View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20593_low_2 (Length: 708)

Name: NF20593_low_2
Description: NF20593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20593_low_2
NF20593_low_2
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (16-693)||(6838020-6838697)
chr3 (20-693)||(8471794-8472449)
chr3 (286-544)||(4388326-4388584)
chr3 (152-550)||(8568206-8568601)
chr3 (404-663)||(8454917-8455176)
chr3 (422-693)||(8568473-8568744)
chr3 (404-693)||(8589962-8590251)
chr3 (404-544)||(6448289-6448429)
chr3 (141-218)||(5250877-5250954)
chr3 (404-544)||(5250551-5250691)
chr3 (293-465)||(5268517-5268689)
chr3 (150-217)||(5268765-5268832)
chr3 (425-516)||(6259592-6259683)
chr3 (155-218)||(6448040-6448103)
chr3 (404-462)||(6479489-6479547)
chr3 (141-218)||(4388181-4388258)
chr3 (18-83)||(6721094-6721159)
chr3 (404-465)||(6947730-6947791)
chr3 (425-510)||(13270116-13270201)
chr3 (404-544)||(5281066-5281206)
chr3 (404-544)||(5299113-5299253)
chr3 (404-544)||(6553945-6554085)
chr3 (441-510)||(6266135-6266204)
chr3 (404-465)||(6519669-6519730)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (152-465)||(6572550-6572866)
chr7 (17-90)||(6572433-6572506)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (404-544)||(6984-7124)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (473-526)||(35139964-35140017)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 693
Target Start/End: Original strand, 6838020 - 6838697
Alignment:
Q  16 tgtgaagatttggtttgataatctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattgatacaaatgtaaaactcaagagcaaggatatg 115  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838020 tgtgaagaagtggtttgataatctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattgatacaaatgtaaaactcaagagcaaggatatg 6838119  T
Q  116 ttgggatcaatggttaaatactggctttcagctatcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaa 215  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838120 ttgggatcaaaggttaaatacttgctttcagctatcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaa 6838219  T
Q  216 agggtgatttgggattgacacaaagaagttgcactagttatgaaggcgcggttagcccacaatcctcaaaaagatctccaactgcatctttggtggatga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838220 agggtgatttgggattgacacaaagaagttgcactagttatgaaggcgcggttagcccacaatcctcaaaaagatctccaactgcatctttggtggatga 6838319  T
Q  316 atcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaagaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaatgacaacaaagtatcaactatcagcatagtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  6838320 atcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaagaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaatggcaaccaagtatcaactatcagcatagtt 6838419  T
Q  416 ggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  6838420 ggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgagattaaagcttgggtccatgtatcta 6838519  T
Q  516 agtattttgatgttattggacttaccaaaataattattgggcagtttgattctgcagcaaatagtgaagactttgaactactccaacagcaactacaaaa 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  6838520 agtattttgatgttattggacttaccaaaataatcattgggaagtttgattctgcagcaaatagcgaagacttagaactactccaacggcaactacaaaa 6838619  T
Q  616 aatattaacaggcaagaactatttacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagaagttact 693  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6838620 aatattaacagccaagaactatctacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagacgttact 6838697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 20 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 8472449 - 8471794
Alignment:
Q  20 aagatttggtttgataatctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattgatacaaatgtaaaactcaagagcaaggatatgttgg 119  Q
    |||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||||||||||             
T  8472449 aagaattggcttgatcgtctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagtttgatacaagtgtacaacgaaagagcaagg--------- 8472359  T
Q  120 gatcaatggttaaatactggctttcagctatcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaaggg 219  Q
             || || |||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||   | ||||||  |||||| || |||||||     
T  8472358 ---------ttcaacacttcctttcagctttcattaatcgatttgaatctaggatcagagattcgctagatgaactaaaacttcttgccgatcaaaagga 8472268  T
Q  220 tgatttgggattgacacaaagaagttgcactagttatgaaggcgcggttagcccacaatcctcaaaaagatctccaactgcatctttggtggatgaatct 319  Q
    ||  |||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||| || |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  8472267 tgtgttgggattaacacagagaagtttccctagttatgaaggtgcagttagcctgcaatcctcgaaaagatcgccaactgcatctttagtggatgaatct 8472168  T
Q  320 tccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaagaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaatgacaacaaagtatcaactatcagcatagttggtt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8472167 tccatacgtggtagagaaggtgacaaagaagaattaatcaagtatttgctttcttacaacgacaatggcaaccaagtatcaactatcagcatagtgggtt 8472068  T
Q  420 tgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctgagta 519  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    || ||  |  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8472067 tgcctgggatggggaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgaccagaggatggacaagcagtttgaacttaaagtttgggtccatgtatctgagta 8471968  T
Q  520 ttttgatgttattggacttaccaaaataattattgggcagtttgattctgcagcaaatagtgaagactttgaactactccaacagcaactacaaaaaata 619  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || |  | ||||||||| | ||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  8471967 ttttgatgttattgcacttaccaaaataattcttagaaaatttgattcttctgcaaatagtgaagacttggatatactccaacggcaactgcaagaaata 8471868  T
Q  620 ttaacaggcaagaactatttacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagaagttact 693  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8471867 ttaatgggcaagaactatctacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagaagttact 8471794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 286 - 544
Target Start/End: Original strand, 4388326 - 4388584
Alignment:
Q  286 aagatctccaactgcatctttggtggatgaatcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaagaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaat 385  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||   ||||  ||||||| | ||||| ||||| ||  || | |||| ||| |||||| |||  ||||      
T  4388326 aagatttccaactacatctttggtggatggatcgagcatatatggtagaaacggtgacaaagaggagttagtcaactttttactgtctgacatagacagc 4388425  T
Q  386 gacaacaaagtatcaactatcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagt 485  Q
    | |||| ||||| |||  ||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||| ||  ||||| | |    
T  4388426 ggcaaccaagtaccaataatcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgtgtacaatgaccgcaggatgaaagagcatt 4388525  T
Q  486 ttgaacttaaagcttgggtccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    |||||||||||||||||||| | || || ||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  4388526 ttgaacttaaagcttgggtctacgtttcagaaacttttgatgttgttggacttaccaaa 4388584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 152 - 550
Target Start/End: Original strand, 8568206 - 8568601
Alignment:
Q  152 actaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaagggtgatttgggattgacacaaagaagttgcacta 251  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||  |||||  | ||||||| ||   |||||||||  ||||||   || ||||    
T  8568206 actaatcgatttgaatctaggatcaaagatttgttagacacgctaaaattgcttgctcatcaaaaggatgtgctgggattgaaccaaagagcctgtacta 8568305  T
Q  252 gttatgaaggcgcggttagcccacaatcctcaaaaagatctccaactgcatctttggtggatgaatcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaaga 351  Q
    ||   ||||| ||||||||     |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | ||| ||| |  |    
T  8568306 gt---gaaggtgcggttagattgaaatcctcaaaaagattgccaactgcgtctttggtggatgaatcttgcatatatggtagagatgatgataaaaataa 8568402  T
Q  352 aataattaactatttgctgtcttacaaggacaatgacaacaaagtatcaactatcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcag 451  Q
    |||||| || |||||||| |   |||| ||   || |||| | ||       || || || || ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||      
T  8568403 aataatcaattatttgcttttagacaatgatggtggcaaccatgtgagcgtaataagtattgtgggtctaggtgggatgggtaagaccacccttgctcga 8568502  T
Q  452 cttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaaataatt 550  Q
    ||||||||||||||   ||  ||| |  || | |||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  8568503 cttgtctacaatgaccacaagatagagaagcaatttgaacttaaagcttgggtccatgtttcagaatcttttgatgttgttggactcaccaaaacaatt 8568601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 404 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 8455176 - 8454917
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||   ||  ||| | ||| | |||||||||||||| ||||    
T  8455176 atcagcatagtcggtttaggagggatgggtaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatgacaacaagataaaggagcattttgaacttaaagcatggg 8455077  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaaataattattgggcagtttgattctgcagcaaatagtgaagactttgaactactccaaca 603  Q
    || |||| || || | |||||||||| ||||||| ||||||  |||| |   |  |||| ||||| ||||| || ||||||||||  | |||||||||||    
T  8455076 tctatgtttcagaatcttttgatgttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcgtttaattcttcagcagatggtgaagacttaaatctactccaaca 8454977  T
Q  604 gcaactacaaaaaatattaacaggcaagaactatttacttgttgtggatgatgtctggaa 663  Q
     ||||| ||| | ||  |||  |||||||| ||||| |||||| | || ||| |||||||    
T  8454976 tcaactccaatacatgctaatgggcaagaaatatttgcttgttttagacgatatctggaa 8454917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 422 - 693
Target Start/End: Original strand, 8568473 - 8568744
Alignment:
Q  422 ggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctgagtatt 521  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||  ||| |  || | |||||||||||||||||||||||||| || || | ||    
T  8568473 ggtgggatgggtaagaccacccttgctcgacttgtctacaatgaccacaagatagagaagcaatttgaacttaaagcttgggtccatgtttcagaatctt 8568572  T
Q  522 ttgatgttattggacttaccaaaataattattgggcagtttgattctgcagcaaatagtgaagactttgaactactccaacagcaactacaaaaaatatt 621  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||| |  ||   ||| ||||  || |  |  |||||||||| || | |||| ||   ||||||||| | |||||    
T  8568573 ttgatgttgttggactcaccaaaacaattctcaggtcatttcattcctcatctgacggtgaagacttggatccactcaaatgtcaactacaacagatatt 8568672  T
Q  622 aacaggcaagaactatttacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagaagttact 693  Q
    ||||||||| || | ||| |||||| | |||||| |||||||   ||||||||||  ||||||| |||||||    
T  8568673 aacaggcaaaaagtttttgcttgttctagatgatatctggaatgggaatgaggaattttgggagcagttact 8568744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 404 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 8590251 - 8589962
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||   ||  ||| ||||| | ||||| |||||||| ||||    
T  8590251 atcagcatagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagatagaagagcattttgagcttaaagcatggg 8590152  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaaataattattgggcagtttgattctgcagcaaatagtgaagactttgaactactccaaca 603  Q
    || |||| ||||| | |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||       ||| ||||| ||||| || ||||||||||  | |||||||||||    
T  8590151 tctatgtttctgaatcttttgatgttgttggactcaccaaagcaattatcaattcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatctactccaaca 8590052  T
Q  604 gcaactacaaaaaatattaacaggcaagaactatttacttgttgtggatgatgtctggaaactgaatgaggaaagttgggagaagttact 693  Q
     ||| | ||  | ||| ||||||||||||| || || |||||| | || ||| |||||||   |||||  ||| |||||||| |||||||    
T  8590051 tcaattgcagcacatactaacaggcaagaaatacttgcttgttttagacgatatctggaacgggaatgcagaatgttgggagcagttact 8589962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Original strand, 6448289 - 6448429
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||| |   ||  ||| | ||| | |||||||||||| ||||||    
T  6448289 atcagcatagtgggtctgggtgggatgggtaagaccacttttgctaagcttgtgtacaatcacaacatgataaaggagcattttgaacttaaatcttggg 6448388  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || || |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6448389 tctatgtttcagaatattttgatgttgttggactcaccaaa 6448429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5250954 - 5250877
Alignment:
Q  141 tttcagctatcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaagg 218  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  5250954 tttcatctttcactaatccatttgaatctaggattaaagaattgctagagaagctagaatttcttgcaaagcaaaagg 5250877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 5250691 - 5250551
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| ||   ||| || || ||| | |||||||||||||||||||    
T  5250691 atcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgcgtacaacgaccacaggatgcaggagcattttgaacttaaagcttggg 5250592  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || ||   |||||||||| ||||||| ||||||    
T  5250591 tctatgtttcagaaacttttgatgttgttggactcaccaaa 5250551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 5268689 - 5268517
Alignment:
Q  293 ccaactgcatctttggtggatgaatcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaagaagaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaatgacaaca 392  Q
    |||||| |||||||||||||||||||   ||||  ||||||||| ||||| || || ||  |||| || | ||| |||||| |||  ||||| | ||||     
T  5268689 ccaactacatctttggtggatgaatccagcatatatggtagagatggtgacaaggaggagttaatcaattttttactgtctgacatagacaagggcaacc 5268590  T
Q  393 aagtatcaactatcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatga 465  Q
    | ||| |||  ||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  5268589 atgtaccaataatcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccacccttgctcaactcgtgtacaatga 5268517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5268832 - 5268765
Alignment:
Q  150 tcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaag 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||| | ||||||    
T  5268832 tcactaatccatttgagtctaggatcaaagaattgctagagaagctagaatttcttgcaaaacaaaag 5268765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 425 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 6259683 - 6259592
Alignment:
Q  425 gggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctga 516  Q
    |||||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||||||    || ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  6259683 gggatgggtaagacagcccttgcccagcttgtttacaatgaccataggatacaggagcagtttgaatttaaagcttgggtccatgtttctga 6259592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 155 - 218
Target Start/End: Original strand, 6448040 - 6448103
Alignment:
Q  155 aatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaagg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||   || ||| | |||||||||||||||||||    
T  6448040 aatccatttgaatctaggatcaaagacttgctaaagaatctagattatcttgcagagcaaaagg 6448103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 404 - 462
Target Start/End: Original strand, 6479489 - 6479547
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaa 462  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||    
T  6479489 atcagcatagttggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaa 6479547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 218
Target Start/End: Original strand, 4388181 - 4388258
Alignment:
Q  141 tttcagctatcactaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaagg 218  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| ||||||  |||||||||    
T  4388181 tttcatctttcattaatccatttgaatctaggatcaaagaattgctagagaagttagaatttcttgcgaagcaaaagg 4388258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 83
Target Start/End: Original strand, 6721094 - 6721159
Alignment:
Q  18 tgaagatttggtttgataatctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattg 83  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||| |||||    
T  6721094 tgaagagttggcttgataatctcaaacatgaggtatacgaagtagagcaactattggatgtgattg 6721159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 6947791 - 6947730
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatga 465  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6947791 atcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatga 6947730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 425 - 510
Target Start/End: Original strand, 13270116 - 13270201
Alignment:
Q  425 gggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgt 510  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||    || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  13270116 gggatgggtaagacagcccttgctcagcttgtttacaatgaccataggatacaggagcagtttgaatttaaagcttgggtctatgt 13270201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 5281206 - 5281066
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    |||| |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || ||    |||||  ||||| | ||||||| |||||||||||    
T  5281206 atcaccatagtgggttctggtgggatgggtaagaccacccttgctgagcttgtgtataacgacgatagaattaaagagcattttgaacataaagcttggg 5281107  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || || | |||||||| | || || ||||||||    
T  5281106 tctatgtttcagaattttttgatgctgttcgaattaccaaa 5281066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 5299253 - 5299113
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |   ||  |||||  |  |||||||||| ||||| ||||    
T  5299253 atcagcatagtgggtctaggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatacagaaacagtttgaactaaaagcctggg 5299154  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || ||   |||| ||||| ||||||||||||||    
T  5299153 tctatgtttcggaaacttttaatgttgttggacttaccaaa 5299113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Original strand, 6553945 - 6554085
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||   ||  ||| |  || | |||||||||||||| ||||    
T  6553945 atcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagataaagaagcattttgaacttaaagcatggg 6554044  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || || | ||| |||||| ||||||| ||||||    
T  6554045 tctatgtttcagaatctttcgatgtttttggactcaccaaa 6554085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 441 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 6266204 - 6266135
Alignment:
Q  441 cccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgt 510  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||    || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6266204 cccttgcccagcttgtttacaatgaccataggatacaggagcagtttgaatttaaagcttgggtccatgt 6266135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 404 - 465
Target Start/End: Original strand, 6519669 - 6519730
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatga 465  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  6519669 atcagcatagtgggtttaggaggaatgggtaaaaccacccttgctcaacatgtctacaatga 6519730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 152 - 465
Target Start/End: Original strand, 6572550 - 6572866
Alignment:
Q  152 actaatccatttgaatctaggatcaaagagttgctaggcaagctaaaatatcttgcagagcaaaagggtgatttgggattgacacaaag---aagttgca 248  Q
    ||||||| || |||| |||||||||| || ||||| | ||| ||||||| ||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||   ||   ||||||||    
T  6572550 actaatcgatatgaacctaggatcaatgatttgctcgacaaactaaaatttctcgtagagcaaaaggatgtgttgggattgacaggtagtggaagttgca 6572649  T
Q  249 ctagttatgaaggcgcggttagcccacaatcctcaaaaagatctccaactgcatctttggtggatgaatcttccatacgtggtagagaaggtgaaaaaga 348  Q
     ||||| |||||| || |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  ||||||||| ||||| |||||    
T  6572650 gtagttttgaaggtgcagttagccagcaatcctcaaaaagatcgccaactgcatctctggtggataaatcttgcatatatggtagagagggtgagaaaga 6572749  T
Q  349 agaaataattaactatttgctgtcttacaaggacaatgacaacaaagtatcaactatcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgct 448  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6572750 agaaataatcaaccatttgctttcatacaaagacaacgacaaccaagtatcaataatcagcatagtgggtttgggtgggatggggaagaccacccttgct 6572849  T
Q  449 cagcttgtctacaatga 465  Q
    |||||||||||||||||    
T  6572850 cagcttgtctacaatga 6572866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 90
Target Start/End: Original strand, 6572433 - 6572506
Alignment:
Q  17 gtgaagatttggtttgataatctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattgatacaaa 90  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6572433 gtgaagatttggcttgatcgtctaaaacatgaggtatatgaagtagatcaattgttggatgagattgctacaaa 6572506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 404 - 544
Target Start/End: Original strand, 6984 - 7124
Alignment:
Q  404 atcagcatagttggtttgggtgggatgggaaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgattgcagaatacaagagaagtttgaacttaaagcttggg 503  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||   ||  ||| |  || | |||||||||||||| ||||    
T  6984 atcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaaagacaacaagataaagaagcattttgaacttaaagcatggg 7083  T
Q  504 tccatgtatctgagtattttgatgttattggacttaccaaa 544  Q
    || |||| || || | ||| |||||| ||||||| ||||||    
T  7084 tctatgtttcagaatctttcgatgtttttggactcaccaaa 7124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 473 - 526
Target Start/End: Original strand, 35139964 - 35140017
Alignment:
Q  473 atacaagagaagtttgaacttaaagcttgggtccatgtatctgagtattttgat 526  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  35139964 atacatgagcagtttgaatttaaagcttgggtccatgtttctgaatcttttgat 35140017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University