View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20618_high_3 (Length: 826)

Name: NF20618_high_3
Description: NF20618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20618_high_3
NF20618_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-812)||(45759014-45759808)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 812
Target Start/End: Original strand, 45759014 - 45759808
Alignment:
Q  18 acttattcctccaactacccgatgttttcttcaaaacttcaacaactaatttccacattcggagcctcctcagattggctcccactgacaaatcgaggta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759014 acttattcctccaactacccgatgttttctccaaaacttcaacaactaatttccacattcggagcctcctcagattggctcccactgacaaatcgaggta 45759113  T
Q  118 aataaaggtgattttatccatttttcacttaaggaatcatgttgatgtatcgatgaaatttgatgagttaacattaacattggagagcttactcttgaaa 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759114 aataaaggggattttatccatttttcacttaagaaatcaggttgatgtatcgatgaaatttgatgagttaacattaacattggagagcttactcttgaaa 45759213  T
Q  218 aaattaacctttagaccaaaaattaattcaaaccattgtaagattgttttcatacccgacaagctctcggcacacacctatctaataactaataagtagt 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759214 aaattaacctttaaaccaaaaattaattcaaaccatcgtaagattgttttcatacccgacaagctctcggcacacacctatctaataactaataagtagt 45759313  T
Q  318 gtgtcgttcgcatataaattatcaacagtagaaaaggtagaaacaaaagttatgtattctaagattggtggtataacccactatcttgtcctaaaagtat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759314 gtgtcgttcgcatataaattatcaacagtaggaaaggtagaaacaaaagttatgtattctaagattggtggaataacccactatcttgtcctaaaagtat 45759413  T
Q  418 ttgaaaccatttgcttataatatgttttatacattggagcaaagactcaaaaattccacggaaaacatccttacagccaaactactagcttctaactacc 517  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759414 atgaaaccatttgcttataatatgttttatacattggagcaaagactcaaaaattccacggaaaacatccttacagccaaactactagcttctaactacc 45759513  T
Q  518 ggaagnnnnnnnnnnttatcaacaagaattttcttgctgaaaaactatttataaggaaaaaacttaaacaatacgtgttggattacatttttaaataaag 617  Q
     ||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759514 agaag-aagaaaaaattatcaacaagaattttcttgctgaaaaactatttataaggaaaaaacttaaacaatacgtgttggattacatttttaaataaag 45759612  T
Q  618 ttatttgaccaatattttttacaacagctacattttgtattatttcctcctacttaaaatgagtgccgtttaaggttattacatttaaattaatgaatac 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45759613 ttatttgaccaatattttttacaacagctccattttgaattatttcctcctacttaaaatgagtgccgtttaaggttattacatttaaattaatgaatac 45759712  T
Q  718 aataacatagtcaagagacatataagt-aaaaaatgacattcattttaattattattttttaaaacgatgctcattataaatcgttagagtattat 812  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45759713 aataacatagtcaaaagacatataagtaaaaaaatgacattcattttaattattattttttaaaacgatactcattataaatcgttagagtattat 45759808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University