View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20654_high_13 (Length: 414)

Name: NF20654_high_13
Description: NF20654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20654_high_13
NF20654_high_13
[»] scaffold0386 (1 HSPs)
scaffold0386 (10-394)||(813-1197)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-394)||(33878756-33879140)
chr4 (46-85)||(46673679-46673718)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-394)||(13869376-13869753)
chr5 (182-394)||(27641144-27641356)
chr5 (10-129)||(27641010-27641129)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-394)||(29735240-29735624)
chr7 (46-83)||(8720808-8720845)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-394)||(49850956-49851332)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (10-149)||(38460563-38460702)
chr8 (333-394)||(38460745-38460806)
chr8 (196-245)||(38460700-38460749)
chr8 (46-85)||(44428119-44428158)


Alignment Details
Target: scaffold0386 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0386
Description:

Target: scaffold0386; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 1197 - 813
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1197 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 1098  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1097 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 998  T
Q  210 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  997 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacatgttcct 898  T
Q  310 agattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  897 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Original strand, 33878756 - 33879140
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878756 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 33878855  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 209  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878856 catgcggagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 33878955  T
Q  210 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  33878956 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacatgttcct 33879055  T
Q  310 agattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33879056 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 33879140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 85
Target Start/End: Original strand, 46673679 - 46673718
Alignment:
Q  46 aattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgca 85  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46673679 aattgtgaagatggttatgactcatccactactcattgca 46673718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Original strand, 13869376 - 13869753
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13869376 ataattctagaaacgccaaacttctcttgttgtttaaattatgaagatggttatgtctcatccactgctcattgtaacaccataattaacggatccaaat 13869475  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 209  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13869476 catgtagagattgtttctaaatcatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattctattaaaatagttagttttaataacttt 13869575  T
Q  210 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 309  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||       ||||||||    
T  13869576 gcatttggaaattcagatctcttgaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggtt-------atgttcct 13869668  T
Q  310 agattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13869669 agattttcagaaacactaatagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 13869753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 182 - 394
Target Start/End: Original strand, 27641144 - 27641356
Alignment:
Q  182 tattaaaatagttagttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  27641144 tattaaaatagttagttttaataactttgcatttggaaattcagatctcttgaaaggttgaaattttctcttccatgagttgacatatggtgggtgaatg 27641243  T
Q  282 nnnnnnnaaggttgatgaacatgttcctagattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataa 381  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27641244 tttttttaaggttgatgaacatgttcctagattttcagaaacactaatagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataa 27641343  T
Q  382 aacatgatctata 394  Q
     ||||||||||||    
T  27641344 gacatgatctata 27641356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 129
Target Start/End: Original strand, 27641010 - 27641129
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27641010 ataattctagaaacgccaaacttctcttgttgtttaaattatgaagatggttatgtctcatccactgctcattgtaacaccataattaacggatccaaat 27641109  T
Q  110 catgcagagattgtttctaa 129  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  27641110 catgtagagattgtttctaa 27641129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 29735624 - 29735240
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    ||||||||| |||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29735624 ataattctaaaaatgccaaattcctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatc------tcattgcaacaccataattaacggatccaaat 29735531  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29735530 catgtagagattgtttctaaaccatactgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggttaaattctattaaaatagttagttttaataacttt 29735431  T
Q  210 ------gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacat 303  Q
          ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  29735430 ttgtatgcatttggaaattcagatctcttaaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacat 29735331  T
Q  304 gttcctagattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29735330 gttcctagattttcataaacactattagagaaatattaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 29735240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 83
Target Start/End: Original strand, 8720808 - 8720845
Alignment:
Q  46 aattgtgaagatggttatggctcatccactactcattg 83  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8720808 aattgtgaagatggttatgtctcatccactactcattg 8720845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 10 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 49851332 - 49850956
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||                
T  49851332 ataattctagaaacgccaaacttcccttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatccactgcttattgtaacaccataatta------------ 49851245  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttatt---gcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataac 206  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49851244 --tgtagagattgtttctaaatcatgctgtattgggtgttattattgcaatccaattgagcaatgggtcaaattctattaaaatagttagttttaataac 49851147  T
Q  207 tttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttga---tgaacat 303  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||       ||||||||   |||||||    
T  49851146 tttgcatttggaaattcagatctcttaaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatgatggccgaatgtttttttaaggttgatattgaacat 49851047  T
Q  304 gttcctagattttcacaaacactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49851046 gttcctagattttcagaaatactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 49850956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 10 - 149
Target Start/End: Original strand, 38460563 - 38460702
Alignment:
Q  10 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 109  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38460563 ataagtctagaaactccaaatatctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatccactgctcattgcaacaccataattaacggatccaaat 38460662  T
Q  110 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgtt 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38460663 catgcagagattgtttctaaaccatgttgtattgggtgtt 38460702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 333 - 394
Target Start/End: Original strand, 38460745 - 38460806
Alignment:
Q  333 gaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataaaacatgatctata 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38460745 gaaatataaaacaagaacatagatttagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctata 38460806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 196 - 245
Target Start/End: Original strand, 38460700 - 38460749
Alignment:
Q  196 gttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaat 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38460700 gttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaaggttgaaat 38460749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 44428158 - 44428119
Alignment:
Q  46 aattgtgaagatggttatggctcatccactactcattgca 85  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44428158 aattgtgaagatggttatgtctcatccactactcattgca 44428119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University