View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2057_low_49 (Length: 252)

Name: NF2057_low_49
Description: NF2057
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2057_low_49
NF2057_low_49
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (1-235)||(30732172-30732406)
chr5 (1-235)||(12825247-12825481)
chr5 (1-235)||(42513768-42514002)
chr5 (1-235)||(27117019-27117253)
chr5 (4-224)||(23238435-23238655)
chr5 (1-235)||(35983649-35983883)
chr5 (2-235)||(42928180-42928413)
chr5 (1-235)||(28535533-28535767)
chr5 (8-235)||(31641567-31641793)
chr5 (4-75)||(8228077-8228148)
chr5 (164-225)||(27795694-27795755)
chr5 (2-60)||(19255155-19255213)
chr5 (1-60)||(25857457-25857516)
chr5 (1-60)||(8300215-8300274)
chr5 (167-234)||(24408142-24408209)
chr5 (1-60)||(27767090-27767149)
chr5 (167-226)||(33169872-33169931)
chr5 (1-60)||(33385407-33385466)
chr5 (1-59)||(10776812-10776870)
chr5 (1-144)||(26072940-26073083)
chr5 (2-116)||(18359069-18359183)
chr5 (196-225)||(476456-476485)
chr5 (167-235)||(18089619-18089687)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (1-235)||(7312824-7313058)
chr3 (1-235)||(2364325-2364559)
chr3 (1-235)||(19920087-19920321)
chr3 (1-235)||(10323429-10323663)
chr3 (3-235)||(34332673-34332905)
chr3 (1-229)||(40930392-40930620)
chr3 (1-234)||(7032366-7032587)
chr3 (164-225)||(48569907-48569968)
chr3 (1-60)||(29523778-29523837)
chr3 (1-60)||(11203867-11203926)
chr3 (1-59)||(33496595-33496653)
chr3 (2-123)||(26770959-26771080)
chr3 (165-225)||(19890890-19890950)
chr3 (167-226)||(963030-963089)
chr3 (167-226)||(3141066-3141125)
chr3 (1-60)||(12342259-12342317)
chr3 (191-229)||(26010285-26010323)
chr3 (2-60)||(35214404-35214462)
chr3 (2-47)||(7031063-7031108)
chr3 (196-225)||(31675173-31675202)
chr3 (196-225)||(31921218-31921247)
chr3 (191-235)||(47537506-47537550)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-235)||(11908963-11909197)
chr1 (1-235)||(35541097-35541331)
chr1 (1-235)||(6050651-6050885)
chr1 (1-171)||(51052528-51052698)
chr1 (2-225)||(47622945-47623168)
chr1 (1-60)||(16917842-16917901)
chr1 (1-60)||(43388415-43388474)
chr1 (170-234)||(2491429-2491493)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (1-235)||(105701-105935)
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (1-235)||(7924434-7924668)
chr8 (1-235)||(8299851-8300085)
chr8 (1-235)||(172151-172385)
chr8 (1-235)||(13396436-13396670)
chr8 (1-235)||(41665227-41665461)
chr8 (4-235)||(32266615-32266844)
chr8 (8-235)||(9922656-9922883)
chr8 (164-225)||(13879355-13879416)
chr8 (164-225)||(25090598-25090659)
chr8 (1-225)||(2170390-2170614)
chr8 (3-60)||(13200173-13200230)
chr8 (1-60)||(20824344-20824403)
chr8 (1-60)||(17699530-17699589)
chr8 (191-235)||(12134566-12134610)
chr8 (2-45)||(34137011-34137054)
chr8 (1-60)||(37434180-37434239)
chr8 (184-225)||(13200296-13200337)
chr8 (162-211)||(42177471-42177520)
chr8 (1-45)||(43270498-43270542)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-235)||(4937986-4938220)
chr7 (1-235)||(11277110-11277344)
chr7 (1-235)||(47877031-47877265)
chr7 (5-229)||(29968027-29968250)
chr7 (1-234)||(235296-235529)
chr7 (1-235)||(37919592-37919826)
chr7 (1-235)||(17720683-17720917)
chr7 (2-60)||(25619508-25619566)
chr7 (165-225)||(37254970-37255030)
chr7 (162-225)||(25619674-25619737)
chr7 (163-225)||(31422814-31422876)
chr7 (167-225)||(36363738-36363796)
chr7 (191-225)||(45943089-45943123)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (1-235)||(23642449-23642683)
chr4 (4-235)||(15740272-15740503)
chr4 (1-229)||(47685759-47685987)
chr4 (1-235)||(47418852-47419086)
chr4 (4-235)||(1828398-1828629)
chr4 (1-235)||(19755315-19755549)
chr4 (1-235)||(19784257-19784491)
chr4 (1-153)||(13270831-13270983)
chr4 (1-213)||(7403961-7404177)
chr4 (164-225)||(54483027-54483088)
chr4 (165-222)||(48312307-48312364)
chr4 (1-213)||(2821917-2822129)
chr4 (2-102)||(11587189-11587289)
chr4 (1-60)||(12697861-12697920)
chr4 (1-60)||(45472742-45472801)
chr4 (2-60)||(55725719-55725777)
chr4 (1-60)||(8361148-8361207)
chr4 (164-234)||(5789951-5790021)
chr4 (167-209)||(11587082-11587124)
chr4 (2-60)||(20002774-20002832)
chr4 (191-235)||(20395834-20395878)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (4-235)||(21168250-21168481)
chr6 (1-235)||(2553685-2553919)
chr6 (5-235)||(24767287-24767512)
chr6 (1-144)||(18651183-18651326)
chr6 (3-210)||(14372874-14373081)
chr6 (1-68)||(12734173-12734240)
chr6 (2-209)||(15958697-15958904)
chr6 (2-225)||(20882901-20883124)
chr6 (1-60)||(17579114-17579173)
chr6 (1-60)||(17606367-17606426)
chr6 (167-226)||(13937914-13937973)
chr6 (1-60)||(17573688-17573747)
chr6 (196-235)||(26513967-26514006)
chr6 (1-225)||(10577117-10577341)
chr6 (163-210)||(11462617-11462664)
chr6 (172-226)||(18682401-18682455)
chr6 (191-225)||(25318092-25318126)
chr6 (191-225)||(26205586-26205620)
chr6 (5-102)||(33185488-33185585)
chr6 (191-235)||(649924-649968)
chr6 (191-235)||(18051307-18051351)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (4-235)||(3303-3534)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-143)||(4552217-4552359)
chr2 (2-235)||(41207065-41207298)
chr2 (2-210)||(28252769-28252977)
chr2 (164-225)||(40176879-40176940)
chr2 (166-221)||(12645749-12645804)
chr2 (2-60)||(12645585-12645643)
chr2 (191-235)||(36804365-36804409)
chr2 (185-237)||(44547704-44547756)
chr2 (166-225)||(38604247-38604306)
chr2 (2-60)||(17764995-17765053)
chr2 (191-225)||(22052865-22052899)
chr2 (191-235)||(36804150-36804194)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (1-112)||(11186-11297)
[»] scaffold0555 (1 HSPs)
scaffold0555 (196-225)||(7911-7940)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (196-225)||(34477-34506)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (191-235)||(182367-182411)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 30732406 - 30732172
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30732406 tcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 30732307  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732306 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 30732207  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30732206 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 30732172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 12825247 - 12825481
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12825247 tcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 12825346  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825347 tagactccacgtgcagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 12825446  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  12825447 actcctctaccaactcctcatcccaagcccacaac 12825481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 42513768 - 42514002
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42513768 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 42513867  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42513868 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 42513967  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42513968 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 42514002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 27117253 - 27117019
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  27117253 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcctgtgatgtcagcatgtca 27117154  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117153 tagactccacgtacagaatacccatcatcattattaggtaaccatagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 27117054  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  27117053 actcctctaccaacccctcctcccaggcccacaac 27117019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Original strand, 23238435 - 23238655
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  23238435 ccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgttagcatatcatag 23238534  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  23238535 actccacgtacagagtacccatcatcatgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacact 23238634  T
Q  204 cctctaccaactcctcctccc 224  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  23238635 cctctaccaactcctcctccc 23238655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 35983883 - 35983649
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  35983883 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 35983784  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||     
T  35983783 taggctccacgtacagagtacccaccatcctgatttggtaaccaaagctatctatctgtcactgattcctgtaatgaaactgttagtaataaagccctaa 35983684  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  35983683 actcctctaccaactcctcctcctaagcccacaac 35983649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 235
Target Start/End: Original strand, 42928180 - 42928413
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  42928180 cgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcctgcgatgtcagcatgtcat 42928279  T
Q  102 agactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctaca 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||| |||||||    
T  42928280 agactccacgtacagaatacccaccatcctgatttggtaaccacaaccatctatctgtcactgattcctgtaaaaaaacggtaagtaataaaaccctaca 42928379  T
Q  202 ctcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  42928380 ctcctctaccaactcttcctcccaagcccacaac 42928413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 28535767 - 28535533
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  28535767 tcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 28535668  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||| ||||| ||||||| |||| | |||| ||| | |||||||| || ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||     
T  28535667 taggctccatgtacagagtacctaccatcctgagttggtaaccaaagccatctatctgtcattgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctaa 28535568  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  28535567 actcctctaccaactcttcctctcaagcccacaac 28535533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 8 - 235
Target Start/End: Original strand, 31641567 - 31641793
Alignment:
Q  8 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatagactc 107  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  31641567 gcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcatatgctc 31641665  T
Q  108 cacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctc 207  Q
    |||| || ||||| |||||||| ||| | |||||||| |  ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  31641666 cacgaacggaatatccatcatcctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctaaactcctc 31641765  T
Q  208 taccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  31641766 taccaactcttcctcccaagcccacaac 31641793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 75
Target Start/End: Original strand, 8228077 - 8228148
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 75  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228077 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Original strand, 27795694 - 27795755
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27795694 gattcctccaaagaaactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctccca 27795755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 19255213 - 19255155
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  19255213 cgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaattaactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 25857516 - 25857457
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857516 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 8300274 - 8300215
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300274 tcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 234
Target Start/End: Original strand, 24408142 - 24408209
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaa 234  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  24408142 tcctgcaaagtaactgtaagtaatagttccctacactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaa 24408209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 27767090 - 27767149
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767090 tcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Original strand, 33169872 - 33169931
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaa 226  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33169872 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaactcgtcctcccaa 33169931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 33385466 - 33385407
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385466 tcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 10776812 - 10776870
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 59  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776812 tcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 26072940 - 26073083
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| | ||||||||||| ||| |||| ||| || || || |||||||| ||||  |||||||||| ||||    
T  26072940 tcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatggggctgttcctgcgatgtcagcaagtca 26073039  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaacca 144  Q
    || || ||||| || | ||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  26073040 tacacaccacggaccgtatacccaacattctgattcggtaacca 26073083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 18359183 - 18359069
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    |||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||| | | ||| |||||||| || || |  || || || |||| |||||||| ||||||||    
T  18359183 cgccaagcaaggattgaaacttttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 18359084  T
Q  102 agactccacgtacag 116  Q
    | || ||||| ||||    
T  18359083 atacaccacgaacag 18359069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Original strand, 476456 - 476485
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  476456 cctacactcctctaccaactcctcctccca 476485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18089687 - 18089619
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||| | |||||| ||||| | | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  18089687 tcctgcaatgtaactgtaagtaaaagatccctacactcctctatcaacttttcctcccaagcccacaac 18089619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 7312824 - 7313058
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7312824 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 7312923  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312924 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 7313023  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7313024 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 7313058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 2364325 - 2364559
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2364325 tcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 2364424  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364425 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 2364524  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2364525 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 2364559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 19920321 - 19920087
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  19920321 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcctgtgatgtcaacatgtca 19920222  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19920221 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 19920122  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19920121 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 19920087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 10323663 - 10323429
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  10323663 tcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatatca 10323564  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10323563 tagactccacgtactgaatacccatcagcttgattaggtaactagagccatctatctaacactgaatcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 10323464  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10323463 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 10323429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 34332905 - 34332673
Alignment:
Q  3 gccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcata 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34332905 gccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtcata 34332806  T
Q  103 gactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacac 202  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  34332805 ggctccacgtacataatacccaccatcctgattaggtaaccaaagccatctgtctgacactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaaaccctacac 34332706  T
Q  203 tcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34332705 tcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 34332673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 40930620 - 40930392
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  40930620 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtcagcatgtca 40930521  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||| || ||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  40930520 tagactccacgtacagaatacacaccatcctgatttggtaaccaaagccatctatttgtcactgattcttgcaaagaaactgttagtaataaaaccctac 40930421  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcc 229  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40930420 actcctctaccaactcttcctcccaagcc 40930392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 7032366 - 7032587
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||            |||||||||| ||||||||||||||||    
T  7032366 tcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta------------ggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 7032453  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||| ||| |||||||| | ||  || |   |||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||     
T  7032454 tagactccacgaacaaaatacccaccgtccagaattaataaccaaagccatctatctatcaccgattcctgcaatgtaactgttagtaataaagccctaa 7032553  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaa 234  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  7032554 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaa 7032587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 48569968 - 48569907
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48569968 gattcctgcaaagagactgttagtagtaaagccctacactcctctaccaagtcctcctccca 48569907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 29523837 - 29523778
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523837 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 11203867 - 11203926
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203867 tcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 33496595 - 33496653
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 59  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496595 tcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 26771080 - 26770959
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||  | |||||||  || || |||| | |||| ||||||||||    
T  26771080 cgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaactccatatttggatgtaactaaggatgttcctgtaatgttagcatgtcat 26770981  T
Q  102 agactccacgtacagaataccc 123  Q
    | || ||||| || ||||||||    
T  26770980 acacaccacgaactgaataccc 26770959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 225
Target Start/End: Original strand, 19890890 - 19890950
Alignment:
Q  165 attcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||  |||||||||||    
T  19890890 attcctgcaaagagactgttagtaataaatccccacactcttctaccaggtcctcctccca 19890950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 963089 - 963030
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaa 226  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  963089 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaattcttcctcccaa 963030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Original strand, 3141066 - 3141125
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaa 226  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3141066 tcctgcaaagtaactgtaagtaatagttccctacactcctctaccaactcttcctcccaa 3141125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 12342317 - 12342259
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342317 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaag-aacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 229
Target Start/End: Original strand, 26010285 - 26010323
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcc 229  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26010285 aaagtcctacactcctctaccaattcctcctcccaagcc 26010323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 35214462 - 35214404
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  35214462 cgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 7031108 - 7031063
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 47  Q
    ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031108 cgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Original strand, 31675173 - 31675202
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31675173 cctacactcctctaccaactcctcctccca 31675202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31921247 - 31921218
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31921247 cctacactcctctaccaactcctcctccca 31921218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 47537506 - 47537550
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  47537506 aaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaac 47537550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11909197 - 11908963
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11909197 tcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 11909098  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909097 tagactccacgtatagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 11908998  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11908997 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 11908963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 35541097 - 35541331
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35541097 tcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 35541196  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35541197 tagactccacgaacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaaaaaactgttagtaacaaagccctac 35541296  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35541297 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 35541331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 6050651 - 6050885
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6050651 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 6050750  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6050751 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 6050850  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6050851 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 6050885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 51052528 - 51052698
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51052528 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 51052627  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctg 171  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51052628 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctatcactgattcctg 51052698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 47623168 - 47622945
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatg-gtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||    
T  47623168 cgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccata-tatgaatgtaactgaggttgttcctgtgatgtcagcatgtca 47623070  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || || ||| | || ||||||||  |  | ||||  | |||||| |  || || |||  ||  |||||||||||| || |||| ||||| |||||| |||    
T  47623069 tacaccccatggactgaatacccgcctccctgatccgataaccacaaccacctatctgacaaagattcctgcaaaaaagctgtcagtaataaagccttac 47622970  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||  |||||||||||    
T  47622969 actcctctaccaggtcctcctccca 47622945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 16917901 - 16917842
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917901 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 43388415 - 43388474
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388415 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 170 - 234
Target Start/End: Original strand, 2491429 - 2491493
Alignment:
Q  170 tgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaa 234  Q
    ||||||| |||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2491429 tgcaaagtaactgtaagtaatagtaccctacactcctctaccaactcttcctcccaagcccacaa 2491493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 105935 - 105701
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  105935 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 105836  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105835 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 105736  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  105735 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 105701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 7924434 - 7924668
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7924434 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 7924533  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7924534 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 7924633  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7924634 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 7924668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 8299851 - 8300085
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  8299851 tcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcctgtgatgtcagcatgtca 8299950  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8299951 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 8300050  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8300051 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 8300085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 172151 - 172385
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  172151 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcctgtgatgtcagcatgtca 172250  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  172251 tagactccacgtacagaatacccatcatcattattaggtaaccatagccatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactattagtaacaaagccctac 172350  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  172351 actcctctaccaacttctcctcccaggcccacaac 172385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 13396436 - 13396670
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13396436 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 13396535  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  13396536 tagaccccacgtacagaatacccaccctcctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaattgttagtaataaaaccctac 13396635  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13396636 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 13396670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 41665461 - 41665227
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41665461 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 41665362  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| | || | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  41665361 tagaccccacatacagaatacccaccctcctaattaggtaaccaaagtcatctgtctgtcactgattcctgtaaagaaactgttagtaataaaaccctac 41665262  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41665261 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 41665227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 32266615 - 32266844
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||  |||||    
T  32266615 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctcttgtgaagtcagcat--catag 32266712  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32266713 gctccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtacccaaagccatctgtctgacactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacact 32266812  T
Q  204 cctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  32266813 cctctaccaactcctcctcccaggcccacaac 32266844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 8 - 235
Target Start/End: Original strand, 9922656 - 9922883
Alignment:
Q  8 gcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatagactc 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  9922656 gcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataggctc 9922755  T
Q  108 cacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctc 207  Q
    |||| || ||| |||||||||| ||| | |||||||| |  ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9922756 cacgaacggaaaacccatcatcctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccctagactcctc 9922855  T
Q  208 taccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  9922856 taccaactcttcctcccaagcccacaac 9922883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13879416 - 13879355
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13879416 gattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctccca 13879355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Original strand, 25090598 - 25090659
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  25090598 gattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaatttctcctccca 25090659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 2170390 - 2170614
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| |||||||| || || |  || || || |||| |||||||| |||||||    
T  2170390 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccagattaactccatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaacatgtca 2170489  T
Q  101 tagactccacgtacagaataccca-tcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagcccta 199  Q
    || || ||||| |||| ||| ||| | ||| ||||  || ||||| |  ||  ||||| |  ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  2170490 tatacaccacggacagtataaccagtaatc-tgatccggcaaccacaaccacatgtctgtttctgtttcctacaaagagactgttagtaataaatcccta 2170588  T
Q  200 cactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||  ||| ||| |||||||||||    
T  2170589 cactctactagcaattcctcctccca 2170614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 60
Target Start/End: Original strand, 13200173 - 13200230
Alignment:
Q  3 gccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200173 gccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 20824344 - 20824403
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824344 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 17699530 - 17699589
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699530 tcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 12134566 - 12134610
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  12134566 aaagccctacactcctctaccaagtcctcctcccacgcccacaac 12134610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 34137054 - 34137011
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 45  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137054 cgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 37434180 - 37434239
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434180 tcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 184 - 225
Target Start/End: Original strand, 13200296 - 13200337
Alignment:
Q  184 tagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13200296 tagtaataaatccatacactcctctaccaactcctcctccca 13200337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42177520 - 42177471
Alignment:
Q  162 ctgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctacc 211  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  42177520 ctgattcctgcaaagagactattagtaataaatccctacactcttctacc 42177471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Original strand, 43270498 - 43270542
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 45  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43270498 tcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 43270542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4938220 - 4937986
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4938220 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 4938121  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4938120 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 4938021  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4938020 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 4937986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11277344 - 11277110
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  11277344 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtcagcatatca 11277245  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  11277244 tagactccacgtacagagtacccatcatcatgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctac 11277145  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11277144 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 11277110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 47877031 - 47877265
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47877031 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 47877130  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || |||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||    
T  47877131 taaactccacgtacataatacccaccatcctgattaggtaaccaaagtcatctgtctgtcactgattcctgcaaggaaactgttagtaataaaaccccac 47877230  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  47877231 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaac 47877265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 229
Target Start/End: Original strand, 29968027 - 29968250
Alignment:
Q  5 caagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcataga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||     
T  29968027 caagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcctgtgatgtcagcatatcatagg 29968126  T
Q  105 ctccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactc 204  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  29968127 ctccacgtacagagta-ccatcatcatgattaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagcaataaagccctacactc 29968225  T
Q  205 ctctaccaactcctcctcccaagcc 229  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||    
T  29968226 ctctaccaattcctcctctcaagcc 29968250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 235529 - 235296
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  235529 tcgccaagcaaggatagagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatgtca 235430  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||    
T  235429 tagactccacgtacagaatacccaccatcctgatttggtaaccaaagtcatctatctgtcactgattcctgtaaggaaactgttagtaataaaaccctac 235330  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaa 234  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  235329 actcctctaccaacttttcctcccaagcccacaa 235296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 37919592 - 37919826
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37919592 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 37919691  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || |||||||| |||||||||||| | || || |||||||| || || ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||    
T  37919692 tatactccacgcacagaatacccaccctcctgtttaggtaatcaaagccatatgtttgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaaactctac 37919791  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  37919792 actcctctaccaacttctcctcccaagcccacaac 37919826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 17720683 - 17720917
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  17720683 tcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 17720782  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||| ||||||| || |||||||||||||| ||| | |||||||| |  ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||     
T  17720783 taggctccacgaacggaatacccatcatcctgagttggtaaccaaatccatctatctgtcactgattcctgcaatgaaactgttagtaataaagccntaa 17720882  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  17720883 actcctctaccaactcttcctcccaagcccacaac 17720917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Original strand, 25619508 - 25619566
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619508 cgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 225
Target Start/End: Original strand, 37254970 - 37255030
Alignment:
Q  165 attcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  37254970 attcctgcaaagagtttgttagtaataaatccctacactcttctaccaagtcctcctccca 37255030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 162 - 225
Target Start/End: Original strand, 25619674 - 25619737
Alignment:
Q  162 ctgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||| || ||||||| |||||||  |||||||||||    
T  25619674 ctgattcctgcaaagagtctgttagtaataaatccttacactcttctaccaggtcctcctccca 25619737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 225
Target Start/End: Original strand, 31422814 - 31422876
Alignment:
Q  163 tgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||  | |||||||||||||||| || ||||||||    
T  31422814 tgattcctgcaaagagtctgttagtaataaattcatacactcctctaccaagtcatcctccca 31422876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 225
Target Start/End: Original strand, 36363738 - 36363796
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  36363738 tcctgcaaagaaacagtaagtaataatgccctacactcctctagcagctcttcctccca 36363796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 225
Target Start/End: Original strand, 45943089 - 45943123
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45943089 aaagccctacactcctctagcaactcctcctccca 45943123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 23642683 - 23642449
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23642683 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 23642584  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23642583 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatctgtctaacactgagtcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 23642484  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23642483 actcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 23642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 15740272 - 15740503
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15740272 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcaacatatcatag 15740371  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15740372 actccacgtacagaatacccaccatcatgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctacact 15740471  T
Q  204 cctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15740472 cctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 15740503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 47685987 - 47685759
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||     
T  47685987 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctcttgtgatgtcagcatgtcg 47685888  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47685887 tagactccacgaacagaatacccatcatcatgattaggtaaccaaagccatctgtctatcaccgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 47685788  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcc 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47685787 actcctctaccaactcctcctcccaagcc 47685759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 47418852 - 47419086
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  47418852 tcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatatca 47418951  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47418952 tagactccacgtactgaatacccatcagcttgattaggtaaccagagccatctatctaacactgaatcctgcaaagaaattgttagtaacaaagccctac 47419051  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  47419052 actcctctaccacctcctcctcccaagcccacaac 47419086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1828629 - 1828398
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  1828629 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatatcatag 1828530  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
     |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  1828529 gctccacgtacggaatacccaccatcatgattaggtaaccaaagccatttgtcagtcactgaatcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctccact 1828430  T
Q  204 cctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1828429 cctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 1828398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 19755315 - 19755549
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  19755315 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtcagcatgtca 19755414  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  19755415 tagaccccacgtacagaatacccaccctcctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactattagtaataaaaccctac 19755514  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  19755515 actcctctaccaactcctcctcctaagcccacaac 19755549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 19784491 - 19784257
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  19784491 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctcttgtgatgtcagcatgtca 19784392  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  19784391 tagaccccacgtacagaatacccaccctcctgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactattagtaataaaaccctac 19784292  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  19784291 actcctctaccaactcctcctcctaagcccacaac 19784257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 13270983 - 13270831
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13270983 tcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 13270884  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatct 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13270883 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagccatct 13270831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 7403961 - 7404177
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7403961 tcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 7404060  T
Q  101 tagactccacgtacagaataccca----tcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagcc 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||| ||||| |||||||| |  ||||| | | |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||    
T  7404061 tagactccacgtacagaatacccaccatgcatcctgatttggtaaccataaccatctatttgtcactgattcttgcaaggaaactgtaagtaataaaacc 7404160  T
Q  197 ctacactcctctaccaa 213  Q
    ||||||| |||||||||    
T  7404161 ctacacttctctaccaa 7404177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 54483088 - 54483027
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  54483088 gattcctgcaaagagactgttagtaataaacccctacactcctctaccaaatcctcctccca 54483027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 165 - 222
Target Start/End: Original strand, 48312307 - 48312364
Alignment:
Q  165 attcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctc 222  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48312307 attcctgcaaatagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctc 48312364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 2822129 - 2821917
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||| |||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| || || |  || || || ||||||||||||| || ||||    
T  2822129 tcgccaagcatggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagattaactccatattttgatgaatatgaggttgttcctatgatgtcaacaagtca 2822030  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || || ||| | |||| ||| ||| ||    |||  |||||||| |  ||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  2822029 tataccccatgaacagtatagccaccaatcggatccggtaaccacacccatctgtcagtaacagattcctgcaaagagactgttagtattaaagccctac 2821930  T
Q  201 actcctctaccaa 213  Q
    |||||||||||||    
T  2821929 actcctctaccaa 2821917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 11587289 - 11587189
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatgg-tgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||  |||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  11587289 cgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata-gatggatgcaactgaggctgttcctgtgatgtcagcatgtca 11587191  T
Q  101 ta 102  Q
    ||    
T  11587190 ta 11587189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 12697861 - 12697920
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697861 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 45472801 - 45472742
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472801 tcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 55725777 - 55725719
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  55725777 cgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 8361148 - 8361207
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361148 tcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 5790021 - 5789951
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaa 234  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||| |   ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  5790021 gattcctacaaagtaactgtaagtaaaagctccctacactcctctaccaaatcttcctcccacgcctacaa 5789951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 11587124 - 11587082
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctcta 209  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  11587124 tcctgcaaagaaactgtcagtaataaagccctacattcctcta 11587082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Original strand, 20002774 - 20002832
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002774 cgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 20395834 - 20395878
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  20395834 aaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaac 20395878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 21168250 - 21168481
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  21168250 ccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcaacatatcatag 21168349  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21168350 actccacgtacagaatacccaccatcatgattaggtaaccaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctacact 21168449  T
Q  204 cctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21168450 cctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 21168481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 2553685 - 2553919
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  2553685 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcttgtgatgtcagcatatca 2553784  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2553785 tagactccacgtacagaatacccaccatcatgattaggtaatcaaagccatctgtctgtcactgattcctgcaaagaaactgttagtaataaagccctac 2553884  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||| |||||    
T  2553885 actcctttaccaacttctactcccaagcccacaac 2553919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 24767512 - 24767287
Alignment:
Q  5 caagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcataga 104  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24767512 caagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtcagcatgtcataga 24767413  T
Q  105 ctccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactc 204  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||| | | |||||     || ||| |||||||||||||| | | ||||||||||    
T  24767412 ctccacgtacagaatacctatcatcctgatttggtaaccatagccatctatttgtcact-----cttcaaggaaactgttagtaatacaaccctacactc 24767318  T
Q  205 ctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  24767317 ctctaccaactcttcctcccaagcccacaac 24767287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 18651326 - 18651183
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18651326 tcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 18651227  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaacca 144  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  18651226 tagactccatgtacagaatacccaccatcctgatttggtaacca 18651183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 14373081 - 14372874
Alignment:
Q  3 gccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcata 102  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  |   |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  14373081 gccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccatagaagaatgtaactgaggctgttcctgggatgtcagcatgtcata 14372982  T
Q  103 gactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacac 202  Q
     || ||||| || || || ||| |  | ||||  |||||||| |  ||||| ||    || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14372981 caccccacggactgagtaaccacctccctgatccggtaaccacaaccatctatcggaaacagattcctgcaaagaaactgtcagtaataaagccctacac 14372882  T
Q  203 tcctctac 210  Q
    ||||||||    
T  14372881 tcctctac 14372874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Original strand, 12734173 - 12734240
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgta 68  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  12734173 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 15958904 - 15958697
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||  | ||||||||  | || |||| ||||||||||||||||     
T  15958904 cgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgccatattaacttcatatttggatgtaactgaagttgttcctgtgatgtcagcatgtcag 15958805  T
Q  102 agactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctaca 201  Q
    | || || || || ||||||||| || | ||||  |||||||| |  ||||| ||   || ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  15958804 acacaccgcgaactgaatacccaccaccttgatccggtaaccacaaccatctatcaggcaatgattcctgcaaagaaactgtcagtaataaaaccctaca 15958705  T
Q  202 ctcctcta 209  Q
     |||||||    
T  15958704 ttcctcta 15958697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20883124 - 20882901
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| |||||||| || || |  || || || |||| |||||||| ||||||||    
T  20883124 cgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatattttgatgaacatgtggttgttcctgtgatgtcaacatgtcat 20883025  T
Q  102 agactccacgtacagaataccca-tcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    | || ||||| |||  ||| ||  | ||| ||||  |||||||| |  || |||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  20883024 atacaccacgaacaatatagcctctaatc-tgatccggtaaccacaaccacctgtctgtttctgattcctgcaaagagactgttagtaataaatccctac 20882926  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    || | |||||||  |||||||||||    
T  20882925 acccttctaccaggtcctcctccca 20882901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 17579173 - 17579114
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579173 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 17606426 - 17606367
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606426 tcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Original strand, 13937914 - 13937973
Alignment:
Q  167 tcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaa 226  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13937914 tcctgcaaagtaactgtaagtaataattccctacactcctctaccaactcttcctcccaa 13937973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 17573747 - 17573688
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573747 tcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 235
Target Start/End: Original strand, 26513967 - 26514006
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26513967 cctacactcctctaccaactcctcctcccaagcccacaac 26514006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 10577341 - 10577117
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || ||||| || || |  || || || |||| ||||||||  | ||||    
T  10577341 tcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatattttgatgaacatgaggttgttcctgtgatgtcaaaaagtca 10577242  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || || ||||  |||| ||| |||  |  |||||  || ||||| |  || |||||| |  ||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||    
T  10577241 tatacaccacaaacagtataaccagaaatatgatccggcaaccacaaccacctgtctgtttctgtttcctgcaaagagactgtcagtaataaatccctac 10577142  T
Q  201 actcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||  ||| ||| |||||||||||    
T  10577141 actctactagcaattcctcctccca 10577117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 210
Target Start/End: Original strand, 11462617 - 11462664
Alignment:
Q  163 tgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctac 210  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  11462617 tgattcctgcaaagagactgttagtaataaatccctacactcttctac 11462664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 18682455 - 18682401
Alignment:
Q  172 caaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaa 226  Q
    ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  18682455 caaagtaactgtgagtaatagagccctacactcctctgccaactcttcctcccaa 18682401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 225
Target Start/End: Original strand, 25318092 - 25318126
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25318092 aaagccctacactcctctagcaactcctcctccca 25318126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 225
Target Start/End: Original strand, 26205586 - 26205620
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26205586 aaagccctacactcctctagcaactcctcctccca 26205620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 5 - 102
Target Start/End: Original strand, 33185488 - 33185585
Alignment:
Q  5 caagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcata 102  Q
    |||||||  ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||  || |  ||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  33185488 caagcaaaaatagagactttcagagggacatgtttatgccaaattaattccaagttttaatgtaaatggagatgctcctatgatgtcaacatgtcata 33185585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 649968 - 649924
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  649968 aaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaac 649924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 18051351 - 18051307
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  18051351 aaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaac 18051307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 235
Target Start/End: Original strand, 3303 - 3534
Alignment:
Q  4 ccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcatag 103  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  3303 ccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcctgtgatgtcagcatatcatag 3402  T
Q  104 actccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacact 203  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3403 actccacgtactgagtacccatcatcatggttaggtacccaaagccatctgtctgtcactgattcctgtaaagaaactgttagtaataaagccctacact 3502  T
Q  204 cctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3503 cctctaccaactcctcctcccaggcccacaac 3534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 4552217 - 4552359
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4552217 tcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtcagcatgtca 4552316  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaacc 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552317 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaacc 4552359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 235
Target Start/End: Original strand, 41207065 - 41207298
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtcat 101  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||||| || || ||||  ||||||||||||||||    
T  41207065 cgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatttggatgtaactgaggatgttcctgcgatgtcagcatgtcat 41207164  T
Q  102 agactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctaca 201  Q
    | ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||  |||||||| |  ||||| |||  ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| |||||||    
T  41207165 aaactccacatactgaatacccaccatcctgatctggtaaccacaaccatctatctgccactgattcctgcaaggaaactgtaaataataaaaccctaca 41207264  T
Q  202 ctcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  41207265 ctcctctaccaactcttcctcccatgcccacaac 41207298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Original strand, 28252769 - 28252977
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatg-gtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  |||  |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  28252769 cgccaagcaagaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata-gatgaatgtaactgaggctgttcctgtgatgtcagcatgtca 28252867  T
Q  101 tagactccacgtacagaatacccatcatcatgattaggtaaccagagtcatctgtctatcactgattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctac 200  Q
    || || | ||| || ||||| ||  |  | ||||  |||| ||| |  ||||| |||   || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  28252868 tacaccctacggactgaataaccgcctccctgatccggtagccacaaccatctatctgaaacagattcctgcaaaaaaactgtcagtaataaagccctac 28252967  T
Q  201 actcctctac 210  Q
    ||||||||||    
T  28252968 actcctctac 28252977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Original strand, 40176879 - 40176940
Alignment:
Q  164 gattcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40176879 gattcctgcaaagagactgttagtaataaagccctacactcctctaccaagtcctcctccca 40176940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 221
Target Start/End: Original strand, 12645749 - 12645804
Alignment:
Q  166 ttcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcct 221  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  12645749 ttcctgcaaagagattgttagtaataaatccctacactcctctaccaaatcctcct 12645804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Original strand, 12645585 - 12645643
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645585 cgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 36804365 - 36804409
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  36804365 aaagccctacactcctctaacaagtcctcctcccacgcctacaac 36804409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44547756 - 44547704
Alignment:
Q  185 agtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaactg 237  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  44547756 agtaataaagtcatacactcctctaccaactcctcctcccatgccaacaactg 44547704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 38604306 - 38604247
Alignment:
Q  166 ttcctgcaaagaaactgttagtaacaaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||  |||  |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38604306 ttcctgcaaagaaactgtaagtactaaattcctacactcctctaccaagtcttcctccca 38604247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 17765053 - 17764995
Alignment:
Q  2 cgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 60  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  17765053 cgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaactccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 225
Target Start/End: Original strand, 22052865 - 22052899
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22052865 aaagccctacactcctctagcaactcctcctccca 22052899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 36804150 - 36804194
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||    
T  36804150 aaagccctacactcctctaacaagtcctcctcccacgcccacaac 36804194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 11297 - 11186
Alignment:
Q  1 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtcagcatgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  11297 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcctgtgatgtcagcatgtca 11198  T
Q  101 tagactccacgt 112  Q
    ||||||||||||    
T  11197 tagactccacgt 11186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0555 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0555
Description:

Target: scaffold0555; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Original strand, 7911 - 7940
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7911 cctacactcctctaccaactcctcctccca 7940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 34506 - 34477
Alignment:
Q  196 cctacactcctctaccaactcctcctccca 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34506 cctacactcctctaccaactcctcctccca 34477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 235
Target Start/End: Original strand, 182367 - 182411
Alignment:
Q  191 aaagccctacactcctctaccaactcctcctcccaagcctacaac 235  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||    
T  182367 aaagccctacactcctctaactcctcctcctcccaagcccacaac 182411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University