View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20620_low_2 (Length: 935)

Name: NF20620_low_2
Description: NF20620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20620_low_2
NF20620_low_2
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (11-917)||(1856700-1857606)
chr1 (11-917)||(1815437-1816344)
chr1 (18-917)||(1868302-1869204)
chr1 (18-917)||(1842693-1843595)
chr1 (105-824)||(9170179-9170901)
chr1 (105-824)||(9161353-9162075)
chr1 (15-824)||(9199746-9200558)
chr1 (65-824)||(9218262-9219024)
chr1 (120-824)||(9155441-9156148)
chr1 (327-840)||(9229131-9229644)
chr1 (57-822)||(9118329-9119097)
chr1 (114-240)||(9229734-9229860)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (11-178)||(37567642-37567809)
chr7 (173-300)||(37572119-37572246)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (156-235)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 917
Target Start/End: Original strand, 1856700 - 1857606
Alignment:
Q  11 cataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaatt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856700 cataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaatt 1856799  T
Q  111 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856800 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacagaaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 1856899  T
Q  211 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcaga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1856900 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcaga 1856999  T
Q  311 ggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacacc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857000 ggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacacc 1857099  T
Q  411 gccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagt 510  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857100 gccaaagtgtcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagt 1857199  T
Q  511 atatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtag 610  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1857200 atatgcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtggagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtag 1857299  T
Q  611 gccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaac 710  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1857300 gccggaagaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaac 1857399  T
Q  711 aaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagg 810  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1857400 aaacaagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagg 1857499  T
Q  811 gaatgaggttaatgaataagcactcttggatcaatgatgactcaaatgtagaggagagtcggtacttgcttcatgaatcatcatctagcctttatgaacc 910  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1857500 gaatgaggttaatgaataagcactcttggatcaaagatgactcaaatgtagaggagagtaggtacttgcttcatgaatcatcatctagcatttatgaacc 1857599  T
Q  911 tggtgat 917  Q
    |||||||    
T  1857600 tggtgat 1857606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 1816344 - 1815437
Alignment:
Q  11 cataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaatt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  1816344 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaaggggaacttgatgataatagaattgtggctatcaaaaagtccaaaacaatagacgaaagccaaatt 1816245  T
Q  111 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 210  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816244 gaacaattcattaacgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttggggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttgg 1816145  T
Q  211 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcaga 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||| |  ||    
T  1816144 tttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttcttcgcacacaaggtaagacgaacgatcttacttggaaaactcgtcttaggatagctgttga 1816045  T
Q  311 ggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacacc 410  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816044 ggtagctggagctctgtcatatctgcattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacacc 1815945  T
Q  411 gccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagt 510  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1815944 gctaaagtgtcagattttggagcatcaaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagt 1815845  T
Q  511 atatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtag 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1815844 atatgcaaacaagccaattaactgagaaaagtgatgtatatagctttggagtagttcttgtggagctgctaacgggggagaaacctttttgttttggtag 1815745  T
Q  611 gccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaac 710  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1815744 gccggaagagagaagaagtcttgctacgcactttttatcttgcttgaaaaaggataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaac 1815645  T
Q  711 aaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagg 810  Q
    ||||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815644 aaacaagtgatcatggaggtggctgttcttgcggcgaactgtttgagacttataggggaggaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagg 1815545  T
Q  811 gaatgaggttaatgaataagcactcttggatcaatgatgactcaaatgtagaggagagt-cggtacttgcttcatgaatcatcatctagcctttatgaac 909  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  1815544 gaatgaggttaatggataagcactcttggatcaatgcagaccttaatgtagaggagagtccactacttgcttcatgaatcatcatctagcatttatgaat 1815445  T
Q  910 ctggtgat 917  Q
     |||||||    
T  1815444 ttggtgat 1815437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 917
Target Start/End: Original strand, 1868302 - 1869204
Alignment:
Q  18 aaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaat 117  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| | ||||||||| || ||||    
T  1868302 aaaggtggttttggtaccgttttcaaaggacttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcgatcaat 1868401  T
Q  118 tcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatga 217  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1868402 tcattaatgaggtggttgttctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatga 1868501  T
Q  218 gtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacg---aatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggta 314  Q
     ||||||| |||||| || |||||||  ||||| |||||| || |||| | |   ||| ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1868502 atttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggta 1868601  T
Q  315 gctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgcca 414  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1868602 gctgaagctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgcca 1868701  T
Q  415 aagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatat 514  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868702 aagtatcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatat 1868801  T
Q  515 gcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccg 614  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1868802 gcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctgacgggggagaaacctttttgttttggtaggccg 1868901  T
Q  615 gaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaac 714  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1868902 gaagaaagaagaagtcttgcaatgcatttactatcttgattgaaaaaagataatgtatttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaac 1869001  T
Q  715 aagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaat 814  Q
    ||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1869002 aagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaat 1869101  T
Q  815 gaggttaatgaataagcactcttggatcaatgatgactcaaatgtagaggagagtcggtacttgcttcatgaatcatcatctagcctttatgaacctggt 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1869102 gaggttaatgaataagcactcttggatcaatgatgactcaaatgtagaggagagtcggttcttgcttcatgaatcatcatctagcttttatgaacctggt 1869201  T
Q  915 gat 917  Q
    |||    
T  1869202 gat 1869204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 917
Target Start/End: Original strand, 1842693 - 1843595
Alignment:
Q  18 aaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaat 117  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||    || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| |||||| | |||||||||  | ||||    
T  1842693 aaaggtggttttggtactgtttacaaaggatttctagatgataaaagaatcgttgctatcaaaaaatcaaaaataatagatagaagccaaatcaatcaat 1842792  T
Q  118 tcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatga 217  Q
    |||||||||||||   | || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1842793 tcattaatgaggtaattattctctctcaaataaatcataggaatgttgtcaaactcttggggtgttgtttagagacagaagttcctttgttggtttatga 1842892  T
Q  218 gtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacg---aatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggta 314  Q
     ||||||| |||||| || |||||||  ||||| |||||| || |||| | |   ||| ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1842893 atttgttaccaatggcaccctttctggttttatacacacacaaagtaataaggtgaataatgaaacatggaaaactcgtcttaagatagccgcagaggta 1842992  T
Q  315 gctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgcca 414  Q
    |||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  1842993 gctgaaactttgtcatatctacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagcca 1843092  T
Q  415 aagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatat 514  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843093 aagtatcagattttggagcttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatat 1843192  T
Q  515 gcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccg 614  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1843193 gcaaacaagtcaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttcttgtagagttgctaacgggggagaaacctttttgttttggtaggccg 1843292  T
Q  615 gaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaac 714  Q
    || || |||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1843293 gaagagagaagaagtcttgcaatgaatttactatcttgattgaaaaaagataatgtgtttgaagttattcaagatggtttgtggaatgaagaaaacaaac 1843392  T
Q  715 aagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaat 814  Q
    ||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843393 aagagatcaaggaggtggctgttcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaat 1843492  T
Q  815 gaggttaatgaataagcactcttggatcaatgatgactcaaatgtagaggagagtcggtacttgcttcatgaatcatcatctagcctttatgaacctggt 914  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1843493 gaggttaatgaataagcactcttggatcaaagatgactcaaatgtagaggagagtaggtacttgcttcatgaatcatcatctagcatttatgaacctggt 1843592  T
Q  915 gat 917  Q
    |||    
T  1843593 gat 1843595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 105 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 9170901 - 9170179
Alignment:
Q  105 caaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctt 204  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9170901 caaattgagcaattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctagggtgttgtctagagacagaagttcctt 9170802  T
Q  205 tgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaag-a 300  Q
      ||||| || || ||||||||||| ||||| ||||  || || || ||   ||| |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || || |||||| |    
T  9170801 cattggtgtacgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacccg-cttaagga 9170703  T
Q  301 tagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatgg 400  Q
    |||| ||||||  |||||  ||| | || ||||||||||||| ||| ||||  || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||     
T  9170702 tagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatga 9170603  T
Q  401 aaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctactta 500  Q
     |   |||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  9170602 caattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatactta 9170503  T
Q  501 gatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagccttttt 600  Q
    ||||| |||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||| | || || || || || ||| |||    
T  9170502 gatcccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgtttatagctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttt 9170403  T
Q  601 gttttggtaggccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatgg-tatgtgga 699  Q
     ||||  |||||| || || |  |  |||||||||||||| ||| | ||||| || ||| | |||||  | ||||||| |||||||| ||| | ||| ||    
T  9170402 cttttaataggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaattttttgaagctattcaagttggatttgt-ga 9170304  T
Q  700 atgaagaaaacaaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctat 799  Q
    | || || |||||  ||||| | | |||||| |||||||||||  | | |||||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| ||    
T  9170303 acgatgataacaagaaagagattaaggaggttgctattcttgcttcaaggtgtttaagacttagaggggatgaaagaccttgtatgaaggaagtggcaat 9170204  T
Q  800 ggaattggagggaatgaggttaatg 824  Q
    ||| ||||| || || |||||||||    
T  9170203 ggagttggatggcataaggttaatg 9170179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 105 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 9162075 - 9161353
Alignment:
Q  105 caaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctt 204  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| | |||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||    
T  9162075 caaattgagcagttcattaacgaggtagttgttctgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttcctt 9161976  T
Q  205 tgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcaca---caaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagat 301  Q
     |||||| ||||| || |||||||||||||| ||||  || || || || |   | |||| |||  | ||  ||||||| ||||| || ||| | |||||    
T  9161975 cgttggtgtatgaattcgttagcaatggtacacttttcgatttcatacataatactaaagataaagcaaacaatccaacatggaaaacacgtttaaagat 9161876  T
Q  302 agccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatgga 401  Q
    ||| ||||||  ||| |  ||| | || ||| ||||||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||      
T  9161875 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgac 9161776  T
Q  402 accaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttag 501  Q
    |   |||  || ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  9161775 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttag 9161676  T
Q  502 atccagagtatatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttg 601  Q
    |||| |||||||||||||||   ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  ||| | || ||||| || || ||| |||     
T  9161675 atccggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgtttatagctttggtgtagttcttgcagagcttcttacgggagacaaacctctttc 9161576  T
Q  602 ttttggtaggccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaat 701  Q
    ||||  |||||| || || |  |  |||||||||||||| ||| | ||||| || ||| | ||||   | ||||||| |||||||| |||||| |  |||    
T  9161575 ttttaataggccagaagagaatatcagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtattttaaat 9161476  T
Q  702 gaagaaaacaaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatgg 801  Q
    || ||||||||  | ||| | | |||||| ||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  9161475 gatgaaaacaaggaggagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtttgagactaagaggggatgaaaggcctagcatgaaggaagtggcaatgg 9161376  T
Q  802 aattggagggaatgaggttaatg 824  Q
    | ||||| || || |||||||||    
T  9161375 agttggatggtataaggttaatg 9161353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 9200558 - 9199746
Alignment:
Q  15 ggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaac 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |   |   |||||| | |||||| ||| | ||||| || |||| ||| |||  ||  |||||||| |    
T  9200558 ggtagaggaggttttggtacagtttacaaaggagttttacctgataacaaaattgtcgctgtaaaaaaatccaaaataattgacgcaaatcaaattgagc 9200459  T
Q  115 aattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggttta 214  Q
    |||||||||||||||| | |||| |  | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||  || || ||    
T  9200458 aattcattaatgaggtagttgttctgacccaaataaatcataggaatgttgtcaaactcctaggctgttgtctagagacagaagttccttcattagtgta 9200359  T
Q  215 tgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagag 311  Q
     || ||||||||||| ||||| ||||  || || || ||   ||| |||| ||| || ||| ||||||| ||||| || ||| | | |||||| || |||    
T  9200358 cgaatttgttagcaacggtacacttttcgatttcatacaaagcactaaagataaaacaaataatccaacatggaaaacacgtttaaggatagcagcggag 9200259  T
Q  312 gtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccg 411  Q
      |||||  ||| | |||||||||||||||  ||| ||||  || || ||||| |||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   ||||||    
T  9200258 acagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacaccg 9200159  T
Q  412 ccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagta 511  Q
    | ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||    
T  9200158 caaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttagatcccgagta 9200059  T
Q  512 tatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtagg 611  Q
    ||||||||||   ||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||| | || || || || || ||| ||| ||||   |||    
T  9200058 tatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgtttatagctttggagtggttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctctttcttttaacagg 9199959  T
Q  612 ccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaaca 711  Q
    |  || ||||  |  |||||||||||||| ||| | ||||| || ||| | |||||  | ||||| | |||||||| ||| || | | |||| |||||||    
T  9199958 caagaagaaaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaacaagataaactttttgatgctattcaagttggaattttggatgatgaaaaca 9199859  T
Q  712 aacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggaggg 811  Q
    |  ||||| | | |||||| ||||||||||| || | |||||| ||||||||||| || |||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||| ||    
T  9199858 agaaagagattaaggaggttgctattcttgctgcaaggtgtttaagacttagaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagttggatgg 9199759  T
Q  812 aatgaggttaatg 824  Q
     || |||||||||    
T  9199758 tataaggttaatg 9199746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 65 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 9219024 - 9218262
Alignment:
Q  65 aattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtg 164  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||| |||||||  ||  || || || ||||||||||||||||| | |||| | || ||||||||||| ||||| ||     
T  9219024 aattgtcgctgtcaaaaagtccaaaataatagacgcaaatcagatcgagcaattcattaatgaggtagttgttctgtcccaaataaatcataggaacgtt 9218925  T
Q  165 gtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacaca---aaag 261  Q
    |||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || || |||| ||| || || || |     ||||    
T  9218924 gtcaaacttttagggtgttgtttggagacagaagttccttcgttggtgtatgaatttgttagcaacggaacactttttgatttcatacaaaattgtaaag 9218825  T
Q  262 gtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcat 361  Q
     |||  | ||  ||||| | ||||| || ||| | | |||||| ||||||  |||||  ||| | |||||||||||||||  ||| ||||  || || ||    
T  9218824 ataaagcaaacaatccagcatggaaaacacgtttaaggatagcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattat 9218725  T
Q  362 ccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaact 461  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9218724 ccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacc 9218625  T
Q  462 gaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggag 561  Q
    ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  9218624 gagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgtgtatagctttggag 9218525  T
Q  562 tagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaa 661  Q
    ||||||| |  ||| | || || || |  || ||| ||| ||||   ||||| || || |  |  |||||||||||||| ||| | ||||| || ||| |    
T  9218524 tagttcttgcagagcttctaacaggtgccaaacctctttcttttaacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcactttttgtcttgtttaaaaca 9218425  T
Q  662 ggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagactt 761  Q
     |||||  | ||||| | |||||||| ||| || |  ||||| ||||||||  ||||| | | ||||||  |||||||||| || | |||||| ||||||    
T  9218424 agataaactttttgatgctattcaagttggaattttcaatgatgaaaacaagaaagagattaaggaggtttctattcttgctgcaaggtgtttaagactt 9218325  T
Q  762 agaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatg 824  Q
    ||||| || |||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||| || || |||||||||    
T  9218324 agaggtgatgaaagacctagtatgagggaagtagctatggagttggatggcataaggttaatg 9218262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 120 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 9156148 - 9155441
Alignment:
Q  120 attaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagt 219  Q
    ||||||||||| | |||  | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9156148 attaatgaggtagttgtcctatcccaaataaatcacagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttagagacagaagttccttccttggtttatgaat 9156049  T
Q  220 ttgttagcaatggtactctttctgaatttattca---cacaaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagc 316  Q
    | |||||||||||||| |||| ||| || || ||    || |||| ||| || ||  ||||||| ||||| || ||| | |||||||| ||||||  |||    
T  9156048 tcgttagcaatggtacactttttgatttcatacatagtactaaagataaaacaaacaatccaacatggaaaacccgtttaaagatagcagcagagacagc 9155949  T
Q  317 tgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaa 416  Q
     |  ||| | || ||||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| |||   ||||||||||| ||||  |   |||| || |||    
T  9155948 cggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgacaattacacagcgaaa 9155849  T
Q  417 gtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgc 516  Q
    || || |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  9155848 gtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctagatccagagtatatgc 9155749  T
Q  517 aaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccgga 616  Q
    ||||    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||| || || || ||| | | ||||  |||||| ||    
T  9155748 aaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtctatagctttggagtagtgcttgcggagcttctgacaggagataaacctctatcttttaataggccaga 9155649  T
Q  617 ggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaacaa 716  Q
     || || |  |||||||| ||||| ||| | ||||| || ||| | ||||   | ||||||| |||||||| |||||| |  ||||| ||||||||  |     
T  9155648 agagagtattagtcttgcaatgcactttttgtcttgtttaaaacaagatagaatttttgaagctattcaagttggtatcttaaatgatgaaaacaaggag 9155549  T
Q  717 gaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatga 816  Q
    ||| | |  ||||| |||||||| || ||   ||||||  ||||| |||| || |||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| || || |    
T  9155548 gagattaaagaggttgctattctggcagcacggtgtttacgacttcgaggtgaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagttggatggtataa 9155449  T
Q  817 ggttaatg 824  Q
    ||||||||    
T  9155448 ggttaatg 9155441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 327 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 9229644 - 9229131
Alignment:
Q  327 tcatatctacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagatt 426  Q
    |||||||||||||||| ||| ||   ||| || ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |   |||| || |||||||| ||||    
T  9229644 tcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtgtctgatt 9229545  T
Q  427 ttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagcca 526  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||    |||||||  |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||    
T  9229544 ttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgcaaacacacca 9229445  T
Q  527 attaactgaaaaaagtgatgtctatagctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccggaggaaagaaga 626  Q
    | |||| || ||||||||||| |||||||| || ||||| || |  ||| | || ||||||||||| ||| ||| ||||  ||| || || ||||  |||    
T  9229444 actaacagagaaaagtgatgtttatagcttcggggtagtactggcagagctcctaacgggggagaaacctatttcttttaatagaccagaagaaaacaga 9229345  T
Q  627 agtcttgctatgcattttctatcttgcttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaacaagaggtcatgg 726  Q
    || ||||| || || ||  ||||||| || | | || || |||| | ||||||| |||||| |||||| | |||||| || |||||  | ||| | | ||    
T  9229344 agccttgcaattcacttcttatcttgtttaagagagaatcatgtgtctgaagttcttcaagttggtattttgaatgatgagaacaaggaggagattaagg 9229245  T
Q  727 aggtagctattcttgcggcgaagtgtttgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaatgaa 826  Q
    | || ||||||||||| || | ||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||||||| |    
T  9229244 aagttgctattcttgctgcaaggtgcttgagacttaaaggcgaggaaagacctagcatgaaagaagtggctatggagctagaggggttaaggttaatgga 9229145  T
Q  827 taagcactcttgga 840  Q
     |||||| ||||||    
T  9229144 gaagcacccttgga 9229131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 57 - 822
Target Start/End: Original strand, 9118329 - 9119097
Alignment:
Q  57 gataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaattgaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcaca 156  Q
    ||||| ||||| || ||| |||||||||| | || |||||||  ||  ||||| || ||||||||||||||||| | | || | || ||||||||||| |    
T  9118329 gataacagaatcgtggctgtcaaaaagtccagaataatagacgcaaatcaaatcgagcaattcattaatgaggtagttattctgtcccaaataaatcata 9118428  T
Q  157 ggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcaca- 255  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||  || || || || |     
T  9118429 ggaatgttgtcaaacttttagggtgttgtttagagacagaagttccttccttggtctatgaattcgttagccacggtacacttttcgatttcatacaaaa 9118528  T
Q  256 --caaaaggtaagacgaatgatccaacttggaagactcgtcttaagatagccgcagaggtagctgaggctctgtcatatctacattcatatgcctcaaca 353  Q
      | ||   ||| |  ||| ||||||  ||| | || ||||| | |||||| ||||||  |||||  ||| | || ||||||||||||| ||| |||       
T  9118529 tactaagaataaaataaataatccaagatgggaaacacgtctaaggatagcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcattt 9118628  T
Q  354 cccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcagattttggagcttcaagattggttccacttg 453  Q
    || || |||||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |   |||| || ||||| || ||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  9118629 ccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttg 9118728  T
Q  454 atcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagccaattaactgaaaaaagtgatgtctatag 553  Q
    ||||||| ||  |||| ||| |||| ||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||    |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  9118729 atcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttagacccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgtttatag 9118828  T
Q  554 ctttggagtagttctcgtggagttgctgacgggggagaagcctttttgttttggtaggccggaggaaagaagaagtcttgctatgcattttctatcttgc 653  Q
    ||||||||||||||| |  ||| | || || || || || ||| ||  ||||   ||||| || || |  |  |||||||||||||| ||  | |||||     
T  9118829 ctttggagtagttcttgcagagcttctaacaggtgacaaacctcttgattttaacaggccagaagagaccattagtcttgctatgcacttcttgtcttgt 9118928  T
Q  654 ttgaaaaaggataatgtatttgaagttattcaagatggtatgtggaatgaagaaaacaaacaagaggtcatggaggtagctattcttgcggcgaagtgtt 753  Q
    || ||| | |||||  | ||||||| |||||||| ||| || | |||||| || |||||  ||||| | | |||||| ||||||||||| || | |||||    
T  9118929 ttaaaacaagataaactttttgaagctattcaagttggaattttgaatgatgataacaaggaagagattaaggaggttgctattcttgcagcaaggtgtt 9119028  T
Q  754 tgagacttagaggggaagaaagaccaagcatgaaggaagtggctatggaattggagggaatgaggttaa 822  Q
    |||||||| |||| || |||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| || || |||||||    
T  9119029 tgagacttcgaggagaggaaagacctagtatgaaggaaatagctatggagttggatggtataaggttaa 9119097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9229860 - 9229734
Alignment:
Q  114 caattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggttt 213  Q
    |||||||| |||||||||| |||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| | || ||| ||||||||||  | ||||    
T  9229860 caattcataaatgaggtggttgttttgtcccaaataaatcatagaaatgttgtcaaactcttgggatgttgtttggagacacaagttcctttactagttt 9229761  T
Q  214 atgagtttgttagcaatggtactcttt 240  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  9229760 atgaatttattagcaatggtacccttt 9229734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 2e-58; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 178
Target Start/End: Original strand, 37567642 - 37567809
Alignment:
Q  11 cataggtaaaggaggttttggtacagtttacaaaggggaacttgatgataatagaattgttgctatcaaaaagtctaaaacaatagacaaaagccaaatt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| |    
T  37567642 cataggtagaggaggttttggtacagttttcaaagggaaactagatgataatagaactgttgctatcaaaaaatccaaaacaatagatgaaagccaaaat 37567741  T
Q  111 gaacaattcattaatgaggtggatgttgtctctcaaataaatcacaggaatgtggtcaaactcttagg 178  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37567742 gaacaattcattaatgaggtggacattgtctctcaaataaatcataggaatgtggtcaaactcttagg 37567809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 300
Target Start/End: Original strand, 37572119 - 37572246
Alignment:
Q  173 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttattcacacaaaaggtaagacgaat 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  37572119 cttagggtgttgtctagaaacagaagttcctcggttggtttatgagtttgttagcaatggtactctttctgaatttatacacacacaaggtaagatgaat 37572218  T
Q  273 gatccaacttggaagactcgtcttaaga 300  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  37572219 gatccaacttagaaaactcgtcttaaga 37572246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 235
Target Start/End: Original strand, 40597787 - 40597866
Alignment:
Q  156 aggaatgtggtcaaactcttagggtgttgtctagaaacagaagttcctttgttggtttatgagtttgttagcaatggtac 235  Q
    ||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||  |||||||||    
T  40597787 aggaatgtggtaaaacttgtaggttgttgtttagaaacagaagttccattgcttgtttatgaatttattcccaatggtac 40597866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University