View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20625_high_2 (Length: 615)

Name: NF20625_high_2
Description: NF20625
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20625_high_2
NF20625_high_2
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (20-604)||(7192101-7192685)
chr5 (20-553)||(10660665-10661198)
chr5 (20-553)||(10652779-10653312)
chr5 (124-583)||(10763683-10764142)
chr5 (58-452)||(10741380-10741774)
chr5 (90-498)||(10747650-10748058)
chr5 (39-499)||(19606499-19606959)
chr5 (58-603)||(10564161-10564706)
chr5 (90-499)||(10610876-10611285)
chr5 (20-500)||(10603848-10604328)
chr5 (31-500)||(10558027-10558496)
chr5 (123-500)||(10217384-10217756)
chr5 (226-500)||(11049290-11049564)
chr5 (207-450)||(10717623-10717866)
chr5 (175-552)||(10589008-10589385)
chr5 (106-394)||(10601037-10601325)
chr5 (380-500)||(10580447-10580567)
chr5 (144-498)||(9836963-9837317)
chr5 (198-450)||(10550067-10550319)
chr5 (55-162)||(10717869-10717976)
chr5 (405-450)||(10601324-10601369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (48-585)||(17923951-17924488)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (48-573)||(12931403-12931928)
chr6 (48-585)||(12947768-12948305)
chr6 (48-450)||(12898694-12899096)
chr6 (48-449)||(12906314-12906715)
chr6 (117-589)||(12957271-12957743)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (30-501)||(31467794-31468265)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 604
Target Start/End: Original strand, 7192101 - 7192685
Alignment:
Q  20 acaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192101 acaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaggaaccatacccttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaac 7192200  T
Q  120 tcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagcca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192201 tcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagcca 7192300  T
Q  220 ttggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatattt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7192301 ttggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcagttaaaagtcttcaatattt 7192400  T
Q  320 agacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192401 agacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggc 7192500  T
Q  420 gaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccat 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192501 gaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccat 7192600  T
Q  520 gccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctcac 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7192601 gccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggattatagcagggattgttagtgcggtatctattcttctcac 7192685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 20 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 10661198 - 10660665
Alignment:
Q  20 acaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaac 119  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||   | | || || |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  10661198 acaatccctagacctttcacaaaacattcttagaggaaccatacccaaaaaggtctttagtctttcctctttaacaaacttactgaacttgtcaaaaaac 10661099  T
Q  120 tcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagcca 219  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||   | |||    
T  10661098 tcattgagtggtagcctaccaatagaagtgggtaaactaataagtatcaacaagctagatgtctcagataattatctatctggtgaaattccagtaacca 10660999  T
Q  220 ttggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatattt 319  Q
    |||| |||||||||  ||||||   ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  10660998 ttggtgaatgcatagtcttagatagcctttatttgcaagggaactctttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaggtcttcaatatct 10660899  T
Q  320 agacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggc 419  Q
    |||| ||||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10660898 agacttgtcaggaaatcgattgtctggaccgattccaaatgttctacagaatatatcagttttaaaacacttgaatgtatctttcaacatgttggaaggc 10660799  T
Q  420 gaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccat 519  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||    
T  10660798 gaggtaccaatggaaggtgtctttggaaatgtaagcaggttagttgtgactggaaacaataagctttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccat 10660699  T
Q  520 gccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacca 553  Q
    |||||| ||||  ||||||   ||||||||||||    
T  10660698 gccctgccaaatatattaattttgcaaaacacca 10660665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 10653312 - 10652779
Alignment:
Q  20 acaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaac 119  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| |||  || ||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||  || ||||| ||||||| |||||||  |||    
T  10653312 acaatacctagacctttcacaaaacattctccgaggaaccatacccatagaggttttaagtctttcctccctaacaaacatactgaatttgtcaaataac 10653213  T
Q  120 tcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagcca 219  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||  || ||||| |||| || |||  |||||| ||||| ||||||||| |||    
T  10653212 acattgagtggtagcttaccgagagaagtgggtatgctaagaaatatcaatgagttagatatctccgataattatctatcaggtgagattcctagaacca 10653113  T
Q  220 ttggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatattt 319  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10653112 ttggtgaatgcatagtcttagaatacctttctttgcaagggaactcgttcaacggaaccattccatccacattggcttcacttaaaggtcttcaatattt 10653013  T
Q  320 agacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggc 419  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10653012 agacttgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccaaatgttctacaaagtatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaagga 10652913  T
Q  420 gaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccat 519  Q
    || ||||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||    
T  10652912 gaagtaccgaaagaaggtgtctttggaaatataagtaggttagttgtgactggaaacgataaactttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccat 10652813  T
Q  520 gccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacca 553  Q
    ||| || ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  10652812 gccttgccaaagatatgaaatctgcaaaacacca 10652779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 124 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 10764142 - 10763683
Alignment:
Q  124 tgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattgg 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||| | | |||||    
T  10764142 tgagtggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgacatgctggatctatctgagaatcatctatctggtgatattcctaaaacaattgg 10764043  T
Q  224 cgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagac 323  Q
     ||||||| |  ||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  |||||||    
T  10764042 tgaatgcacaaccttagaataccttcaattgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagac 10763943  T
Q  324 ctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgagg 423  Q
    || ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| | || |||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10763942 ctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatatctgtttaagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggcgaag 10763843  T
Q  424 taccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccc 523  Q
    |||||||| | || || ||||||||||||  | |  |||  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||   |||||||    
T  10763842 taccaacaaatggcgtatttggaaatgtatcccaaatagaagtgactggaaacaagaagctttgtggaggtatttcccggctacatctaccatcatgccc 10763743  T
Q  524 tgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttag 583  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||  || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  10763742 tgtcaagggtattaaacatgcaaaacgacacaagttcaggttgatagcagtgatagttag 10763683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 58 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 10741774 - 10741380
Alignment:
Q  58 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgct 157  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||   ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  10741774 ccatacctctagaggtttttagtctttcttctttatcaaacttattggacttgtcacataacactttgagtggtagcataccaagagaagtgggtatgtt 10741675  T
Q  158 aaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaa 257  Q
    ||||| |||  ||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||| |  ||||||||||||    ||||||    
T  10741674 aaaaaatattgacatgctagatctatctgagaatcgtctatctggtgatattcctagaacaattggtgaatgcacaaccttagaataccttcaattgcaa 10741575  T
Q  258 ggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccta 357  Q
    || |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||||     
T  10741574 gggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctg 10741475  T
Q  358 atgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgta 452  Q
    ||||| |  ||| ||| || | ||| ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  10741474 atgttatgaagagtatctctggtttggaatacttgaatgtttcttttaacttattggaaggagaggtaccaacaaatggtgtatttggaaatgta 10741380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 90 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 10748058 - 10747650
Alignment:
Q  90 ttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggaga 189  Q
    |||||||||||| ||||||| |||   ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||  |   |||||||||||| ||||    
T  10748058 ttatcaaacttattgaacttatcacataactttttgagtggtagcttaccaagagaagtgggtttactaaaaaatattgattggctagatgtctctgaga 10747959  T
Q  190 atcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctc 289  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| | | ||||| || |||| |  ||||||||||||     ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10747958 atcatctatctggtgatattcctacaacaattggtgattgcacagccttagaataccttcacctgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctc 10747859  T
Q  290 attggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacac 389  Q
     |||||||| ||  || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||| |     
T  10747858 tttggcttctctcgaaggtcttcaacatttagacctttcaagaaatcgattgtctgggtcaattcctgatgttatgcaaaatatctctgttttagaatat 10747759  T
Q  390 ttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtg 489  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | ||||| ||||||||||||| |||  |||   |||  ||||||||||| |||||||    
T  10747758 ttgaatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaaaaaatggtgtatttggaaatgtaaccaaagtagaattgattggaaacaataagctttgtg 10747659  T
Q  490 gaggtattt 498  Q
    |||||||||    
T  10747658 gaggtattt 10747650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 39 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 19606959 - 19606499
Alignment:
Q  39 caaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctac 138  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||| || |||||||  |||||| | ||||||| ||||||||| ||||| | | |||    
T  19606959 caaaataatcttagtggaaccatacccttagaggtttttcgtctttcctctttatcaatattactggatttgtcaaaaaactcattcagtggcaacttac 19606860  T
Q  139 caagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgctt 238  Q
    | | ||||||  ||||||||| ||  ||  | |   |||||||||| || ||||  || |||||| ||||| ||  | ||||||| ||||||||| ||||    
T  19606859 cgaaagaagtcagtatgctaacaacaatagataccttagatgtctctgacaatcaactttctggtaacatttctgaaaccattggtgaatgcataagctt 19606760  T
Q  239 agaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcgg 338  Q
    |||||| || | ||| ||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| || ||||| |||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  19606759 agaatatctttattttcaagggaactcctttcacggaatcataccatcctctttagcttctcttagaggtcttcgatatttagacctatcaagaaatcgg 19606660  T
Q  339 ttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtg 438  Q
    |||  |||| ||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||||||||    
T  19606659 ttgactggatcaattcctagtgttctgcaaaatatttctgttttagaatacttgaatgtttcttttaacatgttggatggagaggttcctaaagaaggtg 19606560  T
Q  439 tctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttc 499  Q
    ||||||||||||  ||    ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  19606559 tctttggaaatgctagtgcattagcagtgaccgggaacaataagctttgtggaggtatttc 19606499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 58 - 603
Target Start/End: Original strand, 10564161 - 10564706
Alignment:
Q  58 ccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgct 157  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |    
T  10564161 ccatacctctagaggtttttagtctttcttctttaacaaacttattgaacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaactgggtgtctt 10564260  T
Q  158 aaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaa 257  Q
    ||||| | |  | |   ||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||  | ||||||    
T  10564261 aaaaaatcttgaaatattagatgtctctaagaatcatttatctggtgatattcctacagaaattggcgaatgtataagcttagaatatcttatgttgcaa 10564360  T
Q  258 ggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccta 357  Q
    || ||| |||||||| |||| ||||| |||||  ||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||||     
T  10564361 gggaacgccttcaacagaacaataccgtcctctatggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctg 10564460  T
Q  358 atgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaa 457  Q
    ||||| | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  | | ||||| ||||||||||||| | |    
T  10564461 atgttatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagatgtaccattaaatggtgtatttggaaatgtaaccca 10564560  T
Q  458 gttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaa 557  Q
      |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||  ||||     
T  10564561 aatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccagctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaaacagaaaaag 10564660  T
Q  558 atcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctca 603  Q
    |||||| |||| |||| |||  |||||| ||| ||| ||| |||||    
T  10564661 atcaggttgatggcagtgataattagtgtggtttcttttcttctca 10564706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 90 - 499
Target Start/End: Original strand, 10610876 - 10611285
Alignment:
Q  90 ttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggaga 189  Q
    |||||||| ||| ||||||||||    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||| || ||||    
T  10610876 ttatcaaatttattgaacttgtcgcataactctttgagtggtagcttaccaagagaagtgggtatgctaaaaaatattaatatgctagatgtatctgaga 10610975  T
Q  190 atcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctc 289  Q
    |||  ||||||  | |  |||||||| |  |||| ||||| ||| | |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  10610976 atcaactatcttcttatcttcctagaacagttggtgaatgtataagtttagaataccttcttttgcaaggtaactccttcaatggaacaataccttcctc 10611075  T
Q  290 attggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacac 389  Q
     |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |||| |||||  |||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||  ||||||||||    
T  10611076 tttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaacaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaggatatctcatgtttagaacac 10611175  T
Q  390 ttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtg 489  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| || ||| | ||||||||| |||||| |  |||  ||||  |||  ||||||||||| |||||||    
T  10611176 ttgaatgtttcttttaacatgctggaaggtgaggtcccgacaaatggtgtctttagaaatgcatccaaagtagcaatgattggaaacaataagctttgtg 10611275  T
Q  490 gaggtatttc 499  Q
    ||||||||||    
T  10611276 gaggtatttc 10611285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 500
Target Start/End: Original strand, 10603848 - 10604328
Alignment:
Q  20 acaatacctggaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaac 119  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |  ||||||| |||||  |||| ||| |||| || ||  |||| |||||  |||||||| |||||    
T  10603848 acaatacctagacttttcacaaaacaaccttagagggtccatacctttagatatttttagtatttcctctttgacaaatttacttgacttgtcacgaaac 10603947  T
Q  120 tcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagcca 219  Q
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |   | |||||||||| || |||| | | | ||| || |||||| || | |    
T  10603948 aaattgagtggtagcttaccaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggttagatgtctctgaaaatcatttgtgtggggagattcctggaacta 10604047  T
Q  220 ttggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatattt 319  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| |||| ||||||||    
T  10604048 ttggtgaatgcataagcttagaataccttcgtttgcaagggaactcattcaacggaacaataccatcctcttttgcttctctcaaaggtctacaatattt 10604147  T
Q  320 agacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggc 419  Q
    |||  | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||     
T  10604148 agatatttcaagaaatcaattgtatggaccaattcctgatgttttgcagaatatctctagcttagaacacttgaatgtttcctttaacatgttggaaggt 10604247  T
Q  420 gaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 500  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| |||||| || | |  ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  10604248 gaggtgccaacaaacggtgtctttcgaaatgcaacccaagtagcaatgatcggaaattataagctttgtggaggaatttca 10604328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 31 - 500
Target Start/End: Original strand, 10558027 - 10558496
Alignment:
Q  31 accttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtgg 130  Q
    ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||| || || ||||| ||| |||| || |||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  10558027 acctttcaaaaaataattttagaggaaccatacccttggaggtttttagtatttcctcattatcaaactcactggacttgtcacaaaactcattgagtgg 10558126  T
Q  131 tagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgc 230  Q
     | |||| |    |||||||||| |||||||| ||| || ||||||||| |||| ||||||  | | |||||||| ||||||| | ||||||   |||||    
T  10558127 aaacctatctgttgaagtgggtaggctaaaaaatattaataagctagatttctctgagaataatttgtctggtgaaattcctataaccattgatcaatgc 10558226  T
Q  231 atacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaa 330  Q
    | | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |   || |||||| ||||| |||||||   | | | |||||| |||||||||| ||||||    
T  10558227 aaaagcttagaatacctttttttgcaaggaaattccttccatcaaatcataccttcctctttggcttatataagaggtcttcgatatttagacatgtcaa 10558326  T
Q  331 gaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaac 430  Q
    ||||||  |||| |||| ||||||||||  |||| || ||||| ||   ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||     
T  10558327 gaaatcaattgtctggatcaattcctaacattctgcaaaatatttctcgtttagaacacttgaacgtttcatttaacatgttggatggagaggttccaaa 10558426  T
Q  431 agaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 500  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||| |||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10558427 agaaggtgtctttagaaatgctagcaggttagcggtgttcgggaacaataagctttgtggaggtatttca 10558496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 123 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 10217756 - 10217384
Alignment:
Q  123 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 222  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||| || |||||||||| |||    ||||||||||| || || |||  ||| | |||||| |||||||    |||||    
T  10217756 ttgagcggtagcttgccaagagaagttggcatgctaaaaaatattggtaagctagatgtttctgaaaataatctgtttggtgatattcctat---cattg 10217660  T
Q  223 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 322  Q
    | |||||| || |||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||||    
T  10217659 gtgaatgcgtaagcttggaataccttcatttgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttaga 10217560  T
Q  323 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 422  Q
    ||| || |||||||  || |||||| ||||||| |||||  |||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  10217559 cctttccagaaatcaattttatggatcaattccaaatgtcatacagaatatctctggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacatgttggaaggggag 10217460  T
Q  423 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 500  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| || | || |  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10217459 gtaccaacaaacggtgtctttggaaatgtaa-catg-taacaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttca 10217384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 226 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 11049564 - 11049290
Alignment:
Q  226 aatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacct 325  Q
    ||||| || |||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||  ||||||||||||    
T  11049564 aatgcgtaagcttcgaataccttctcttgcaagggaactccttcaatggaacaataccgtcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacct 11049465  T
Q  326 gtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggta 425  Q
     || |||||||  || |||||| ||||||| |||||| |||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11049464 ttctagaaatcaattttatggatcaattccaaatgttatacagaatatctttggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacctgttggaaggcgaggta 11049365  T
Q  426 ccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 500  Q
    |||||| | |||||||||||||||| || | |  ||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11049364 ccaacaaacggtgtctttggaaatgcaacccatgtagcaatgataggaaacaataagctttgtggaggtatttca 11049290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 207 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10717866 - 10717623
Alignment:
Q  207 attcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaa 306  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||   |||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||      
T  10717866 attcctggaaccattggtgaatgcatgagcttggaatatcttcatttggaagggaactccatcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcaagg 10717767  T
Q  307 gtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaa 406  Q
     | |   |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| || |  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  10717766 ctttaagatatttagacctttcaagaaatcaattgtacggaccaattcctgatgttatgcagaaaatctatggtttagaacacttgaatgtttcttttaa 10717667  T
Q  407 catgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 450  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  10717666 catgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtttttgcaaatg 10717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 175 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 10589385 - 10589008
Alignment:
Q  175 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 274  Q
    |||||||||| || |||| ||| || |||| ||||||  || ||||||| || ||||||  ||||||||||||   |||||||||||||   |||  |||    
T  10589385 tagatgtctctgaaaatcatctctcaggtggcattccaggaaccattggggattgcataaacttagaataccttcatttgcaaggaaaccttttcctcgg 10589286  T
Q  275 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccta-atgttctacagaatat 373  Q
    ||| ||||| | | | ||||| || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||||    
T  10589285 aacaatacctttcactttggcatctctcaaaggtcttcaatatttagacatgtcaagaaatcagttgtctggatcaattcctacaagtt-tgcagaatat 10589187  T
Q  374 atcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccgga 473  Q
         |  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||  |||    
T  10589186 tgttttcctagaatacttcaatgtatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatgaaaggtgtctttcaaaatgcaagcaggttagcaatgattgga 10589087  T
Q  474 aacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacc 552  Q
    |||||||| |||||||||||  ||| |  ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||    
T  10589086 aacaataagctttgtggaggagttttagagctgcatctaccgccatgccctatcaaagttataaaacctacaaaacacc 10589008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 106 - 394
Target Start/End: Original strand, 10601037 - 10601325
Alignment:
Q  106 acttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtga 205  Q
    |||||||| |||||  |||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||  |   |||||||||||| ||||||| | | | ||| ||    
T  10601037 acttgtcacgaaacatattgagaggtagcttaacaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggctagatgtctctgagaatcatttgtgtgggga 10601136  T
Q  206 cattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaa 305  Q
     ||| || || ||||||| ||||   || |||||||||||||   ||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | || |||    
T  10601137 gattactggaaccattggtgaatatgtaagcttagaataccttcatttgcaagagaattctttcaacggaacaataccatcctctttggctgctctcaaa 10601236  T
Q  306 agtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaa 394  Q
     |||| |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| | ||||||| |||||||    
T  10601237 ggtctacaatatttagatatttcaagaaatcaattgtatggaccaattcctggtgttatggagaatatatctggtttagaatacttgaa 10601325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 380 - 500
Target Start/End: Original strand, 10580447 - 10580567
Alignment:
Q  380 tttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaat 479  Q
    ||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||   ||||  | |  |||||||||    
T  10580447 tttagaatacttagatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtctttggaaatgcaaccagagtagcaataattggaaacaat 10580546  T
Q  480 aaactttgtggaggtatttca 500  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  10580547 aaactttgtggtggtatttca 10580567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 9837317 - 9836963
Alignment:
Q  144 gaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaat 243  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||||| | | | ||||| ||||||||| | |||||||    
T  9837317 gaagtgggtttgctaaaaaatattcataagctagatgtctctgaaaatcatctgtcgggtgacattccaataacaattggtgaatgcataagtttagaat 9837218  T
Q  244 acctctttttgcaaggaaactc-cttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgt 342  Q
    ||||    || || || ||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||| || || |||  |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  9837217 accttcacttacaggggaactctcttc-acggaaccataccttccactttggcatctctcaaagttcttcaatatttagacatgtctagaaatcagttgt 9837119  T
Q  343 atggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctt 442  Q
     |||| |||||||| | | ||| || |||||     |  ||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||    
T  9837118 ctggatcaattcctgaaggtctccaaaatattgttttcctagaatacttcaatgcatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatcaatggtgtctt 9837019  T
Q  443 tggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 498  Q
    |  ||||| ||||   ||| | ||||| |||||||| || || |||||||| ||||    
T  9837018 taaaaatgcaagcggtttatcagtgactggaaacaacaagctctgtggaggaattt 9836963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 198 - 450
Target Start/End: Original strand, 10550067 - 10550319
Alignment:
Q  198 tctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggctt 297  Q
    |||||||| ||||||||| || | || |||||| || |||||||||||||  |||||  ||| || || ||||| |||| |||||||||||| ||||  |    
T  10550067 tctggtgagattcctagaaccttgggagaatgcttaagcttagaataccttattttgacagggaattcattcaatggaagcataccatcctctttggaat 10550166  T
Q  298 cacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgt 397  Q
    | || ||| |||||| |   |||||||| |||||||| |  || |  ||| ||||||| || ||| | || ||||| ||     ||||| |||| ||||     
T  10550167 ctctcaaaggtcttcgagtgttagacctctcaagaaaccaattatccggatcaattccaaaagttttgcaaaatatttcttcgatagaatacttcaatgc 10550266  T
Q  398 ttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 450  Q
     || ||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  10550267 atcattcaacatgctggaaggagaggtaccaactaaaggtgtctttcgaaatg 10550319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 10717976 - 10717869
Alignment:
Q  55 gaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtat 154  Q
    ||||||||||  |||| ||||| | ||||| ||  ||||||||  || || ||||||||   ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10717976 gaaccatacctgtagaggtttttaatcttttttatttatcaaaaatattggacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaagtgagtat 10717877  T
Q  155 gctaaaaa 162  Q
    | ||||||    
T  10717876 gttaaaaa 10717869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 405 - 450
Target Start/End: Original strand, 10601324 - 10601369
Alignment:
Q  405 aacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 450  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  10601324 aacatgttggaaggagaggtgccaacaaacggtgtctttggaaatg 10601369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 48 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 17924488 - 17923951
Alignment:
Q  48 cttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaag 147  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  17924488 cttagaggaaccatacctgtagaggttttaaatcttttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttgagtggtaccttaccaagagaag 17924389  T
Q  148 tgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacct 247  Q
    || ||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||  |    
T  17924388 tgagtatgttaaaaaatattgaagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtataagcttagaatatat 17924289  T
Q  248 ctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatgga 347  Q
       ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||    
T  17924288 tcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctgga 17924189  T
Q  348 ccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaa 447  Q
     |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  17924188 tcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaa 17924089  T
Q  448 atgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaa 547  Q
    ||| || | |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| ||||||    
T  17924088 atgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaa 17923989  T
Q  548 acaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 585  Q
    ||| || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  17923988 acaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtg 17923951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 48 - 573
Target Start/End: Original strand, 12931403 - 12931928
Alignment:
Q  48 cttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaag 147  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  12931403 cttagaggaaccatacctgtagaggttttaaatcttttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttaagtggtagcttaccaagagaag 12931502  T
Q  148 tgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacct 247  Q
    |||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | | ||||||||||  |    
T  12931503 tgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattggtgaatgtacaagcttagaatatat 12931602  T
Q  248 ctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatgga 347  Q
       ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||    
T  12931603 tcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctgga 12931702  T
Q  348 ccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaa 447  Q
     |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  12931703 tcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaa 12931802  T
Q  448 atgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaa 547  Q
    ||| || | |  |||   |||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| ||||||    
T  12931803 atgcaacccaaatagacttgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaa 12931902  T
Q  548 acaccaaaaaatcaggatgatagcag 573  Q
    ||| || ||  ||||| |||||||||    
T  12931903 acaacacaagttcaggttgatagcag 12931928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 48 - 585
Target Start/End: Original strand, 12947768 - 12948305
Alignment:
Q  48 cttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaag 147  Q
    |||||| ||||||||||  | |||||||| | | ||| ||| ||||||||  || |||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  12947768 cttagaggaaccatacctgttgaagttttaaatattttttctttatcaaagatattgaacttgtcacataactctttgagtggtagcttaccaagagaag 12947867  T
Q  148 tgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacct 247  Q
    |||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | | ||||||||||  |    
T  12947868 tgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattggtgaatgtacaagcttagaatatat 12947967  T
Q  248 ctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatgga 347  Q
       ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||    
T  12947968 tcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctgga 12948067  T
Q  348 ccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaa 447  Q
     |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||| ||| | ||||| |||||||    
T  12948068 tcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagagtatttgaatgtttcttttaacatgttggtaggagagataccgacaaatggtgtatttggaa 12948167  T
Q  448 atgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaa 547  Q
    ||| || | |  |||  ||||  |||||||| || || ||||||||||||||    || | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| ||||||    
T  12948168 atgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctatgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgccctatcaatggtaggaaacatgcaaa 12948267  T
Q  548 acaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 585  Q
     || |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12948268 gcaacaaaagttcaggttgatagcagggatagttagtg 12948305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 450
Target Start/End: Original strand, 12898694 - 12899096
Alignment:
Q  48 cttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaag 147  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||| | ||||| ||| |||||||  ||| |||||||||||   ||||| ||||| ||||   ||||||||||||    
T  12898694 cttagaggaaccatacctgcagaggttttaaatcttttttctttatcaatgttattgaacttgtcacataactctttgagcggtactttaccaagagaag 12898793  T
Q  148 tgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacct 247  Q
    |||||||| |||||| ||| ||     |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| | ||  ||||| ||||| | | || |||||||  |    
T  12898794 tgggtatgttaaaaaatattaaaggattagatgtctctgggaatcatctatctggtgatattccgatagaaattggtgaatgtacaagcatagaatatat 12898893  T
Q  248 ctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatgga 347  Q
      |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||  |||| ||||    
T  12898894 tcttttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctcttaaaggtcttcaatatttagacttttcaagaaatcaattgtctgga 12898993  T
Q  348 ccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaa 447  Q
     |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  12898994 tcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaa 12899093  T
Q  448 atg 450  Q
    |||    
T  12899094 atg 12899096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 449
Target Start/End: Original strand, 12906314 - 12906715
Alignment:
Q  48 cttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtggtagcctaccaagagaag 147  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| | ||| ||||||| |||| |||||||||||   ||||| ||||| ||||   ||||||||||||    
T  12906314 cttagaggaaccatacctgtagaggttttaaatctgttttctttatcaatcttattgaacttgtcacataactctttgagcggtactttaccaagagaag 12906413  T
Q  148 tgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacct 247  Q
    |||||||| |||||| |||     |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| | | ||||||||||  |    
T  12906414 tgggtatgttaaaaaatattgcagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtacaagcttagaatatat 12906513  T
Q  248 ctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatgga 347  Q
       ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||    
T  12906514 tcatttgcaaaggaactcctttaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctgga 12906613  T
Q  348 ccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaa 447  Q
     |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |||||||    
T  12906614 tcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaaaggtttatttggaa 12906713  T
Q  448 at 449  Q
    ||    
T  12906714 at 12906715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 117 - 589
Target Start/End: Original strand, 12957271 - 12957743
Alignment:
Q  117 aactcattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagag 216  Q
    ||||| ||||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  12957271 aactctttgagcggtaccttaccaacagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagatttagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagag 12957370  T
Q  217 ccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaata 316  Q
      ||||| ||||| | |  |||||||||  |   ||||||| | |||  |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| ||||||||||    
T  12957371 aaattggtgaatgtacaatcttagaatatattcgtttgcaaaggaacatcttcaatggaacaataccgtcctctttagcttctctcaaaggtcttcaata 12957470  T
Q  317 tttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaa 416  Q
    ||||||| | ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12957471 tttagacgtttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatattggaa 12957570  T
Q  417 ggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggc 516  Q
    || |||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||| |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  |    
T  12957571 ggagaggtaccgacaaatggtgtatttggaaatgcaagccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccatctgcatctaccac 12957670  T
Q  517 catgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggt 589  Q
    |||||||| |||| ||||  |||| |||||| || || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  12957671 catgccctatcaagggtaggaaacatgcaaagcaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgcggt 12957743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 8e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 31468265 - 31467794
Alignment:
Q  30 gaccttgcacaaaacaatcttagaagaaccataccgttagaagttttcagtctttcttcgttatcaaacttactgaacttgtcaagaaactcattgagtg 129  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| |  ||  || |||   || || |||||||  ||||||  |||||||    
T  31468265 gacctttcgcaaaacaatcttagaggaaccataccgatagaggtttttagtctcttctcactaacaaggctattggacttgtcgggaaacttgttgagtg 31468166  T
Q  130 gtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatg 229  Q
    |||| |||| |  |||||| || | |||| ||| ||||   ||| |  || | || ||||||  |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||    
T  31468165 gtagtctactacaagaagtaggcaggctagaaaatatcggaaagttgaatttttctgagaataatctatctggtgatattcctagaacgattggggaatg 31468066  T
Q  230 catacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtca 329  Q
    | || |||| || ||||| | |||||||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||  | |||||||| ||| | |||||| |||||||||| |||    
T  31468065 cgtaagcttggagtacctttatttgcaaggaaattccttccatggagtcataccaacctctctagcttcactgaaaggccttcaacatttagacctatca 31467966  T
Q  330 agaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaa 429  Q
     |||| |  |||| |||| |||||||||| | |||||| ||||| ||  |  || || |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31467965 cgaaaccacttgtctggatcaattcctaaaggtctacaaaatatttctttcctacaatacttcaatgtatcttttaacatgttggaaggcgaggtaccaa 31467866  T
Q  430 cagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaa 501  Q
    | ||||||||||||  ||||  |||  || | || || || || |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  31467865 cggaaggtgtctttcaaaattcaagtgaggtggcggtaacaggcaacaataacctttgtggaggtgtttcaa 31467794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University