View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20574_high_3 (Length: 495)

Name: NF20574_high_3
Description: NF20574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20574_high_3
NF20574_high_3
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (11-477)||(35183667-35184133)
chr2 (91-413)||(35105782-35106104)
chr2 (64-444)||(35177702-35178082)
chr2 (95-444)||(35169411-35169760)
chr2 (109-436)||(35054846-35055173)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (76-407)||(25484251-25484582)
chr7 (94-346)||(25636510-25636762)
chr7 (84-416)||(25436248-25436580)
chr7 (98-346)||(25442322-25442570)
chr7 (97-416)||(25478730-25479049)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (85-173)||(500356-500444)
chr5 (281-327)||(16466136-16466182)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 35184133 - 35183667
Alignment:
11 cacagagtcgtttgacatcttccgatttgatccatttgggtcagggagatataggttcttccagtgattccaatagcatccaaagctatagatatgatgt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35184133 cacagagtcgtttgacatcttccgatttgatccatttgggtcagggagatataggttcttccagtgattccaatagcatccaaagctatagatatgatgt 35184034  T
111 gtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcgctttcaaggatgacaaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35184033 gtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcagcacttttgttgatcatcttcatgctcatctaacaactaagggtattttcgctttcaaggatgacaaa 35183934  T
211 agacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaattatgcggagtcaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35183933 agacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaattatgcggagtcaa 35183834  T
311 catggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgttgatccatctcatgtacg 410  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
35183833 cattatgtttggaagagatggccactattgctgaatatcatacagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgccgatccatctcatgtacg 35183734  T
411 aaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttgttctactccagaataaattcaaacatgacccaaat 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35183733 aaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttgttctactccagaataaattcaaacatgacccaaat 35183667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 91 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 35106104 - 35105782
Alignment:
91 caaagctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattt 190  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
35106104 caaagctatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacgcgcaacacttttgtcgatcatctttatgctcatctaaaaagaaagggtattt 35106005  T
191 tcgctttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctc 290  Q
    | || |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
35106004 ttgccttcaaggatgatcaaaggcttgagaaaggagaatccctttcgccgcaacttcttcaagcaattcaaaattctcgggtttctattgttgtcttctc 35105905  T
291 taaaaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctattttttatgat 390  Q
    | |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| | || |  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
35105904 tgaaagatatgccgagtcaacatggtgtttggaagagatggctactgttgctgaatgccgtaaaagattgaaacaaactgttttccctgttttttatgat 35105805  T
391 gttgatccatctcatgtacgaaa 413  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
35105804 gttgatccatctcatgttcgaaa 35105782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 64 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35178082 - 35177702
Alignment:
64 ggttcttccagtgattccaatagcatccaaagctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatcttt 163  Q
    |||||||||| |||||||| | |  | || ||||||| ||| || ||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
35178082 ggttcttccattgattccagtggagtgcatagctataaatacgacgtgtttatcagtttcagaggtccagacacccgcaacacttttgttgatcatcttt 35177983  T
164 atgctcatctaacaactaagggtattttcgctttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaag 263  Q
    |||||||||||||||  || |||||||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||  ||     
35177982 atgctcatctaacaagaaaaggtatttttgcgttcaaggatgataaaaggctcgagaaaggagaatgcctttcgctgcaacttcgacaagcaattgcaaa 35177883  T
264 ttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaa 363  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||   | ||   |    
35177882 ttcacggatatctatcgttgtcttctcagaaagatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctactattgttgaatgtcgtagcaatttctta 35177783  T
364 cagactgttttccctattttttatgatgttgatccatctcatgtacgaaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttgtt 444  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
35177782 caaactgttttccctgttttttatgatatcaatccatctcatgtacgaaaacagaacggtgtgtaccagaatgcctttgtt 35177702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 95 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 35169760 - 35169411
Alignment:
95 gctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcgc 194  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||    
35169760 gctataaatacgatgtgtttatcagtttcagaggcgctgacacccgtaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaactagaaagggtgttttcgc 35169661  T
195 tttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaa 294  Q
     ||||||||||| ||||| || || |||||||||| | ||||  |||||| || ||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||  ||    
35169660 cttcaaggatgataaaaggctagagaaaggagaatgcttttcaacgcaacatcgacaagcaattacaaattcacggatttctattgttgtcttctcagaa 35169561  T
295 aattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgttg 394  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||| |   ||  || ||| |||  |  ||||||||| ||||||||||| |||    
35169560 agatatgctgagtcaacatggtgtttggaagaaatggctaccattgttgaaagatgtaacgatttgcaacgaatagttttccctgttttttatgatattg 35169461  T
395 atccatctcatgtacgaaaacagagcggggtgtaccagaatgcctttgtt 444  Q
    |||||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||    
35169460 atccatctcatgtacgaaaagagaatggtgtgtaccagaatgcctttgtt 35169411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 109 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 35055173 - 35054846
Alignment:
109 gtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcgctttcaaggatgaca 208  Q
    ||||| ||||||||  | ||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| || |||||||||||||    
35055173 gtgttcatcagttttagaggtcctgacactcgcaatagttttgttgatcatctttatgctcatctaacaagaaaaggtatttttgccttcaaggatgaca 35055074  T
209 aaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaattatgcggagtc 308  Q
    |||| ||||| ||||||||||   |||| ||||| |||||||||||||||| || ||| || |||| ||||||||||||||||||||  ||||| || ||    
35055073 aaagtcttgagaaaggagaatttatttcaccgcagcttctacaagcaattcgaaattcgcgaatttttattgttgtcttctctaaaacatatgccgaatc 35054974  T
309 aacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgttgatccatctcatgta 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| |||  |    | || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
35054973 aacttggtgtttggaagagatggctgcaattgctgattgttgtgagtatttcaaacaaacagttttccctattttttatgatgttgatccatctgatgta 35054874  T
409 cgaaaacagagcggggtgtaccagaatg 436  Q
    ||||| ||||| ||||| || |||||||    
35054873 cgaaagcagagtggggtatatcagaatg 35054846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 407
Target Start/End: Original strand, 25484251 - 25484582
Alignment:
76 gattccaatagcatccaaagctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaa 175  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||| || |||||||| |    
25484251 gattctaatagcaaccaaagctatagatacgatgtgttcatcagtttcagaggttctgacacccgtaattcctttgttgaccatctctacgctcatctca 25484350  T
176 caactaagggtattttcgctttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttc 275  Q
      |  || ||||||||| | ||||||||||||||    ||  | ||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||   || || |||||    
25484351 atagaaaaggtattttcaccttcaaggatgacaagcagctacagaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcaacagtcacgcatttc 25484450  T
276 tattgttgtcttctctaaaaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttc 375  Q
    ||| ||||| ||||| ||| |||||||    ||||||||||||||||| || |||||  |||||   |||| |   ||| | ||||||||   |||||||    
25484451 tatcgttgttttctccaaagattatgcttcttcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattagcgaatctagaataaatttgaaacaagttgttttc 25484550  T
376 cctattttttatgatgttgatccatctcatgt 407  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
25484551 cctgttttttatgatgttgatccatctcatgt 25484582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 94 - 346
Target Start/End: Original strand, 25636510 - 25636762
Alignment:
94 agctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcg 193  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |  || |||||||       
25636510 agctataaatatgatgtatttatcagtttcagaggtcctgacacccgcaacacctttgttgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtatttcga 25636609  T
194 ctttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaa 293  Q
    | |||||||||||||||   ||| | ||||| |||||| |||| |  |||||| | || |||||| ||  ||| ||| |||||||  |||||||||| ||    
25636610 ccttcaaggatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctccaa 25636709  T
294 aaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaat 346  Q
    | |||||||    ||||||||||||||||| || |||||  |||||| |||||    
25636710 agattatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaat 25636762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 84 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25436580 - 25436248
Alignment:
84 tagcatccaaagctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaag 183  Q
    ||||||| ||| | ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||  |  ||||||||   |  ||     
25436580 tagcatcgaaaaccataaatacgatgtgttcatcagttttagaggttctgagacccgcaattcttttgttgatcatctccactctcatctagttagaaaa 25436481  T
184 ggtattttcgctttcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttg 283  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||    ||  ||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| | | || ||| ||| |||  |||    
25436480 ggtatttttaccttcaaggatgacaagcagctccaaaaaggagaagccatttcaccccaacttctacaagcaattcgacggtcacgggtttgtatcattg 25436381  T
284 tcttctctaaaaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctatttt 383  Q
    | ||||| | | |||||||    ||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| |   | | ||||||||||   ||| |||||| ||||    
25436380 ttttctcaagagattatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaatctagaaaaaaattgaaacaagttgtattccctgtttt 25436281  T
384 ttatgatgttgatccatctcatgtacgaaaaca 416  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
25436280 ttatgatgtcgatccatctcatgttcgaaaaca 25436248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 346
Target Start/End: Original strand, 25442322 - 25442570
Alignment:
98 atagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcgcttt 197  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | ||| |||||||||||||  | |||||||| ||||| || | |||||| || |  || ||||||||||  ||    
25442322 atagatacgatgtgttcatcagttttagaggtcctgacacccgcaattcctttgttgaccatctctacgatcatctcactagaaaaggtattttcgtctt 25442421  T
198 caaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaat 297  Q
    |||||||||||||   ||| | ||||| |||||| |||| |  |||||| | || |||||| ||  ||| ||| |||||||  |||||||||| ||| ||    
25442422 caaggatgacaaatcgcttcagaaaggcgaatccatttcactccaacttttgcaggcaattaaagattcgcgggtttctatcattgtcttctccaaagat 25442521  T
298 tatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaat 346  Q
    |||||    ||||||||||||||||| || |||||  |||||| |||||    
25442522 tatgcttcatcaacatggtgtttggatgaaatggctgctattgatgaat 25442570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 25479049 - 25478730
Alignment:
97 tatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatctaacaactaagggtattttcgctt 196  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| | |||  ||||||||| || || |||| ||| ||||| ||||||||||| || |  || ||||||||| | |    
25479049 tatagatacgacgtgtttatcagtttcagaggtattgacacccgtaaaacctttgctgaccatctctatgctcatctcactagaaaaggtattttcacgt 25478950  T
197 tcaaggatgacaaaagacttgaaaaaggagaatccctttcgccgcaacttctacaagcaattcaaagttctcggatttctattgttgtcttctctaaaaa 296  Q
    ||| ||||||| |    || || ||||| |||||| |||| |  ||||||| ||| |||||||||   || ||  ||||||| |||||||||||  || |    
25478949 tcatggatgaccagcagctcgagaaaggggaatccatttcactccaacttcgacaggcaattcaacaatcgcgtctttctatagttgtcttctcagaaga 25478850  T
297 ttatgcggagtcaacatggtgtttggaagagatggccactattgctgaatgtcatatagaattgaaacagactgttttccctattttttatgatgttgat 396  Q
    |||||| |  ||||| ||||||||||| || ||| |   |||||| || || | || | || | ||||| | |||||| ||| |||| ||| |||| |||    
25478849 ttatgctggctcaacttggtgtttggatgaaatgactgttattgccgactgccttacaaaactaaaacaaattgttttacctgttttctattatgtcgat 25478750  T
397 ccatctcatgtacgaaaaca 416  Q
    ||||||||||| ||||||||    
25478749 ccatctcatgtccgaaaaca 25478730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 85 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 500444 - 500356
Alignment:
85 agcatccaaagctatagatatgatgtgtttatcagtttccgtggtgctgacacccgcaacacttttgttgatcatctttatgctcatct 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
500444 agcatccaaagctatagatatgatgtgtttatcagtttcagaggttccgacacacgcaacacttttgttgatcatctctatgctcatct 500356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 16466182 - 16466136
Alignment:
281 ttgtcttctctaaaaattatgcggagtcaacatggtgtttggaagag 327  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
16466182 ttgttttctctaaaaactatgcggtgtcaaaatggtgtttggaagag 16466136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University