View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20620_high_3 (Length: 861)

Name: NF20620_high_3
Description: NF20620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20620_high_3
NF20620_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-842)||(51785044-51785880)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 51785880 - 51785044
Alignment:
Q  15 cataggtacataaaccttttactagaaatcacgtaaaccacaagacatgattgtgatgagatatttcagatcttgattaaataatttttagtcnnnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  51785880 cataggtacataaaccttttactagaaatcacgtaaaccacaagacatgattgtgatgagatatttcagatcttgattaaataatttttagtcttttttt 51785781  T
Q  115 -agaagggtttaatgttactcttgtacatactcttatcatcaatatatgagttatatatgatcaatgatcaaacttgacatttgtctgcaaactggaaaa 213  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785780 cagaagggtttaatgttactcttgtacatactcttatcatcaatat--gagttatatatgatcaatgatcaaacttgacatttgtctgcaaactggaaaa 51785683  T
Q  214 aggcaagagattgattgtcaacattgtgatatataatccattattgaaattcaataattaatgccaacaaaagcatgtggtagatatggagagacaatga 313  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785682 aggcaagggattgattgtcaacattgtgatatataatccattattgaaattcaataattaatgccaacaaaagcatgtggtagatatggagagacaatga 51785583  T
Q  314 atttggttgagctaaaatgtggaacaatgtctgctgccaaataataataatatgtagactctagaattgaactaaagacttgaagaagaataatagaacc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  51785582 atttggttgagctaaaatgtggaacaatgtctgctgccaaataataataatatgtagactctagaattgaactgaagacttgaagaagaataatagaacc 51785483  T
Q  414 aatgtggtttcgtctccgtgtacgtttgtccaagaaatgaaaaatcatatcatagggcattgacacgttgctcgaaatgtcattttctgaatttgaatca 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785482 aatgtggtttcgtctccgtgtacgtttgtccaagaaatgaaaaatcatatcatagggcattgacacgttgctcgaaatgtcattttctgaatttgaatca 51785383  T
Q  514 cattcctttcaacagtagtatgatcatgatgctcacatcaagtatcaatctcttttgtgtgtactgtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatc 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785382 cattcctttcaacagtagtatgatcatgatgctcacatcaagtatcaatctctttt-tgtg---tgtaggttccaaatctttcttttaaaagggcttatc 51785287  T
Q  614 tttgtttatttggctatggtaataatgatcaa----------------tacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtacatat 697  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  51785286 -ttgtttatttggctatggtaataatgatcaaagaaaacgataaaatgtacatgtcatgcatgattgattctcaatctaatattagactaaagtac--at 51785190  T
Q  698 acaatcaatacaacctaacatacttgaaatatacatgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattat 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51785189 acaatcaatacaacctaacatacttgaaatatacatgcccttctcaattataattgacaatgaaaagatcatggttgttaggccttcaacctcaaattat 51785090  T
Q  798 ttgttcataccctttacaaat-ctctctagctaattatgcactcaa 842  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  51785089 ttgttcataccctttacaaatgatctctagctaattatgcactcaa 51785044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University