View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20619_low_12 (Length: 455)

Name: NF20619_low_12
Description: NF20619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20619_low_12
NF20619_low_12
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-448)||(54791084-54791531)
chr4 (1-448)||(54777615-54778061)
chr4 (1-448)||(52283742-52284189)
chr4 (1-446)||(799020-799459)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 54791531 - 54791084
Alignment:
Q  1 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791531 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 54791432  T
Q  101 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791431 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 54791332  T
Q  201 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataattctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791331 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataattctc 54791232  T
Q  301 aacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatactttgccagagcg 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54791231 aacctgcggtacaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcggtctccaaatactttgccagagcg 54791132  T
Q  401 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54791131 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 54791084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 448
Target Start/End: Original strand, 54777615 - 54778061
Alignment:
Q  1 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54777615 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggccagcatgtccattgaattccattccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 54777714  T
Q  101 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54777715 gatttctcaaattcacttgcattcttgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 54777814  T
Q  201 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataattctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  54777815 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcgttaaggttgctcttaatgttaacgattatacctgtccatggcca-acataattctc 54777913  T
Q  301 aacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatactttgccagagcg 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54777914 aacctgcggtacaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcggtctccaaatactttgccagagcg 54778013  T
Q  401 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54778014 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 54778061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 52284189 - 52283742
Alignment:
Q  1 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52284189 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 52284090  T
Q  101 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52284089 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgagtgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 52283990  T
Q  201 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataattctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52283989 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagaatcattcagtttgctcttaatattaacaattatgcctgtccatggccagacatagttctc 52283890  T
Q  301 aacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatactttgccagagcg 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52283889 aacctgtggtgcaggttggttgacagcttcggtcaaaggcgggggaggtatttggtctgcttcatttgctaggtcagtctccaaaaactttgccagagcg 52283790  T
Q  401 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52283789 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgctt 52283742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 799459 - 799020
Alignment:
Q  1 attataatcatcttcacgtgcaacccatccataaatgtctgaactggcctgcatgtcctttgaattccagtccttcttcccatgatgtttagtttcaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||| |||| | |||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||||||    
T  799459 attataatcatcttcacgtgcaacccaaccgtaaatctctgaactgtcctgcaagtccatggaattccaatccttttttccacgacgtttagtctcaaag 799360  T
Q  101 gatttctcaaattcacttgcattcatgaaaccattccagtcattgttgaagtctactacagcctgattgtcaccatccatgaagaatacatggacatcca 200  Q
     |||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||     || ||||||||| |||||   ||| ||| |||    
T  799359 catttctcaagctcacttgcattcataaacccattccagtcattgttgaagtctataacagccacggagttaccatccatcaagaacgtatgaacagcca 799260  T
Q  201 atggtctgtacttggcaaattcctttagccagtatccagcatcgttaaagttgctcttaatgttaacgattatgcctgtccatggccagacataattctc 300  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| |   | ||||   | ||||| || | |||||||||||| ||||| || || |||||    
T  799259 acggtttgtacttagcaaattccttttgcaagtatccagaatcatgtgatttgc---ttatgttgacaagtatgcctgtccacggccaaacgtagttctc 799163  T
Q  301 aacctgcggtgcaggttggttgacagcttcggccaaagccgggggaggtatttggtctgcttcatttactaggtcagtctccaaatactttgccagagcg 400  Q
    ||| |   |  ||||||||   |||||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||  |||| |||||||||||||     
T  799162 aactt---ggacaggttggacaacagctacagtcaaagccgggcgaggtacttggtctgcttcatttgctaagtcagtcctcaaaaactttgccagagcc 799066  T
Q  401 aggtggtttgccttttgtttggcgtttctgtttgctgaacctttgc 446  Q
    ||||||||||| ||||| || | | |||||||||| ||||||||||    
T  799065 aggtggtttgctttttgctttgtgcttctgtttgccgaacctttgc 799020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University