View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20578_high_6 (Length: 759)

Name: NF20578_high_6
Description: NF20578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20578_high_6
NF20578_high_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-742)||(361847-362555)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 362555 - 361847
Alignment:
Q  17 ttatctggaatgtcccttatctcaccaaccgaacgcgagacaaatagaataaaatacggattaaatgtacttagttaggaagatgtttttataattgttg 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  362555 ttatctggaatgtctcttatctcaccaaccgaacgcgagacaaatagaataaaatacggattaaatgtacttag-----aagatgtttttataattgttg 362461  T
Q  117 aacttttcaatatccctattttgttggaacaggtagaatacttataatctcaaatttagcacctatcgatctgaaatcgtgaaatactgcaatatcccta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  362460 aacttttcaatatccctattttgttggaacaggtagaatacttataatctcaaatttagcacctatcgatctgaaatcgtgaaatactgcaatatcccta 362361  T
Q  217 ttttgttggaactttgaaatactattattcatgaccgatctcaaacacttgaaaaaacacttgaaaaaggtgacatgtttattgtattggagtttgatga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  362360 ttttgttggaactttgaaatactattattcatgaccgatctcaaacacttgaaaaa------------ggtgacatgtttattgtattggagtttgatga 362273  T
Q  317 agtcacaatccctattatgcctcaactaaatttgattacatacacatggccataatccattttacttattcactattatttctctctttaagtgactaat 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  362272 agtcacaatccctattatgactcaaccaaatttgatttcatacacatggccataatccatttaatttattcactattatttctctttttaagtgactaat 362173  T
Q  417 tcaacactcacaacctaccattgctatatatacatatgtatatccatagagaactatcacttccaaatctcttacagtagaattatcactataattcagt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  362172 tcaacactcacaacctaccattgctatatatacatatgtatatccatagagaactatcacttccaaatctcttacagtagaattatcactataattcagt 362073  T
Q  517 atggtactattggtaatgttaatcgatcaatatctttacaattcactactactttcaattattcaatcatgtgtacatgtgtgattaactttaatttgtg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  362072 atggtactattggtaatgttaatcgatcaatatctttacaattcactactactttcaattattcaatcatgtgtacatgtgtgattaactttaatttgtg 361973  T
Q  617 ggcgtgttcgctaattcaggagcagaatattggtcatgatgttgaacgtcaaggtggtgagggtgcagcgaatcaaggtgcaaatcaagaaaatctggaa 716  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  361972 ggcgtgttcgttaattcaggagcagaatattggtcatgatgttgaacgtcaaggtggtgagggtgcagcgaatcaaggtgcaaatcaagaaaatctgcaa 361873  T
Q  717 aaatggttgccaattagtgcatctag 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  361872 aaatggttgccaattagtgcatctag 361847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University