View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20620_low_11 (Length: 629)
Name: NF20620_low_11
Description: NF20620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20620_low_11 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 39693203 - 39692594
Alignment:
| Q |
9 |
acatcatcaccattggtagtatagtaatcctcaactctagatgagagcttacacttccacttacgaacagatgcaacaaaaacacgtcccaaatccaaaa |
108 |
Q |
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| T |
39693203 |
acatcatcaccattggtagtatagtaatcctcaactctagatgagagcttacacttccacttacgaacagatgcaacaaaaacacgtcccaaatccaaaa |
39693104 |
T |
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| Q |
109 |
ccgcacttccttgaagcttttcggctcgataaaatcgataacccgacnnnnnnncaaccacaccaacaaaagcagccacaacacaaataccaaatcctat |
208 |
Q |
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| T |
39693103 |
ccgcacttccttgaagcttttcggctcgataaaatcgataacccgacaaaaaaataaccacaccaacaaaagcagccacaacacagataccaaatcctgt |
39693004 |
T |
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| Q |
209 |
agcccaacccaaattatcttcaatgtaaataactccagttaatgcagctcctgaagcaacatagaaagtgaagaagtaccagttgaaaaatgttccttga |
308 |
Q |
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| T |
39693003 |
agcccaacccaaattatcttcaatgtaaataattccagttaatgcagctcctgaagcaacatagaaagcgaaaaagaaccagttgaaaaatattccctga |
39692904 |
T |
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| Q |
309 |
tgttctggtttgtcaaattgatttgcacctaatgatgctgctgtgtaacgcgaaccaccaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactg |
408 |
Q |
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| T |
39692903 |
tgttctggtttgttaaattgattggctcctagtgatgctgctgtgtaacgtgaaccaccaaaaccaattgatattaacactatgcttatgtataaaactg |
39692804 |
T |
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| Q |
409 |
tgtattggattcctgttggtggtttgcatgtgatggatgaatcattgctgcatggatgaggctttagtgaattaatagttgccgtcaagaataatagaat |
508 |
Q |
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| T |
39692803 |
tatattggattcctgttggtggtttgcatgtgattgatgaatcattgctacatggatgaggctttagtgaattaatagttgccgtcaagaataatagaat |
39692704 |
T |
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| Q |
509 |
tgtgccctgcaagtgcaaaggtgaaagtttaaaagagagatgctatttacttcaaataagtgta----tggttatgaaaatgcaaatcatatggtaaaat |
604 |
Q |
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| T |
39692703 |
tgtgccctgcaagtgcaaaggtgaaagtttaaaagagagatgctatttaccacaaataagtgtatgtttggttatgaaaatgcaaatcatatgggaaaat |
39692604 |
T |
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| Q |
605 |
aggacatttg |
614 |
Q |
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| T |
39692603 |
cggacatttg |
39692594 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 612
Target Start/End: Original strand, 39930143 - 39930724
Alignment:
| Q |
29 |
atagtaatcctcaactctagatgagagcttacacttccacttacgaacagatgcaacaaaaacacgtcccaaatccaaaaccgcacttccttgaagcttt |
128 |
Q |
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| T |
39930143 |
atagtaatcctcagctctggatgaaagcttacacctccacttacgagcagatgcaacaaaaacacgtcccaagtccaaaatcgcacttccctgtggcttt |
39930242 |
T |
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| Q |
129 |
tcggctcgataaaatcgataacccgacnnnnnnncaaccacaccaacaaaagcagccacaacacaaataccaaatcctatagcccaacccaaattatctt |
228 |
Q |
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| T |
39930243 |
tcggcccgataaaatcgataacctaacacaaaaacaaccacaccaacaaaagcagccacagcacaaataccaaatcctatagcccaacccaaattatctt |
39930342 |
T |
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| Q |
229 |
caatgtaaataactccagttaatgcagctcctgaagcaacatagaaagtgaagaagtaccagttgaaaaatgttccttgatgttctggtttgtcaaattg |
328 |
Q |
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| T |
39930343 |
caatgtaaataattccagttaatgcagctcctgaagcaacatagaaagtgaagaagtaccagttgaaaaatgttccttgatgttctggtttgtcaaattg |
39930442 |
T |
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| Q |
329 |
atttgcacctaatgatgctgctgtgtaacgcgaaccaccaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactgtgtattggattcctgttggt |
428 |
Q |
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| T |
39930443 |
atttgcacctaatgatgctgctgtgaaacgcgaaccaccaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactgtgtattggattcctgttggt |
39930542 |
T |
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| Q |
429 |
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528 |
Q |
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| T |
39930543 |
ggtttgcatgtagtagatgaatctttgctgcatggatgaggctttaatgaattgattgtttctgtcaaaaataatagaattgtgccctgcaagtgcaaag |
39930642 |
T |
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| Q |
529 |
gtgaaagtttaaaagagagatgctatttacttcaaataagtgta----tggttatgaaaatgcaaatcatatggtaaaataggacatt |
612 |
Q |
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| T |
39930643 |
ttgaaagtttaaaagagata------ttaccacaaataagtgtatgtttggttatgaaaatgcaaatcatatggtaaaataggacatt |
39930724 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 39703156 - 39702644
Alignment:
| Q |
29 |
atagtaatcctcaactctagatgagagcttacacttccacttacgaacagatgcaacaaaaacacgtcccaaatccaaaaccgcacttccttgaagcttt |
128 |
Q |
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| T |
39703156 |
atagtaatcctcaactctagatgagagcttacacttccacttccgaacagatgcaacaaaaatacgtcccaaatccaaaaccgcacttccttgaggcttt |
39703057 |
T |
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| Q |
129 |
tcggctcgataaaatcgataacccgacnnnnnnncaaccacaccaacaaaagcagccacaacacaaataccaaatcctatagcccaacccaaattatctt |
228 |
Q |
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| T |
39703056 |
tcggctcgataaaatcgataacccgacaaaaaaacaaccacaccaacaaaagtagccacagcacagataccaaatcctaaagaccaacccaaattatctt |
39702957 |
T |
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| Q |
229 |
caatgtaaataactccagttaatgcagctcctgaagcaacatagaaagtgaagaagtaccagttgaaaaatgttccttgatgttctggtttgtcaaattg |
328 |
Q |
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| T |
39702956 |
caatgtaaataactccagttaatgcagctccagaagcaacatagaaagtgaaaaagaaccagttgaaaaatgttccttgatcttcaagtttgtcaaactg |
39702857 |
T |
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| Q |
329 |
atttgcacctaatgatgctgctgtgtaacgcgaaccaccaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactgtgtattggattcctgttggt |
428 |
Q |
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| T |
39702856 |
atttgcacctagtgatgctgctgtgaaacgtgaaccaccaaaaccaattgatattaggactatgcttatgtataaaactgtatattggattcctgttggt |
39702757 |
T |
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| Q |
429 |
ggtttgcatgtgatggatgaatcattgctgcatggatgaggctttagtgaattaatagttgccgtcaagaataatagaattgtgccctgcaagtgcaaag |
528 |
Q |
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| T |
39702756 |
ggtatgcatgtgatggatgaatcattgctgcatggatgaggctttaatgaattgattgttgctgttaaggttaaaagaattgtgccctgcaaattcaaat |
39702657 |
T |
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| Q |
529 |
gtgaaagtttaaa |
541 |
Q |
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| T |
39702656 |
gtgaaaatttaaa |
39702644 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 365 - 546
Target Start/End: Original strand, 39935021 - 39935202
Alignment:
| Q |
365 |
accaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactgtgtattggattcctgttggtggtttgcatgtgatggatgaatcattgctgcatgga |
464 |
Q |
| |
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|
| T |
39935021 |
accaaaaccaattgatattaataatatgcttatgtataaaactgtgtattggattcctgttggtggtttgcatgtgatggatgaatcattgatacatgga |
39935120 |
T |
|
| Q |
465 |
tgaggctttagtgaattaatagttgccgtcaagaataatagaattgtgccctgcaagtgcaaaggtgaaagtttaaaagaga |
546 |
Q |
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| T |
39935121 |
tgaggctttaaagaattgattattgctgtcaaaaacaaaataattgtgccctgcatgtgcaaaggtaaaaaattaaaagaga |
39935202 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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