View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20588_low_4 (Length: 249)

Name: NF20588_low_4
Description: NF20588
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20588_low_4
NF20588_low_4
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-239)||(7193116-7193354)
chr5 (1-239)||(10588290-10588528)
chr5 (1-239)||(10652062-10652300)
chr5 (1-234)||(10659945-10660178)
chr5 (1-186)||(10740559-10740744)
chr5 (67-233)||(10763059-10763225)
chr5 (53-186)||(10565191-10565324)
chr5 (1-186)||(19605725-19605910)
chr5 (23-239)||(9836210-9836426)
chr5 (61-237)||(10604865-10605041)
chr5 (60-233)||(10559019-10559192)
chr5 (61-186)||(10611874-10611999)
chr5 (61-186)||(10716860-10716985)
chr5 (59-186)||(10746933-10747060)
chr5 (59-186)||(11048575-11048702)
chr5 (60-186)||(10216668-10216794)
chr5 (60-176)||(9825258-9825374)
chr5 (59-186)||(10581167-10581287)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (60-186)||(7457-7583)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (60-186)||(12899734-12899860)
chr6 (60-182)||(12932447-12932569)
chr6 (60-186)||(12948808-12948934)
chr6 (60-186)||(12907354-12907480)
chr6 (60-186)||(12958242-12958368)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (60-182)||(17923322-17923444)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (64-148)||(39875815-39875899)
chr1 (64-148)||(39883938-39884022)
chr1 (64-148)||(39890892-39890976)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (66-169)||(28605804-28605907)
chr8 (62-152)||(27723977-27724067)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (71-182)||(31467092-31467203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7193354 - 7193116
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193354 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 7193255  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193254 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatc 7193155  T
Q  201 aacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttct 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193154 aacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttct 7193116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 10588290 - 10588528
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10588290 ccaacagtccctttaattccaattgtactagtttcctgatgagatgtgtcttcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 10588389  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatc 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |   |||||||||||| ||||||| ||||||| | || | ||||||||    
T  10588390 ccatgtcatcgtcaagaaggacgttgcttggctttatatcacaatgaaggaccacctgctcacattcatgatgaagataatgtagtgcagaagcaatatc 10588489  T
Q  201 aacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttct 239  Q
     | || |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10588490 gatagtgatatttaatctatgaacaaggtccaacgttct 10588528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 10652062 - 10652300
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652062 ccaacagtccctttaattccaattgtactagtttccttgttagaggtattgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 10652161  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatc 200  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  10652162 ccatgtcgtcatcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcatgatgaaggtaatgtaatacagaagcaatgtc 10652261  T
Q  201 aacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgttct 239  Q
    ||||  |||||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  10652262 aacaatgatattcagtcgttgatcaaggtccaacattct 10652300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 10659945 - 10660178
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||  |||    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10659945 ccaacagtccctttaattccaattgtactaaattccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 10660044  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||| ||    
T  10660045 ccatgtcatcgtcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcgtgatgaaggtaatgtaatacactagcaatgtc 10660144  T
Q  201 aacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaac 234  Q
    ||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  10660145 aacaatgatattcagtcgttgatcaaggtccaac 10660178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 10740559 - 10740744
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10740559 ccaacagttccttttattccaattgtactagtttccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 10740658  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||| ||||||||  | ||||| |||||||||    
T  10740659 ccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattcttggtgaagataatgtaat 10740744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 67 - 233
Target Start/End: Original strand, 10763059 - 10763225
Alignment:
Q  67 agtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacatt 166  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||    
T  10763059 agtcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacatt 10763158  T
Q  167 caagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaa 233  Q
    |  ||||||| ||||||||| || | |||| ||||| |  |||||||| |||||||||||| |||||    
T  10763159 ctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgatcaagatccaa 10763225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 53 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 10565324 - 10565191
Alignment:
Q  53 caataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgat 152  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10565324 caatagctgagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggatattgcttggctttagatcacaatgaatgac 10565225  T
Q  153 cgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    | |||  ||||||||   |||||| |||||||||    
T  10565224 caattcttcacattctctatgaagataatgtaat 10565191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 19605725 - 19605910
Alignment:
Q  1 ccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||  |||| | | ||||  |   || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19605725 ccaatggtcccttttattccaattgtgctagtttcttgacaagagttattgtcagcagaagatacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaa 19605824  T
Q  101 ccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    | || || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19605825 cgatatcgtcgtcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattcatgatgaaggtaatgtaat 19605910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 239
Target Start/End: Original strand, 9836210 - 9836426
Alignment:
Q  23 ttgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggac 122  Q
    |||||||||||||   |||||||||  |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||     
T  9836210 ttgtactagtttccttatgagaggtaccgtcaatggctgagataagtcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggat 9836309  T
Q  123 attgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttga 222  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||| |  |||||||||||||  |||||| ||||||||| || | ||||||||||  | |||||| | |||||||    
T  9836310 gttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagataatgtaatgcagaagcaatatcaatggagatatttagtctttga 9836409  T
Q  223 tcaaggtccaacgttct 239  Q
     |||||| ||| |||||    
T  9836410 acaaggttcaatgttct 9836426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10605041 - 10604865
Alignment:
Q  61 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgct 160  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||    
T  10605041 gagaccagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgct 10604942  T
Q  161 cacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaacgtt 237  Q
    |||||||  ||||||| ||||| ||| || | |||| ||||| |  ||| || ||||||| | ||||||||||||||    
T  10604941 cacattcttgatgaagataatgcaatgcagaagcaacatcaaaaatgatgttaaatcttttaccaaggtccaacgtt 10604865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 60 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 10559192 - 10559019
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||    
T  10559192 tgagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaacattgtcttcatcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgc 10559093  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaatacaaaggcaatatcaacagcgatattcaatctttgatcaaggtccaa 233  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||| || | |||| ||||| |  |||||||| |||||||| ||| |||||    
T  10559092 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcaataatgatattcagtctttgattaagatccaa 10559019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 61 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 10611999 - 10611874
Alignment:
Q  61 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgct 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||    
T  10611999 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgct 10611900  T
Q  161 cacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||    
T  10611899 cacattcattatgaagataatgtaat 10611874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 61 - 186
Target Start/End: Original strand, 10716860 - 10716985
Alignment:
Q  61 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgct 160  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||| |    
T  10716860 gagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 10716959  T
Q  161 cacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||  | ||||| |||||||||    
T  10716960 cacattcttggtgaagataatgtaat 10716985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Original strand, 10746933 - 10747060
Alignment:
Q  59 ctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattg 158  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||   ||||    
T  10746933 ctgagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattg 10747032  T
Q  159 ctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||||    
T  10747033 ctcacattcttggtgaagataatgtaat 10747060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Original strand, 11048575 - 11048702
Alignment:
Q  59 ctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattg 158  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  11048575 ctgagacaagttttgcaatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcgttaagaagaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattg 11048674  T
Q  159 ctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||||  |||| || |||||||||    
T  11048675 ctcacattcttgatgcagataatgtaat 11048702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Original strand, 10216668 - 10216794
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  10216668 tgagacaaatgttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcattcagaagaacattgcttggctttagatcacaatgaataatcaattgc 10216767  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  |||| || |||||||||    
T  10216768 tcacattcttgatgcagataatgtaat 10216794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 9825374 - 9825258
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| || || || |||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||  |||||    
T  9825374 tgagacaagtcttgcaatgccaaaatcactcgcctgagaaacaatatcttcatcaacaaggatattacttggctttatatcacaatgaaggattaattgc 9825275  T
Q  160 tcacattcaagatgaag 176  Q
    ||||| ||| |||||||    
T  9825274 tcacaatcacgatgaag 9825258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 10581287 - 10581167
Alignment:
Q  59 ctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattg 158  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||     |||||||||||| ||||||| ||| || | ||||    
T  10581287 ctgagacaagtcttgctgtgccaaaatcactcacatg----accatgtcatcatcaagaag---tgtgcttggctttagatcacaacgaaggaccaattg 10581195  T
Q  159 ctcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||    
T  10581194 ctcacattctcgatgaagataatgtaat 10581167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 7583 - 7457
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||    
T  7583 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgc 7484  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  7483 tcacattctcgatgaagttaatgtaat 7457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12899860 - 12899734
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||    
T  12899860 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgc 12899761  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12899760 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12899734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 12932569 - 12932447
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  | |||    
T  12932569 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgc 12932470  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatg 182  Q
    ||||||||  |||||||||||||    
T  12932469 tcacattctcgatgaaggtaatg 12932447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12948934 - 12948808
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||   |||||    
T  12948934 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggactaattgc 12948835  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    |||||||   ||||||| |||||||||    
T  12948834 tcacattatcgatgaagataatgtaat 12948808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12907480 - 12907354
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||  | |||    
T  12907480 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcaaatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatggaggattaactgc 12907381  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12907380 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12907354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 12958368 - 12958242
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||  | |||    
T  12958368 tgagacaagtcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcaccatcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgc 12958269  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 186  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  12958268 tcacattctcgatgaagataatgtaat 12958242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 182
Target Start/End: Original strand, 17923322 - 17923444
Alignment:
Q  60 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  | |||    
T  17923322 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgc 17923421  T
Q  160 tcacattcaagatgaaggtaatg 182  Q
    ||||||||  |||||||||||||    
T  17923422 tcacattctcgatgaaggtaatg 17923444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 39875815 - 39875899
Alignment:
Q  64 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 148  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39875815 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39875899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 39883938 - 39884022
Alignment:
Q  64 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 148  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39883938 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39884022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 39890892 - 39890976
Alignment:
Q  64 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaa 148  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39890892 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcttcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39890976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 28605907 - 28605804
Alignment:
Q  66 aagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacat 165  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  28605907 aagtcttgcttgtccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcattatgaagaagaatattgcttggctttaaatcacaatgaatgattggatgctcagat 28605808  T
Q  166 tcaa 169  Q
    ||||    
T  28605807 tcaa 28605804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 152
Target Start/End: Original strand, 27723977 - 27724067
Alignment:
Q  62 agacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgat 152  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| |  ||  |||| |||||||||||||| |||||    
T  27723977 agacaagttttgctagtccaaaatcactaacacgagcaaccatgtcattgtcaagaagaatgttatttggttttaaatcacaatggatgat 27724067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 71 - 182
Target Start/End: Original strand, 31467092 - 31467203
Alignment:
Q  71 ttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttaaatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaag 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |    
T  31467092 ttgctatgccaaaatcactcacatgagctaccatagaatcatcaagaagaacgttgctaggctttaaatcacaatgaatgacaggttgctgacattcatg 31467191  T
Q  171 atgaaggtaatg 182  Q
    |||||| |||||    
T  31467192 atgaagataatg 31467203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University