View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20660_low_1 (Length: 777)

Name: NF20660_low_1
Description: NF20660
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20660_low_1
NF20660_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (5-717)||(5979415-5980127)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 717
Target Start/End: Original strand, 5979415 - 5980127
Alignment:
Q  5 tgggtagataatactggagaatgattatttattgatcattgttatcggtttggaaatctaatggattaaatgaatttgttttggtttatattaaatatag 104  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979415 tgggttgattatactggagaatgattatttattgatcattgttatcggtttggaaatctactggattaaatgaatttgttttggtttatattaaatatag 5979514  T
Q  105 gctagaagttgattctcacaaaagaatttgttcaaaactcttgtctgcattttacagaaaaaagttaaacacaggtgaaactcacattgatctggactta 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979515 gctagaagttgattctcacaaaagaatttgttcaaaactcttgtctgcattttccagaaaaaagttaaacacaggtgaaactcacattgatctggactta 5979614  T
Q  205 aaaaactctttataacacaaagttgaaggtgggatcctagaaagaggttgttgatgagaaaatgggagacttatacaggttcattggacctgttgttcag 304  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979615 aaaaaccctttataacacaaagttgaaggtgggatcctagaaagaggttgttgatgagcaaatgggagacttatacaggttcattggacctgttgttcag 5979714  T
Q  305 tagatagatcagaacaagaaaaaccatttaagttgaatagacaaagtaatcctaaaacgatgtttagggctctactatctaagtcttttaagctatatac 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979715 tagatagatcagaacaagaaaaaccatttaagttgaatagacaaagtaatcctaaaacgatgtttagggctctactatctaagtcttttaagctatatac 5979814  T
Q  405 ttgtggccatttgatatttttcttggtctaattttacccccctgcagtgcacatccatgctaatttctaaagtgagaattattttatctctatacctagt 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979815 ttgtggccatttgatatttttcttggtctaattttacccccctgcagtgcacacccatgctaatttctaaagtgagaattattttatctctatacctagt 5979914  T
Q  505 tatagtgatattgtaataattacgcaaccccggtaaagcctatggtacgggcattgattcgtggcctcatggttgaagctaatttctttctttgtttact 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5979915 tatagtgatattgtaataattacgcaaccccggtaaagcctatggtacgggcattgattcgtggcctcatggttgaagctaatttctttctttgtttact 5980014  T
Q  605 tacgagtatagatggactttatcattatgcattcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttgtgtattgttggttcacttctagtctaatggtttt 704  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5980015 tacgaatatagatggactttatcattatgcattcattttttccgtttctgtttttattttatgttgtgtattgttggttcacttctagtctaatggtttt 5980114  T
Q  705 taaattataggtc 717  Q
    |||||||||||||    
T  5980115 taaattataggtc 5980127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University