View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20637_low_1 (Length: 843)

Name: NF20637_low_1
Description: NF20637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20637_low_1
NF20637_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (54-826)||(70853-71622)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 71622 - 70853
Alignment:
Q  54 cctagtaattccacataaaactctcgaaactagttacaacaccattattaacaagtccatcatcaccaacacaacaaccatcttcttcttgtgttgtttg 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71622 cctagtaattccacataaaactctcgaaactagttacaacaccattattaacaagtccatcatcaccaacacaacaaccatcttcttcttgtgttgtttg 71523  T
Q  154 tagccatgtcattggttgctgatacatcatccaagcatagtcttgtgcttgtgagtcaacatagacaaattcctctttcccaacatcatcataaccgttt 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71522 tagccatgtcattggttgctgatacatcatccaagcatagtcttgtgcttgtgagtcaacatagacaaattcctctttcccaacatcatcataaccgttt 71423  T
Q  254 tccaaagttggtagctcaataatctcactaagttcttcagaagtagctgacaagtctgctgatgaagacagagttttcgttgtcttcattaacaaacttg 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  71422 tccaaagttggtagctcaataatctcactaagttcttcagaagtagctgacaagtctgctgatgaagacagagtttttgttgtcttcattaacagacttg 71323  T
Q  354 ttgatgttgatatcgttgtcaacgaagatgttgacaacgatgacaatgatgaagaagaaggtgatgatagctcaaatttgctaatgtccatttgagctgc 453  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  71322 ttgatgttgacatcgttgtcaacgaagatgttgacaacgatgacaatgaagaagaaga---tgatgatagctcaaatttgccaatgtccatttgagctgc 71226  T
Q  454 tttagccgccgcggcctgaacgtcgcgaggggctaaagaaacaggttttggaagagaatcccttaagtgagggaaatttagaatggcggattttccttta 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71225 tttagccgccgcggcctgaacgtcgcgaggggctaaagaaacaggttttggaagagaatctcttaagtgagggaaatttagaatggcggattttccttta 71126  T
Q  554 acgcatagcgcagcagcgtcatgcgctctagcagccatttcagcggtggggaaagtgcctagccaaatccgcgatttcttacgtggctcgcggatttcgg 653  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71125 acgcagagcgcagcagcgtcatgcgctctagcagccatttcagcagtggggaaagtgcctagccaaatccgcgatttcttacgtggctcgcggatttcgg 71026  T
Q  654 acacccactttccccaatttctcatgcgaacacctcggtagacggggtgtttgttggaatcacggttgcgtttcaacttcttgttgttggattcttggtc 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  71025 acacccactttccccaatttctcatgcgaacacctcggtagacggggtgtttgttggaatcacggttgcgtttcaacttcttgttgttggattcttggtc 70926  T
Q  754 ttcttgaattgagtttgttgtatatggtgatgaatttgaggtgctctcggtttctgaattttgtggtgaaact 826  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  70925 ttcttgaattgagtttgttgtgtatggtgatgaatttgaggtgctctcggtttctgaattttgtggtgaaact 70853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University