View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20620_low_7 (Length: 753)

Name: NF20620_low_7
Description: NF20620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20620_low_7
NF20620_low_7
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-736)||(35936473-35937202)
chr7 (486-734)||(4866004-4866252)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (7-736)||(26625628-26626357)
chr1 (7-736)||(49117763-49118492)
chr1 (7-736)||(26635039-26635768)
chr1 (570-736)||(15821058-15821223)
chr1 (271-395)||(37468541-37468665)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-736)||(21691709-21692438)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-714)||(17605199-17605902)
chr8 (7-89)||(9786631-9786713)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-593)||(17039325-17039918)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-191)||(25591662-25591840)
chr4 (280-408)||(25591475-25591603)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (10-82)||(12852-12925)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Original strand, 35936473 - 35937202
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35936473 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttataatgagcatgagaagctataggagacattccccacaca 35936572  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  35936573 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcacctgacggaaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaacaggacatgaaatag 35936672  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35936673 aagcagtacaaacgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatggcccaattttctatgccaatcctc 35936772  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35936773 ataagagttcaaaacattattacaagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 35936872  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35936873 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccagcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 35936972  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35936973 cgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcggagttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 35937072  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35937073 ataagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttacca 35937172  T
Q  707 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35937173 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 35937202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 486 - 734
Target Start/End: Original strand, 4866004 - 4866252
Alignment:
Q  486 acaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaat 585  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||| |   ||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  4866004 acaataagttggaagcaagtccaggtgatacaagaacatctcgaaaaccagagtttatgtcaccaagagtagtgatagaaagggtattaccatcagcaat 4866103  T
Q  586 ttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacga 685  Q
    ||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4866104 ttgaattttctgattaccatcgtaagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccggaatcaagaaaccatggacga 4866203  T
Q  686 gaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaa 734  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  4866204 gaaacattaggagacttaccatgaattcccatccttgaaagagcagcaa 4866252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Original strand, 26625628 - 26626357
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26625628 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttataatgagcatgagaagctataggagacattccccacaca 26625727  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  26625728 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcacctgacggaaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaacaggacatgaaatag 26625827  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26625828 aagcagtacaaacgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatggcccaattttctatgccaatcctc 26625927  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26625928 ataagagttcaaaacattattacaagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 26626027  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26626028 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccagcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 26626127  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26626128 cgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcagagttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 26626227  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26626228 ataagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttacca 26626327  T
Q  707 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26626328 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 26626357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 49118492 - 49117763
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  49118492 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttataatgagcatgagaagctattggagacattccccacaca 49118393  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  49118392 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcacctgacggaaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaacaggacatgaaatag 49118293  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49118292 aagcagtacaaacgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatggcccaattttctatgccaatcctc 49118193  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49118192 ataagagttcaaaacattattacaagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 49118093  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49118092 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccagcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 49117993  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49117992 cgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcagagttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 49117893  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49117892 ataagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttacca 49117793  T
Q  707 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49117792 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 49117763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Original strand, 26635039 - 26635768
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26635039 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttataaagagcatgagaagctataggagacattccccacaca 26635138  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  26635139 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcacctgacggaaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaacaggacatgaaatag 26635238  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26635239 aagcagtacaaacgacttgtttatttcccaacaaaccaattttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatggcccaattttctatgccaatcctc 26635338  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26635339 ataagagttcaaaacattattacaagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcacattc 26635438  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26635439 cccgacacctgttcctgcacaaaacaaccagcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 26635538  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26635539 cgggtgatacaaacacgtcttgaaaatcagagttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 26635638  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  26635639 ataagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaaca 26635738  T
Q  707 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26635739 tgaattcccatatatgatagagcagcaagt 26635768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 570 - 736
Target Start/End: Original strand, 15821058 - 15821223
Alignment:
Q  570 tattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatc 669  Q
    |||||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  15821058 tattaccagcaacaatttgaattttctgattaccataataagaatgtaa-ttgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcactcgaatc 15821156  T
Q  670 aataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  15821157 aagaaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattccaatgtttgaaagagcagcaagt 15821223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 271 - 395
Target Start/End: Original strand, 37468541 - 37468665
Alignment:
Q  271 agagtttggatgacccaattttctatgccaatcctcataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaac 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||  |||  | |||||||||||||||||||||||| || |  ||||||    
T  37468541 agagtttggatgacccaattttctatgtcaatcctcgtaagaattcaaaatatttgtacacgtaagagataaatgactagaaataaattggattggaaac 37468640  T
Q  371 aatcttcccactttaggccccttcg 395  Q
    ||||    |||||||||||||||||    
T  37468641 aatcgcttcactttaggccccttcg 37468665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 21692438 - 21691709
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21692438 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcgagcatgagaagctataggagacattccccacaca 21692339  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||    
T  21692338 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcacctgacggaaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaactagacatgaaatag 21692239  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21692238 aagcagtacaaacgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatggcccaattttctatgccaatcctc 21692139  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21692138 ataagaattcaaaacattattacaaggaagagataaatgattagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcaccttc 21692039  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21692038 cccgacacctgttcctgcacaacacaaccagcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 21691939  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21691938 cgggtgatacaagcacgttacgaaaatcggagttgatgtcaccaacatcagtgatggagaggttatttccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 21691839  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    |||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  21691838 ataagaagctaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaaca 21691739  T
Q  707 tgaattcccatatttgatagagcagcaagt 736  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21691738 tgaattcccatatatgatagagcagcaagt 21691709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 714
Target Start/End: Original strand, 17605199 - 17605902
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacaca 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  17605199 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgaatttaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcgagcatgagaaactacaggtgacataccccacaca 17605298  T
Q  107 tcactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacag 206  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| |  | |||||| |||  |||||| ||||    
T  17605299 tcattatgaatcatctcaaaacaactagaagcacgatgagcaccagacgggaaaggaagtgttttagttttggctagtttgcatacaaaacatgacacag 17605398  T
Q  207 aagcagtgcaattgacttgtttatttcccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatcctc 306  Q
    | ||| |  ||   || | |||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17605399 aggcattagaaacaacatttttaatccccaataaaccagatttaaataaatgagacaaaacaacagagtttggatgacccaattttctatgccagtcctc 17605498  T
Q  307 ataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcactttc 406  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  17605499 ataagaattcaaaacattgttacaagcaagagatagctgattggaaacaaactgaagaggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgacaactttc 17605598  T
Q  407 cccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtc 506  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||     | |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  17605599 cccgacacctgctcttgcacaagacaaccagcacgtgaaaaattaacattaaaatt----actaccaattgaccaacagacagtaaattggaagcaagtc 17605694  T
Q  507 cgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatg 606  Q
    | |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||| |||||||||||||  | ||||||||     
T  17605695 caggtgatacaagcacatcccgaaaatcagagtttatgtcaccaacatcagtgatagaaagagtattaccatcggcaatttgaattttcttattaccatc 17605794  T
Q  607 ataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttacca 706  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||  ||||| |||| | |||||||||     
T  17605795 ataagaatgtaaattgtgcaagtattctaaggaacccgtcatgtgataggatgcgccagaatcaagaaaccatgggtgagaagcatttgaagacttaccc 17605894  T
Q  707 tgaattcc 714  Q
    ||||||||    
T  17605895 tgaattcc 17605902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 89
Target Start/End: Original strand, 9786631 - 9786713
Alignment:
Q  7 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactatag 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  9786631 tcgaagaaaatatatccaagtaaaacgactgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttataatgagcatgagaagctatag 9786713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 17039918 - 17039325
Alignment:
Q  8 cgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacacat 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||| | ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  17039918 cgaagaaaatatatccaggtaaaccgactgtaatcatcaataaacatgatagaatatttatattgagcatgagaaactacaggagacataccccacacat 17039819  T
Q  108 cactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaacaggacatgaaacaga 207  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||| || || || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  17039818 cactatgaatcaactcataacaagtggaagcacgatgggcaccagatgggaaaggaagtgttttacttttagccaatttgcaaacagaacatgacacaga 17039719  T
Q  208 agcagtgcaattgacttgtttatttc----ccaacaaaccagttttaaataaatgagacaaaacagtagagtttggatgacccaattttctatgccaatc 303  Q
     ||| |  ||   |  | |||| | |    |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17039718 ggcattagaaacaatatttttactacgtacccaataaaccagatttaaataaacgagacaaaacaacagaatttggatgacacaattttctatgccaatc 17039619  T
Q  304 ctcataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttcccactttaggccccttcgcgatcact 403  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| | |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17039618 ctcataagaattcaaaacattgttacaagcaagagataactgattggaaataaattggagtggaaacaaccttcccactttaggcccctttgcgatcact 17039519  T
Q  404 ttccccgacacctgttcctgcacaagacaaccatcacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaa 503  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| | |||||  || |||||||    
T  17039518 ttccccgacacctgctcctacacaagaaaaccatgacgcgaaaacttaacattacaattatcatctaccaattgaccaacagtcaataggttggaagcaa 17039419  T
Q  504 gtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgt----gatggagaggttattaccatcagcaatttgaattt 593  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||  ||    ||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  17039418 gtccaggtgatacaagcacatctcgaaaatcagagtttatgttaccaacattagtgatcgatagaaagggtattaccatcatcaatttgaattt 17039325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 25591840 - 25591662
Alignment:
Q  8 cgaagaaaatatatccaagtaaaacggctgtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaaactataggagacattccccacacat 107  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||| |   ||||||  |||||||||||||| | |||| ||  |||||||||    
T  25591840 cgaagaaaatatattcaagtaaaacgaatgtattcatcaataaaagtgacaata---ttatagtgagcatgagaaactacaagagatat--cccacacat 25591746  T
Q  108 cactatgaatcatctcaaaacaattggatgcacgatgagcccctgacggaaaaggaagtgttttacttttagacaatttgcaaa 191  Q
    || ||||  |||||||||||||| |||| |||||||   | ||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  25591745 caatatgggtcatctcaaaacaagtggaagcacgatagacaccaaacggaaaaggaattgttttacttttagccaatttgcaaa 25591662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 280 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 25591603 - 25591475
Alignment:
Q  280 atgacccaattttctatgccaatcctcataagaattcaaaacattattactagcaagagataaatgactagaaataaactgaagcggaaacaatcttccc 379  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||   |||||||||| | | | |||||||  |||    
T  25591603 atgacccaattttatttgccaattctcacaagaattcaaaacatttttacacgcgagagataaatgaccgaaaataaactggatctgtaacaatcgcccc 25591504  T
Q  380 actttaggccccttcgcgatcactttccc 408  Q
    ||||||||||| |||  |||||| |||||    
T  25591503 actttaggccctttcatgatcaccttccc 25591475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 12925 - 12852
Alignment:
Q  10 aagaaaatatatccaagtaaaacggct-gtaatcatcaataaatgtgacaaaatatttatagcaagcatgagaa 82  Q
    |||||||||||||||| |||||  | | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  12925 aagaaaatatatccaactaaaagtgattgtaatcaacaataaatgtgacaaattatttatagcgagcacgagaa 12852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University