View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20598_low_4 (Length: 806)
Name: NF20598_low_4
Description: NF20598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20598_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 767; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 767; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 787
Target Start/End: Original strand, 130223 - 131001
Alignment:
| Q |
9 |
agcacagaacacaagaagctccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggat |
108 |
Q |
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| T |
130223 |
agcacagaacacaagaagctccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggat |
130322 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
130323 |
tgttcaaagccgttggtgagccattgaaagcaagaaatcgagtgcgtagtttggtgggcgatctaaagagatgtttcttgttgttggacagcaatgttcc |
130422 |
T |
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| Q |
209 |
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308 |
Q |
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| T |
130423 |
agggtgtgtgaagatgcacgacattgtacgtgatgttgtcatcttagtttcatttaaaactgaacacaagtttatggtgaaatatgacatgaagaggctg |
130522 |
T |
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| Q |
309 |
aaagaagaaaaattgaatgacatcgatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaacagcttagattgtcctacacttcaacttctac |
408 |
Q |
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| T |
130523 |
aaagaagaaaaattgaatgacatcaatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaacagcttagattgtcctacgcttcaacttctac |
130622 |
T |
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| Q |
409 |
aagtgcgatcaaaaggagatggaccaaatcaatggccagaacatttcttcagaggaatgagagcactcaaagttttgtctatgcacaatttacacattca |
508 |
Q |
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| T |
130623 |
aagtgcgatcaaaaggagatggaccaaatcaatggccagaacatttcttcagaggaatgagagcactcaaagttttgtctatgcacaatttacacattca |
130722 |
T |
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| Q |
509 |
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608 |
Q |
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| T |
130723 |
aaaactttcatctttttcacaagctttggttagtcttcatacactacaagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttaca |
130822 |
T |
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| Q |
609 |
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708 |
Q |
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| T |
130823 |
cacatagaagtcctaagttttgcacactctaatattaaagaacttccaattgaaataggaaacttgagcattctaagattattagatttgacaaattgca |
130922 |
T |
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| Q |
709 |
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787 |
Q |
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| T |
130923 |
atgatcttaatgtcatttctagtaatgtcttgataagactgtctcgattggaagaactttatttaaggatggacaattt |
131001 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 34554573 - 34553795
Alignment:
| Q |
9 |
agcacagaacacaagaagctccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggat |
108 |
Q |
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| T |
34554573 |
agcacagaacacaagaaattccttatgctttgtggattgtttccggaagactttgacatacctattgaaagtttattatgtcacgcaatgggcttgggat |
34554474 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
34554473 |
tgttcaaagctatcggtgagccatggaaagcaagaaaccgagtgaatagttttgtggacgatctaaagagatgcttcttgttgttggatagcaatgtccc |
34554374 |
T |
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| Q |
209 |
agggtgtgtgaagatgcacgacattgtacgtgatgttgtcatcttagtttcatttaaaactgaacacaagtttatggtgaaatatgacatgaaaaggctg |
308 |
Q |
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| T |
34554373 |
agggtgtgtgaagatacatgatattgtacgtgatgttgtcatattagttgcatttaaaatagaacatgggtttatggtgagatatgacatgaagagtttg |
34554274 |
T |
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| Q |
309 |
aaagaagaaaaattgaatgacatcgatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaacagcttagattgtcctacacttcaacttctac |
408 |
Q |
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| T |
34554273 |
aaagaagagaaattaaatgacatcagtgcattatcacttatcttgaatgagacggtagggttagaagacaacttagagtgtcctacccttcagcttctac |
34554174 |
T |
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| Q |
409 |
aagtgcgatcaaaaggagatggaccaaatcaatggccagaacatttcttcagaggaatgagagcactcaaagttttgtctatgcacaatttacacattca |
508 |
Q |
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| T |
34554173 |
aagttagatcaaaagaaaagaaaccaaaccattggccggaacatttcttccaatgcatgaaatcactcaaagttttgtctatgcaaaatgtgtacattcc |
34554074 |
T |
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| Q |
509 |
aaaactttcatctttttcacaagctttggttagtcttcatacactacaagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttaca |
608 |
Q |
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| T |
34554073 |
aaaacttccatctctatctcaagtctcagttagcctccatatgctgctattagaatattgtgatgttggagatatatctataattggtaaggaacttata |
34553974 |
T |
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| Q |
609 |
cacatagaagtcctaagttttgcacactctaatattaaagaacttccaattgaaataggaaacttgagcattctaagattattagatttgacaaattgca |
708 |
Q |
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| T |
34553973 |
cacctagaagtcttaagttttgcacactctaaaattaaagaacttccagttgaaataggaaacttgagcattctaagattattggatttgacaaattgca |
34553874 |
T |
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| Q |
709 |
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787 |
Q |
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| T |
34553873 |
atgatcttaaagtcatttctactaatgtcttgataagattgtctcgattggaagaactttatttaaggatggacaattt |
34553795 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 28 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 34566228 - 34565484
Alignment:
| Q |
28 |
tccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggattgttcaaagccgttggtga |
127 |
Q |
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| T |
34566228 |
tccttatgctttgtggattgtatccagaagactttgacattcccattgaaagtttattgtgtcatggttttggcttgggtccgttcaaagacatcagtgc |
34566129 |
T |
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| Q |
128 |
gccattgaaagcaagaaatcgagtgcgtagtttggtgggcgatctaaagagatgtttcttgttgttggacagcaatgttccagggtgtgtgaagatgcac |
227 |
Q |
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| T |
34566128 |
atcatgggaagcaagaaatcgagtgcatacattggtggaagatctaaggagaaagtttttattgttggatagcagtgtgccagggtgtgtgaagatgcat |
34566029 |
T |
|
| Q |
228 |
gacattgtacgtgatgttgtcatcttagtttcatttaaaactg---aacacaagtttatggtgaaatatgacatgaaaaggctgaaagaagaaaaattga |
324 |
Q |
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| T |
34566028 |
gatattgtgcgtaatgttgttatatcagtagcatttaaaaatgcagaagataaattcatggtaaagtacacctttaagagtctaaaagaagagaaattga |
34565929 |
T |
|
| Q |
325 |
atgacatcgatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaacagcttagattgtcctacacttcaacttctacaagtgcgatcaaaagg |
424 |
Q |
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| T |
34565928 |
acgagatcaatgcaatatcacttattttggatgatactaaagagttagaaaatggcttacactgtccgacacttaaaattttacaagtaagttcaaaaag |
34565829 |
T |
|
| Q |
425 |
agatggaccaaatcaatggccagaacatttcttcagaggaatgagagcactcaaagttttgtctatgcacaatttacacattcaaaaactttcatctttt |
524 |
Q |
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| T |
34565828 |
caaggaaccaatgttttggcctgaacttttcttccaaagcatgagcacacttaaagttttatccatgaaaaatttatgcattccaaaactgccatattta |
34565729 |
T |
|
| Q |
525 |
tcacaagctttggttagtcttcatacactacaagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttacacacatagaagtcctaa |
624 |
Q |
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| T |
34565728 |
tcccaagcttcagtcaatctccacacattgcaagtagaacactgtgatgttggagatatatctataatcggtaaggaacttaaacacctagaagtcctaa |
34565629 |
T |
|
| Q |
625 |
gttttgcacactctaatattaaagaacttccaattgaaataggaaacttgagcattctaagattattagatttgacaaattgcaatgatcttaatgtcat |
724 |
Q |
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| T |
34565628 |
gttttgcacattctaatattaaagaactcccaattgaaataggaaatctgggcagtgtaagattattagatttgtcaaattgcaatgatcttgacatcat |
34565529 |
T |
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| Q |
725 |
ttctagtaatgtcttgataagactgtctcgattggaagaacttta |
769 |
Q |
| |
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|
| T |
34565528 |
ttctgataatatcttgataagattgtctcggttggaagaacttta |
34565484 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 555 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 34291210 - 34290978
Alignment:
| Q |
555 |
caagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttacacacatagaagtcctaagttttgcacactctaatattaaagaacttc |
654 |
Q |
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| T |
34291210 |
caagtggaacattgtgatgttggagatatatctataattggtaaggaacttaaacacctagaagtcctaagttttgcagattctaatattaaagagctcc |
34291111 |
T |
|
| Q |
655 |
caattgaaataggaaacttgagcattctaagattattagatttgacaaattgcaatgatcttaatgtcatttctagtaatgtcttgataagactgtctcg |
754 |
Q |
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| T |
34291110 |
catttgaaataggaaatctgggcagtctaagattattggatttgtcaaattgcaacgatcttgtcatcatttctgataatgtcttgataagattgtctcg |
34291011 |
T |
|
| Q |
755 |
attggaagaactttatttaaggatggacaattt |
787 |
Q |
| |
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| T |
34291010 |
gttggaagaaatttactttagaatggacaattt |
34290978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 34291731 - 34291556
Alignment:
| Q |
30 |
cttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggattgttcaaagccgttggtgagc |
129 |
Q |
| |
|
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|
| T |
34291731 |
cttatgctttgtggattatttccagaagactttgacattcctattgaaagtttattgtatcatgcttttggcttgggattgttcaaatacattaatgcat |
34291632 |
T |
|
| Q |
130 |
cattgaaagcaagaaatcgagtgcgtagtttggtgggcgatctaaagagatgtttcttgttgttggacagcaatgt |
205 |
Q |
| |
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|
|
| T |
34291631 |
cattgaaagcaagaaaccgagtgcatacattggtggaagatctaagacgaaagttcttgttgttggacagcaatgt |
34291556 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 15895918 - 15895156
Alignment:
| Q |
28 |
tccttatgctttgtggattatttccagaagactttgatattcctattgaaattttattgcgtcatgcaataggcttgggattgttcaaagccgttggtga |
127 |
Q |
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| T |
15895918 |
tccttatgctttgtggattgtttcctgaagactttgatattcctattgaatgtttgttgcatcatgcagtgggtttgggaatgttcaaacacattactgc |
15895819 |
T |
|
| Q |
128 |
gccattgaaagcaagaaatcgagtgcgtagtttggtgggcgatctaaagagatgtttcttgttgttggacagcaatgttccagggtgtgtgaagatgcac |
227 |
Q |
| |
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| T |
15895818 |
atcatgggaagcaagagaccaagtgcatacattggtagataatctaaagagaaagtttttgttgctggaaagtaatgtgcgaggatgtgtaaagatgcat |
15895719 |
T |
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| Q |
228 |
gacattgtacgtgatgttgtcatcttagtttcatttaaaactgaa---cacaagtttatggtgaaatatgacatgaaaaggctgaaagaagaaaaattga |
324 |
Q |
| |
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| T |
15895718 |
gatattgtgcgaaatgttgttatatcatttttatttaaaagtgaagaacataaatttatggtgcaatacaactttaagagtttaaaagaagagaaattga |
15895619 |
T |
|
| Q |
325 |
atgacatcgatgcaatatcacttatcttggatcacactatagagttagaaaacagcttagattgtcctacacttcaacttctacaagtgcgatcaaaagg |
424 |
Q |
| |
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|||||||| | ||||||||||||||||||||| | | | ||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||| | |||||| | |
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| T |
15895618 |
atgacatcaaagcaatatcacttatcttggatgattcaaacaagttagaaagtggcttagagtgtccgacacttaaactttttcaagtaaggtcaaaaag |
15895519 |
T |
|
| Q |
425 |
agatggaccaaatcaatggccagaacatttcttcagaggaatgagagcactcaaagttttgtctatgcacaatttacacattcaaaaactttcatctttt |
524 |
Q |
| |
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| | ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| | || || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||| | |
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| T |
15895518 |
caaggaaccaatctcttggcccgaacttttcttccaaggaatgtgtgctcttaaagttttatctatgcaaaatttgtgcattcctaaactctcgtctcta |
15895419 |
T |
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| Q |
525 |
tcacaagctttggttagtcttcatacactacaagtagaatattgtgatgttggtgatatatctataattggtaaggaacttacacacatagaagtcctaa |
624 |
Q |
| |
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|| ||||| | | ||| || ||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |
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| T |
15895418 |
tcccaagccccattcaatctccacacattgaaagtagaacattgtgatgttggagatatatctataattggtaagaaacttttacttctagaagtcctaa |
15895319 |
T |
|
| Q |
625 |
gttttgcacactctaatattaaagaacttccaattgaaataggaaacttgagcattctaagattattagatttgacaaattgcaatgatcttaatgtcat |
724 |
Q |
| |
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|||| |||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| |||| |
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| T |
15895318 |
gtttgtcacattccaatgttaaagaactcccaattgaaataggagatttgggcagtctaagattattggatttgacaggttgcaatgatctgaatttcat |
15895219 |
T |
|
| Q |
725 |
ttctagtaatgtcttgataagactgtctcgattggaagaactttatttaaggatggacaattt |
787 |
Q |
| |
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| T |
15895218 |
ttctgataatgtcttgattagactgtttcggttggaagaactttactttaggatgtacaattt |
15895156 |
T |
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Back To:
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