View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20633_low_50 (Length: 451)

Name: NF20633_low_50
Description: NF20633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20633_low_50
NF20633_low_50
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (18-440)||(4784960-4785382)
chr7 (18-440)||(4817389-4817811)
chr7 (18-373)||(4862525-4862880)
chr7 (18-373)||(4698315-4698670)
chr7 (18-373)||(4713191-4713546)
chr7 (47-373)||(4854590-4854916)
chr7 (18-350)||(4665594-4665926)
chr7 (18-350)||(4629568-4629900)
chr7 (18-199)||(4652330-4652511)
chr7 (18-362)||(4660448-4660792)
chr7 (44-363)||(4642350-4642669)
chr7 (44-369)||(4671280-4671605)
chr7 (68-363)||(4635503-4635798)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-189)||(18926864-18927035)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 440
Target Start/End: Original strand, 4784960 - 4785382
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4784960 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccccc 4785059  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785060 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttc 4785159  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4785160 attaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatg 4785259  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggataga 417  Q
    | ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4785260 tggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggataga 4785359  T
Q  418 attggcacattttactgatgatg 440  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  4785360 attgtcacattttactgatgatg 4785382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 440
Target Start/End: Original strand, 4817389 - 4817811
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4817389 atttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccccc 4817488  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817489 gttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtatggtaattgaagatatggtggacccgttc 4817588  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4817589 attaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcatgatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatg 4817688  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtaagcaaaggataga 417  Q
    | ||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4817689 tggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaagcttgttggtaccaaggaaaaggaaaagagtgagcaaaggataga 4817788  T
Q  418 attggcacattttactgatgatg 440  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  4817789 attgtcacattttactgatgatg 4817811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 4862880 - 4862525
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4862880 atttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacc 4862781  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     |||||||||||||  || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||||    
T  4862780 attggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaatgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttc 4862681  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4862680 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 4862581  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4862580 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaagatactaag 4862525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 4698315 - 4698670
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  4698315 atttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacc 4698414  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |   ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||    
T  4698415 tttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaaggtgtgatcatcgaagagatggtggacccgttc 4698514  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  4698515 ataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgatgatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatg 4698614  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4698615 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagataagtgaggaggatactaag 4698670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 4713191 - 4713546
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    ||||||||||||| | |||| | ||| | | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4713191 atttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacc 4713290  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  4713291 tttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttc 4713390  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4713391 ataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatg 4713490  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgaggaggatagtaag 373  Q
    | |||||  |||||||| |||| ||| | ||||  ||||||| ||||||| |||||    
T  4713491 tggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaag 4713546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 47 - 373
Target Start/End: Original strand, 4854590 - 4854916
Alignment:
Q  47 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaag 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||| || ||  ||||||||||||||||    
T  4854590 aggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattggataagaaaaaag 4854689  T
Q  147 caagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgttt 246  Q
      |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  4854690 tgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataacaagtgagtgttt 4854789  T
Q  247 gaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcag 346  Q
    ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||| |     
T  4854790 gaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagcttgcgttgaaa 4854889  T
Q  347 ttggagatgagtgaggaggatagtaag 373  Q
    ||||  ||||||| |||| ||||||||    
T  4854890 ttggttatgagtggggagaatagtaag 4854916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 4665926 - 4665594
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||||||||| ||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4665926 atttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 4665827  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     |||||||||  |||||||||||| |  || ||| | | |  ||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | || || || || |||    
T  4665826 tttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccattc 4665727  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
     |||  |||||||| |||  |||||  ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | |    
T  4665726 gtaagggattctatcacagatgagtacttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaag 4665627  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 350  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  4665626 tggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4665594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 4629900 - 4629568
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||||||||| |||||||| ||||  |||||| | |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4629900 atttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 4629801  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     |||||||||  |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||  |||||| | || || || || |||    
T  4629800 tttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccattc 4629701  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
     |||  |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||  |  |||  |||||||| |||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | |    
T  4629700 ttaagggattctatcacagttgagtgcttgaaatattattgcaagttggcgttaagttgcttgcatgatgatgggactcaacgaccctcaatgagtcaag 4629601  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttgg 350  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  4629600 tggttgggggtttagagtttgcattgcaattgg 4629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 4652511 - 4652330
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||||||||||||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4652511 atttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 4652412  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaa 199  Q
     |||||||||  |||||||||||| | ||||||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  4652411 tttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaa 4652330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4660792 - 4660448
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||    
T  4660792 atttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacc 4660693  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttc 217  Q
     ||||||||   |||||||||||| | | | ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||  ||||||||||||  |||||| | || ||||| || | |    
T  4660692 attggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccatcc 4660593  T
Q  218 ataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatg 317  Q
     ||||||||||||| ||   |||||||||| ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||||||||| | |    
T  4660592 ctaaaagattctatcacggatgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatgggactcaacgaccttcaatgagtcaag 4660493  T
Q  318 ttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagg 362  Q
    | ||||| | |||||||||||  ||||| |||| | |||||||||    
T  4660492 tggttgggggtttagagtttgtgttgcaattggtggtgagtgagg 4660448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 44 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 4642669 - 4642350
Alignment:
Q  44 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 143  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||||||  |||||||||||| |    
T  4642669 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgtaatttggataagaata 4642570  T
Q  144 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 243  Q
      || ||| | | |  ||||||  ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | || ||||| || ||| ||| |||||| || ||  | |||||    
T  4642569 ctgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtg 4642470  T
Q  244 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 343  Q
    |||  ||| ||||||  |  |||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| |||    
T  4642469 tttagaatattattgcaagttggcgttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttg 4642370  T
Q  344 cagttggagatgagtgagga 363  Q
    || |||| | ||||||||||    
T  4642369 caattggtggtgagtgagga 4642350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 4671605 - 4671280
Alignment:
Q  44 caaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaa 143  Q
    |||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| |    
T  4671605 caaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaata 4671506  T
Q  144 aagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtg 243  Q
     ||| ||| | | |  ||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| | ||  ||||  | ||| |||  |||||||| ||  |||||||    
T  4671505 cagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattcattcctaagggattctatcacgggtgagtg 4671406  T
Q  244 tttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattg 343  Q
    |||| ||| ||||||  |  |||  || ||||| |||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||  |||    
T  4671405 tttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgtgttg 4671306  T
Q  344 cagttggagatgagtgaggaggatag 369  Q
    || |||| | |||||||||| |||||    
T  4671305 caattggtggtgagtgaggaagatag 4671280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 68 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 4635798 - 4635503
Alignment:
Q  68 gtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttc 167  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||   |||||||||||| | ||| ||| | | |  ||||||      
T  4635798 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttca 4635699  T
Q  168 aaacatgttacaatgaaggtgtggtaattgaagatatggtggacccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggt 267  Q
    ||| ||| ||| | ||||||||||  |||||| | |||||||| || ||| ||| |||||| || ||  | ||||||||  ||| || |||  |  |||     
T  4635698 aaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatccattcctaagagattccatcacgggcgagtgttttgaatatttttgcaagttggc 4635599  T
Q  268 tttaagttgtttgcatgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagatgagtgagga 363  Q
     ||||||||||||||||| ||||||| |||||||   ||||||||| | || ||||| | |||||||||||| ||||| || | | ||||||||||    
T  4635598 gttaagttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattagtggtgagtgagga 4635503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 189
Target Start/End: Original strand, 18926864 - 18927035
Alignment:
Q  18 atttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcaagaccccc 117  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||  |||||| | || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  18926864 atttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacc 18926963  T
Q  118 gttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatgaaggtgt 189  Q
     ||||||||   ||| |||||||| |  || ||| | | |  ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18926964 tttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgt 18927035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University