View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2064_low_2 (Length: 857)

Name: NF2064_low_2
Description: NF2064
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2064_low_2
NF2064_low_2
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-709)||(5287227-5287917)
chr3 (18-679)||(18413268-18413929)
chr3 (706-850)||(5287940-5288087)
chr3 (706-850)||(18413981-18414108)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-711)||(35230004-35230696)
chr7 (706-850)||(35232148-35232292)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (18-679)||(11290520-11291181)
chr4 (54-679)||(44875054-44875661)
chr4 (706-850)||(11291233-11291377)
chr4 (73-135)||(55923515-55923577)
chr4 (706-850)||(44874843-44874990)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (18-711)||(62711-63403)
chr5 (706-850)||(63424-63568)
chr5 (371-454)||(5882105-5882188)
chr5 (255-320)||(5882239-5882304)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (18-679)||(28132954-28133614)
chr1 (712-846)||(28133672-28133806)
[»] scaffold1506 (2 HSPs)
scaffold1506 (18-711)||(936-1628)
scaffold1506 (706-850)||(771-915)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-674)||(19917787-19918439)
chr8 (706-850)||(19918496-19918640)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 709
Target Start/End: Original strand, 5287227 - 5287917
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5287227 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacatgccaaatgggtagtgaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 5287326  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5287327 ttctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggactacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 5287426  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5287427 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 5287526  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5287527 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 5287626  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5287627 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatatgttacgtgaagaacaacatctgctg 5287726  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5287727 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgttgttcaatgtt 5287826  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgcnnnnnnngacggacatattctgaaggaatg 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  5287827 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgc-aaaaaagacggacatattctgaaggaatg 5287917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Original strand, 18413268 - 18413929
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18413268 atgttgatggcagcacttcagttcctgacaaagagaaagataaggttacacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 18413367  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  18413368 ttctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaaagtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaatgccgct 18413467  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18413468 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 18413567  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18413568 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtataatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 18413667  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18413668 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 18413767  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  18413768 acatagtccatcattgaagatcaaaaagtttctactattatagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcgtgacatgagtgctgttcaatgtt 18413867  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgc 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18413868 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgc 18413929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Original strand, 5287940 - 5288087
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgct---tcatcag 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  5287940 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatctattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcatcag 5288039  T
Q  803 tgacccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5288040 tgacccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 5288087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Original strand, 18413981 - 18414108
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18413981 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatctattcctagcaac-----------------ggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 18414063  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18414064 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 18414108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 35230004 - 35230696
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35230004 atgttgatggcagcaccccatttcctgacaaagagaaagataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 35230103  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35230104 ctctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 35230203  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35230204 cgaagattccagcttgaacacgacatagctttgtttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 35230303  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35230304 ctgagatagtttatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 35230403  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35230404 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctctaccatcattggatgcatgtttcaatgatctattacgtgaagaacaacgtctgctg 35230503  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35230504 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtcttctgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctgttcaatgtt 35230603  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgcnnnnnnngacggacatattctgaaggaatgtc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||       |||||||||||||| ||||||||||    
T  35230604 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccaaacaaagtctgcaattgctgc-aaacaagacggacatattctcaaggaatgtc 35230696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 35232292 - 35232148
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||| |||| |    
T  35232292 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatctattcctagcaactcgatcaatccagcaccagttcagcagaatgctcctagtagttcaacagtca 35232193  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35232192 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 35232148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Original strand, 11290520 - 11291181
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11290520 atgttgatggcagcaccccatttcctgacaaagagaaagataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 11290619  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11290620 ctctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 11290719  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11290720 tgaagattccagcttgaacacgacatagctttgtttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 11290819  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11290820 ctgagatagtttatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 11290919  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  11290920 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctattacgtgaaggacaatgtctgctg 11291019  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11291020 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtcttctgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctgttcaatgtt 11291119  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgc 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  11291120 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccaaacaaagtctgcaattactgc 11291181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 54 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 44875661 - 44875054
Alignment:
Q  54 aagataaggtta-cacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctaggttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgac 152  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||| |  |    
T  44875661 aagataaggtttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatggtcaagtcatgtcatgggtccttggttatgttgttcccaacattgtcctgaatcttcacc 44875562  T
Q  153 cttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaa-caacgctgctcgaagattccagcttgaacacgacatagccttat 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||  ||||    
T  44875561 cttacaaaacagcagccacaatgtagaattacttgaagaaagtctacaatcaaaaacaacgccgctagaagattctaggttgaacacgacatagatttat 44875462  T
Q  252 ttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtatactgagatagtttatgcagacttaacttctgaagg 351  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |     || ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  44875461 ttaaacaggatagtccctccatctttgaattttactctcaattaatgaatctttgggctgaat-----gatatagtttatgcagacttgacttatgaagg 44875367  T
Q  352 tttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatctgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcat 451  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44875366 tctaagttatgtacaatatgttcatgaaactactaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatctaaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcat 44875267  T
Q  452 agaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctgacacagtccatcattgaagatcaaaaagt-gtct 550  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||    
T  44875266 agaaaccttgtaccatctttggatgcatgtttcaataacctattatgtgaagaacaacgtatgctgacacaatccatcattgaagataaaaaaatcatct 44875167  T
Q  551 actgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtttctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaa 650  Q
    |||||||||         ||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||| | |||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||    
T  44875166 actgttcca---------gtggcacgatgaaagtcaagaagtcatgacatacgtgttgttcaatgtttatgtt-------attgggacattatgcttcaa 44875083  T
Q  651 actgtccagacaaagtctgcaactactgc 679  Q
    |||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  44875082 actgcccaaataaagtctgcaactactgc 44875054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Original strand, 11291233 - 11291377
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||| |||| |    
T  11291233 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatctattcctagcaactcgatcaatccagcaccagttcagcagaatgctcctagtagttcaacagtca 11291332  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11291333 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 11291377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 73 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 55923577 - 55923515
Alignment:
Q  73 caaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctaggttctgttgatccaaacat 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||| |||||    
T  55923577 caaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcatgggtccaaggttatattgatcctaacat 55923515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 44874990 - 44874843
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgct---tcatcag 802  Q
    ||||||||| | |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||  || |  |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||   ||| ||     
T  44874990 aatgtcacaacttttacagccttggttggttcatctattcctagcatttcagcgaatccaacatcggttcaacaaaatgctcctactactacttcaacaa 44874891  T
Q  803 tgacccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    |||  |||  ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44874890 tgattcctataatggctcaacaaatgatcatttttgcattctctgctc 44874843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Original strand, 62711 - 63403
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  62711 atgttgatggcagcaccccatttcctgacaaagagaaagataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 62810  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  62811 ctctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttacgaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 62910  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  62911 cgaagattccagcttgaacacgacatagctttgtttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 63010  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  63011 ctgagatagtttatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 63110  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  63111 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctattacgtgaagaacaacgtctgctg 63210  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  63211 agacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtcttctgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgggtgctgttcaatgtt 63310  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgcnnnnnnngacggacatattctgaaggaatgtc 711  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||       |||||||||||||| ||||||||||    
T  63311 tctgttgcaagaaattgagacattatgcttcaaactgtccaaacaaagtctgcaattactgc-aaacaagacggacatattctcaaggaatgtc 63403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Original strand, 63424 - 63568
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| |||| |    
T  63424 aatgtcacagcctttacaagctcggttgattcatctattcctagcaactcgatcaatccagcaccggttcagcagaatgctcctagtagttcaacagtca 63523  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  63524 cccctgaaacggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 63568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 371 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 5882188 - 5882105
Alignment:
Q  371 gttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatctgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcataga 454  Q
    |||||||| || || || |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||  | ||||||||| |||||    
T  5882188 gttcatgagaccacaaaacgagaccaatttcttatgaaattgagatctgattttgagggcattcgaactaatctcatgaataga 5882105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 5882304 - 5882239
Alignment:
Q  255 aacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtatactg 320  Q
    ||||||| ||||| || || |||||||| || | ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5882304 aacaggaaagtctttcaatttctgaattctattctcatttcatgaatctttgggctgaatatactg 5882239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 679
Target Start/End: Original strand, 28132954 - 28133614
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28132954 atgttgatggcagcaccccatttcctgacaaagagaaagataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctggatcctagg 28133053  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28133054 ctctgttgatccaaacattgtcctgaatctctgaccttacaaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 28133153  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28133154 cgaagattccagcttgaacacgacatagctttgtttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 28133253  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28133254 ctgagatagtttatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 28133353  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28133354 tgaatttgaaggtattc-gtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctattacgtgaagaacaacgtctgctg 28133452  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28133453 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtcttctgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctgttcaatgtt 28133552  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgc 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  28133553 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccaaacaaagtctgcaattactgc 28133614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 712 - 846
Target Start/End: Original strand, 28133672 - 28133806
Alignment:
Q  712 acagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtgacccctg 811  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||| |||| |||||||    
T  28133672 acagcctttacaacctcggttgattcatctattcctagcaactcgatcaatccagcaccagttcagcagaatgctcctagtagttcaacagtcacccctg 28133771  T
Q  812 aaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctct 846  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28133772 aaatggttcaacaaatgatcatttatgccttctct 28133806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1506 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold1506
Description:

Target: scaffold1506; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 1628 - 936
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1628 atgttgatggcagcaccccatttcctgacaaagagaaagataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctggttcctagg 1529  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1528 ctctgttgatccaaacattgtcctgaatctccgaccttactaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgccgct 1429  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1428 tgaagattccagcttgaacacgacatagctttgtttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactctcaattcatgaatctttgggctgaatata 1329  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1328 ctgagatagtttatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 1229  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1228 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctattacgtgaagaacaacgtctgctg 1129  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1128 agacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtcttctgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgggtgctgttcaatgtt 1029  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaactactgcnnnnnnngacggacatattctgaaggaatgtc 711  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||       |||||||||||||| ||||||||||    
T  1028 tctgttgcaagaaattgagacattatgcttcaaactgtccaaacaaagtctgcaattactgc-aaacaagacggacatattctcaaggaatgtc 936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1506; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 915 - 771
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| |||| |    
T  915 aatgtcacagcctttacaagctcggttgattcatctattcctagcaactcgatcaatccagcaccggttcagcagaatgctcctagtagttcaacagtca 816  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  815 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 674
Target Start/End: Original strand, 19917787 - 19918439
Alignment:
Q  18 atgttgatggcagcactccagttcctgacaaagagaaagataaggttacacctgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcctgggtcctagg 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19917787 atgttgatggtagcactccagttcctgagaaagagaaaaataaggttgcacatgccaaatgggtagtcaaagatgctcaagtcatgtcttgggtcctagg 19917886  T
Q  118 ttctgttgatccaaacattgtcttgaatctccgaccttacaaaacagcagccacaatgtgggattacttgaagaaagtctacaatcagaacaacgctgct 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  19917887 ttctgttgatccaaacattgtcctgaatctgcgagcttacaaaacagcagccacaatgtggaattacttgaagaaagtttacaatcagaacaacgccgct 19917986  T
Q  218 cgaagattccagcttgaacacgacatagccttatttaaacaggatagtctctccatctctgaattttactatcaattcatgaatctttgggctgagtata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19917987 cgaagattccagcttgaacacgacaaatccttatttaaacatgatagtctcttcaactctgaattttactctcaattcataaatctttgggctgaatata 19918086  T
Q  318 ctgagatagtttatgcagacttaacttctgaaggtttaagttctgtacaatctgttcatgaaactaccaagcgagattaatttcttatgaaattgagatc 417  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19918087 ctgaaatagtgtatgcagacttgacttctgaaggtctaagttctttgcaatctgttcatgaaactaccaagcgagatcaatttcttatgaaattgagatc 19918186  T
Q  418 tgaatttgaaggtattcggtccaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacgtgaagaacaacgtctgctg 517  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  19918187 tgaatttgaatgtatttggttcaatctcatgcatagaaaccctgtaccatcattggatgcatgtttcaatgatctgttacatgaagaacaacgtctacta 19918286  T
Q  518 acacagtccatcattgaagatcaaaaagtgtctactgttccagtggcttatgtggcacgaggaaagacaagaagtcatgacatgagtgctattcaatgtt 617  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19918287 acacaatccatcattgaagatcaaaagttgcctactgttctagtggcttatgtggcacgaggaaagacaaaaagtcatgacatgagtgattttcaatgtt 19918386  T
Q  618 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaactgtccagacaaagtctgcaact 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||    
T  19918387 tctgttgcaagaaattgggacattatgcttcaaa----ccaaacaaagtctgcaact 19918439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 706 - 850
Target Start/End: Original strand, 19918496 - 19918640
Alignment:
Q  706 aatgtcacagcctttacaacctcggttgattcatttattcctagcaactcggtcaatccagcaccggttcagcaaaatgctcctactgcttcatcagtga 805  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  19918496 aatgtcacagcctttacaacctcagttgattcatctattcctagcaactcggtcaaaccaacaccggttcagcaaaatgctcctactacttcaacggtga 19918595  T
Q  806 cccctgaaatggttcaacaaatgatcatttctgccttctctgctc 850  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19918596 cccctgaaatggttcaacaaatggtcatttctgccttctctgctc 19918640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University