View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20592_high_1 (Length: 723)

Name: NF20592_high_1
Description: NF20592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20592_high_1
NF20592_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-723)||(38118543-38119247)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 723
Target Start/End: Original strand, 38118543 - 38119247
Alignment:
Q  19 tcaagacatactcaaagccttgcaatcaaagctcaccaaaattacacaatcaaacctccaacaacctcagatagagtcatagttttgctcaacacacaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38118543 tcaagacatactcaaagccttgcaatcaaagctcaccaaaattacacaatcaaacctccaacaacctcagatagagtcatagttttgctcaacacacaaa 38118642  T
Q  119 acactatagacaatgttcgtcattggtctgttaacaacgtatcatttttccttcctcacaccccttatcttgttgcacttaaagagaatataactggtga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38118643 acactatagacaatgttcgtcattggtctgttaacaacgtatcatttttccttcctcacaccccttatcttgttgcacttaaagagaatataactggtga 38118742  T
Q  219 attcaaccaaacacctccacctgatggctatgattttaataattatgatattttcagcgtggctaacaacacaaatgctacttctagcaatggaatttat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38118743 attcaaccaaacacctccacctgatggctatgattttaataattatgatattttcagtgtggctaacaacacaaatgctacttctagcaatggaatttat 38118842  T
Q  319 agactgaagttcaatacaactgtggatattatacttcaaaatgcaaacactatgaataaaaataatagtgagacacatccttggcatcttcatggacatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38118843 agactgaagttcaatacaactgtggatattatacttcaaaatgcaaacactatgaataaaaataacagtgagacacatccttggcatcttcatggacatg 38118942  T
Q  419 atttttgggtacttggatatggaaagggaaagtttgatgcgaacaaagacccaaaaaattataatttggtgaaccccattatgaagaatactgtgccagt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38118943 atttttgggtacttggatatggaaagggaaagtttgatgcgaacaaagacccaaaaaattataatttggtgaaccccattatgaagaatactgtgccagt 38119042  T
Q  519 gcactcatttggttggactgctttgaggtttcgatcagataatcctggtgtgtgggctttccattgtcatatagagtctcatttctatatgggaatggga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38119043 gcactcatttggttggactgctttgaggtttcgatcagataatcctggtgtctgggctttccattgtcatatagagtctcatttctatatgggaatggga 38119142  T
Q  619 gtggtttttgaagaaggaattgaaagggttggtaagctaccttcatccatcatgggttgtggcaaaagcaaaggcttcttaggccataattaaacaagca 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38119143 gtggtttttgaagaaggaattgaaagggttgggaagctaccttcatccatcatgggttgtggcaaaagcaaaggcttcttaggccataattaaacaagca 38119242  T
Q  719 atttc 723  Q
    |||||    
T  38119243 atttc 38119247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University