View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20661_low_6 (Length: 440)

Name: NF20661_low_6
Description: NF20661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20661_low_6
NF20661_low_6
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-421)||(1058622-1059042)
chr5 (17-420)||(1065730-1066133)
chr5 (1-420)||(1071441-1071860)
chr5 (17-420)||(1044115-1044518)
chr5 (18-420)||(1033729-1034131)
chr5 (13-420)||(1053369-1053776)
chr5 (17-416)||(1640429-1640828)
chr5 (13-415)||(1046694-1047099)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (306-389)||(65854-65937)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (328-389)||(12121338-12121399)
chr3 (18-76)||(44171260-44171318)
chr3 (18-76)||(44191556-44191614)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 421
Target Start/End: Original strand, 1058622 - 1059042
Alignment:
1 accgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1058622 accgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcaga 1058721  T
101 atgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1058722 atgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaa 1058821  T
201 actgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1058822 actgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatg 1058921  T
301 ggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
1058922 ggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttaatgctcc 1059021  T
401 tctaaacaagtataacagggc 421  Q
    |||||||||||||||||||||    
1059022 tctaaacaagtataacagggc 1059042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Original strand, 1065730 - 1066133
Alignment:
17 tttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||     
1065730 tttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggagcagaaagagttggaataagattatcaccttttgcggagtatgcagaatgtggagactccaac 1065829  T
117 cccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaa 216  Q
    ||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
1065830 cccaatgaattgggactttatatggtcaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatatggtggaaccaagaatgaaaactgttggtgaaaaaa 1065929  T
217 ttgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagc 316  Q
     ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
1065930 ctgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcactttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagc 1066029  T
317 tgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataac 416  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
1066030 tgaaaacagggcagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttaccaaagagatttgcacttgatgctcctctgaacaaatataac 1066129  T
417 aggg 420  Q
    ||||    
1066130 aggg 1066133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 1071441 - 1071860
Alignment:
1 accgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcaga 100  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
1071441 accgttgtcggtttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggaacagaaagagttggaataagattatcaccttttgcagagtattcaga 1071540  T
101 atgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaa 200  Q
    ||||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |    
1071541 atgtggagactccaaccctaaagaattgggactttatatggttaatgccctcaataaatacggtattctttattgtcacatggtggaaccaagaatgata 1071640  T
201 actgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatg 300  Q
    ||||||  ||||| || ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
1071641 actgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcactttcatggttgcaggaggttacgaccgacatgatg 1071740  T
301 ggatcaatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcc 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
1071741 ggatcaatgccatagctgaaaacagggcagacctagttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccaaagagatttgcacttgatgctcc 1071840  T
401 tctaaacaagtataacaggg 420  Q
    ||||||||||||||||||||    
1071841 tctaaacaagtataacaggg 1071860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 420
Target Start/End: Original strand, 1044115 - 1044518
Alignment:
17 tttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaat 116  Q
    |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | | |||||| |||    
1044115 tttggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaattagactatcaccttttgcagaatatgcagaaagcggagactccaat 1044214  T
117 cccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaa 216  Q
    ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| | | |  |||||  |    
1044215 cccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcagcttctgaaacga 1044314  T
217 ttgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagc 316  Q
    ||||| || || |||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||| || ||| || | || |||||| |||| |||||    
1044315 ttgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggctctttcatggctgcaggaggctatgacagacaagacgggatcgatgctatagc 1044414  T
317 tgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataac 416  Q
    |||||| | | |||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||     
1044415 tgaaaacaaggcagatcttgtagtttatggtcgtttgttcttagcaaatccagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcctctcaacaagtataat 1044514  T
417 aggg 420  Q
    ||||    
1044515 aggg 1044518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 420
Target Start/End: Original strand, 1033729 - 1034131
Alignment:
18 ttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatc 117  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||| || |||||| |  |||||| ||||    
1033729 ttggaagttgttgacgctgttgtgaatgagataggagcagaaagagttggaattagattatcaccttttgcggaacattcagaatctagagactccaatc 1033828  T
118 ccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaat 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |   | ||||||  ||    
1033829 ccacagaattgggactttatatggttaatgccctcaataagtacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgat 1033928  T
218 tgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagct 317  Q
    |||| || || |||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||| ||| ||| |||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||     
1033929 tgaaagcccttacagtctggtgcccatgagaaaggctttcaatggtactttcatggttgcgggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagca 1034028  T
318 gaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataaca 417  Q
    || |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || || |||||||    
1034029 gataatagggcagatcttgttgtttatggtcgtttgttcttagcgaatccagatttgccgaagagatttgcactaaacgctcctctcaataaatataaca 1034128  T
418 ggg 420  Q
    |||    
1034129 ggg 1034131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 1053369 - 1053776
Alignment:
13 ttgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactc 112  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| | |||||||||||||  | ||| || ||| |||| ||||||    
1053369 ttgttttggaaattgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagaaagagttggaataaaattatcaccttttgaaaaatttggagattgtggagactc 1053468  T
113 taatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaa 212  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||     
1053469 aaatccccaagaattgggactttatatggtgaatgccctcaataaatatggtattctttattgtcatatggtggaaccaagaatggaaattcttgatgag 1053568  T
213 agaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgcca 312  Q
    | || ||||||   | | ||| | ||| | || |||||||  ||||| || |||||  ||| | | ||||| || ||  || | ||||| |||||||| |    
1053569 aaaactgaatgtcattatagcttggtgtcaataagaaaggttttcaatggaacttttatggttactggaggctatgaaagacaagatggaatcaatgcta 1053668  T
313 tagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagta 412  Q
    |||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
1053669 tagctgaaaatagggcagatcttattgcttatggtcgtttgttcatatctaatccagatttaccaaagagatttgcacttaatgctcctcttaacaagta 1053768  T
413 taacaggg 420  Q
    ||| ||||    
1053769 taataggg 1053776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 1640828 - 1640429
Alignment:
17 tttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaat 116  Q
    ||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||| |||||| |||    
1640828 tttggaaattgttgaagcagttgtgaatgagataggtgcagaaagagttggaattagattatcgcctttcgcagaatatggagaatgtggagactccaat 1640729  T
117 cccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaa 216  Q
    ||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |     
1640728 cctgaagaattggggctttatatggttaatgccctcagtaaatacaatattctttactgtcacatggtggaaccaagaatgaaaactattactgaaaaag 1640629  T
217 ttgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagc 316  Q
    |||||||   ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || |||||  | | ||| ||||| ||    ||| | ||||||||  |||||||||     
1640628 ttgaatgtcttcacagcttggtgccaatgagaaaagccttcaatggaacttttatagttgccggaggctattcgcgacaagatgggattgatgccatagt 1640529  T
317 tgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaagtataac 416  Q
    |||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||  || ||||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||    
1640528 tgaaaataagacagatcttgttgcttatggtcgcttgtttatatctaatccagatttaccaaagagattcgcgctcgatgctcctctcaacaagtataac 1640429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 415
Target Start/End: Original strand, 1046694 - 1047099
Alignment:
13 ttgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactc 112  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||  |||||| | | |||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||    
1046694 ttgttttggaaattgttgaagctgttgtaaatgagattggtgccgaaagagttggaataaaactatcacctttttcagatttcgaagaatgtggagactc 1046793  T
113 taatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattctttactgtcatgtggtggaaccaagaatga---aaactgttaat 209  Q
     ||||| |  | |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  || ||  |   ||||| || ||    
1046794 aaatccgaaggcattggggctttacatggttaatgccctcaataaatatggtattctgtattgtcatatggtagaatgaataagtaatgaaactattgat 1046893  T
210 gaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctggctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatg 309  Q
    || | ||   ||||   ||||| | | |||||  |||||||||| ||||| ||||||||| ||| | | ||| | || ||  ||   || ||||||||||    
1046894 gataaaacaaaatgtcttcacaacttggtgccagtgagaaaggctttcaatggcactttcatggttaccggaagctatgaaagactagacgggatcaatg 1046993  T
310 ccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgcacttgatgctcctctaaacaa 409  Q
    | |||||||||||||||  ||| |||||||  || |  ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
1046994 ctatagctgaaaatagggtagatcttgttgcttacgaccgtttattcatagctaatccagatttgccaaagagatttgcacttaatgctcccctaaacaa 1047093  T
410 gtataa 415  Q
    ||||||    
1047094 gtataa 1047099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 306 - 389
Target Start/End: Original strand, 65854 - 65937
Alignment:
306 aatgccatagctgaaaataggacagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 389  Q
    ||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
65854 aatgctatagcagaaaataaggcagatcttgttgtttatggtcgttcgttcttagctaatccaaatttgccaaagagatttgca 65937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 328 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 12121399 - 12121338
Alignment:
328 cagaccttgttgtatatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccgaagagatttgca 389  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
12121399 cagatcttgttgtttatggtcgtttgttcttagctaatccagatttgccaatgagatttgca 12121338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 44171318 - 44171260
Alignment:
18 ttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagatt 76  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  ||||||||||||    
44171318 ttggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaattagatt 44171260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 44191614 - 44191556
Alignment:
18 ttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaattagatt 76  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  ||||||||||||    
44191614 ttggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaattagatt 44191556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University