View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20578_low_11 (Length: 597)
Name: NF20578_low_11
Description: NF20578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20578_low_11 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 39813745 - 39813168
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
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| T |
39813745 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
39813646 |
T |
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| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaa |
217 |
Q |
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| T |
39813645 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactgacacatagtaa |
39813546 |
T |
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| Q |
218 |
aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatga |
317 |
Q |
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| T |
39813545 |
aattgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccgacactggagctcctcctccaatatagaaaga |
39813446 |
T |
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| Q |
318 |
ctacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
417 |
Q |
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| T |
39813445 |
ctacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
39813346 |
T |
|
| Q |
418 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcagga |
517 |
Q |
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| T |
39813345 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcagga |
39813246 |
T |
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| Q |
518 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcct |
595 |
Q |
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| T |
39813245 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcct |
39813168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 39805217 - 39804640
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
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| T |
39805217 |
aattttgtccatatgcttgaagaacttgcatgtgaacggcccacatgtacaattggaccctcatttttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctg |
39805118 |
T |
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| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaa |
217 |
Q |
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| T |
39805117 |
atacctgtgatgagttaatcatttaacacattagtaagtttgctagcaatgaaacgctgacagagacaaggacatcgaacacaatgccgacacgtagtga |
39805018 |
T |
|
| Q |
218 |
aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatga |
317 |
Q |
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|
| T |
39805017 |
agttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccgacagtggggctccacctccaatatagaaaga |
39804918 |
T |
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| Q |
318 |
ctacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
417 |
Q |
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|
| T |
39804917 |
ctacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattgatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
39804818 |
T |
|
| Q |
418 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcagga |
517 |
Q |
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|
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|
|
| T |
39804817 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcagga |
39804718 |
T |
|
| Q |
518 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcct |
595 |
Q |
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|
|
| T |
39804717 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacgaatcccacctttgcttctcct |
39804640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 39825254 - 39824677
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
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|
| T |
39825254 |
aattttgtccatatgtttgaagcacttggatgtgaacggcccacgtgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcatcaactttgatcctg |
39825155 |
T |
|
| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaa |
217 |
Q |
| |
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| T |
39825154 |
atacctatgatgaattaattatttaacacattagtatgtttgctagctatgaaacgctgatagagacaaggacatcgaacacaacacagacacatagtga |
39825055 |
T |
|
| Q |
218 |
aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatga |
317 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
39825054 |
agttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaggtactgacagtggggctccacctccaatatagaaaga |
39824955 |
T |
|
| Q |
318 |
ctacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
417 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39824954 |
ctacaacatataaacaagctatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctggaa |
39824855 |
T |
|
| Q |
418 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagcagga |
517 |
Q |
| |
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| T |
39824854 |
aataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccagctgga |
39824755 |
T |
|
| Q |
518 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcct |
595 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39824754 |
atttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttatcct |
39824677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 18 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 39921522 - 39920948
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39921522 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaacggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctg |
39921423 |
T |
|
| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||| | |||| || |||||||||||||| | | ||||||||| | |
|
|
| T |
39921422 |
atacctgggatgagttaattattaaacacattagtcagttttctatctatgaaatactgacagaggcacaaacatcgaacacgacgccgacacatagtga |
39921323 |
T |
|
| Q |
218 |
aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatga |
317 |
Q |
| |
|
| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
39921322 |
agttgtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaaataccgacactggagctcctcctccaatatagaaaga |
39921223 |
T |
|
| Q |
318 |
ctac-aacatataaacaagccata----ttaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacc |
412 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39921222 |
ctacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattatatataaaggt----attgcttatacaaatgcttgtatatacc |
39921127 |
T |
|
| Q |
413 |
tggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccag |
512 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39921126 |
tggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctccccaatattcgacaaataaaatgcagaaccag |
39921027 |
T |
|
| Q |
513 |
caggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttc |
591 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39921026 |
ctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcattctcatacatgaatccaacctttgcttc |
39920948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 39910203 - 39909629
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39910203 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacgtgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttactcaactctgatcctg |
39910104 |
T |
|
| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacacattagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagtaa |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||| ||||||| ||| | |||| || | ||||| ||| | ||| ||||||||| | |
|
|
| T |
39910103 |
atacctgtgatgagttaattattaaacatattagtcagttttctatctatgaaatactgacagaggcacagacatcaaactcaacaccgacacatagtga |
39910004 |
T |
|
| Q |
218 |
aattgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatga |
317 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39910003 |
agttgtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaatccggaaaataccgacactggagctcctcctccaatatagaatga |
39909904 |
T |
|
| Q |
318 |
ctac-aacatataaacaagccata----ttaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatatatatacc |
412 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||| | ||||| | ||| ||| | || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
39909903 |
ctacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaattatatataaaggt----attgattatacaaatgcttgtatatacc |
39909808 |
T |
|
| Q |
413 |
tggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcagaaccag |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
39909807 |
tggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctccccaatatttgacaaataaaatgcagaaccag |
39909708 |
T |
|
| Q |
513 |
caggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttc |
591 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39909707 |
ctggaatttgatacacatcccccttcttcaattcactctcctccaattcattctcatacatgaatccaacctttgcttc |
39909629 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 39882840 - 39882282
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39882840 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaagggcccacgtgtacaattggaccctcatttttccttgtgaagaatttcatcaactctgatcctg |
39882741 |
T |
|
| Q |
118 |
atacctgtgatgagttaattatttaacaca--ttagtacgtttgctagttatgaaacactaagagagacataaacatcgaacacggcactaacacatagt |
215 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| ||||||| |||||| || | |||| ||| ||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||| | | |||| |||| |
|
|
| T |
39882740 |
atacctatgatgagtaaattattaaacacacattgatcagttttctatctatgaaatactgacagagacacaaacatcgaacacaacgcagacacgtagt |
39882641 |
T |
|
| Q |
216 |
aaa----attgtttgttagttttcttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatata |
311 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39882640 |
gaagttaattgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatata |
39882541 |
T |
|
| Q |
312 |
gaatgactacaa-catataaacaagccatat----taattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatata |
406 |
Q |
| |
|
||| |||||||| ||| |||| | ||||| |||| ||| | |||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||| | || |
|
|
| T |
39882540 |
gaaagactacaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaaggtattggtt----atgcaaatgcttgta |
39882445 |
T |
|
| Q |
407 |
tatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgcag |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39882444 |
tatacctggaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcag |
39882345 |
T |
|
| Q |
507 |
aaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcat |
569 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
39882344 |
aaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcat |
39882282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 39926810 - 39926705
Alignment:
| Q |
18 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccacatgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaagaatttcttcaactctgatcctg |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39926810 |
aatttagtccatatgcttgaagcacttgcatgtgaatggcccatgtgtacaattggaccctcatgtttccttgtgaataatttcttcaactctgatcctg |
39926711 |
T |
|
| Q |
118 |
atacct |
123 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
39926710 |
atacct |
39926705 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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