View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20630_low_13 (Length: 330)

Name: NF20630_low_13
Description: NF20630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20630_low_13
NF20630_low_13
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (10-315)||(39788226-39788531)
chr2 (11-221)||(41644000-41644211)
chr2 (13-221)||(6177905-6178112)
chr2 (11-202)||(15650976-15651167)
chr2 (35-228)||(18947313-18947506)
chr2 (11-221)||(18059072-18059282)
chr2 (10-221)||(41713289-41713499)
chr2 (11-221)||(19073486-19073690)
chr2 (34-202)||(27138749-27138918)
chr2 (8-176)||(38249893-38250057)
chr2 (10-126)||(34441729-34441844)
chr2 (66-221)||(18514442-18514597)
chr2 (26-221)||(18779117-18779304)
chr2 (69-218)||(19093640-19093789)
chr2 (66-165)||(17244836-17244935)
chr2 (11-164)||(42005514-42005667)
chr2 (86-221)||(34441590-34441724)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (11-221)||(22616621-22616828)
chr5 (11-221)||(41417289-41417499)
chr5 (11-221)||(36055585-36055794)
chr5 (11-218)||(33163643-33163849)
chr5 (11-218)||(31878511-31878719)
chr5 (10-221)||(21320878-21321088)
chr5 (14-214)||(27579159-27579357)
chr5 (15-221)||(10237546-10237750)
chr5 (107-221)||(12080444-12080558)
chr5 (105-228)||(13381123-13381246)
chr5 (78-221)||(29766512-29766655)
chr5 (123-221)||(25654589-25654686)
chr5 (105-218)||(33752421-33752534)
chr5 (105-218)||(33848060-33848173)
chr5 (11-69)||(12081129-12081187)
chr5 (11-69)||(25653712-25653770)
chr5 (16-69)||(13887374-13887427)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (11-221)||(32180461-32180671)
chr3 (11-221)||(7568436-7568639)
chr3 (10-221)||(40640341-40640555)
chr3 (11-221)||(19606624-19606834)
chr3 (26-227)||(47930371-47930572)
chr3 (26-221)||(26000675-26000870)
chr3 (51-168)||(45879250-45879367)
chr3 (12-190)||(44880919-44881097)
chr3 (11-221)||(49359339-49359548)
chr3 (11-221)||(38392338-38392548)
chr3 (11-168)||(51878242-51878398)
chr3 (14-165)||(7758190-7758340)
chr3 (105-221)||(47871210-47871326)
chr3 (105-217)||(12121167-12121279)
chr3 (105-192)||(36689674-36689761)
chr3 (108-221)||(40744149-40744262)
chr3 (139-266)||(31706484-31706612)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (11-221)||(2266567-2266776)
chr4 (11-221)||(2570606-2570816)
chr4 (26-221)||(17612477-17612672)
chr4 (11-207)||(2708001-2708196)
chr4 (78-215)||(49878870-49879006)
chr4 (26-221)||(9743731-9743925)
chr4 (11-192)||(1012424-1012596)
chr4 (11-113)||(54995617-54995719)
chr4 (13-69)||(33036064-33036120)
chr4 (116-221)||(47237489-47237594)
chr4 (105-161)||(28292430-28292486)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (11-202)||(13876648-13876839)
chr1 (11-221)||(27118458-27118668)
chr1 (10-228)||(15964227-15964445)
chr1 (11-221)||(16127648-16127855)
chr1 (11-227)||(10758004-10758220)
chr1 (66-227)||(3120566-3120727)
chr1 (92-221)||(16135532-16135661)
chr1 (13-161)||(31804854-31805002)
chr1 (66-221)||(47554938-47555093)
chr1 (51-221)||(25943366-25943536)
chr1 (11-83)||(16132603-16132675)
chr1 (78-227)||(3120178-3120327)
chr1 (64-122)||(43579462-43579520)
chr1 (125-221)||(5500596-5500691)
chr1 (156-221)||(43579520-43579585)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (12-221)||(49002353-49002562)
chr7 (13-175)||(22955068-22955230)
chr7 (10-221)||(4618465-4618676)
chr7 (34-221)||(37854005-37854193)
chr7 (13-191)||(8133299-8133477)
chr7 (28-221)||(4902465-4902658)
chr7 (10-212)||(5781643-5781844)
chr7 (11-221)||(40382016-40382224)
chr7 (13-221)||(23402082-23402289)
chr7 (12-221)||(7743048-7743268)
chr7 (78-227)||(10674961-10675112)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (11-221)||(4108625-4108834)
chr8 (17-227)||(7290853-7291063)
chr8 (11-227)||(3038534-3038749)
chr8 (27-221)||(23176497-23176690)
chr8 (11-157)||(6267279-6267425)
chr8 (10-221)||(18756377-18756588)
chr8 (66-221)||(34685958-34686113)
chr8 (65-221)||(28220743-28220898)
chr8 (66-176)||(30650998-30651108)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (51-260)||(4104184-4104394)
chr6 (17-227)||(34993965-34994175)
chr6 (11-162)||(11083924-11084074)
chr6 (10-227)||(26301626-26301846)
chr6 (15-221)||(19631881-19632087)
chr6 (64-221)||(6613703-6613860)
chr6 (11-136)||(30341152-30341277)
chr6 (116-221)||(3148862-3148966)
chr6 (105-220)||(18306592-18306707)
chr6 (128-221)||(30341461-30341554)
[»] scaffold0200 (1 HSPs)
scaffold0200 (17-221)||(24528-24731)
[»] scaffold0050 (1 HSPs)
scaffold0050 (11-228)||(5718-5933)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (105-165)||(65992-66052)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (10-66)||(12031-12087)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 10 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 39788531 - 39788226
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39788531 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgcactaaaattgaaattccccttaat 39788432  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39788431 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttagagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatactattga 39788332  T
Q  210 ctaaacaaaatactttttcnnnnnnntcagttttcagactgcaccgtagaagtctcaaaaaagtaaccctttgagaatagcactcttcacccaaaagtgc 309  Q
    |||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39788331 ctaaacaaaatactttttcaaaaaaatcagttttcagactgcaccgtagaagtcccaaaaaagtaaccctttgagaatagcactcttcacccaaaagtgc 39788232  T
Q  310 atatag 315  Q
    ||||||    
T  39788231 atatag 39788226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 41644000 - 41644211
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  41644000 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtatccctgattaaatcaaaattaaacatagtttctcatttgtgcactaagattgaaattccccttaata 41644099  T
Q  111 tttc-gtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| ||| |||||||||||     
T  41644100 tttttgtatgaggactgatttgtaataaggtagagtttagttttagagtggtccaccagcatgacactagctgacatgacatcaacaattatattattgg 41644199  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||    
T  41644200 ctaaacaaaata 41644211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 221
Target Start/End: Original strand, 6177905 - 6178112
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatt 112  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  6177905 tgtcattatatatttacttattccaattgtgtccctgattaaatcaaaat-aaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaatttcccttaatatt 6178003  T
Q  113 tcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgacta 212  Q
    | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  6178004 ttgtacgatgactgatttgtaataaggtaaagtttagttctagagtggtccaccaacatgacactagctgacatgacatcggcagttatactattggcta 6178103  T
Q  213 aacaaaata 221  Q
    |||||||||    
T  6178104 aacaaaata 6178112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 202
Target Start/End: Original strand, 15650976 - 15651167
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  15650976 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgttcctgattaaatcaaaattaaacatagaatctcatttgtgcactaaaattgaaattctcctaaata 15651075  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttata 202  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||  |  ||||||||||||| ||||||||    
T  15651076 ttttgtatgaggactgatttgtaataaagtaaagtttaattttagagtggtccaccggtaggacattagatgacatgacatcggcagttata 15651167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 35 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 18947506 - 18947313
Alignment:
Q  35 gcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaa 134  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  18947506 gcaattgtgtccctgattaaatcaaaagtaaacatagattctcatttgtgcattaagattgaaattccccttaatattttgtatgaggactgatttgtaa 18947407  T
Q  135 taaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaatactttttc 228  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |  |  ||||| || | | |||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  18947406 taaggtaaagtttagttttagagtggtacaccagcaggacactagctagcatgatattggccgttatactatcgactaaacaaaataatttttc 18947313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18059282 - 18059072
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    ||||| |||||||  ||||||| ||||||| ||||  || ||| || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  18059282 tgtgttattatatctttacttattgcaattgtgtccttgattagattaaaattaaatatagattctcgtttgtgcactaagattgaaattccccttaata 18059183  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||| |||| |  | |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18059182 ttttgtatgatgactgatttgtaacaaggtaaagtttagttttagagtggtctattagcagcacactagctaacatgacatcgacaattatactattgac 18059083  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  18059082 taaacaaaata 18059072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 41713289 - 41713499
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||   |||||| | ||||| | || ||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  41713289 atgtgtcattatatgtatacttattacaattgtttccctaattaaatcaaaattaaacatagattctcacttgtgcactaaaaatgaaattcccctta-t 41713387  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| || |||| |||||||||||||||| ||||  ||| ||||| |||||||||||| || ||||| |  |||||||| || || | ||||| ||||||    
T  41713388 attttgtgtgaggactgatttgtaataagataaaacttagttttagagtggtccaccaacatgacactagctgacatgatattgataattatactattga 41713487  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||    
T  41713488 ctaaacaaaata 41713499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 19073486 - 19073690
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgt-gaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    |||||||||||||  ||||||| || |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| | | ||| |||||       || |||||    
T  19073486 tgtgtcattatatatttacttattgaaattgtgtccctgattaaatcaaagttaaacatagattctcattttttgcactgaaatt-------cctttaat 19073578  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    ||||  || ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  19073579 attttatacgaggactgatttgtaataaggtaaaatttagttttaaagtggttcaccagcaggacactgactgacatgacatcaacaattatactattga 19073678  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||| ||||||    
T  19073679 ctaaataaaata 19073690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 27138918 - 27138749
Alignment:
Q  34 tgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgta 133  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||    
T  27138918 tgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattcccatttgtgcactaagattgaaattcaccttaatattttgcatgaggacttatttgta 27138819  T
Q  134 ataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacat-gacatcgacagttata 202  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||| ||||| ||||  ||||| | |||||||  |||||| ||||||||    
T  27138818 ataaggtaaaatttaattttagagtagtccatcagcgtgacactagttgacataaacatcggcagttata 27138749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 8 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 38250057 - 38249893
Alignment:
Q  8 atatgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattcccctta 107  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||  |||||  ||||| |  |||| ||||||||||||||||    
T  38250057 atatatgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaatca--gattccaatttgcgctctaagattgaaattcccctta 38249960  T
Q  108 atatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacac 176  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  38249959 atatt--gtatgaggactgatttgtaacaaggtaaaatttagttttagagtggtccaccagcagaacac 38249893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 34441844 - 34441729
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34441844 atgtgtcgttatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaaaattgaaattcccctt-at 34441746  T
Q  110 atttcgtatgagaactg 126  Q
    |||| ||||||| ||||    
T  34441745 attttgtatgaggactg 34441729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 66 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18514597 - 18514442
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||  | |||||| |||||| |||||||| | | ||| ||||||||||    
T  18514597 acatagattctcatttgtgcactaagattgaaatttccattaatattttgtatgatgattgatttataataaagtaaagttcagtcttatagtggtccac 18514498  T
Q  166 cagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  18514497 cagcacgacactagttgacatgacattaacagttatactattagctaaacaaaata 18514442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18779304 - 18779117
Alignment:
Q  26 ttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaact 125  Q
    ||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||        |||||  |||    
T  18779304 ttacttattgcaattgtgttcctgattaaatcaaagttaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaatttccttta--------tatgacgact 18779213  T
Q  126 gatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  |||| ||||||| |  | |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  18779212 gatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtgatcatccagtaggacactagcttacatgacatcggtagttatactattgactaaacaaaata 18779117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 69 - 218
Target Start/End: Original strand, 19093640 - 19093789
Alignment:
Q  69 tagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccag 168  Q
    |||||||  ||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||     
T  19093640 tagattcccatttgtgcagtaagattgaaattctccttaatattttgtaagaggactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtcctccaa 19093739  T
Q  169 caggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaa 218  Q
    || ||||| | |||| || ||||| ||| ||||| |||||| ||||||||    
T  19093740 caagacactagttgagataacatcaacaattatactattgattaaacaaa 19093789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 17244935 - 17244836
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17244935 acatagattctcatttgtgcactaagattgaaattttccttaatattttgtatgaggagtgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccac 17244836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 164
Target Start/End: Original strand, 42005514 - 42005667
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctc-tggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    |||||||||| ||  ||||||| || |||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  |||| ||    
T  42005514 tgtgtcattacatctttacttattgtaattgtgtcccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattttcctt-at 42005612  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtcca 164  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||  ||||  ||| |||||||||||||||    
T  42005613 attttgtatgagagctgatttgtaataaaataaaacttaattttaaagtggtcca 42005667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 86 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34441724 - 34441590
Alignment:
Q  86 actaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgaca 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||| || ||||| |  |||||    
T  34441724 actaaaattgaaattcccctta-tattttgtatgaggactgatttgtaataagataaagcttagttttaaagtgatccaccaacatgacactagctgaca 34441626  T
Q  186 tgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||| | || || ||||| ||||||| ||| ||||||    
T  34441625 tgataacggcaattatactattgaccaaataaaata 34441590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 6e-62; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 22616621 - 22616828
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22616621 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaaaattgaaattccccttaata 22616720  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||   |  |||||||| ||||| |    
T  22616721 ttttgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcaggacactagctgacatga---ctgcagttatactattggc 22616817  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  22616818 taaacaaaata 22616828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 41417499 - 41417289
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  41417499 tgtgtcattttatctttacttattgcaattgtgtcccagattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattccccttatta 41417400  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||       
T  41417399 ttttgtatgatgactgatttgtaataaggtaaaatttagttttaaaatgatccaccagcatgacaccagctgacatgacatcgacagttatactattagt 41417300  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  41417299 taaacaaaata 41417289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 36055794 - 36055585
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||||| |||| | | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  36055794 tgtgtcattatatctttacttattacaattgtgtccccgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattccc-ttaata 36055696  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||  |    
T  36055695 tcttgtatgagaattgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtgggccaccagcacgacactagttgacttgacatcgccagttatactattagc 36055596  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  36055595 taaacaaaata 36055585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 33163643 - 33163849
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||| | ||| |||||||||  ||||||||    
T  33163643 tgtgccattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacataaattctcatgtgtgcattaagattgaaattttccttaata 33163742  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  33163743 ttttgtatgaagactgatttgtaataaggtaaagtttagttttaaagtggtcca-cagcatgacactagctgacatgacatcggcagttatactattgac 33163841  T
Q  211 taaacaaa 218  Q
    ||||||||    
T  33163842 taaacaaa 33163849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 11 - 218
Target Start/End: Original strand, 31878511 - 31878719
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  |||||||   ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  31878511 tgtgtcattatatctttacttatgacaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattcctatttgtgcactaagattgaaattcttcttaata 31878610  T
Q  111 tttc-gtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  || || |||||||||||||||| |||||     
T  31878611 tttttgtatgggaactgatctgtaataaggtaaagtttaattttagagtggtccaccaacaggacactagctggcacgacatcgacagttatactattgg 31878710  T
Q  210 ctaaacaaa 218  Q
     ||||||||    
T  31878711 ttaaacaaa 31878719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Original strand, 21320878 - 21321088
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    |||| |||||||||  ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||    
T  21320878 atgtatcattatatctttacttattacaattgtgtctctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgagcactaaaattgaaatttcgcttaat 21320977  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||||| ||||| | || ||||||||||| |||| |  || ||||| |||| |||||||| |||||     
T  21320978 attttgtatgaggattgatttgtaggaaggtaaagtttagttttaga-tgatccaccagcagaacactagctggcatgaaatcgtcagttatactattgg 21321076  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||    
T  21321077 ctaaacaaaata 21321088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 214
Target Start/End: Original strand, 27579159 - 27579357
Alignment:
Q  14 gtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatattt 113  Q
    ||||||||||  ||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||  | |  ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  27579159 gtcattatatctttatttattgcaattgtgtctctaattaaatcaaaagtaaacatatttcc--atttgtgcactaagattgaaattctccttaatattt 27579256  T
Q  114 cgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaa 213  Q
     || | || | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||| |  | |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27579257 tgtttaaggaatgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagtagaacactagctaacatgacatcgacagttatattattgtctaa 27579356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 10237546 - 10237750
Alignment:
Q  15 tcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttc 114  Q
    |||||||||  ||||||| | ||||| |||| | | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  10237546 tcattatatatttacttattccaattgtgtcccagattaaatcaaaat-aaacatagattctcatttgtacactaagattgaaatttcccttaatatttt 10237644  T
Q  115 gtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaa 214  Q
    ||| ||  ||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||| || ||||  |  ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  10237645 gtacgatgactaatttgtaataaggtaaagtttagttctagagtggtctaccaacatgacattagctgacatgacatcgac-gttatactattggctaaa 10237743  T
Q  215 caaaata 221  Q
    |||||||    
T  10237744 caaaata 10237750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 107 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 12080558 - 12080444
Alignment:
Q  107 aatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattat 206  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| ||| |||| ||||    
T  12080558 aatattttgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttagtcttaaagtggtccaccagcaggacactagctgacatgacatcaacaattatgttat 12080459  T
Q  207 tgactaaacaaaata 221  Q
     ||||||||||||||    
T  12080458 cgactaaacaaaata 12080444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 228
Target Start/End: Original strand, 13381123 - 13381246
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||   ||| || ||||||||||||| |||| |  |||||||||||| ||||||||| |    
T  13381123 ttaatattttgtatgaggattgatttataataaggtaaagtttagccttagagaggtccaccagcagaacactagctgacatgacatcaacagttatact 13381222  T
Q  205 attgactaaacaaaatactttttc 228  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  13381223 attgactaaacaaaataatttttc 13381246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 78 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 29766655 - 29766512
Alignment:
Q  78 atttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacacc 177  Q
    ||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||| || ||||     
T  29766655 atttgtgcattaagatttaaattccccttaatattttgtatgagaactaatttgtaataaggtaaagtttagtcttagagtggtccatcagtagaacact 29766556  T
Q  178 aattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    | |||||||| |||  ||||||||| |||||  |||| ||||||    
T  29766555 agttgacatggcattaacagttatactattggataaataaaata 29766512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 221
Target Start/End: Original strand, 25654589 - 25654686
Alignment:
Q  123 actgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  |  |||| | ||||||| ||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  25654589 actgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccatcaataatacactagttgacat-acatcaacaattatactattggttaaacaaaata 25654686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33752534 - 33752421
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||| |||| || ||||  |  | ||||| |||  ||| |||||||    
T  33752534 ttaatattttgtatgaggattgatttttaataaggtaaagtttagtcttagagtagtctaccaacatgacagtagctcacatgtcattaacaattatatt 33752435  T
Q  205 attgactaaacaaa 218  Q
    ||||||||||||||    
T  33752434 attgactaaacaaa 33752421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33848173 - 33848060
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||| | ||||| ||||| |  | ||||| |||  ||| |||||||    
T  33848173 ttaatattttgtatgaggattgatttttaataaggtaaagtttagtcttagagtagtctatcagcatgacactagcttacatgtcattaacaattatatt 33848074  T
Q  205 attgactaaacaaa 218  Q
    ||||| ||||||||    
T  33848073 attgattaaacaaa 33848060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 12081187 - 12081129
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacat 69  Q
    |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  12081187 tgtgtccttatatctttacttattgcaattaagtccctgattaaatcaaaattaaacat 12081129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 69
Target Start/End: Original strand, 25653712 - 25653770
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacat 69  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  25653712 tgtgtcattatatctttacttattgcaactatttccctgattaaatcaaaattaaacat 25653770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 69
Target Start/End: Original strand, 13887374 - 13887427
Alignment:
Q  16 cattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacat 69  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||  || |||||||||||||||||||    
T  13887374 cattatatttttacttattgcaattgtgtccttgattaaatcaaaattaaacat 13887427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 9e-61; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 32180671 - 32180461
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  32180671 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagatttccatttgtgcactaagattgaaattccccttaata 32180572  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |   |||||||||||  |||||||| ||||| |    
T  32180571 ttttgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcaggacactagccgacatgacatcagcagttatactattggc 32180472  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  32180471 taaacaaaata 32180461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7568639 - 7568436
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  7568639 tgtgtcattatatctttacttattacaattgtgtctctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattccccttaata 7568540  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| |||||||||||       |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |  |||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  7568539 ttttgtatgaggactgatttgta-------aaagtttagttttagagtggtccaccagcagaacactagctgacataaaatcgacagttatactattgac 7568447  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  7568446 taaacaaaata 7568436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 40640555 - 40640341
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttactta---ctgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattcccctt 106  Q
    ||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  40640555 atgtgtcattatatttttacttattgctgcaattgtgtccttgattaaatcaaaattaaagatatattctcatttgtgcactaaaattgaaattctcctt 40640456  T
Q  107 aatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattat 206  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| || ||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||| |||    
T  40640455 aatattttgtatgaggactgatttgtaataaaataaagtttagttttagagtgatctaccagcagggcaccagttgacatgacataggcacttatactat 40640356  T
Q  207 tgactaaacaaaata 221  Q
    |||||||||||||||    
T  40640355 tgactaaacaaaata 40640341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 19606834 - 19606624
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||   ||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  19606834 tgtgtcattatatctttacttgttgcaatcgtgtcccttattaaatcaaaattaaacatagatttccatttgtgcaccaagattgaaattccccttaata 19606735  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||| | || ||| |||||||    
T  19606734 ttttgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccacgagcaggacactagctgacatgacatcggcggtaatactattgac 19606635  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  19606634 taaacaaaata 19606624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 26 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 47930572 - 47930371
Alignment:
Q  26 ttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaact 125  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |||    
T  47930572 ttacttattgcaattgtgtccctcattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattccccttaatattttgtataatgact 47930473  T
Q  126 gatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaatacttt 225  Q
    |||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| |||    
T  47930472 gatttgtaataaagtaaagcttagttttagagtggtccactaacaggacactaactgatatgacatcggcagttatactattagctaaacaaaataattt 47930373  T
Q  226 tt 227  Q
    ||    
T  47930372 tt 47930371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Original strand, 26000675 - 26000870
Alignment:
Q  26 ttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaact 125  Q
    ||||||| ||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||    
T  26000675 ttacttattgcaattgtgtcattgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaaaattgaaatttcccttaatattttgtatgagtact 26000774  T
Q  126 gatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||| |  |  |||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  26000775 gatttgtaataaagtaaagtttagttttagagtggtctatcagtaggatagtagctgacatgatatcgacagttatactattgattcaacaaaata 26000870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 51 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 45879367 - 45879250
Alignment:
Q  51 ttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatt 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  45879367 ttaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaacattgaaattcccctttatattttgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttagc 45879268  T
Q  151 tttaaagtggtccaccag 168  Q
    ||||||||||||||||||    
T  45879267 tttaaagtggtccaccag 45879250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 190
Target Start/End: Original strand, 44880919 - 44881097
Alignment:
Q  12 gtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatat 111  Q
    ||||||||||||  ||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  44880919 gtgtcattatatctttacttattacaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattcacatttgtgcactaggattgaaattccccttaatat 44881018  T
Q  112 ttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgaca 190  Q
    ||  |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||  |||||| |||| || ||||||||||    
T  44881019 tttatatgaggattgatttgtaataaggtaaagtttagttttagattggtccgtcagcagaacactaactgacatgaca 44881097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 49359548 - 49359339
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  49359548 tgtgtcattatatctttacttaatgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagatttctatttgtgcactaagattgaaattccctttaata 49359449  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| | ||||| ||||  ||||||| |  |||||||||||||   |||||| || || |    
T  49359448 ttttgtatgaggactgatttataataaggtaaagttta-gtttagattggtctaccactaggacactagctgacatgacatcggttgttatactaatggc 49359350  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  49359349 taaacaaaata 49359339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 38392548 - 38392338
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||| ||||||||| |||||||||    
T  38392548 tgtgtcattatatatttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattttcatttatgcactaagattgaaatttcccttaata 38392449  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |  ||| ||||| || ||||| |  ||| |||| |||  |||||||||||||| |    
T  38392448 ttttgtaagatgactgatttgtaataatgtaaaatttagttttagaacggttcaccaacatgacactagctgatatgatatcagcagttatattattggc 38392349  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  38392348 taaacaaaata 38392338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 168
Target Start/End: Original strand, 51878242 - 51878398
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||||    
T  51878242 tgtgttattatattgttacttattgcaattgtgtctccgattaaataaaaattaaacatagattctcatttatgcactaagattgaaatt-ctcttaata 51878340  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccag 168  Q
    ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||    
T  51878341 ttttgtatgagtactgaattgtaataaggtaaagtttaattttagagtgacccaccag 51878398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 7758340 - 7758190
Alignment:
Q  14 gtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatattt 113  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  7758340 gtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctaattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattcccctt-atattt 7758242  T
Q  114 cgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
     ||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  7758241 tgtatgaagactgatttgtaaaaagataaagcttagttttagagtgctccac 7758190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 221
Target Start/End: Original strand, 47871210 - 47871326
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||| |  |||||||||| | ||| |||| |||  ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  47871210 ttaatattttatatgaggactgatttgtaacattgtaaagtttaatcttagagtgatccggcagcaggacactagttgacatgacatcaacagttatatt 47871309  T
Q  205 attgactaaacaaaata 221  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  47871310 attggctaaataaaata 47871326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12121279 - 12121167
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    ||||||||| |||| || | | |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||| |||  |  ||||||| |||| |||| ||||||    
T  12121279 ttaatattttgtataaggagttatttgtaataaggtaaagtttagtcttatagtggttcaccatcagaacattagctgacatggcatcaacagatatatt 12121180  T
Q  205 attgactaaacaa 217  Q
    |||||| ||||||    
T  12121179 attgacaaaacaa 12121167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 192
Target Start/End: Original strand, 36689674 - 36689761
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatc 192  Q
    ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||| || || ||||| |  ||||||||||||    
T  36689674 ttaatattttgtatgaggacttatttgtaataaagtaaagtttagttttacggtggtccatcaacaagacactagctgacatgacatc 36689761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 40744262 - 40744149
Alignment:
Q  108 atatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattatt 207  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||| |||| || || |  |||| |||| || |||||  ||||    
T  40744262 atattttgtatgaggattgatttgtaataaggtaatgtttagtcttagagtggtctaccagtaggatactaactaccatggcatcaaccgttatgctatt 40744163  T
Q  208 gactaaacaaaata 221  Q
    | ||||||||||||    
T  40744162 ggctaaacaaaata 40744149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 31706612 - 31706484
Alignment:
Q  139 gtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaat-actttttcnnnnnnntc 237  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||| || |||||||| | || |||||||||| | | ||||| |||||| |||||||||| ||||||||       ||    
T  31706612 gtaaagtttagtcttagagtggtccatcaacaggacactagttaacatgacatcaaaaattatactattgattaaacaaaataactttttcaaaaaagtc 31706513  T
Q  238 agttttcagactgcaccgtagaagtctca 266  Q
    ||||||  ||||||||||| |||| ||||    
T  31706512 agttttttgactgcaccgttgaagcctca 31706484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 2266776 - 2266567
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||| || || |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  2266776 tgtgtcattatatctttacttattgcaactatgactttgattaaatcaaaattaaacatagattcccatttgtgcactaagattgaaatttcccttaata 2266677  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  2266676 ttttgtatgaggactgatttgtaataatgtaaagttta-ttttagaggggtccaccagcaggacactagctgacatggcatcgacagttatactattggc 2266578  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  2266577 taaacaaaata 2266567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 2570606 - 2570816
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||| ||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  2570606 tgtgtcattatatctttatttattgcaattgtgtccctaattaaatcaaaagtaaacatagatttccatttgtgcactaagattgaaattcaccttaata 2570705  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| || |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |  | |||||||||||||| ||||||||||| |    
T  2570706 ttttgtttgaggaatgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcagaacactagctaacatgacatcgacaattatattattgtc 2570805  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||| ||||    
T  2570806 taaacataata 2570816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Original strand, 17612477 - 17612672
Alignment:
Q  26 ttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaact 125  Q
    ||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||   |||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||    
T  17612477 ttacttattgcaattatgtcctagattaaatcaaaattaaacatagattgccatttgtgtgctaagattgaaattcccctttatattttctatgaggact 17612576  T
Q  126 gatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
     ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  17612577 aatttgtaataaggtaaaatttagttttagagtggtccaccaacaggacactagctgacatgacatcgacagttatactattggctaaataaaata 17612672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 207
Target Start/End: Original strand, 2708001 - 2708196
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||  ||    
T  2708001 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgagtccctgattaaatcaaaattaaacatggattctcatttgtgcactaagattgaaattcccctt-cta 2708099  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattatt 207  Q
    ||| |||||||  ||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||| || ||||| |  |||||||| |||| || ||||| ||||    
T  2708100 ttttgtatgagggctgatttgtaataagataaagcttagttttagagtggtccaccaacatgacactagctgacatgatatcggcaattatactatt 2708196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 78 - 215
Target Start/End: Original strand, 49878870 - 49879006
Alignment:
Q  78 atttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacacc 177  Q
    ||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||| |||||     
T  49878870 atttgtgcattaagattgaaatttcccttaatattttgtatgatgactgatttataataaggtaaagtttagtcttagaatggtccaccagca-gacact 49878968  T
Q  178 aattgacatgacatcgacagttatattattgactaaac 215  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  49878969 agttgacatgacatcaacaattatatcattgactaaac 49879006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Original strand, 9743731 - 9743925
Alignment:
Q  26 ttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagat--tctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaa 123  Q
    ||||||| |||||||||||   || |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||| ||||| ||| |  ||||||||||||||| ||||||| |    
T  9743731 ttacttattgcaattatgttcttgattaaatcaaaattaaacatatatattctcatttgtgcactaagatttatgttccccttaatattttgtatgagga 9743830  T
Q  124 ctgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||| ||||| |||| |||||   |||||||| | || ||||||| | |||| |||||||||||  |||||||||||    
T  9743831 ctggtttgtaataatgtaaaatttagttttagagtgatccac---caggacactagttaacatgacgttgacaattatattattggttaaacaaaata 9743925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 11 - 192
Target Start/End: Original strand, 1012424 - 1012596
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaatta-tgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||        
T  1012424 tgtgtcattatatctttacttattgcaatttgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattcctatttgtgcactaaaattgaaattcccct---- 1012519  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatc 192  Q
          |||||  | ||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||    
T  1012520 ------tatgaagattgatttgtaataaggtaaaatttagttttagaatggtccactagcagtacactagctgacatgacatc 1012596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 54995719 - 54995617
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  54995719 tgtgtctttatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaatatagattcttatttgtgtactaagattgaaattccccctaata 54995620  T
Q  111 ttt 113  Q
    |||    
T  54995619 ttt 54995617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 33036120 - 33036064
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacat 69  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  33036120 tgtcattatatctttacttattgcaattgagtctctgattaaatcaaaattaaacat 33036064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 221
Target Start/End: Original strand, 47237489 - 47237594
Alignment:
Q  116 tatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaac 215  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||  | |||||| |||| || ||||||| |||| ||||||||   ||||||||||     
T  47237489 tatgaggaccgatttgtaataaggaaaagtttagacttaaaatggtttatcagcagtacactaactgacatggcatcaacagttatcaaattgactaaag 47237588  T
Q  216 aaaata 221  Q
    ||||||    
T  47237589 aaaata 47237594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 28292486 - 28292430
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggt 161  Q
    ||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  28292486 ttaatattttgtatgattattgatttgtaataaggtaaagtttagtcttagagtggt 28292430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 13876839 - 13876648
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||| | ||  || |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  13876839 tgtgtcattatatttttagttattgcaattgtatccttgattaaatcaaaattaaacatagattcccatttgtgcactaatattgaaattccccttaata 13876740  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttata 202  Q
    ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  13876739 ttttgtatgagtaccgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcatgacactagctgacatgacatcgacagttata 13876648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 27118458 - 27118668
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  27118458 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcattcgtgcactaagattgaaattccccttaata 27118557  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||  | |  |||| |||||| || |||||||||||||||    
T  27118558 ttttgtatgatgactgatttgtaataaggtaaagtatagttttagagtgatccaccagcaggatcctagctgacgtgacattgatagttatattattgac 27118657  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||| ||||    
T  27118658 taaacacaata 27118668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Original strand, 15964227 - 15964445
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||  ||||| |   ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  15964227 atgtgtcattatatacttactgatatcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattcacatttgtgcactaagattgaaattccccttaat 15964326  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||  || ||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||     
T  15964327 attttatatgaggactgatttgtaataaggtaaaatttagttttagagtggtacattagtaggacactagctgacatgacatcgacagttatactattgg 15964426  T
Q  210 ctaaacaaaatactttttc 228  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  15964427 ctaaacaaaataatttttc 15964445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 16127648 - 16127855
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||  ||| |||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  16127648 tgtgtcattatatgtttacttattgcaatt--gtccctgaataaatcaaa-ttaaacatagattctcatttgtgcactaagattgagattccccttaata 16127744  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    |||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  16127745 ttttaaatgaggactggtttgtaataaggtaaagtttagttttaaagtagtccacctgcaggacactaactgacataacatcgacagtaatactattgac 16127844  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||| ||||||    
T  16127845 taaataaaata 16127855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10758220 - 10758004
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||    
T  10758220 tgtgtcattatatttttacttattgcaattgtgtccctaattaaatcaaaattaaacatatattctcatttgtgcactaagattgaaatttctcttaata 10758121  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    |||  |||||  |||||  |||||||| | ||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||| || | |||| |||||| |||||||| ||||  |    
T  10758120 ttttatatgatgactgaagtgtaataaagcaaaatttagttttagagtgatccaccagcaggacactaactcacataacatcggcagttatactattagc 10758021  T
Q  211 taaacaaaatacttttt 227  Q
    ||||||||||| |||||    
T  10758020 taaacaaaataattttt 10758004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 66 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3120727 - 3120566
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3120727 acatagattcacatttgtgcattaaaattgaaataccccttaatatattgtatgaggactgatttgtaataaggtaaagtttaatcttagagtggtccac 3120628  T
Q  166 cagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaatacttttt 227  Q
    ||  ||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  3120627 caagaggacactaattgacatagcatcaacagttatattattggttaaacaaaataattttt 3120566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 221
Target Start/End: Original strand, 16135532 - 16135661
Alignment:
Q  92 attgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacat 191  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||    
T  16135532 attgaaattctcattaatattttgtatgagaactgatttgtaatagggtaaagtttagttttagagtggtccaccagtatgacactagttgacatgacat 16135631  T
Q  192 cgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  16135632 cgacagttatactattagctaaacaaaata 16135661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31805002 - 31804854
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatt 112  Q
    |||||||||||  ||||||  || |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  31805002 tgtcattatatctttacttcttgaaattgtgtcactgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttatgcactaagattgaaatttcccttaatatt 31804903  T
Q  113 tcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggt 161  Q
    |  |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  31804902 ttatatgagaattggtttgtaataaggtaaagtttaattttatagtggt 31804854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 221
Target Start/End: Original strand, 47554938 - 47555093
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||    
T  47554938 acatagattctcatttgtgcactaagatttaaattcctcttaatattttgtatgatgactgatttgtaataaggtaaagtttactcttagagtggtctac 47555037  T
Q  166 cagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
     |||||||||| | |||||||| | || ||||||||| |||||  |||||||||||    
T  47555038 tagcaggacactagttgacatggcctcaacagttatactattggttaaacaaaata 47555093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Original strand, 25943366 - 25943536
Alignment:
Q  51 ttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatt 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||| | |||||||||| ||| ||  |||||||||||||||| |||| |||| |    
T  25943366 ttaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcaataagattgaaatttctcttaatattttgtacgatgactgatttgtaataagataaaatttagt 25943465  T
Q  151 tttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
      || |||||||||||| ||| |  | | ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  25943466 agtagagtggtccaccaacagaatgctagttgacatgagatcgacaattatactattggctaaacaaaata 25943536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 83
Target Start/End: Original strand, 16132603 - 16132675
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgt 83  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16132603 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtctctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgt 16132675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 3120327 - 3120178
Alignment:
Q  78 atttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacacc 177  Q
    ||||||| ||||| ||| |||| || |||||||  | ||||| | ||||||||||||||| |||||||| | | ||| | |||||||||| || |||||     
T  3120327 atttgtgcactaagattaaaatacctcttaataaattgtatgtggactgatttgtaataaagtaaagttaagtcttagaatggtccaccaacatgacact 3120228  T
Q  178 aattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaatacttttt 227  Q
    | ||||||||  ||| ||||||||||||||   ||||||||||| |||||    
T  3120227 agttgacatggtatcaacagttatattatttgataaacaaaataattttt 3120178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 122
Target Start/End: Original strand, 43579462 - 43579520
Alignment:
Q  64 aaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgaga 122  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  43579462 aaacatagattcttatttgtgcactaagattgaaattctccttaatattttgtacgaga 43579520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 221
Target Start/End: Original strand, 5500596 - 5500691
Alignment:
Q  125 tgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||| ||||| | ||| |||| |  |||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||    
T  5500596 tgatttataataaggtaaaatttagttttagagtgatccacga-cagaacactagctgacatgacatcgatagttatactattagctaaacaaaata 5500691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 221
Target Start/End: Original strand, 43579520 - 43579585
Alignment:
Q  156 agtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    |||||||||||||||| |||  | |||||||| |||  || |||||| ||||||||||||||||||    
T  43579520 agtggtccaccagcagaacattagttgacatggcattaacggttatactattgactaaacaaaata 43579585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 12 - 221
Target Start/End: Original strand, 49002353 - 49002562
Alignment:
Q  12 gtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatat 111  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  49002353 gtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtgtctgattaaatcaaaattaaacatagattcccatttgtgcactaagattaaaattccccttaatat 49002452  T
Q  112 ttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgact 211  Q
    || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  ||  |||||||||||| ||||| |||||| |    
T  49002453 tttgtatgaggactgatttgtaatgaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcaggacattagctgctatgacatcgacaattatactattgatt 49002552  T
Q  212 aaacaaaata 221  Q
    ||| ||||||    
T  49002553 aaataaaata 49002562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 22955230 - 22955068
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatt 112  Q
    ||||||| |||  ||||||| ||||||| |||| ||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22955230 tgtcattgtatctttacttattgcaattgtgtcccttattaaatcaacattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaatttcccttaatatt 22955131  T
Q  113 tcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggaca 175  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  22955130 ttgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcaggaca 22955068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4618676 - 4618465
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||| | |  ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  4618676 atgtgtcattatatatttatttattgcaattgtatacctcattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcaccaagattgaaattccccttaat 4618577  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  |  | ||||||||||||||||||||  ||||     
T  4618576 attttgtatgatgactgatttgtagtaagataaagtttagttttagagtggtccaccagcagaacattagctcacatgacatcgacagttataccattgg 4618477  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
     |||||||||||    
T  4618476 ttaaacaaaata 4618465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37854193 - 37854005
Alignment:
Q  34 tgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactg-atttgt 132  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||     
T  37854193 tgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattttcatttgtacactaagattgaaattccccttaatattttgtatgaggactgaatttgg 37854094  T
Q  133 aataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||| |  |||| ||||| | || |||||| ||||||||||||||||||    
T  37854093 aataaagtaaagtttaattttagagtggtccaccaacaagacactagctgacgtgacacctacggttatactattgactaaacaaaata 37854005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 8133477 - 8133299
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatt 112  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||||  ||| ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  8133477 tgtcattatatcattacttattgcaattgcgtccctaattaaatcaaaattaaacgtagattcttatttgtgcagtaagattgaaattccccttaatatt 8133378  T
Q  113 tcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacat 191  Q
    |   ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||  |||||||||||    
T  8133377 ttacatgaagactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggttcaccagcaagacaccagctgacatgacat 8133299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 221
Target Start/End: Original strand, 4902465 - 4902658
Alignment:
Q  28 acttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactga 127  Q
    ||||| ||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  | || || ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |    
T  4902465 acttattgcaatagtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattccaaattatgcactaagatagaaattccccttaatattttgtatgagtactaa 4902564  T
Q  128 tttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||  ||||||||  || | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  4902565 tttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtttactggcaggacaataactaacatgatatcggcagttatactattgactaaacaaaata 4902658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 10 - 212
Target Start/End: Original strand, 5781643 - 5781844
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||    
T  5781643 atgtgtcattatatctttatttattgcaattgtgtccttgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaatt-ccctttat 5781741  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||| || ||||| |  |||||||| |||| || ||||| ||||||    
T  5781742 attttgtatgatgactgatttgtaataaagtaaaacttagttttaaagtggtgcaccaacatgacactagctgacatgatatcggcaattatactattga 5781841  T
Q  210 cta 212  Q
    |||    
T  5781842 cta 5781844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 40382016 - 40382224
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaatta-tgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    |||||||||||||  ||||||| | |||||  |||| ||  |||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  40382016 tgtgtcattatatctttacttattacaatttgtgtccctaattaaataaaaattaaacatagattatcatttgtgcactaagattgaaatttcccttaat 40382115  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||   | ||||||||||   |||||||||||||      
T  40382116 attttgtatgcggactgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtgcactagcaggacac---tagacatgacatttgcagttatattattag 40382212  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||| ||||||    
T  40382213 ctaaaaaaaata 40382224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23402289 - 23402082
Alignment:
Q  13 tgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatt 112  Q
    |||||||||||  ||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||    
T  23402289 tgtcattatatatttacttatttcaattgtgtccctgattaaatcaaaat-aaacattgattctcatttgtgcactaagactgaaatttcccttaatatt 23402191  T
Q  113 tcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgacta 212  Q
    | ||| ||  |||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| ||| || ||||| |  |||||| |||||| |||||||| ||||| |||    
T  23402190 ttgtacgatgactgatttgtaataggataaagtttagttttagagtggtcccccaacatgacactagctgacataacatcggcagttatactattggcta 23402091  T
Q  213 aacaaaata 221  Q
    |||||||||    
T  23402090 aacaaaata 23402082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 221
Target Start/End: Original strand, 7743048 - 7743268
Alignment:
Q  12 gtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttg-----------tgaactaaaattgaaatt 100  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||| || | ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||           |  ||||| ||||||||     
T  7743048 gtgtcattatatctttacttattgcaattgtgcccctgattaaattaaaattaaacatagattctcatttgttttccatttatacactaagattgaaatg 7743147  T
Q  101 ccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagtta 200  Q
    | | |||||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||  |||  |   |||||||||||||||||||    
T  7743148 ctctttaatattttatatgagggctgctttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccatcaacattacattagccgacatgacatcgacagtta 7743247  T
Q  201 tattattgactaaacaaaata 221  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  7743248 tactattgactaaacaaaata 7743268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 78 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10675112 - 10674961
Alignment:
Q  78 atttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacacc 177  Q
    ||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| | ||| |||| ||||| ||||| ||||     
T  10675112 atttgtgtattaagatttaaattccccttaatattttgtatgaggactaatttgtaataaagtaaagtttagtcttagagtgatccacaagcagaacact 10675013  T
Q  178 aatt--gacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaatacttttt 227  Q
    | ||  |||||| |||  ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  10675012 agttgagacatggcattaacagttatactattgaataaacaaaataattttt 10674961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4108834 - 4108625
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4108834 tgtgtcgttatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaaaattgaaattcccctt-ata 4108736  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| | || || |||||||||||||    
T  4108735 ttttgtatgaagactgttttgtaataagataaagcttagttttaaagtggtccaccaacatgacactagctgacatgataacggcaattatattattgac 4108636  T
Q  211 taaacaaaata 221  Q
    |||||||||||    
T  4108635 taaacaaaata 4108625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Original strand, 7290853 - 7291063
Alignment:
Q  17 attatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgt 116  Q
    |||||||  ||||||| ||||||| | |  ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  7290853 attatatctttacttattgcaattgtattcctgattaaatcaaaattagacatagattttcatttgtgcactaagattgaaattcctcttaatattttgt 7290952  T
Q  117 atgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaaca 216  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||| | |||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  7290953 atgaggattgatttgtaataagataaagtttagttttagagtggttcacaaacaggacactagttgatatgacatcgacagttatactattgcctaaaca 7291052  T
Q  217 aaatacttttt 227  Q
    ||||| |||||    
T  7291053 aaataattttt 7291063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 11 - 227
Target Start/End: Original strand, 3038534 - 3038749
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||  |||| || ||||| |||||||||||| ||||||    
T  3038534 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacttagattcccatttatgcactaagattgaaattccc-ttaata 3038632  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||   |||||||||||||  || || || ||||| |    
T  3038633 ttttgtatgatgattgatttgtaataaggtaaagtttagttttagagtggtccaccagcaagacacttgttgacatgacatcagcaattctactattggc 3038732  T
Q  211 taaacaaaatacttttt 227  Q
    ||||||||||| |||||    
T  3038733 taaacaaaataattttt 3038749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 23176690 - 23176497
Alignment:
Q  27 tacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactg 126  Q
    |||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||     
T  23176690 tacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaattcccctt-atattttgtatgaggacta 23176592  T
Q  127 atttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| || || ||||| |  |||||||| ||||  | ||||| |||||| |||||||||||    
T  23176591 atttgtaataagataaagcttagttttagagtggtccatcaacatgacactagctgacatgatatcggaaattatactattgaataaacaaaata 23176497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 6267425 - 6267279
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    ||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  6267425 tgtgttattatatctttacttattgcaattatgtccttgattaaatcaaaattaaacatagatttgcatttgtgcactaagattgaaattccccttaata 6267326  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaag 157  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  6267325 ttttgtatgatgactgatttgtaataagataaagtttagttttaaag 6267279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18756588 - 18756377
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaat 109  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||  || || ||| |||| ||| |||| ||||   |||||| ||||| |||  |||||||||||||    
T  18756588 atgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccatgattcaattaaaagtaagcatatattcccctttgtgcactaagattttaattccccttaat 18756489  T
Q  110 atttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattga 209  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||  |  | |||| |||||| || |||||||||||     
T  18756488 attttgtatgaggacagatttgtaataaggtaaagattagttttagagtggtccaccagtaggacattagctaacataacatcggcaattatattattgg 18756389  T
Q  210 ctaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||    
T  18756388 ctaaacaaaata 18756377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 66 - 221
Target Start/End: Original strand, 34685958 - 34686113
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||| ||    
T  34685958 acatatattctcatttgtgcactaagactgaaatttcccttaatattttgtatgaggactgatttgtaataaagtaaagtttagtcttagagtggtctac 34686057  T
Q  166 cagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    | |||||||||   ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  34686058 cggcaggacactgcttgacatgacattaacagttatactattaactaaaaaaaata 34686113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28220898 - 28220743
Alignment:
Q  65 aacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtcca 164  Q
    ||||||||||||  |||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||    
T  28220898 aacatagattctcttttgtacactaagattgaaattcccctta-tattttgtatgaggactgatttgtaataagataaagcttagttttagagtggtcca 28220800  T
Q  165 ccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||| || ||||  |    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  28220799 ccaacatgacattagcaaacatgatatcgacaattatactattgactaaacaaaata 28220743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 30651108 - 30650998
Alignment:
Q  66 acatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  30651108 acatagattttcatttgtgcactaagattaaaattcctcttaatatttagtatgatgactgatttgtaataaggtaaagtttaatcttagagtggtccac 30651009  T
Q  166 cagcaggacac 176  Q
    |||||| ||||    
T  30651008 cagcagaacac 30650998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 260
Target Start/End: Original strand, 4104184 - 4104394
Alignment:
Q  51 ttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatt 150  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||||||| |    
T  4104184 ttaaatcaaaattaaacataaattcccatttgtgcactaagattgaaattctccttaatattttgtatgaagattgatttgtaataaggcaaagtttagt 4104283  T
Q  151 tttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaat-actttttcnnnnnnntcagttttcagact 249  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||| ||||||||       ||||||||| ||||    
T  4104284 tttagagtggtccaccagcacgacactaactgacatgacatcgacaattatactattgacaagacaaaataactttttcaaaaaagtcagttttctgact 4104383  T
Q  250 gcaccgtagaa 260  Q
    |||| ||||||    
T  4104384 gcacagtagaa 4104394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Original strand, 34993965 - 34994175
Alignment:
Q  17 attatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgt 116  Q
    |||||||  ||||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  34993965 attatatctttacttattacaattgtgtccttgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttatgcactaagattgaaattccccttaatattttat 34994064  T
Q  117 atgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaaca 216  Q
    || ||||||||||||||||||| || | |||| ||||| | | ||||||||||| ||||| |   ||||||||||| ||| ||||  ||||| |||||||    
T  34994065 ataagaactgatttgtaataagatacaatttagttttagaatagtccaccagcatgacactagccgacatgacatcaacacttattatattggctaaaca 34994164  T
Q  217 aaatacttttt 227  Q
    ||||| |||||    
T  34994165 aaataattttt 34994175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 11 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 11084074 - 11083924
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| ||||||||||||||| |||    
T  11084074 tgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtctctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgttcattaagattgaaattcccctt-ata 11083976  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtc 162  Q
    ||| |||| || |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||    
T  11083975 ttttgtataaggactgatttgtaataagataaagcttagttttagagtggtc 11083924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 26301846 - 26301626
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattcccctta-- 107  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||      
T  26301846 atgtgtcattatatctttacttattgcaattgtgtccctgattaaatcaaaattaaacatagattctcatttgtgtactaagattgaaattccctttata 26301747  T
Q  108 -atatttcgtatgagaactgatttgt-aataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatta 205  Q
     |||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||| ||||| |||||| || ||||| |   ||||||| |||| || |||||  |    
T  26301746 tatattttgtatgagaactgatttgtaaataagataaaacttaattttagagtggcccaccaacatgacactagccgacatgatatcggcaattata-ca 26301648  T
Q  206 ttgactaaacaaaatacttttt 227  Q
    ||||||||| |||||| |||||    
T  26301647 ttgactaaataaaataattttt 26301626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 19631881 - 19632087
Alignment:
Q  15 tcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttc 114  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||     
T  19631881 tcattatatctttacttattgcaatcgtgtctctgattaaatcaaaattaaaaataaattctcatttgtgcactaagattgaaattcccctcaatattt- 19631979  T
Q  115 gtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggaca--ccaattgacatgacatcgacagttatattattgacta 212  Q
     | |||| |   |||  ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  19631980 -tgtgaggatcaattaataataaggtaaaacttagttttagagtggtccaccagcaggacactcctggtgacatgacatcgacagttatactattgtcca 19632078  T
Q  213 aacaaaata 221  Q
    |||||||||    
T  19632079 aacaaaata 19632087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 64 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6613860 - 6613703
Alignment:
Q  64 aaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtcc 163  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||    
T  6613860 aaacatagattcttatttgtgcactaagattgaaattctccttaatattttgtatgaggattcatttgtaataaggtgaagtttagtcttagagtggtcc 6613761  T
Q  164 accagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||||||  ||  | |||||||| |||  | | ||||| ||||||||||||||||||    
T  6613760 accagcagaccattagttgacatggcattaagacttatactattgactaaacaaaata 6613703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 136
Target Start/End: Original strand, 30341152 - 30341277
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||||||| |||   || |||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  30341152 tgtgtcattatatcttcacttattgcaattgtgttcatgattaaatcaaaattaaatatagattcccattagtgcactaagattgaaattccccttaata 30341251  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaata 136  Q
    ||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  30341252 ttttgtatgaggactaatttgtaata 30341277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 3148966 - 3148862
Alignment:
Q  116 tatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaac 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||  ||| | |||| | |||| |||||||| | ||||||| ||||  |||||     
T  3148966 tatgagaactgatttgtaataaggaaaagtttaaatttagagtggtccatgagcggtacactatttgatatgacatc-aaagttatactattagctaaat 3148868  T
Q  216 aaaata 221  Q
    ||||||    
T  3148867 aaaata 3148862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 105 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18306707 - 18306592
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatatt 204  Q
    ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| |||  | | | ||||||||| ||||| ||||| |  ||||||| |||| ||| ||||  |    
T  18306707 ttaatattttgtacgaggattgatttgtaataaggtaaaatttgatctaacagtggtccatcagcaagacactagctgacatggcatcaacatttattct 18306608  T
Q  205 attgactaaacaaaat 220  Q
    |||| |||||||||||    
T  18306607 attggctaaacaaaat 18306592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 221
Target Start/End: Original strand, 30341461 - 30341554
Alignment:
Q  128 tttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaacaaaata 221  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||| | ||||| |||||||| |  | ||||||||||  || ||||| || || ||||||||||||    
T  30341461 tttgtaataaggtaaagttcagttttagagtgattcaccatcaggacactagctaacatgacatcagcaattatactactggctaaacaaaata 30341554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0200 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0200
Description:

Target: scaffold0200; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 24731 - 24528
Alignment:
Q  17 attatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaatatttcgt 116  Q
    |||||||  ||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||    
T  24731 attatatatttacttattccaattgtgtccctgattaaatcaaaat-aaacatagattctcatttgtgcactaagattgaaatttcccttaatattttgt 24633  T
Q  117 atgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgactaaaca 216  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||| || ||||| |  ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  24632 acgatgactgatttgtaataaggtaaagtttagttctagagtgatccaccaacatgacactagctgacatgacatcggcagttatactattggcttaaca 24533  T
Q  217 aaata 221  Q
    |||||    
T  24532 aaata 24528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0050 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0050
Description:

Target: scaffold0050; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 228
Target Start/End: Original strand, 5718 - 5933
Alignment:
Q  11 tgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaacatagattctgatttgtgaactaaaattgaaattccccttaata 110  Q
    |||||||||||||  || |||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||  | ||| || |||||| |  ||||||    
T  5718 tgtgtcattatatatttccttattgcaattatgtccctcattaaatcaaaattaaacatggattcgcatttgttcattaagatcgaaatttct-ttaata 5816  T
Q  111 tttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccaccagcaggacaccaattgacatgacatcgacagttatattattgac 210  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||||||| || ||||||||| |||| |     
T  5817 ttttgtatgagaactgatttataataaggtaaagtttagttttagagtggtccactagca-gacactaactgacatgacttccacagttatactattaat 5915  T
Q  211 taaacaaaatactttttc 228  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  5916 taaataaaataatttttc 5933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 105 - 165
Target Start/End: Original strand, 65992 - 66052
Alignment:
Q  105 ttaatatttcgtatgagaactgatttgtaataaggtaaagtttatttttaaagtggtccac 165  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  65992 ttaatattttgtatgaggactaatttataataaggtaaagtttagtgttaaagtggtccac 66052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 10 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 12087 - 12031
Alignment:
Q  10 atgtgtcattatattgttacttactgcaattatgtctctggttaaatcaaaattaaa 66  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||    
T  12087 atgtgtcattatatatttacttattgcaattgtgttcctgattaaatcaaaattaaa 12031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University