ||    |||||||| || |    
T  46532067 gcaccccaatcatgagccacaagaaacacttggtcaacaccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgctta 46532166  T
Q  125 tggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaata 224  Q
    | || |  ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  46532167 ttgaagatggagcctcggtgtcaccatagccacgcagatctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaata 46532266  T
Q  225 ccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtg 323  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46532267 ccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaacaggtccttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcacctccactgttctgtg 46532365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 46326754 - 46326455
Alignment:
Q  21 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 120  Q
    ||||||||||  ||||||| | ||||| || ||| | || || |||||  |||||||||||| ||| | ||||||||| |  || ||   |||||||||     
T  46326754 gatggcacccatatcatgaccaacaaggaaaacttgttccacaccaagcaagtcgatgagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctg 46326655  T
Q  121 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatg 220  Q
    |||||||| | |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |    
T  46326654 ctaatggaagacggaacatctgtgtcaccatagccacggagatcgggagcaacagcacggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaag 46326555  T
Q  221 aataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 320  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46326554 agtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactgttct 46326455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 326
Target Start/End: Original strand, 46516807 - 46517108
Alignment:
Q  25 gcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaa 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| || || |||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  46516807 gcaccccaatcatgagccacaaggaaaacttggtccacacccagtgagtcaattagagcaacgatatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaa 46516906  T
Q  125 tggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaata 224  Q
      || |  |||||||| ||||| || || |||| |||||||||||| || | |||||| || |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  46516907 ctgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagccacagagatctggagccacggtgcggtagccaagggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagta 46517006  T
Q  225 ccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttctgtgc 324  Q
    ||||| |||||| || |||||||||||||  || |  ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46517007 ccagatttcaggaaaaccatgaaggaacaatactattggtccttcttttcctttctctgcgacatgcattttgattccattcacttccactgttctgtgc 46517106  T
Q  325 tc 326  Q
    ||    
T  46517107 tc 46517108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 46323049 - 46322744
Alignment:
Q  21 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  | || || || ||||| |  ||||| || |  || ||   |||||||||     
T  46323049 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacacttgatcaacgccaagcaaatctataagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctg 46322950  T
Q  121 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatg 220  Q
    || || || |  ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  46322949 cttattgaagatggagcctcagtgtcaccatagccacgtagatccggagctacggcgcggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaag 46322850  T
Q  221 aataccagagttcagggaagccatgaaggaacaggacaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttccactgttct 320  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  46322849 agtaccagagttcaggaaagccgtgaaggaacaaaacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttccactcttct 46322750  T
Q  321 gtgctc 326  Q
    ||||||    
T  46322749 gtgctc 46322744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 119
Target Start/End: Original strand, 46464890 - 46464985
Alignment:
Q  24 ggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagct 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  46464890 ggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaaccccaagtgagtctatgagagcaacgatgtcaccaactaagtggaagattgtgtagct 46464985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7475508 - 7475308
Alignment:
Q  21 gatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactcggtcaactccaagtgagtcgatgagagcaacgacgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagcta 120  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||  | || || || ||||| | ||||||||||| ||| ||   |||||||||     
T  7475508 gatggcaccccaatcatgagccacaagaaacacttgatcaacaccaagaaaatctataagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctg 7475409  T
Q  121 ctaatggaggccggagcatcggtgtcgccataaccacggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatg 220  Q
    || || || |  |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||  |  |||| ||||||||||  |||||   |||||||||||||||||    
T  7475408 cttattgaagatggagaatcggtgtcaccatagccacggagatcagtagccacgacatggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatg 7475309  T
Q  221 a 221  Q
    |    
T  7475308 a 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 245
Target Start/End: Original strand, 49833648 - 49833688
Alignment:
Q  205 atctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  49833648 atctggtggcgccatgaataccatagatcagggaagccatg 49833688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University