View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2062_low_2 (Length: 544)

Name: NF2062_low_2
Description: NF2062
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2062_low_2
NF2062_low_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (268-544)||(52245195-52245472)
chr4 (268-540)||(790690-790960)
chr4 (133-230)||(52245513-52245610)
chr4 (263-511)||(8015981-8016227)
chr4 (368-540)||(32105563-32105732)
chr4 (178-230)||(32105381-32105433)
chr4 (359-471)||(20808999-20809111)
chr4 (268-332)||(32105468-32105530)
chr4 (65-97)||(54136440-54136472)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (275-544)||(39605722-39605987)
chr7 (274-544)||(24688169-24688441)
chr7 (275-544)||(23846199-23846470)
chr7 (264-511)||(24056280-24056525)
chr7 (268-544)||(46857563-46857839)
chr7 (275-540)||(18995234-18995499)
chr7 (395-511)||(7194024-7194138)
chr7 (146-230)||(23846073-23846157)
chr7 (268-454)||(31135539-31135724)
chr7 (145-230)||(46857875-46857960)
chr7 (171-230)||(39606029-39606088)
chr7 (148-229)||(24688491-24688572)
chr7 (15-57)||(19543545-19543587)
chr7 (178-226)||(28086413-28086461)
chr7 (176-230)||(24056554-24056608)
chr7 (165-223)||(29127699-29127756)
chr7 (60-112)||(19543476-19543528)
chr7 (61-97)||(24446322-24446358)
chr7 (17-57)||(40740012-40740052)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (267-544)||(24003064-24003348)
chr2 (352-543)||(20125664-20125857)
chr2 (372-533)||(37787111-37787272)
chr2 (366-544)||(22999637-22999821)
chr2 (268-438)||(42757771-42757941)
chr2 (145-226)||(42757982-42758066)
chr2 (15-58)||(29078057-29078100)
chr2 (145-198)||(24002969-24003022)
chr2 (23-59)||(29076603-29076639)
chr2 (23-57)||(3607008-3607042)
chr2 (470-511)||(22381724-22381765)
chr2 (470-511)||(22913750-22913791)
chr2 (15-55)||(3603561-3603601)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (268-540)||(12522299-12522569)
chr6 (145-226)||(34188373-34188456)
chr6 (15-57)||(29467246-29467288)
chr6 (23-57)||(29465810-29465844)
chr6 (178-226)||(12522644-12522692)
chr6 (17-57)||(17971810-17971850)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (273-540)||(15029900-15030164)
chr5 (273-511)||(26228107-26228342)
chr5 (407-544)||(11077483-11077622)
chr5 (369-544)||(31253810-31253987)
chr5 (146-230)||(11077247-11077331)
chr5 (347-506)||(42478338-42478495)
chr5 (281-437)||(20127940-20128096)
chr5 (407-540)||(5325264-5325403)
chr5 (146-213)||(14622897-14622964)
chr5 (263-332)||(17361304-17361374)
chr5 (17-59)||(33957347-33957389)
chr5 (451-540)||(17361189-17361278)
chr5 (153-230)||(31251340-31251417)
chr5 (178-230)||(20127833-20127885)
chr5 (268-338)||(11077366-11077436)
chr5 (17-59)||(37966867-37966909)
chr5 (148-229)||(26228384-26228465)
chr5 (274-332)||(31251456-31251514)
chr5 (181-230)||(15579496-15579547)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (267-540)||(15819851-15820124)
chr3 (267-539)||(6748280-6748549)
chr3 (268-497)||(6472936-6473162)
chr3 (268-540)||(6512673-6512942)
chr3 (267-544)||(3330528-3330809)
chr3 (268-511)||(6473453-6473693)
chr3 (268-540)||(40475030-40475297)
chr3 (268-540)||(818039-818306)
chr3 (147-230)||(3330410-3330493)
chr3 (429-535)||(37978779-37978885)
chr3 (370-509)||(4611681-4611816)
chr3 (178-226)||(817942-817990)
chr3 (178-226)||(15820163-15820211)
chr3 (178-226)||(41696324-41696372)
chr3 (180-226)||(40475345-40475391)
chr3 (275-332)||(38111780-38111837)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (263-489)||(31038093-31038318)
chr1 (273-540)||(32907859-32908124)
chr1 (268-544)||(33473549-33473832)
chr1 (268-540)||(51995241-51995507)
chr1 (369-535)||(25646690-25646856)
chr1 (147-224)||(33473877-33473954)
chr1 (173-230)||(31038007-31038064)
chr1 (470-510)||(17888418-17888458)
chr1 (371-471)||(27572081-27572181)
chr1 (178-226)||(32908171-32908219)
chr1 (267-330)||(7054919-7054982)
chr1 (268-332)||(27572221-27572285)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (268-544)||(34967679-34967954)
chr8 (360-471)||(22998337-22998448)
chr8 (359-471)||(7406474-7406586)
chr8 (146-230)||(34967989-34968071)
chr8 (178-230)||(13151368-13151420)
chr8 (176-226)||(35003967-35004017)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (370-544)||(19356-19532)
scaffold0069 (273-332)||(19260-19319)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (268-544)||(21951-22227)
scaffold0044 (146-230)||(22241-22325)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (352-544)||(93080-93273)
[»] scaffold0625 (1 HSPs)
scaffold0625 (275-540)||(1157-1422)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 268 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 52245472 - 52245195
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||        || |||||||| ||||||| |    
T  52245472 gggggacataaacctaacctagtcaattcacacaaagtgtattcaaacccaatcgagtgatacaatgaaataaaaacaacatcggtgaatgtctaacaag 52245373  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  52245372 tggtgtatggacaaaccgtcaacatagaatgaatccaaaaaccaacatctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctctttcgagccaagcagtccgac 52245273  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaag--gtgagagattctacc 544  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  52245272 attaggtagactgatgagaattatgaaacct-ccccaagttatacagagaaacttcgtacaggtgtgagagattctacc 52245195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 790960 - 790690
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||        |||||| |||| |||||| ||    
T  790960 gggggacataaacctaactcagtcaatccacacaaagagtatgccaacacaatcgggtgatacaaagaaataaaaacaacaccggggaatgtctaacttg 790861  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||| ||||||| ||||||||||| | |||||||  || |||||||| ||||||| || ||||||||||||||  ||| ||| ||||||| |||||||||    
T  790860 cggtatatggaccaaccgtcaacacgaaatggatacaagaaccaacaactccttgtgacagcaacaagcataacatctttttcgagccaaacagtccaac 790761  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||    
T  790760 atca--aagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgggagattc 790690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 133 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 52245610 - 52245513
Alignment:
Q  133 ggccagagaccgatgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52245610 ggccagagaccgatgacataaaaaaggaacagaaaacggttcaaaagttggaatgtcttgtagattccaatctatgtcaggtattcatatatattatt 52245513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 263 - 511
Target Start/End: Original strand, 8015981 - 8016227
Alignment:
Q  263 gaactggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttcta 362  Q
    ||||||||| ||||||||||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||        |||||||| || || |    
T  8015981 gaactgggggacataaacctaaattagtcaatccacacaaagtgtatgccaacccaattgggtgatacaaataaataaacacaacaccggtggatgtcca 8016080  T
Q  363 acatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagt 462  Q
    ||  |  ||||| |||| || ||||||||   |||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| || |    
T  8016081 actagcagtgtacggaccaatcgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaagcataacgtctctttcgagccaaacaat 8016180  T
Q  463 ccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    |||||||||   |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||    
T  8016181 ccaacatca--aagactgatgaagaatttgaaacctcccccatgttata 8016227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 368 - 540
Target Start/End: Original strand, 32105563 - 32105732
Alignment:
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | ||| || | || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| |||||||||    
T  32105563 tggtgtatggaccatccgtcaacacgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacagtccaac 32105662  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    |||||  ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||    
T  32105663 atcag--agactgatgcggattttgaaacat-ccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattc 32105732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Original strand, 32105381 - 32105433
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  32105381 agttggagtgtcttgcagattccattctatgtcaggtgctcatatatattatt 32105433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 359 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 20809111 - 20808999
Alignment:
Q  359 tctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaag 458  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||   || |  || ||||||||||| |||||||| | |||||||||  ||| |||||||||||| |||     
T  20809111 tctaaaatgcggtgtatggaccaaccatcaacacagaacgagtccaaaaaccaacaactccttgcaacagcaacaagtctaacgtctcttttgaggcaaa 20809012  T
Q  459 cagtccaacatca 471  Q
    |||||||||||||    
T  20809011 cagtccaacatca 20808999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 332
Target Start/End: Original strand, 32105468 - 32105530
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  32105468 gggggacataaacctaacccagtcaatccacaga--gtgtatgccaacccaatcgagtgatacaa 32105530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 65 - 97
Target Start/End: Original strand, 54136440 - 54136472
Alignment:
Q  65 taaatagttaaaggacaaaaatagcaatttagc 97  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54136440 taaatagttaaaggacaaaaattgcaatttagc 54136472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 275 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 39605987 - 39605722
Alignment:
Q  275 ataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtgta 374  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||     ||||||||||||||||||| |||||        |||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  39605987 ataaatctaacccagtcaattcacacatagtgta-----acccaatcgggtgatacaaagaaataaaacaa-caccagtgaatgtctaacatgcggtgta 39605894  T
Q  375 tggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggt 474  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  39605893 tggacaaaccgtcaacacggaatgtatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagtataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatcaggt 39605794  T
Q  475 agactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39605793 agactgatgaggattttgcaacctccccgaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 39605722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 274 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 24688441 - 24688169
Alignment:
Q  274 cataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtgt 373  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||| | |||||||||| |||||        ||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  24688441 cataaacctaactcaatcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaacaggtgatacaaagaaataaaaacaacaccggtgaatgtctaatatgcggtgt 24688342  T
Q  374 atggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcagg 473  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||||  |||| ||||| |||    
T  24688341 atggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaacaactccttgcaacagcaacaagtataacgtctctttcgagccaaagagtcgaacattagg 24688242  T
Q  474 tagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  |||||||||| | | ||  ||| || |||||||||||||||||||||    
T  24688241 tagactgatgaggattttgaaaacctccccaagttaaatagagccaaaattggtgaaggtgagagattctacc 24688169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 275 - 544
Target Start/End: Original strand, 23846199 - 23846470
Alignment:
Q  275 ataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaattt--ctaacatgtggtg 372  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||  ||||        |||  ||| || |  |||||| | ||||    
T  23846199 ataaacctaacccaatcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaacaggtgatacaa--aaataaaaacaacactagtggatatgtctaacaggcggtg 23846296  T
Q  373 tatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcag 472  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||||||||||||     
T  23846297 tatggacaaaccgtcaacacgaaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaacatctctttcgagccaaacagtccaacatcaa 23846396  T
Q  473 gtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
      |||| |||||||||| ||||||| |  |||||||||| | ||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  23846397 acagaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttagtgaaggtgagagattctacc 23846470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 264 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 24056525 - 24056280
Alignment:
Q  264 aactggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaa 363  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| |||||        ||| || |||| ||||     
T  24056525 aactgggggacataaacctaacccagtcaattcacacagagtgcatgcaaacccaatcgggtgatacaaagaaataaaaataacactggcgaatgtctag 24056426  T
Q  364 catgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtc 463  Q
    | || ||||||||||| |||| | |||| |  || |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||| ||  | ||    
T  24056425 cgtgcggtgtatggaccaaccattaacacgagatagatccaaaaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcgagctaaaaaatc 24056326  T
Q  464 caacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    ||||||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24056325 caacatca--aagaccgatgaggattttgaaacctcccccaagttata 24056280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 268 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 46857839 - 46857563
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaattt--ctaaca 365  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||||  ||||        |||| ||| || |  ||||||    
T  46857839 gggggacataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgtcaatccaaacaggtgatacaa--aaataaaaacaacaccagtggatgtgtctaaca 46857742  T
Q  366 tgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtcca 465  Q
     | |||||||| |||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||| |  ||||    
T  46857741 ggcggtgtatgaacaaaccgtcaacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaacatctctttcgagccaaacgatcca 46857642  T
Q  466 acatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    ||||||   |||  |||||||||| ||||||  | ||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46857641 acatcaaacagatcgatgaggattttgaaac--cacccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 46857563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 275 - 540
Target Start/End: Original strand, 18995234 - 18995499
Alignment:
Q  275 ataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtgta 374  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||        || ||||| || |||||| |||| ||||    
T  18995234 ataaacctaacccagccaatccacacaaagtgtatgccaatccaatcggatgatacaaaaaaataaaaacaacatcggtggatgtctaacgtgtgatgta 18995333  T
Q  375 tggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggt 474  Q
    ||||| || | |||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||| || || || |||||||       
T  18995334 tggactaatcatcaacacgaaatggatctaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcatagtgtctctttcgagcaaaccaatctaacatca--a 18995431  T
Q  475 agactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||  |||||   ||| | ||||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||    
T  18995432 aggttgatgcaaatttttaaacctctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattc 18995499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 395 - 511
Target Start/End: Original strand, 7194024 - 7194138
Alignment:
Q  395 aatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaa 494  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| | ||| |||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||   | ||||||||||||| ||||    
T  7194024 aatggatccaagaaccaacaactccttgcaacagccacaaacataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatca--aaaactgatgaggattttgaa 7194121  T
Q  495 acctcccccaagttata 511  Q
    |||||||||||||||||    
T  7194122 acctcccccaagttata 7194138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 230
Target Start/End: Original strand, 23846073 - 23846157
Alignment:
Q  146 tgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23846073 tgacataaaaaaggaatagaaaacagtccaaaagatggaatgtcctatagattccgatctatgtcaggtactcatatatattatt 23846157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 268 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 31135724 - 31135539
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| ||||||||||||| || || || |||||||| ||||  |||| |||||| |||||||||| |||||        ||  ||||||| |||||| ||    
T  31135724 gggggacataaacctaactcagtcgatccacacaaa-tgtaagccaatccaatcaggtgatacaaagaaataagaataacattggtgaatgtctaacgtg 31135626  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagc 454  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  31135625 tggtgtatagaccaaccgtcaacatgaaatggattcaagaaccaacaactccttgcgattgcaacaaacataacgtctctttcgagc 31135539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 46857960 - 46857875
Alignment:
Q  145 atgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46857960 atgacataaaaaaggaatagaaaacagtctaaaagatggaatgtcctgcagatttcgatctatgtcaggtcctcatatatattatt 46857875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 39606088 - 39606029
Alignment:
Q  171 gtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  39606088 gtccaaaagttgaaatgtcttgcagattccagtctatgtcgggaactcatatatattatt 39606029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 148 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 24688572 - 24688491
Alignment:
Q  148 acataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattat 229  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||    
T  24688572 acataaaaaaggaatagaaagcagtccaaaagatggaatgtcttggagattccagtttatgtcaggtgctcatgtatattat 24688491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 19543587 - 19543545
Alignment:
Q  15 cagagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19543587 cagagataaacttaaaatatcaaaacggaataaattttaatta 19543545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Original strand, 28086413 - 28086461
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  28086413 agttggaatgacttgcagattctagtctatgtcaggtgctcatatatat 28086461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 176 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24056608 - 24056554
Alignment:
Q  176 aaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  24056608 aaagttgaaatgtcttatagattcccgtttatgtcaggtactcatatatattatt 24056554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 165 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29127756 - 29127699
Alignment:
Q  165 aaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatata 223  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29127756 aaaacagtccgaaaattggaatgt-ttacagattccaatctatgtcaggttctcatata 29127699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 19543528 - 19543476
Alignment:
Q  60 ctaattaaatagttaaaggacaaaaatagcaatttagcttattttttactccc 112  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  19543528 ctaaataaatagttaagggacgaaaatagcaattaagtttatattttactccc 19543476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 61 - 97
Target Start/End: Original strand, 24446322 - 24446358
Alignment:
Q  61 taattaaatagttaaaggacaaaaatagcaatttagc 97  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  24446322 taattaaatagttaagggacaaaaataacaatttagc 24446358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 57
Target Start/End: Original strand, 40740012 - 40740052
Alignment:
Q  17 gagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  40740012 gagataaacttaaaataccaaaacggaacgtattttaatta 40740052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 9e-59; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 267 - 544
Target Start/End: Original strand, 24003064 - 24003348
Alignment:
Q  267 tggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacat 366  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||        |||| |||| | ||||||||    
T  24003064 tgggggacataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgccaacccaatcgggtgatgcaaagaaataaaaacaacaccagtgagtgtctaacat 24003163  T
Q  367 gtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaa 466  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   |||||| | || |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  24003164 gtggtgtatggacaaaccgtcagcacagaatggaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaaacataacgtctctttcgagccaaacagtccaa 24003263  T
Q  467 ------catcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
          |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24003264 catcagcatcaggtagaccgatgaggattttgaaa-ctcccccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 24003348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 352 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 20125857 - 20125664
Alignment:
Q  352 gtgaatttctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttg 451  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||| || || ||| | |||||||||| |  |||||| |||| ||||||||      
T  20125857 gtgaatgtctaacatgcggtttatggacaaaccgtcaacacggaatggatctaagaatcaagaactccttgcgacaagaacaagtataacgtctctttca 20125758  T
Q  452 agccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctac 543  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  20125757 agccaaatagtccaacatcatgtagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagagccaaacttcgtgaaggtgaaagattctac 20125664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 372 - 533
Target Start/End: Original strand, 37787111 - 37787272
Alignment:
Q  372 gtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatca 471  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||| ||  |||| || |||||||||| |||||||||||||  ||||||||   |||||  ||||||||||||    
T  37787111 gtatggaccaaccgtcatcatgaaatggatccaaggaccaccaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcatgccaaagagtccaacatca 37787210  T
Q  472 ggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag----aaacttcgtgaaggtga 533  Q
      || |||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||    |||||||||||||||||    
T  37787211 --taaactgataaggattttgaaacctcccccaagtta--caaagtgccaaacttcgtgaaggtga 37787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 366 - 544
Target Start/End: Original strand, 22999637 - 22999821
Alignment:
Q  366 tgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtcca 465  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| || | ||| || |||||||| ||| ||||   | |||||||||||| |||| ||| |||  || || ||||    
T  22999637 tgtggtgtatgaaccaaccgtcaacatggaacgaatctaagaaccaacaactcgttgcagcaacaacaagcataacgtctatttcgagtgaaacaatcca 22999736  T
Q  466 ac----atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttataca--aagaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    ||    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22999737 acttcaaacaggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttatatagtaacaaacttcgtgaaggtgaaagattctacc 22999821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 268 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 42757941 - 42757771
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||         |||| ||| || |||||| ||    
T  42757941 gggggacataaacctgacccagtcaatccacacaaagtgtatgccaacccaagcgggtgatacaaagaaaaaataacaacacctgtggatgtctaacgtg 42757842  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcat 438  Q
     ||||||||||| ||| || |||| |  || |||  || ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  42757841 cggtgtatggaccaactgtaaacacgagatagatacaagaaccaacagctccttgcaacagcaacaagcat 42757771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 42758066 - 42757982
Alignment:
Q  145 atgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaa---agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    ||||||||| |||||||| ||| || ||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  42758066 atgacataacaaaggaacagaagacagtccaatcagagttggaatgtcttgcagattccaatttatgtcaggtgctcatatatat 42757982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 58
Target Start/End: Original strand, 29078057 - 29078100
Alignment:
Q  15 cagagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaattat 58  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29078057 cagagataaacttaaaataccaaaacggaacaaattttaattat 29078100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 198
Target Start/End: Original strand, 24002969 - 24003022
Alignment:
Q  145 atgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagatt 198  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  24002969 atgacataaaaaaggaatagaaaacagtccaaaagttgaaatgttttgcagatt 24003022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 29076639 - 29076603
Alignment:
Q  23 aacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaattatg 59  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29076639 aacttaaaatatcaaaacggaacaaatttaaattatg 29076603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 57
Target Start/End: Original strand, 3607008 - 3607042
Alignment:
Q  23 aacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3607008 aacttaaaatatcaaaacggaataaattttaatta 3607042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 470 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 22381765 - 22381724
Alignment:
Q  470 caggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  22381765 caggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttata 22381724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 470 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 22913791 - 22913750
Alignment:
Q  470 caggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  22913791 caggtagaatgatgaggattttgaaacctcccctaagttata 22913750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 3603601 - 3603561
Alignment:
Q  15 cagagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaat 55  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  3603601 cagagataaacttaaaataccaaaacataacaaattttaat 3603561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 12522569 - 12522299
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||        |||  |||||| |||||| ||    
T  12522569 gggggacataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgccaacccaatcgggtgatacaaagaaataaaaacaacactagtgaatgtctaacttg 12522470  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||    
T  12522469 cggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcataacatctctttcgagccaaacagtccaac 12522370  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||||   |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||     |||||||||||| |||||||||||    
T  12522369 atca--aagactggtgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaacttcgtgaaagtgagagattc 12522299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 226
Target Start/End: Original strand, 34188373 - 34188456
Alignment:
Q  145 atgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaa--aagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||||||||||||||  ||| || ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  34188373 atgacataaaaaaggaatagaagacagtccaacaaagtttgaatgtcttgcagattccaatctatgtcagatgctcatatatat 34188456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 57
Target Start/End: Original strand, 29467246 - 29467288
Alignment:
Q  15 cagagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29467246 cagagataaacttaaaatatctaaacggaacaaattttaatta 29467288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 29465844 - 29465810
Alignment:
Q  23 aacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29465844 aacttaaaataccaaaacggaacaaattttaatta 29465810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12522692 - 12522644
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  12522692 agttggaatgacttgcaaattccagtctatgtcaggtgcttatatatat 12522644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 57
Target Start/End: Original strand, 17971810 - 17971850
Alignment:
Q  17 gagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaatta 57  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  17971810 gagataaacttaaaataccaaaatggaacaaatttgaatta 17971850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 273 - 540
Target Start/End: Original strand, 15029900 - 15030164
Alignment:
Q  273 acataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtg 372  Q
    |||||||| |||| || ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||        ||  ||||||| |||||| || ||||    
T  15029900 acataaacataactcagtcaatccacacaaagtgtatgc-aacccaatcgggtgatacaaagaaataaaaacaacattggtgaatgtctaacttgcggtg 15029998  T
Q  373 tatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcag 472  Q
    ||||||| |||||||||||   |||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||     
T  15029999 tatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcataacgtctctttcgagccaaacagtccaacatca- 15030097  T
Q  473 gtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  15030098 -aagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattc 15030164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 273 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 26228342 - 26228107
Alignment:
Q  273 acataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtg 372  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||  |||||||||||||| ||||||  || |        |||| |||||| |||||| ||| |||    
T  26228342 acataaacctaacccagtcaatccacaca--gtgtatgtcaacccaatcgggtaatacaaacaa-taaaaacaacaccagtgaatgtctaacttgtagtg 26228246  T
Q  373 tatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcag 472  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||| ||| |||| | | ||||||||| ||  ||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  26228245 tatggacaaaccgtcaacactgaatggatccaagaaccaacaactcattgcaacaacaacaagcacaacatctctttcgagccaaatagtccaacatcag 26228146  T
Q  473 gtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  26228145 gtagactgatgaggattttgaaatctcccccaagttata 26228107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 407 - 544
Target Start/End: Original strand, 11077483 - 11077622
Alignment:
Q  407 aaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaag 506  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||| |  |||||    
T  11077483 aaccaacaactccttgcgacagcaacaagcctaatgtctctttcgagccaaacagtccaacatcagacagacagatgaggattttgaaaccgcatccaag 11077582  T
Q  507 ttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11077583 ttatatggagccaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 11077622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 369 - 544
Target Start/End: Original strand, 31253810 - 31253987
Alignment:
Q  369 ggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaaca 468  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| | |||||||| |||  ||||| | ||||||| ||||||||||    
T  31253810 ggtgtattgacaaaccgtcaacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcctaacatctctatcgagccaaacagtccaaca 31253909  T
Q  469 tcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||   |||| |||||||||| ||||||| |  ||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  31253910 tcaaacagaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagatatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagcttctacc 31253987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 230
Target Start/End: Original strand, 11077247 - 11077331
Alignment:
Q  146 tgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||||||||  ||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11077247 tgacataaaaaaggaatagaaaacaatccaaaagatagaatgtcttgcagattccagtctatgttaggtactcatatatattatt 11077331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 347 - 506
Target Start/End: Original strand, 42478338 - 42478495
Alignment:
Q  347 caccggtgaatttctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctc 446  Q
    ||||||||||| ||||   || ||||||||||| |||||||||||   |||||||| || |||||||| || ||| ||| ||||||||| |||| ||||     
T  42478338 caccggtgaatgtctattgtgcggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaatggatccaagaaccaacaacttcttacgacagcaacaagtataacgtctt 42478437  T
Q  447 ttttgagccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaag 506  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  42478438 tttcgagtcaaacagtccaacatca--aagactgatgagaattttgaaacctcccccaag 42478495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 281 - 437
Target Start/End: Original strand, 20127940 - 20128096
Alignment:
Q  281 ctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtgtatggaca 380  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||  |||||||||||| || |||||| |||||        ||||| | ||| |||||  || |||||||||||     
T  20127940 ctaactcagtcaatccacacaaagtgtaagccaacccaatcgagtaatacaaagaaataaaaacaacaccgataaatatctaatgtgcggtgtatggacc 20128039  T
Q  381 aaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagca 437  Q
    ||||||||||| | |||||||  || |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  20128040 aaccgtcaacacgaaatggattcaagaaccaacaactccttgcgatagcaacaagca 20128096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 407 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 5325403 - 5325264
Alignment:
Q  407 aaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacat----caggtagactgatgaggattatgaaacctcccc 502  Q
    |||||||| |||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    |||||||| | |||| |||| |||||||||||     
T  5325403 aaccaacaactccttacaacaacaacaagcataacgtctcttttgagccaaacaatccaacatcagacaggtagaataatgaagattttgaaacctccct 5325304  T
Q  503 caagttataca--aagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
     |||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||    
T  5325303 taagttatatagtaccaaacttcgtgaaggtgagagattc 5325264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 146 - 213
Target Start/End: Original strand, 14622897 - 14622964
Alignment:
Q  146 tgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcagg 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14622897 tgacataaaaaaggaacagaaaacaatctaaaagatggaatgtcttgcagattccagtctatgtcagg 14622964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 17361374 - 17361304
Alignment:
Q  263 gaactggggt-acataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17361374 gaactggggtgacataaacctaacccagtcaatccacataaagtgtaggccaacccaatcgggtgatacaa 17361304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 59
Target Start/End: Original strand, 33957347 - 33957389
Alignment:
Q  17 gagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaattatg 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33957347 gagataaacttaaaatatcaaaacggaataaattttaattatg 33957389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 451 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 17361278 - 17361189
Alignment:
Q  451 gagccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||    
T  17361278 gagccaaacagtccaacatcaaata--ctgatgaggattttgaaacctccctcaagttatatagtgtcaaacttcgtgaaggtgagagattc 17361189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 230
Target Start/End: Original strand, 31251340 - 31251417
Alignment:
Q  153 aaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    |||||||||  ||||||  |||||||| |||||| || |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31251340 aaaaaggaatagaaaacaatccaaaagatggaatatcctgcagactccggtctatgtcaggtactcatatatattatt 31251417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Original strand, 20127833 - 20127885
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20127833 agttggaatgtcttgtagattccagtctatgtcaggtgctcataaatattatt 20127885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 338
Target Start/End: Original strand, 11077366 - 11077436
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaat 338  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| |  ||||||||| |||||    
T  11077366 gggggacataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgccaacacaaacaagtgatacaaagaaat 11077436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 37966909 - 37966867
Alignment:
Q  17 gagataaacttaaaatatcaaaacggaacaaattttaattatg 59  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37966909 gagataaatttaaaataccaaaacggaacaaattttaattatg 37966867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 148 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 26228465 - 26228384
Alignment:
Q  148 acataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattat 229  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||  |||||||| ||||||||||| |||  | | |||||||||| ||||||||||||||    
T  26228465 acataaaaaaggaatagaaaacagtttaaaagttgaaatgtcttgcatattttagtttatgtcaggtgctcatatatattat 26228384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 274 - 332
Target Start/End: Original strand, 31251456 - 31251514
Alignment:
Q  274 cataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||    
T  31251456 cataaacctaacacagtcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaacaggtgatacaa 31251514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 181 - 230
Target Start/End: Original strand, 15579496 - 15579547
Alignment:
Q  181 tggaatgtcttgcagattccaatctatgtc--aggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15579496 tggaatgtcttacagattccggtctatgtcagaggtactcatatatattatt 15579547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 267 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 15820124 - 15819851
Alignment:
Q  267 tggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacat 366  Q
    ||||| ||||| |||||||| | ||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||        ||||||||| | |||||  |    
T  15820124 tgggggacatatacctaacctagtcaatccatacaaagtgtaaaccaacccaatcgggtgatacaaagaaataaaaacaacaccggtgattgtctaatgt 15820025  T
Q  367 gtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaa 466  Q
    | ||||||||||| |||||| |||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  15820024 gcggtgtatggaccaaccgtgaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcgatagaaacaagcataacgtctctttcgagccaaacagtccaa 15819925  T
Q  467 catcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |  |  ||||||||||||||||||||||||    
T  15819924 catca--aagactgatgaggattttgaaacctcccccaagatatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattc 15819851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 267 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 6748549 - 6748280
Alignment:
Q  267 tggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacat 366  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||        ||||||||||| | |||| |    
T  6748549 tgggggacataaacctaacccagtcaattcactcaaagtgtatgtcaacccaatcgggtgatacaaagaaataaaacaa-caccggtgaatgtttaactt 6748451  T
Q  367 gtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaa 466  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||| || || ||||     
T  6748450 gcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagctaaacaatccat 6748351  T
Q  467 catcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagatt 539  Q
    |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     |||||| ||||||||||||||||    
T  6748350 catca--aagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgccaaactttgtgaaggtgagagatt 6748280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 268 - 497
Target Start/End: Original strand, 6472936 - 6473162
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||        ||||| ||||| |||||| ||    
T  6472936 gggggacataaacctaacccagtcaattcactcaaagtgtatgtcaacccaatcgggtgatacaaagaaataaaacaa-caccgatgaatgtctaacttg 6473034  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  6473035 cggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatcaaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagccaaacagtccatc 6473134  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacc 497  Q
    ||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  6473135 atca--aagactgatgaggattttgaaacc 6473162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Original strand, 6512673 - 6512942
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  ||||||||| | || |||||| |||||        ||||||||||| |||||| ||    
T  6512673 gggggacataaacctaacccagtcaattcactgaaagtgtatgtcaacccaattgagtaatacaaagaaataaaacaa-caccggtgaatgtctaacttg 6512771  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| | | || |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  6512772 cggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactctttgcaacaacagcaagaataatgtctctttcgagccaaacagtccagc 6512871  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     |||||| |||||||||||||||||    
T  6512872 atca--aagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatagtgctaaactttgtgaaggtgagagattc 6512942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 267 - 544
Target Start/End: Original strand, 3330528 - 3330809
Alignment:
Q  267 tggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacat 366  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| | |||||||||  |  ||        |||||||| || |||||||     
T  3330528 tgggggacataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaacaggtgatacagggggataaaaacaacaccggtggatgtctaacag 3330627  T
Q  367 gtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaa--gcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtcc 464  Q
    | ||||||||||||||||||| ||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| |  ||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  3330628 gcggtgtatggacaaaccgtcgacacggaatgaatccaagaaccaacaactccttgcgacatagcaacaagcctaacgtctctttcgagccaaacagtcc 3330727  T
Q  465 aacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaa--gaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    ||||||||| | || || ||||||| ||||||| |  |||||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3330728 aacatcaggcataccgaagaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtgaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 3330809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 268 - 511
Target Start/End: Original strand, 6473453 - 6473693
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||| ||| |||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||        ||||||||||| |||||| ||    
T  6473453 gggggacataaacttaagccagacaattcactcaaagtgtatgtcaacccaatcggatgatacaaagaaataaaacaa-caccggtgaatgtctaacttg 6473551  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| | | ||||||| ||||||||||||| |||| ||  |||||| |    
T  6473552 cggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaagaataatgtctctttcgagctaaagagtccatc 6473651  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttata 511  Q
    ||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  6473652 atca--aagactgatgaggattttgaaacctccctcaagttata 6473693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 40475297 - 40475030
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||        |||||||| ||  |||| ||     
T  40475297 gggggacataaacctaacccagtcaatccacaga--gtgtatgccaacccaatcgggtgatacaaaaaaatcaaaacaacaccggtggatgcctaatata 40475200  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    || ||||||||| | ||||||||| | ||| || | || |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||  ||||||| ||| ||| |||||||||    
T  40475199 tgatgtatggaccatccgtcaacacggaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcaaaacatctctttcgagacaaacagtccaac 40475100  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    |||||  ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||    
T  40475099 atcag--agactgatgcggattttgaaacat-ccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattc 40475030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Original strand, 818039 - 818306
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| ||||||||||||| || ||||| |||| |  |||||| |||||||||||||| |||||||  ||||        |||||||| ||  |||| ||     
T  818039 gggggacataaacctaactcagtcaatccacaga--gtgtatgccaacccaatcgggggatacaaaaaaatcaaaacaacaccggtggatgcctaatata 818136  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
     ||||||||||| | ||||||||||| ||| || | || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| || ||||||    
T  818137 aggtgtatggaccatccgtcaacatgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacaatccaac 818236  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    |||||  ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||    
T  818237 atcag--agactgatgcggattttgaaacat-ccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattc 818306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 230
Target Start/End: Original strand, 3330410 - 3330493
Alignment:
Q  147 gacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    |||||||||||||||  ||||   ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3330410 gacataaaaaaggaatagaaagtagtctaaaagatggaatgtcttacagattccagtctatgtcaggtactcatatatattatt 3330493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 429 - 535
Target Start/End: Original strand, 37978779 - 37978885
Alignment:
Q  429 caacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtg 526  Q
    |||||||||||  |||||||| |||| || || ||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |  ||||||||||    
T  37978779 caacaagcatagcgtctctttcgagctaaacaatccaacatcaa--agactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtg 37978876  T
Q  527 aaggtgaga 535  Q
    |||||||||    
T  37978877 aaggtgaga 37978885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 370 - 509
Target Start/End: Original strand, 4611681 - 4611816
Alignment:
Q  370 gtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacat 469  Q
    |||||||||  | ||||||||| | || | ||| || |||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||  || || || || |     
T  4611681 gtgtatggatcatccgtcaacacggaacgaatccaagaaccaacaactccttgcaacaacaacaagcataatgtctctttcgagttaaaca-tcaaata- 4611778  T
Q  470 caggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagtta 509  Q
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4611779 --ggtagactgatgaggattttgaaacctcccccaagtta 4611816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Original strand, 817942 - 817990
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  817942 agttggagtgtcttgcagattccagtctatgtcaggtgctcatatatat 817990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 15820211 - 15820163
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  15820211 agttggaatgtcttgcagattccagtctaggtcaggtgctcatatatat 15820163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Original strand, 41696324 - 41696372
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  41696324 agttggagtgtcttgcagattccaatctatgtcaggtgcttatatatat 41696372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 40475391 - 40475345
Alignment:
Q  180 ttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  40475391 ttggagtgtcttgcagattccagtctatatcaggtgctcatatatat 40475345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 332
Target Start/End: Original strand, 38111780 - 38111837
Alignment:
Q  275 ataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||   |||| |||||| |||||||||    
T  38111780 ataaacctaacccagtcaattcacataaagtgtaggtcaactcaatcgagtgatacaa 38111837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 263 - 489
Target Start/End: Original strand, 31038093 - 31038318
Alignment:
Q  263 gaactggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttcta 362  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | |||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||        ||| |||||||  |||    
T  31038093 gaactggggaacataaacctaacc-agtcaatcgacacaaagtgtatgccaacccaaacgggtgatacaaagaaataaaaacaacactggtgaatgccta 31038191  T
Q  363 acatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagt 462  Q
    ||| | |||||||||||||| ||||| || | |||||||| || ||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  31038192 acaagaggtgtatggacaaagcgtcagcacgcaatggatccaagaaccagcaactccttgcgacaacaacaagcataatgtctctttcgagccaaacagt 31038291  T
Q  463 ccaacatcaggtagactgatgaggatt 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  31038292 ccaacatcaggtagactgatgaggatt 31038318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 273 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 32908124 - 32907859
Alignment:
Q  273 acataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtg 372  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||        || |||||||| |||||| || ||||    
T  32908124 acataaacctaacccagtcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaccgggtgatacaaagaaataaaaacaacatcggtgaatgtctaacttgcggtg 32908025  T
Q  373 tatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcag 472  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||| || |||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||  | ||||||| || || |||||||     
T  32908024 tatggaccaaccgtcaacacgaaatggatccaagaaccgacaactccttgcgacaacaacaagcataatgtctccatcgagccaaacaatctaacatca- 32907926  T
Q  473 gtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
      |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||||||||||    
T  32907925 -aagactggtgaggattttgaaacctccccaaagttatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattc 32907859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 268 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 33473832 - 33473549
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||| || ||| ||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||        ||||||||||| |||||||||    
T  33473832 gggggacataaacttaacccagtcaatccatacatagtgtatgccagtccaatcgggtgatacaaagaaataaaaacaacaccggtgaatgtctaacatg 33473733  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaa-----cagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagt 462  Q
      |||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||     || |||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||| || |    
T  33473732 cagtgtatggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaacaactcaactccttgcgacaacaacaagcatgacgtctcttttgagccaaacaat 33473633  T
Q  463 ccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||| | ||  ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  33473632 ccaacatcaggtagagtgatgtggattttgaaacctcatccaagttatatagagccaaacttcatgaaggtcagagattctacc 33473549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 268 - 540
Target Start/End: Original strand, 51995241 - 51995507
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||        ||||| || ||  |||| ||     
T  51995241 gggggacataaacctaacccagtcaatccacaga--gtgtatgccaacccaatcgggtgatacaaa-aaattaaaacaacaccgatggatgcctaaaata 51995337  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | ||| || | || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| || ||||||    
T  51995338 tggtgtatggaccatccgtcaacacgaaattgaaccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcaaagcgtctctttcgagacaaacaatccaac 51995437  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaagaaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    |||||  ||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||    
T  51995438 atcag--agactgatgcggattttgaaacat-ccccaagttatagtgtcaaacttcgtgaaggtgggagattc 51995507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 369 - 535
Target Start/End: Original strand, 25646690 - 25646856
Alignment:
Q  369 ggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaaca 468  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |  || |||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||| ||  | |||||||    
T  25646690 ggtgtatggaccaaccatcaacacgagatagatccaagaaccaacaactccttgcgacagcaacaagcatagcgtctctttcgagctaaaaaatccaaca 25646789  T
Q  469 tcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgaga 535  Q
    |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||    
T  25646790 tca--aagaccgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagtgctaaacttcgtgaaggtgaga 25646856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33473954 - 33473877
Alignment:
Q  147 gacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatat 224  Q
    ||||| |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||||||    
T  33473954 gacatgaaaaaggaatagaaaacagttcaaaagttggaatgtcttgcaaattccagtctatgtcaagttctcatatat 33473877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 230
Target Start/End: Original strand, 31038007 - 31038064
Alignment:
Q  173 ccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  31038007 ccaaaagttagaatgttttgcagattccagtatatgtcaggtgctcatatatattatt 31038064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 470 - 510
Target Start/End: Original strand, 17888418 - 17888458
Alignment:
Q  470 caggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttat 510  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17888418 caggtagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttat 17888458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 371 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 27572181 - 27572081
Alignment:
Q  371 tgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatc 470  Q
    ||||||||| ||||||||||| | || | ||| || |||||||| ||| |||| | | ||||||||||||  ||||||| ||||||| || |||||||||    
T  27572181 tgtatggaccaaccgtcaacaaggaacgaatccaagaaccaacaactctttgcaacaacaacaagcataacatctctttcgagccaaacaatccaacatc 27572082  T
Q  471 a 471  Q
    |    
T  27572081 a 27572081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32908219 - 32908171
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  32908219 agttggaatgacttgcagattccggtctatgtcaggtgctcatatatat 32908171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 330
Target Start/End: Original strand, 7054919 - 7054982
Alignment:
Q  267 tggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatac 330  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  7054919 tgggggacatagatctaacccaataaattcacacaaagtgtatgtcaacccaatcatgtgatac 7054982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 268 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27572285 - 27572221
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||| |||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||    
T  27572285 gggggacattaacctaacccagtaaatccacacaaagtgtatgtcaacccaatgaggtgatacaa 27572221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 268 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 34967954 - 34967679
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| ||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| |||||        |||  |||||| |||||||||    
T  34967954 gggggacatacacctaacctagtcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaatagagtgatacaaagaaataaaaacatcactagtgaatgtctaacatg 34967855  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| | ||| |  ||| ||||||| | |||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  34967854 tggtgtatgga-aaaccgtcaacacggaatggatcaaagaaccaaaaactcatctcgacagcaacaggtataacgtctctttcgagccaaacagtccaac 34967756  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||   ||| |||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34967755 atcaggtagactgatgaggattttgaaac--tcccgaagttatatagagccaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 34967679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 360 - 471
Target Start/End: Original strand, 22998337 - 22998448
Alignment:
Q  360 ctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagc 459  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||  ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  22998337 ctaacatgcggtgtatggaccaaccgtcaacacgaaattcatccaagaaccaacagctccttgcgacagcaacaagcataacgtctctttcgagccaaac 22998436  T
Q  460 agtccaacatca 471  Q
    ||||||||||||    
T  22998437 agtccaacatca 22998448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 359 - 471
Target Start/End: Original strand, 7406474 - 7406586
Alignment:
Q  359 tctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaag 458  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||   || | ||  || |||||||| || ||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  7406474 tctaaaatgtggtgtatggaccaaccgtcaacacaaaacgaattcaagaaccaacaactacttgcaacaacaacaagcataacgtctcttttgagccaaa 7406573  T
Q  459 cagtccaacatca 471  Q
     ||||||||||||    
T  7406574 aagtccaacatca 7406586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 34968071 - 34967989
Alignment:
Q  146 tgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||  || |||||||||||||||    
T  34968071 tgacataaaaaaggaatagaaaacagtccaaaagttggaat-acttgca-attccagtctatgtctagtgctcatatatattatt 34967989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Original strand, 13151368 - 13151420
Alignment:
Q  178 agttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  13151368 agttgaaatgtcttgcagatttcagtctttgtcaggtgctcatatatattatt 13151420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 176 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 35004017 - 35003967
Alignment:
Q  176 aaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatat 226  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||    
T  35004017 aaagttagaatgtcttgcagattccagtctatgtcatgtgctcctatatat 35003967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 370 - 544
Target Start/End: Original strand, 19356 - 19532
Alignment:
Q  370 gtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacat 469  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||| || |||||| | |||||||| | ||||| ||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| |||    
T  19356 gtgtaaggacaaaccgtcaacacggaatggatccaagaaccaagaactccttgctacagcaataagtataacgtctctttcgagccaaacagtccagcat 19455  T
Q  470 caggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19456 caggtagactgatgaggattttgaaacctcccccaagttatatagagccaaacttcgtaaaggtgagagattctacc 19532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 273 - 332
Target Start/End: Original strand, 19260 - 19319
Alignment:
Q  273 acataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaa 332  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||    
T  19260 acattaacctaactcaatcaatccacacaaagtgtatgtcaatccaatcggatgatacaa 19319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 268 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 22227 - 21951
Alignment:
Q  268 ggggtacataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatg 367  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||  ||||         ||| ||| || |||||||||    
T  22227 gggggacataaacttaacccagtcaatccacacaaagtgtatgtcaacccaaacaggtgatacaa--aaataaaaacaataccagtggatgtctaacatg 22130  T
Q  368 tggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaac 467  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| || |||||||| |||||||||| | |||||||| |||  || ||||  |||||| |||||||||    
T  22129 tggtgtatggacaaaccgtcaacacggaatgaatcgaagaaccaacaactccttgcgacatcaacaagcctaacatcactttcaagccaaacagtccaac 22030  T
Q  468 atcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||  |||| |||||||||| ||||||| |  |||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22029 atcagacagaccgatgaggattttgaaaccgcatccaagttatatagagtcaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 21951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22325 - 22241
Alignment:
Q  146 tgacataaaaaaggaacggaaaacggtccaaaagttggaatgtcttgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 230  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22325 tgacataaaaaaggaatagaaaatagtccaaaagatggaatgtcctgcagattccaatctatgtcaggtactcatatatattatt 22241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 352 - 544
Target Start/End: Original strand, 93080 - 93273
Alignment:
Q  352 gtgaatttctaacatgtggtgtatggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttg 451  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| |||| | |||||||| || |||||| | |||||||| | | ||||||| |||| |||||||| |    
T  93080 gtgaatgtctaacatacggtgtatggacaaatcgttaacacggaatggatccaagaaccaagaactccttgcaataacaacaagtataacgtctctttcg 93179  T
Q  452 agccaagcagtccaacatcaggtagactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattctacc 544  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  93180 agccaaacagtccaacatcaggtagactgatgatgattttgaaatct-ccccaaattatatagagccaaacttcgtgaaggtgagagattctacc 93273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0625 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0625
Description:

Target: scaffold0625; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 275 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 1422 - 1157
Alignment:
Q  275 ataaacctaacccaatcaattcacacaaagtgtattccaacccaatcgggtgatacaatgaaatnnnnnnnncaccggtgaatttctaacatgtggtgta 374  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||        || ||||| || |||||| |||| ||||    
T  1422 ataaacctaacccagccaatccacacaaagtgtatgccaatccaatcggatgatacaaaaaaataaaaacaacatcggtggatgtctaacgtgtgatgta 1323  T
Q  375 tggacaaaccgtcaacatgtaatggatcaaaaaaccaacagctccttgcgaaagcaacaagcataatgtctcttttgagccaagcagtccaacatcaggt 474  Q
    ||||| || | |||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||| || || || |||||||       
T  1322 tggactaatcatcaacacgaaatggatctaagaaccaacaactccttgcgacaacaacaagcatagtgtctctttcgagcaaaccaatctaacatca--a 1225  T
Q  475 agactgatgaggattatgaaacctcccccaagttatacaaag--aaacttcgtgaaggtgagagattc 540  Q
    ||  |||||   ||| | ||||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||    
T  1224 aggttgatgcaaatttttaaacctctcccaagttatatagtgccaaacttcgtgaaggtgagagattc 1157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University