View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20610_high_1 (Length: 991)

Name: NF20610_high_1
Description: NF20610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20610_high_1
NF20610_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-975)||(45317037-45318006)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 837; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 837; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 975
Target Start/End: Complemental strand, 45318006 - 45317037
Alignment:
Q  1 tgctggaattttggtttgaaatgtcccaaaaatttgagccaatcattatctcttgatggatcggctcaaatgcaagtttgaacctttcaaactgaaatct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318006 tgctggaattttggtttgaaatgtcccaaaaatttgagccaatcattatctcttgatggatcggctcaaatgcaagtttgaacctttcaaactgaaatct 45317907  T
Q  101 aaacatgcatgaaacatttggaagatgagaattaaaaaccagaacatagcaaaaatttcatctctattctcccnnnnnnnnttggttcctttcatggagc 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||    
T  45317906 aaacatgcacgaaacatttggaagatgagaattaaaaaccagaacatagcaaaaatttcatctctattctcccaaaaaaaattggttcctttcatggagc 45317807  T
Q  201 accacttgccaaatctaaaaaccaggtacataatgnnnnnnnctaacatgaagggatacgaaccaggtaccatgttagaataaatgaaaatgattaaaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45317806 accacttgccaaatctaaaaactaggtacataatgaaaaagactaacatgaagggatacgaaccaggtaccatgt-agaataaatgaaaatgattaaaat 45317708  T
Q  301 ctttacaatgagatgcatttttaccacctaaaaagactgagacgtgtgtaacgacttcctatcaacatacattctattagaagaataggtgtaaagaaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45317707 ctttacaatgagatgcatttttaccacctaaaaagactgagacgtgtgtaacgacttcctatcaacatacattctattagaagaataggtgtaaagaaaa 45317608  T
Q  401 atctacagtatgttagtctaataagacaaccagaattaagtaaaatttgtgtgctctgaggttgagtggatatatgaaacaaaacattaaccttaaaaca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45317607 atctacagtatgttagtctaataagacaaccagaattaagtaaaatttgtgtgctctgaggttgagtggatatatgaaacaaaacattaaccttaaaaca 45317508  T
Q  501 tatctactattggtaaatctgttagaaaagtacataggacttacagaatcaatcaaacaggacaataggacataagactaattataatgtgaaaattaaa 600  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45317507 tatctaatattggtaaatctgttagaaaagtacataggacttagagaatcaatcaaacaggacaataggacataagactaattataatgtgaaaattaaa 45317408  T
Q  601 gagaa-aaaacgctgccatgttccatgattcaattccatgactaggagatcattatcaattaactttgatttgagatataaaacaaataatattatctag 699  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45317407 gagaaaaaaacgctgccatgttccatgattcaattccatgactaggagatcattatcaattaactttgatttgagatataaaacaaatattattatctag 45317308  T
Q  700 ggtgctagaaaaagcagatccatatatcaagaattgattcagattaatttctgacnnnnnnnttatcataagaacaatacaacaaaattaattttatgac 799  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45317307 ggtgctagaaaaagcagatccatacatcaataattgattcagattaatttctgacaaaaaaattatcataagaacaatacaacaaaattaattttatgac 45317208  T
Q  800 tgaagagacctattataggtatgatacgaggacatgatccgttgacactatcctatgaacttgaatatcaaaatcatcatgagacatccttaattaatat 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45317207 tgaagagacctattataggtatgatacgaggacatgatccgttgacacgatcctatgaacttgaatatcaaaatcatcatgagacatccttaattaatat 45317108  T
Q  900 ggtgatgtttgcaaacaaataaaagaaaacacatatatgcatgcataatatttaatgaatatataccttgttatat 975  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45317107 ggtgatgtttgcaaacaaataaaagaaaacac----atgcatgcataata-ttaatgaatatataccttgttatat 45317037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University