View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20633_high_81 (Length: 357)

Name: NF20633_high_81
Description: NF20633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20633_high_81
NF20633_high_81
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-238)||(1281276-1281513)
[»] chr6 (33 HSPs)
chr6 (1-238)||(4601951-4602188)
chr6 (1-238)||(4617184-4617421)
chr6 (1-236)||(4626115-4626350)
chr6 (1-238)||(4585798-4586035)
chr6 (1-234)||(4563877-4564110)
chr6 (1-238)||(4592393-4592630)
chr6 (1-234)||(4613451-4613684)
chr6 (1-231)||(4461292-4461522)
chr6 (1-234)||(4259887-4260120)
chr6 (1-234)||(4557291-4557524)
chr6 (2-234)||(4266900-4267132)
chr6 (1-238)||(4514854-4515091)
chr6 (4-234)||(4469969-4470199)
chr6 (6-234)||(4256349-4256578)
chr6 (2-234)||(4480859-4481091)
chr6 (2-238)||(4574470-4574706)
chr6 (1-238)||(4622304-4622541)
chr6 (2-237)||(4560669-4560904)
chr6 (1-234)||(4457760-4457993)
chr6 (1-234)||(4506023-4506256)
chr6 (242-357)||(4616569-4616684)
chr6 (1-238)||(4579594-4579831)
chr6 (2-234)||(4490089-4490321)
chr6 (1-238)||(4598333-4598570)
chr6 (1-232)||(4571140-4571371)
chr6 (1-118)||(4299554-4299671)
chr6 (1-238)||(4516483-4516720)
chr6 (1-238)||(3171903-3172140)
chr6 (9-234)||(4493121-4493346)
chr6 (11-238)||(4568218-4568445)
chr6 (26-166)||(4504155-4504295)
chr6 (1-117)||(4391856-4391976)
chr6 (193-238)||(4299671-4299716)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-238)||(3086582-3086818)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (2-236)||(1674390-1674624)
chr8 (1-234)||(16686000-16686233)
chr8 (1-238)||(20863576-20863813)
chr8 (64-114)||(1965197-1965247)
chr8 (65-111)||(1969140-1969186)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (1-234)||(3452-3685)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (1-235)||(4419-4653)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (6-234)||(24103165-24103393)
chr5 (2-237)||(27999833-28000068)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (11-238)||(3428-3654)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 1281513 - 1281276
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  1281513 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaac 1281414  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1281413 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatggaaga 1281314  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1281313 ttggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggag 1281276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 9e-89; HSPs: 33)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4602188 - 4601951
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4602188 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcgatcggcggattcttgactcattgtggatggaac 4602089  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4602088 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggcctttttttgccgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 4601989  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4601988 ttggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggag 4601951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4617421 - 4617184
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||     
T  4617421 tgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagacaaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaat 4617322  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  |||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4617321 tcaaccactgaaagtatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 4617222  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4617221 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 4617184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 4626350 - 4626115
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4626350 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgcaagagaaagtactgaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgtggatggaac 4626251  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||||| |||||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4626250 tcaaccattgaaagcatatgcgctggagttccaatgctgtgttggccaaattttgctgatcagccaacaaattgtagatatatttgcaatgaatgggaga 4626151  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagagg 236  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  4626150 ttggaatggaaatcgatgctaatgtgaagagggagg 4626115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4586035 - 4585798
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4586035 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaac 4585936  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4585935 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggaga 4585836  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| |||||| | || || ||||||||||||||||||    
T  4585835 ttgggatggaagttgacaccaatgtgaagagagaggag 4585798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4564110 - 4563877
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  4564110 tgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtccacaggagaaagtattgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaac 4564011  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  4564010 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggaga 4563911  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4563910 ttgggatggaaatcgatacgaatgtaaagagaga 4563877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4592630 - 4592393
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4592630 tgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 4592531  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  |||||| |||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  4592530 tcaaccactgaaagtatatgtgctggaattccaatgttgtgttggccattctttagtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggaga 4592431  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4592430 ttgggatggaaattgatacgaatgtaaagagagaggag 4592393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 4613451 - 4613684
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4613451 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgtggatggaac 4613550  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||| |||| ||| || ||||||||||| |    
T  4613551 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgcggatcagccagcaaactgcagatatatatgcaatgaatgggaaa 4613650  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  4613651 ttgggatggaaattgacaccaatgtgaagagaga 4613684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4461522 - 4461292
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  4461522 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 4461423  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  4461422 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggccattctttggtgatcagccagcaaactgtagatttatttgcaacaaatgggaga 4461323  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagag 231  Q
    ||||  | ||||||||||   ||||||||||    
T  4461322 ttggacttgaaatcgataaagatgtgaagag 4461292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 4259887 - 4260120
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  4259887 tgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttaactcattgcggatggaac 4259986  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||||| ||||||||||   ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4259987 tcaaccattgaaagcatttgtgccgaagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaacgaatgggaga 4260086  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| || |||||  |||| |||||||| |||||    
T  4260087 ttggaattgaaattaatactaatgtgaaaagaga 4260120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4557524 - 4557291
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4557524 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 4557425  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| |||||| |||  ||||||||    
T  4557424 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatacatgggaga 4557325  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  4557324 ttggcatggaaattgacaccaatgtgaagagaga 4557291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 4266900 - 4267132
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  4266900 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaatt 4266999  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4267000 caaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagat 4267099  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||  | |||||| |||| ||||||||||||||    
T  4267100 tggactcgaaatcaatacaaatgtgaagagaga 4267132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 4514854 - 4515091
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||    
T  4514854 tgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaac 4514953  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||| ||||||   ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||  ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4514954 tcaaccactgagagcatatgcgctggagtgccaatgctttgttggcaattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaatgggaga 4515053  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4515054 ttgggatcgaaatcgatatgaatgtgaagagagaggag 4515091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 4 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4470199 - 4469969
Alignment:
Q  4 aatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactca 103  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4470199 aatttcagatagaggcctaatcgtgaactggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactca 4470100  T
Q  104 accgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattg 203  Q
    |||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4470099 accactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagcaaattgtagatttatttgcaatgaatgggagattg 4470000  T
Q  204 gtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |  | ||||||||||   |||||||||||||    
T  4469999 gacttgaaatcgataaagatgtgaagagaga 4469969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 234
Target Start/End: Original strand, 4256349 - 4256578
Alignment:
Q  6 tttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaac 105  Q
    |||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  4256349 tttcggatagaggactaatcgagagttggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaac 4256448  T
Q  106 cgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcag-ccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattgg 204  Q
    | ||||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4256449 cattgaaagcatttgtgccggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattgg 4256548  T
Q  205 tatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
     || |||||| |||| ||||||||||||||    
T  4256549 aattgaaatcaatactaatgtgaagagaga 4256578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4481091 - 4480859
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4481091 gaaatttcaaatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaact 4480992  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||  ||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  || ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  4480991 caaccactgaaagtgtatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttgccgatcagccacctaaccgtagaattatttgcaatgaatgggagat 4480892  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||  | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4480891 tggactcgaaatcgataccaatgtgaagagaga 4480859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4574706 - 4574470
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4574706 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacctttcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaact 4574607  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||  ||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  4574606 caaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttatgttggccatttttttcggatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatgaatgggagat 4574507  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||| | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  4574506 tggaaaggaaatcgatactaatgtaaagagggaggag 4574470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4622541 - 4622304
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  4622541 tgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaagaggaagtacttaaccaccctgcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 4622442  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||   |||||||||  |||||||||  ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| || |||  ||||||||    
T  4622441 tcaaccaccgaaagcatatgtgctggagtttcaatgctgtgttggccatttttcgctgatcagccaacaaactgtagatatatctgcaattcatgggaga 4622342  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| || |||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  4622341 ttggaatcgaaatcaatactaatgtgaaaagagaggag 4622304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4560904 - 4560669
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  4560904 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacccatcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaact 4560805  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  4560804 caaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgcagatcagccagcaaactgaagatatatttgcaatgaatggaagat 4560705  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagagga 237  Q
    ||| |  ||||| ||||| ||||| ||||| |||||    
T  4560704 tggaaacgaaattgatacaaatgtaaagagggagga 4560669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4457993 - 4457760
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||    
T  4457993 tgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatgaaac 4457894  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||   ||||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||| ||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4457893 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgcgttggccattctttggtgataagccaacaagttgtagatttatttgcaatgaatgagaga 4457794  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4457793 ttgggatggaaatcgatacaaatgtgaagagaga 4457760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4506256 - 4506023
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||  ||||  | || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4506256 tgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcacaagagaaagtgttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4506157  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||| || ||||  ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  4506156 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgtgttggccgttctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattggaga 4506057  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| || ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  4506056 ttggaatcgaaattgatactaatgtgaatagaga 4506023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 242 - 357
Target Start/End: Original strand, 4616569 - 4616684
Alignment:
Q  242 cacagaagcaccggcgcatcgcgcagggtgttcaagtttgggactgtgcattgcacacaacactccctgaattgggtgattttgctttctctatttacaa 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4616569 cacagaagcaccggcgcatcgcgcagggtgttcaagtttgggactgtgcatcgcacacaacactccctgaattgggtgattttgctttctctatttacaa 4616668  T
Q  342 agctgagaaactttat 357  Q
    ||||||||| ||||||    
T  4616669 agctgagaagctttat 4616684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4579831 - 4579594
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4579831 tgaaatttcagatagaggcctaataacgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4579732  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||| |  ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||  |  ||| |||| | | || |||  |||| | |    
T  4579731 tcaatcactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccatttttcgctgatcacccagtaagctgcagatatttatgcaatacatggaaaa 4579632  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| || |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4579631 ttggaattgaaatcgacactaatgtgaagagagaggag 4579594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 4490089 - 4490321
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4490089 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 4490188  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    ||| | | || || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||     | ||||| |||||||  | |||||||||||    
T  4490189 caatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcaaccacttagcagtagaattatttgcgaagaatgggagat 4490288  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    ||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||    
T  4490289 tgggatgaaaattgataccaatgtaaagagaga 4490321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4598570 - 4598333
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||  ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  4598570 tgaaatttcagatagaggcttagttgcaagctggtgtctgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgcggatggaac 4598471  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  |||||| |||  ||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||| | |  |||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  4598470 tcaaccactgaaagtatatgtgccggagtgccaatgttgtgttgtccctttttcgcggatcagcaagccaactgcagatatatttgcaatgaatgggaga 4598371  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| ||  |||| || || ||||||||||||||||||    
T  4598370 ttggaatcaaaattgaaactaatgtgaagagagaggag 4598333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 4571371 - 4571140
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | |||||  | |||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  4571371 tgaaatttcagatagaggcctaattgctggttggtgctcgcaagagaaagtattgaaccatccttcaattggtggtttcttgactcactgtggatggaac 4571272  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||||    |||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||| || |||  ||||||||    
T  4571271 tcaacgaccgaaagcatatctactggagttccaatgttgtgttagccattttttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 4571172  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagaga 232  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  4571171 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagaga 4571140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 118
Target Start/End: Original strand, 4299554 - 4299671
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4299554 tgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaac 4299653  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcata 118  Q
    |||||| |||||||||||    
T  4299654 tcaaccattgaaagcata 4299671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4516720 - 4516483
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||  ||||  ||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4516720 tgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaac 4516621  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    || ||  | ||||||||   ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | || |||| |||||| |||||||||||||    
T  4516620 tccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggcctttttttgctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggaga 4516521  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||||    ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4516520 ttggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggag 4516483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3172140 - 3171903
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||    
T  3172140 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcaattggcggattcttgactcactgcggatggaac 3172041  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||   |||||  ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |  || ||||| |||||||  | |||||| |||    
T  3172040 tcaaccacggaaagtgtatgtgctggaatgccaatgttgtgtaggccattttttgctgatcaaccacctaacagtagaattatttgccaagaatggaaga 3171941  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||    
T  3171940 ttgggatggaaattgataccaatgtaaagagaggggag 3171903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4493346 - 4493121
Alignment:
Q  9 cagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgt 108  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||||  || | |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       
T  4493346 cagatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactac 4493247  T
Q  109 tgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatg 208  Q
      ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||  |     
T  4493246 caaaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattggagta 4493147  T
Q  209 gaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||||||||| |||||| || |||||    
T  4493146 gaaatcgataggaatgttaatagaga 4493121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4568445 - 4568218
Alignment:
Q  11 gatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgttg 110  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||  | |    
T  4568445 gatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttgaaccacccttcagttggacgattcttgactcattgtggatggaactccacattgg 4568346  T
Q  111 aaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatgga 210  Q
    |||||||   |||  |||| |||||||| |||||||| |||||| | || ||||||||| |||| |||| |||||||||| | | |||||| || || ||    
T  4568345 aaagcatttgtgccagagtaccaatgttatgttggccttttttttctgagcagccaacatactgcagatatatttgtaataagttggagatcggaatcga 4568246  T
Q  211 aatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4568245 aattgatacaaatgtgaagagagaggag 4568218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 26 - 166
Target Start/End: Original strand, 4504155 - 4504295
Alignment:
Q  26 gcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgttgaaagcatacttgctg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||  |   |||||    
T  4504155 gcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtgctg 4504254  T
Q  126 gagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagcca 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  4504255 gagtgccaatgttgtgttggccatttttttctgatcagcca 4504295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 4391856 - 4391976
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaa----tcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatg 96  Q
    |||||||||||||||||| |||     ||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||||||    
T  4391856 tgaaatttcagatagaggtctatctagtcgcaagatggtgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatg 4391955  T
Q  97 gaactcaaccgttgaaagcat 117  Q
     |||||| || ||||||||||    
T  4391956 aaactcacccattgaaagcat 4391976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 238
Target Start/End: Original strand, 4299671 - 4299716
Alignment:
Q  193 atgggagattggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  4299671 atgggagattggaatcgaaatcgatacaaatgtgaggagagaggag 4299716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3086818 - 3086582
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3086818 gaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 3086719  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||| | ||||||||| ||| || |||  |||||||||    
T  3086718 caacggttgaaagcgtacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttatggagatcaaccaataaactgtagatatatctgcaatatatgggagat 3086619  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3086618 tggaattgaaatcgatactaatgtgaagagagaggag 3086582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1674624 - 1674390
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| || ||||||||||  || || ||||||||||    
T  1674624 gaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggcggattcttgacacactgcggatggaact 1674525  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1674524 caaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagat 1674425  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagagg 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1674424 tggtatggaaattgatacgaatgtgaagagagagg 1674390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 16686000 - 16686233
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  16686000 tgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggattcttaactcattgtggatggaac 16686099  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  |||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | || |||| |||||| |||||||||||||    
T  16686100 tcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatgcagatatatttgcaatgaatgggaga 16686199  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||    
T  16686200 ttggcatggaaattgacaccaatgtgaagagaga 16686233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 20863576 - 20863813
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | ||  ||||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  20863576 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaagagaaggtgttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtggatggaac 20863675  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||  ||||| ||  |||||||||    
T  20863676 tcaaccattgagagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgctggccattttttgctgatcagccgacaaactgcagatacatttgcaacaaatgggaga 20863775  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    |||| || ||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  20863776 ttgggatcgaaattgacaccaatgtcaagagagaggag 20863813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 114
Target Start/End: Original strand, 1965197 - 1965247
Alignment:
Q  64 ttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgttgaaag 114  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  1965197 ttcaattggagggttcttgagtcactgtggttggaactcaacccttgaaag 1965247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 111
Target Start/End: Original strand, 1969140 - 1969186
Alignment:
Q  65 tcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgttga 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||    
T  1969140 tcaattggtggattcttgactcattgtggctggaattcaacccttga 1969186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 3452 - 3685
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  3452 tgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccacaagagcaagtactgatccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 3551  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    ||||||  ||||||||||   |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  3552 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtaccaatgctttgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgcaacgaatgggaga 3651  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
    ||||  | |||||||||| | |||||||||||||    
T  3652 ttggacttgaaatcgatatggatgtgaagagaga 3685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 4419 - 4653
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4419 tgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4518  T
Q  101 tcaaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 200  Q
    |||||| |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | | ||| |   ||  ||||||||    
T  4519 tcaaccattgaaagcatatgtgtaggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactatcggtatatctcccatatatgggaga 4618  T
Q  201 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagag 235  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  4619 ctggtatggaaattgatactaatgtgaagagagag 4653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 6 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 24103393 - 24103165
Alignment:
Q  6 tttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaac 105  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||  | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  24103393 tttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttaaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaac 24103294  T
Q  106 cgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggt 205  Q
    |  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||     
T  24103293 cactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattgga 24103194  T
Q  206 atggaaatcgatacgaatgtgaagagaga 234  Q
     | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24103193 ctcgaaatcgatacaaatgtgaagagaga 24103165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 27999833 - 28000068
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaact 101  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||  | || ||||||| ||| || ||||||||||    
T  27999833 gaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcagcgggttcttgactcactgcggatggaact 27999932  T
Q  102 caaccgttgaaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagat 201  Q
    |||||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27999933 caaccaccgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggtcattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagat 28000032  T
Q  202 tggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagagga 237  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  28000033 tggtatggaaattgatatgaatgtgaagatagagga 28000068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Original strand, 3428 - 3654
Alignment:
Q  11 gatagaggcctaatcgcaagctggtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgagtcattgtggatggaactcaaccgttg 110  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||  |||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||    
T  3428 gatataggcctagtcgcaagatggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattg 3526  T
Q  111 aaagcatacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatgga 210  Q
    |||||||   | ||||||| |||||| || |||||||||||||  |||| ||  ||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |  ||    
T  3527 aaagcatttgttctggagttccaatgctgcgttggccatttttccccgaacactcaacaaactgtagatgcatttggaatgaatgggagattggaagtga 3626  T
Q  211 aatcgatacgaatgtgaagagagaggag 238  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  3627 aatagattccaatgtgaagagagaggag 3654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University