View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20665_high_1 (Length: 912)

Name: NF20665_high_1
Description: NF20665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20665_high_1
NF20665_high_1
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (279-825)||(12257855-12258404)
chr2 (541-862)||(12234997-12235317)
chr2 (570-899)||(11999665-11999994)
chr2 (570-899)||(12244974-12245303)
chr2 (567-873)||(7542523-7542829)
chr2 (571-899)||(14703679-14704007)
chr2 (576-873)||(16661566-16661863)
chr2 (570-862)||(16657085-16657377)
chr2 (279-475)||(7543242-7543438)
chr2 (264-471)||(14705432-14705639)
chr2 (276-472)||(12244341-12244537)
chr2 (570-862)||(43625720-43626010)
chr2 (312-473)||(12000300-12000461)
chr2 (275-475)||(12235763-12235963)
chr2 (342-471)||(16656604-16656733)
chr2 (337-468)||(16661065-16661196)
chr2 (271-472)||(43626288-43626489)
chr2 (261-316)||(12000786-12000841)
chr2 (570-613)||(39373417-39373460)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (569-899)||(35132719-35133047)
chr4 (569-882)||(9335458-9335771)
chr4 (279-480)||(35133414-35133615)
chr4 (570-883)||(30775539-30775852)
chr4 (337-472)||(9323063-9323198)
chr4 (337-472)||(9377542-9377677)
chr4 (337-472)||(9335035-9335169)
chr4 (361-472)||(30776085-30776196)
chr4 (794-868)||(54396725-54396799)
[»] chr7 (53 HSPs)
chr7 (570-873)||(13333024-13333327)
chr7 (577-882)||(10493949-10494254)
chr7 (569-882)||(8667707-8668020)
chr7 (570-883)||(8585274-8585587)
chr7 (577-873)||(8654747-8655043)
chr7 (569-883)||(6789799-6790113)
chr7 (589-882)||(8671217-8671510)
chr7 (570-882)||(1301752-1302064)
chr7 (576-882)||(8659651-8659957)
chr7 (576-862)||(17268247-17268533)
chr7 (577-873)||(3147569-3147865)
chr7 (576-883)||(8628819-8629126)
chr7 (570-858)||(8647189-8647474)
chr7 (576-873)||(17260538-17260835)
chr7 (249-471)||(27829256-27829478)
chr7 (577-883)||(27830450-27830756)
chr7 (279-473)||(17261359-17261553)
chr7 (570-825)||(8545977-8546232)
chr7 (337-472)||(3148339-3148474)
chr7 (255-472)||(6790378-6790595)
chr7 (566-825)||(8582045-8582304)
chr7 (689-862)||(8590946-8591119)
chr7 (348-436)||(7876844-7876932)
chr7 (279-439)||(8582664-8582824)
chr7 (257-436)||(8660248-8660427)
chr7 (337-472)||(8668433-8668568)
chr7 (279-439)||(8572591-8572751)
chr7 (337-471)||(13332149-13332283)
chr7 (341-430)||(8635502-8635591)
chr7 (248-436)||(1302315-1302503)
chr7 (345-436)||(8546679-8546770)
chr7 (337-472)||(8647669-8647804)
chr7 (342-476)||(8591362-8591496)
chr7 (337-471)||(8630197-8630331)
chr7 (279-473)||(17269067-17269261)
chr7 (374-439)||(8568839-8568904)
chr7 (617-827)||(8640164-8640372)
chr7 (337-471)||(8584535-8584669)
chr7 (669-827)||(8636010-8636168)
chr7 (337-471)||(10493000-10493134)
chr7 (689-862)||(7877420-7877593)
chr7 (279-439)||(8538805-8538965)
chr7 (722-825)||(8570656-8570759)
chr7 (689-873)||(8602271-8602455)
chr7 (337-472)||(8655317-8655452)
chr7 (342-436)||(8602738-8602832)
chr7 (689-861)||(29581528-29581700)
chr7 (721-825)||(8576671-8576775)
chr7 (566-825)||(8559678-8559937)
chr7 (351-439)||(8577290-8577378)
chr7 (566-613)||(8570868-8570915)
chr7 (341-439)||(8610665-8610763)
chr7 (339-436)||(8104069-8104166)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (570-873)||(28220248-28220551)
chr5 (337-471)||(42554186-42554320)
chr5 (588-816)||(42555530-42555758)
chr5 (265-472)||(28220915-28221122)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (571-883)||(34466362-34466674)
chr1 (569-883)||(15595328-15595638)
chr1 (570-882)||(4678126-4678438)
chr1 (248-475)||(34465158-34465385)
chr1 (257-472)||(4677459-4677674)
chr1 (337-439)||(15596060-15596162)
chr1 (580-665)||(52549098-52549183)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (576-883)||(43745136-43745441)
chr8 (249-439)||(12529869-12530059)
chr8 (276-471)||(43745793-43745985)
chr8 (571-827)||(12528847-12529103)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (576-862)||(28910890-28911176)
chr6 (402-436)||(28911318-28911352)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 267; Significance: 1e-148; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 279 - 825
Target Start/End: Original strand, 12257855 - 12258404
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||| ||||| |||||||| || || || || || || |||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||||| |||| || ||| |    
T  12257855 ggaattgaccttggcacaacgtattcatgcgttgctgtttggcaggaacaatattgtcgagctgagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgc 12257954  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 478  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |     
T  12257955 cttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcaacacactgtctttggtatttctat 12258054  T
Q  479 t-ttttcacttccttttatatacttaatat---tgttttgatatgattaat---gctgaagtgctgaataattgaatgttgagaattacaaatgttaatt 571  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||  |||   ||||||  ||||||||||   |||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |    
T  12258055 tctttttacttccttt-atatacttgttataattgttttactatgattaataatgctgaagtactgaataatttaat--tgagaattacaaatgttaaat 12258151  T
Q  572 tttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatg 671  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  12258152 ttc-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtagttcaagatgatataatgttgtggccatttaaagtcactgctggtgtcaatg 12258250  T
Q  672 acaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctga 771  Q
     |||||| |||||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  12258251 gcaaacccatgattacggtaaagtacaagaatcaagagaagcagctttgtgccgaggaagtatcatctgtggtattgacaaagatgcgagaaattgctga 12258350  T
Q  772 ggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattt 825  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12258351 ggcatatttagaatcacccgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcatattt 12258404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 541 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 12235317 - 12234997
Alignment:
Q  541 aattgaatgttgagaattacaaatgttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttg 640  Q
    ||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12235317 aattgaatgatgaaagttactaatgttaattttt-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatgtgatgttg 12235219  T
Q  641 tggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatcta 740  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  12235218 tggccattcaaggtcgctgctggtgtcaatgacaaacccatgattattgtcaagtacaagggtcgagagaagcagctatgtcccgaagaagtatcatcta 12235119  T
Q  741 tgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagag 840  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||  |    
T  12235118 tggtactcacaaagatgcgagaaatcgctgaggcatatttacaatttccagttaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacg 12235019  T
Q  841 aaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    |||||| || ||||||||||||    
T  12235018 aaaagcaactatagatgctggt 12234997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 570 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 11999994 - 11999665
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11999994 ttttttcagatgctaagaggttaattggttggaagtttagtgatcttgttgttcaagatgatggattgttatggccattcaaggtcactgctgatgtcaa 11999895  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  11999894 tgacaaaccaataattactgttaagtacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacgaagatgcgagaaattgct 11999795  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  11999794 gaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgttgttgttactgtaccagcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgccggtgcaattg 11999695  T
Q  870 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatg 899  Q
    |||| || |||||| |||| ||||||||||    
T  11999694 ctggcatcaatgttataagggtaatgaatg 11999665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 570 - 899
Target Start/End: Original strand, 12244974 - 12245303
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||  | | || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12244974 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgatcctattgttctggatgatgcattattatggccgttcaaggtcactgctggtgtcaa 12245073  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12245074 tgacaaaccaataattactgttaactacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacaaagatgcgagaaattgct 12245173  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  12245174 gaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgctgttgttactgtacctgcttattttagtgattctcagcgaaaagcaacgatagatgctggctcaattg 12245273  T
Q  870 ctgggattaatgttgtaagagtaatgaatg 899  Q
    ||||  | |||||| | || ||||||||||    
T  12245274 ctggtctcaatgttatgagggtaatgaatg 12245303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 567 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 7542829 - 7542523
Alignment:
Q  567 taatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgt 666  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||     
T  7542829 taatttttgtagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatactgttatggccattcaaggtgactgcgggtga 7542730  T
Q  667 caatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaatt 766  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7542729 caatgacagacccatgattaccgttaagtacaaggatcaggagaaacaactccatgctgaagaggtatcatctatggtactcacaaagatgcgagaaatt 7542630  T
Q  767 gctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttcta 866  Q
    |||||| | ||||||||| || | || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | |    
T  7542629 gctgagtcgtatttagaaacaactgtgacgaatgcagttgttactgtacctgcttattttaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcgggtgcca 7542530  T
Q  867 ttgctgg 873  Q
    |||||||    
T  7542529 ttgctgg 7542523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 571 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 14704007 - 14703679
Alignment:
Q  571 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 670  Q
    |||| ||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  14704007 tttttcagatgctaagaggttgttgggaaggaagtttagcgatcctattgttcaagatgatatacttttatggccatttaaggtcactgctggagtcgat 14703908  T
Q  671 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 770  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | || | ||| |||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||    
T  14703907 gacaaacccatgattacggttaagtacaaggatcaggagaagaagctctatgccgaagaagtatcatctatggtactggtgaagatgcgagaaattgctg 14703808  T
Q  771 aggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgc 870  Q
    || |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || |||||||||  ||||||    
T  14703807 agacatatttagagtcaactgttaagaatgcagttgttacggtgcctgcttattttagtgattctcaaagaaaagccactatggatgctggtgttattgc 14703708  T
Q  871 tgggattaatgttgtaagagtaatgaatg 899  Q
     ||  | |||||| | || ||||||||||    
T  14703707 cggcctcaatgttatgagggtaatgaatg 14703679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 576 - 873
Target Start/End: Original strand, 16661566 - 16661863
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  16661566 cagatgctaagaggttaattggtaggaaatttagtgaccccgttgttcaaaaagatatactgttgtggccgttcaaggttattgctggtgttaatgacaa 16661665  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||  | |||||||| |||   ||  |||| |||||     
T  16661666 acctacgattagtgttaagtacaagggtcaggagaagctcctttgtgccgaggaaatctcatctattgtcctcacaaacatgaaggaggttgcagaggct 16661765  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 873  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||||| || || ||||||||| | ||||||||    
T  16661766 tatttggaatcaccggttaaaaatgcagttgtcactgttcctgcttattttaacgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccattgctgg 16661863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 570 - 862
Target Start/End: Original strand, 16657085 - 16657377
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || || ||    
T  16657085 ttttttcagatgctaaaaggttaatcggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaatgatatcatcttgtggccattcaaggtcattgccggagtgaa 16657184  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||| ||||  ||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  16657185 tgacaaaccaatgattactcttcagtataagggtcaagagagccaattttgtgctgaggaaatatcatctatgatccttacaaagatgcgagaagttgct 16657284  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    ||||||| | | || || || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || || ||| ||||||| || ||||||||||||    
T  16657285 gaggcatttatggagtcgcctgtcaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggt 16657377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 279 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 7543438 - 7543242
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  7543438 ggaatagaccttggcacaacgtactcttgtgttgcagtatggcaggatcaacactatcgagttgaaatcattcacaacgaccaaggcaacagaacaacac 7543339  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 475  Q
    |||||| ||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7543338 cttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgcttccaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 7543242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 264 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 14705639 - 14705432
Alignment:
Q  264 gaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaag 363  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||    
T  14705639 gaaggatgtgctgtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaag 14705540  T
Q  364 gcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgt 463  Q
    |||| | || ||| ||||||| ||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  14705539 gcaatagaacaactccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcgaaacactgt 14705440  T
Q  464 ctttggta 471  Q
    ||||||||    
T  14705439 ctttggta 14705432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 276 - 472
Target Start/End: Original strand, 12244341 - 12244537
Alignment:
Q  276 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 375  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||| || || ||||||| || ||    
T  12244341 gtgggaatagaccttggtacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaggaacaacactctcgtgttgaaatcattcacaacgatcagggcaacagaacaa 12244440  T
Q  376 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12244441 caccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaagctgctgctaactctcaaaacactgtctttggtaa 12244537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 43626010 - 43625720
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||    ||| ||  |    
T  43626010 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatcatgttgtggccattcagggtca---ttggggtgga 43625914  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||     
T  43625913 tgacaaaccaatgattattgtaaaatacaagggtcaagagaagcgtttttgtcctgaggaaatatcgtctatgatcctcacaaagatgcgagaggttgca 43625814  T
Q  770 gaggcatatttagaat-caccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    |||  || ||||   | | || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||| ||||||| || ||||||| ||||    
T  43625813 gagaaatttttaatgtccccccgtaaagaatgcagttgttaccgtgcctgcttacttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgttggt 43625720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 312 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 12000461 - 12000300
Alignment:
Q  312 gcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggt 411  Q
    |||||||||| ||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  12000461 gcagtgtggctggaacaacactctcgagttgaaatcattcacaacgatcaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggt 12000362  T
Q  412 tgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 473  Q
    |  ||||||||||||| || || ||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  12000361 ttgttggtgatgctgctaaaaaccaagccgctgccaactctcaaaacactgtttttggtaat 12000300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 275 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 12235963 - 12235763
Alignment:
Q  275 tgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaata 374  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || |  |||||||||||||||||||| || |||||||| | || |    
T  12235963 tgtggggatagaccttggtacaacatattcatgtgttgcagtatggcaggaacagcactctcgagttgagatcattcacaacgatcaaggcaatagaaca 12235864  T
Q  375 acaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatt 474  Q
    || ||||||| ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12235863 accccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgcttccaacccgcaaaacaccgtctttggtaatt 12235764  T
Q  475 t 475  Q
    |    
T  12235763 t 12235763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 342 - 471
Target Start/End: Original strand, 16656604 - 16656733
Alignment:
Q  342 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 441  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |    
T  16656604 gagatcatacacaatgaccagggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagttg 16656703  T
Q  442 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    | |  ||||| ||||||||  |||||||||    
T  16656704 ccgctaacccacaaaacaccatctttggta 16656733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 468
Target Start/End: Original strand, 16661065 - 16661196
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| ||||    
T  16661065 gagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaattacaccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatca 16661164  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttg 468  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  16661165 agctgctatcaacccacaaaacaccgtctttg 16661196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 43626489 - 43626288
Alignment:
Q  271 gtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaa 370  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||| | || |||||||  ||  || |  |  |||| ||||| || |||||||||||||| ||||     
T  43626489 gtgttgtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacag 43626390  T
Q  371 aataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggt 470  Q
    ||  |||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |   | ||||  |||||||||||||||||    
T  43626389 aactacaccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaagggtcaagctacctccgaccccgaaaacactgtctttggt 43626290  T
Q  471 aa 472  Q
    ||    
T  43626289 aa 43626288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 261 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 12000841 - 12000786
Alignment:
Q  261 tatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagt 316  Q
    |||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12000841 tatgaaggacttgctgtgggagtagacctcggcacaacatactcttgtgttgcagt 12000786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 570 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 39373460 - 39373417
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 613  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39373460 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgat 39373417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 6e-92; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 569 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 35133047 - 35132719
Alignment:
Q  569 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 668  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35133047 attttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaagtttagtgatcctattgttcaagatgatatactgctatggccattcaaggtcactgccggtgtaa 35132948  T
Q  669 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35132947 atgacaaacccatgattacggttaagtacaaggatgaggaaaagcaactctatgcggaagaagtatcatccatggtactcacaaagatgcgagaaattgc 35132848  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
      ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||  ||||||| || |||||||||||| |||||    
T  35132847 --aggcatatttagaatcaactgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgctggtgctatt 35132750  T
Q  869 gctgggattaatgttgtaagagtaatgaatg 899  Q
    |||||    |||||| | |||||||||||||    
T  35132749 gctggtcccaatgttatgagagtaatgaatg 35132719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 569 - 882
Target Start/End: Original strand, 9335458 - 9335771
Alignment:
Q  569 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 668  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  9335458 atttttgcagatgctaagagattaactggtaggaagtttagtgatctggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 9335557  T
Q  669 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||| ||||  ||||    
T  9335558 atgacaaacctatgattactgttaactacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgc 9335657  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
     ||||||||||| |  || ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| |||||    
T  9335658 ggaggcatatttggggtcgccggtcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactatt 9335757  T
Q  869 gctgggattaatgt 882  Q
    |||||  |||||||    
T  9335758 gctggccttaatgt 9335771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 279 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 35133615 - 35133414
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||    
T  35133615 ggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaacaaaacaacac 35133516  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 478  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||   | |||||||||| ||||||||||| ||    
T  35133515 cttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaattttgaaaacactgtatttggtaatttcaa 35133416  T
Q  479 tt 480  Q
    ||    
T  35133415 tt 35133414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 570 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 30775852 - 30775539
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||    
T  30775852 ttttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaaatttagcgaccctgttgttcaaaaagatattttgttgtggccattcaaggttgtttctggtgttaa 30775753  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| |||||| |||||||| |  || ||||| || ||| | ||||| ||  | |||||||| ||| |||| |||||     
T  30775752 tgacaaacccatgatttcccttaagttcaagggccaggagaaactcctctgtgccgaggaaatttcatcaatagtcctcacaaatatgagagagattgca 30775653  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    |||   ||||| ||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||  | ||| ||||||| || || ||||||||| | ||||    
T  30775652 gagatgtatttggaatccccagttaaaaatgcagttatcactgtgcctgcttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattg 30775553  T
Q  870 ctgggattaatgtt 883  Q
    ||||  ||||||||    
T  30775552 ctggtcttaatgtt 30775539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Original strand, 9323063 - 9323198
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9323063 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9323162  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9323163 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9323198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Original strand, 9377542 - 9377677
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9377542 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9377641  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9377642 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9377677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Original strand, 9335035 - 9335169
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9335035 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatca 9335133  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9335134 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9335169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 361 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 30776196 - 30776085
Alignment:
Q  361 aaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacac 460  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| | || || ||| ||||||||||||||||    
T  30776196 aaggcagcaaaatcacaccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaaggaccaggctgctatcaaccctcaaaacac 30776097  T
Q  461 tgtctttggtaa 472  Q
    ||||||||||||    
T  30776096 tgtctttggtaa 30776085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 794 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 54396799 - 54396725
Alignment:
Q  794 aagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||||  |  ||||||||| |||||||||| |||||    
T  54396799 aagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatgattctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatt 54396725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 53)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 570 - 873
Target Start/End: Original strand, 13333024 - 13333327
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13333024 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttacttctggtgtcaa 13333123  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || ||||||||||||||  ||||     
T  13333124 cgacaagcctatgattaccgctaagtgcaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgca 13333223  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||||||||| | |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| ||||||    
T  13333224 gaggcatatatggggtcaccagtcaagaatgccgttgttactgtgccggcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtgctattg 13333323  T
Q  870 ctgg 873  Q
    ||||    
T  13333324 ctgg 13333327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 577 - 882
Target Start/End: Original strand, 10493949 - 10494254
Alignment:
Q  577 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 676  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  10493949 agatgctaagaggttaattggcaggaagtttagtgatccggttgttcaaaacgatataatgttgtggccattcaaggttacttcaggtgtcaatgacaaa 10494048  T
Q  677 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 776  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || | ||||||||||||  |||| |||||||    
T  10494049 cctatgattaccgctaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcat 10494148  T
Q  777 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 876  Q
    |||| |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||  |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||  |    
T  10494149 atttggggtcaccagtcaagaatgctgttgttactgtgccggcttacttcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctggcct 10494248  T
Q  877 taatgt 882  Q
    ||||||    
T  10494249 taatgt 10494254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 569 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 8668020 - 8667707
Alignment:
Q  569 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  8668020 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgaccccgttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 8667921  T
Q  669 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  ||||    
T  8667920 atgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgc 8667821  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
     ||||||||| | |  || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || |||||| |||| || || |||||||||||| |||||    
T  8667820 ggaggcatatctggggtcgccggtcaagaatgccgttgttactgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaaaggccaccatagatgctggtactatt 8667721  T
Q  869 gctgggattaatgt 882  Q
    |||||  |||||||    
T  8667720 gctggacttaatgt 8667707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 570 - 883
Target Start/End: Original strand, 8585274 - 8585587
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  8585274 ttttttcagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcccgttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttatctctggtgttaa 8585373  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaa-attgc 768  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||  |||| |||||    
T  8585374 tgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagaaaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctatcatcctcacaaacatg-aagaagattgc 8585472  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
     ||| |||||||  ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || || ||||||||| | |||    
T  8585473 agagacatatttgaaatcacctgttcaaaatgcagttgtgactgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatggatgctggtgccatt 8585572  T
Q  869 gctgggattaatgtt 883  Q
    |||||  ||||||||    
T  8585573 gctggccttaatgtt 8585587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 577 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 8655043 - 8654747
Alignment:
Q  577 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||    
T  8655043 agatgctaagaggttaattggtaggaagtatagtgatcctattgttcaaaaggatatcatgttgtggccattcatggttacttctggtgttaatgacaaa 8654944  T
Q  677 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 776  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||  | | || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8654943 cccatgattactgttaagtacaaaggtcaagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcatctgcggttcttacaaagatgcgagagattgcagaggcat 8654844  T
Q  777 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 873  Q
    |  | | |||||| || || ||||  |||||||||||||| || || ||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||||    
T  8654843 accttggatcacccgtcaaaaatgtcgttgttactgtgccggcatacttcaatgactctcagcgaaaagcaaccatagatgctggtgccattgctgg 8654747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 569 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 6790113 - 6789799
Alignment:
Q  569 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 668  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6790113 attttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttttggccattcaaggtcattgctggcgtca 6790014  T
Q  669 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    ||||||| || ||||||   ||| |||| |||||| |||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  6790013 atgacaagcccatgattgttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgc 6789914  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctatt 868  Q
    ||||  ||||||  | |||  | | || ||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||  | ||||| ||  ||||||||||| | |||    
T  6789913 tgagaaatatttgcagtcagagataaaaaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattctcaacggaaagccactttagatgctggtgccatt 6789814  T
Q  869 gctgggattaatgtt 883  Q
    |||||  ||||||||    
T  6789813 gctggtcttaatgtt 6789799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 589 - 882
Target Start/End: Original strand, 8671217 - 8671510
Alignment:
Q  589 gttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattacc 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8671217 gttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaatgacaaacctatgattact 8671316  T
Q  689 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 788  Q
    || |||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  |||| ||||||||| | || ||||    
T  8671317 gtcaagtacgaaggtctagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggagtcac 8671416  T
Q  789 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggattaatgt 882  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||  || |||||| |||  || || || ||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  8671417 cggtcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctcagcgaacggccaccattgatgctggtactattgctggacttaatgt 8671510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 570 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 1302064 - 1301752
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  1302064 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggtcatcgccggtgtgaa 1301965  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    |||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |  || ||| ||||||||||| | || || |||||||||||||||||     
T  1301964 tgacaaacccgtgattgttgttaagtacaagggtcaggagaagcacttttgcgtggaggaaatatcatctatggtccttacgaagatgcgagaaattgca 1301865  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||| ||||| ||   ||||| || |  ||||| |||||||||||||||||  ||||||  || |||||| ||||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  1301864 gagacatatctaatgtcaccagtgacaaatgctgttgttactgtgcctgcacatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgccggtgcaattg 1301765  T
Q  870 ctgggattaatgt 882  Q
    ||||  |||||||    
T  1301764 ctggccttaatgt 1301752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 576 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 8659957 - 8659651
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||    
T  8659957 cagatgcaaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggttatcgctggtgtgaacgacaa 8659858  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
    ||  |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||    
T  8659857 actcatgattaatgttcagtacaagggtcaggagaagcacttttgtgcggaggaaatatcatctatggtacttacaaaaatgcgagaagttgcagagaca 8659758  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 875  Q
    ||| ||   ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || ||||  || |||||| ||||||| || |||||| | ||| | ||||||||      
T  8659757 tatctaatgtcacctgtgaagaatgctgttgttacagtgcctgcatagttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagattccggtgccattgctggcc 8659658  T
Q  876 ttaatgt 882  Q
    |||||||    
T  8659657 ttaatgt 8659651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 576 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 17268533 - 17268247
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17268533 cagatgctaagagactaattggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17268434  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  17268433 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaa 17268334  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    ||| |||||||| |||||| |||||| ||  ||||||| || ||||| |||| ||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  17268333 tatctagaatcatcggttatgaatgctgtcattactgtcccggcttacttcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggt 17268247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 577 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 3147865 - 3147569
Alignment:
Q  577 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 676  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |   || || |||||||||    
T  3147865 agatgcaaagaggttaattggtaggaagtttggtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttgtggccattcaaggtcatttgcggagtgaatgacaaa 3147766  T
Q  677 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 776  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||||  | | ||| ||||  |    
T  3147765 cccatgatttcggttaagtgcaagggacaggagaagcacctatgtgctgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgcaagactgcagaggagt 3147666  T
Q  777 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 873  Q
     ||||||||  || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||  ||  ||||| | ||||| || ||||||||||||  |||||||||    
T  3147665 ttttagaattgcctgtcaagaatgcagttgttaccgtacctgcttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctgg 3147569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 576 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 8629126 - 8628819
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||| | ||||||||    
T  8629126 cagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaaggatatcatgttctggccattcaaggttatttctggtcttaatgacaa 8629027  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaa-attgctgaggc 774  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||| |||||||||| || ||  |||| |||  |||| ||||| |||||    
T  8629026 gcctatgattgctgttaagtacaagggtcaagagaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctattatccttgcaaatatg-aagaagattgcagaggc 8628928  T
Q  775 atatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggg 874  Q
     |||||  ||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || ||  |||||||| | ||||||||     
T  8628927 ttatttgaaatcacctgtaaaaaatgcagttgtcaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatgaatgctggtgccattgctggc 8628828  T
Q  875 attaatgtt 883  Q
     ||||||||    
T  8628827 cttaatgtt 8628819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 570 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 8647474 - 8647189
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||   | || ||    
T  8647474 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagttttttgattctgttgttcagaatgataagaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaa 8647378  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||     
T  8647377 tgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgttattgtgctgaggaaatatcatcgatgatcctcacaaagatgcgagaggttgca 8647278  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgc 858  Q
    |||  |||||||   || || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||  || | |||| ||||||| || ||||||||    
T  8647277 gagaaatatttaatgtcccctgtaaagaatgcagttgttactgtgcctgcatacttcaatgattatcagcgaaaagccactatagatgc 8647189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 576 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 17260835 - 17260538
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17260835 cagatgctaagagactagttggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17260736  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| ||||    |||||||| || |||||||||| |    
T  17260735 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatctcgtctatggtacttgtgaagatgcgggagattgctgaggta 17260636  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 873  Q
    ||| | |||||| ||||||  ||||  ||| ||||||| |||||||||||||  || |||||| ||||||| || ||||||||||||  |||||||||    
T  17260635 tatcttgaatcatcggttattaatgttgttattactgttcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgttattgctgg 17260538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 249 - 471
Target Start/End: Original strand, 27829256 - 27829478
Alignment:
Q  249 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 348  Q
    ||||| ||||||||||||||   |  ||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||| ||||||||| |||||   | |||| ||||| |    
T  27829256 atggcgaaaaagtatgaagggctttctgtgggaattgacctaggtacaacgtactcgtgcgttgcagcgtggcaggatcaacacaacagagtggagatta 27829355  T
Q  349 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaa 448  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |  | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  |||    
T  27829356 ttcacaatgaacaaggcaacaagacaacaccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaagaaccaagctgcttccaa 27829455  T
Q  449 ccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  27829456 ccctcaaaacactatctttggta 27829478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 577 - 883
Target Start/End: Original strand, 27830450 - 27830756
Alignment:
Q  577 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||||||  ||||||| |||||| |||| | ||| ||| ||  |||||    
T  27830450 agatgctaagaggttaattggtaggaagttcagcgatgatgttgttcaaaaagatataaacttgtggctattcaaagtcattactgatgtaaacaacaaa 27830549  T
Q  677 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 776  Q
    || ||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||  | ||||| || ||| | ||||| ||| | || |||||||||||||| || || |||||||    
T  27830550 cccatgtttgttgttaagtacaagagtcaggagaaacacttatgtgcggaggaaatttcatcaatggtccttacaaagatgcgagagatcgcggaggcat 27830649  T
Q  777 atttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgggat 876  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||  | || ||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||| ||  ||||| | ||| | ||||||||  |    
T  27830650 atttgcaatcaccggttaagaatgcagtaataaccgtgccagcttatttcaatgactctcaacgaaaagccactgtagattccggtgccattgctggcct 27830749  T
Q  877 taatgtt 883  Q
    |||||||    
T  27830750 taatgtt 27830756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 279 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 17261553 - 17261359
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| ||  ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  17261553 ggaatagaccttgggacgacatactcttgtgttgccgtatggcatgaagaacatggtagagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactc 17261454  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 473  Q
    |||||| |||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17261453 cttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatcaagctgccataaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17261359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 570 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 8546232 - 8545977
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||  ||||| || |||||||||| || ||||||| | | ||||| ||    
T  8546232 tttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattcctttgttcagaatgatctactgttgtggccctttaaggtcatttccggtgttaa 8546133  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    ||||||||| |  |||   || || ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||    
T  8546132 tgacaaaccgacaattcttgtgaactacaagggtgaggaaaagca-ctttgttgctgaagaaatatcatctgtgatcctctcacagatgcgagagattgc 8546034  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattt 825  Q
     ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  8546033 agaggcatttttggagtcacctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattt 8545977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 3148474 - 3148339
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  3148474 gagttgagattattcacaatgaccaaggcaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatca 3148375  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    |||  |    |||||| |||||||||| ||||||||    
T  3148374 agctcccacaaaccctgaaaacactgtttttggtaa 3148339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 255 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 6790595 - 6790378
Alignment:
Q  255 aaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcaca 354  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |  |||||||  ||  ||||     |||||||||| |||||||    
T  6790595 aaaaaatacgaaggatgtgctgtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcaca 6790496  T
Q  355 atgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctca 454  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||   |||||| ||    
T  6790495 atgaccaaggtaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaacccgca 6790396  T
Q  455 aaacactgtctttggtaa 472  Q
    ||||||| |||| |||||    
T  6790395 aaacactatcttcggtaa 6790378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 566 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 8582304 - 8582045
Alignment:
Q  566 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 665  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  8582304 ttaattttttcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattccattgttcaaaaggatatcaagttgtggcccttcaaggtcaccgcaggtg 8582205  T
Q  666 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 765  Q
      ||||||||||| |  ||    || || ||||||||| |||| || ||  ||  |||||||||| |||||||| | || || ||| |||||||||| ||    
T  8582204 ctaatgacaaaccgacaatcgttgtgaactacaagggtaaggaaaaacactttcttgctgaagaaatatcatctgttattctgacacagatgcgagagat 8582105  T
Q  766 tgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattt 825  Q
    ||| ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  8582104 tgcagaggcatttttggagtcacctgttaagaatgcagtgattactgtacctgcttattt 8582045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 689 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 8591119 - 8590946
Alignment:
Q  689 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 788  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| || ||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    | ||| || ||||    
T  8591119 gttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcatccatggttctcacaaagatgcgagagattgctgaaaagtttttggagtcac 8591020  T
Q  789 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  8591019 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccagcttattttaatgattctcagaggaaagctaccaaagatgctggt 8590946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 348 - 436
Target Start/End: Original strand, 7876844 - 7876932
Alignment:
Q  348 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7876844 attcacaatgaacaaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatca 7876932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 279 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8582824 - 8582664
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || || ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  8582824 ggaattgaccttggtacaacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggaaatcatacacaatgatcaaggaaacaaaacaacac 8582725  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    |||||||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8582724 cttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8582664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 257 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8660427 - 8660248
Alignment:
Q  257 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 356  Q
    |||||| |||||| ||| | | ||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||| |||| | ||    ||||| ||||||||  ||||     
T  8660427 aaagtacgaaggacgtgctattggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaac 8660328  T
Q  357 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8660327 gaccaaggaaacaaaacaacaccttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 8660248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8668568 - 8668433
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8668568 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaataacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatca 8668469  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  8668468 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 8668433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 279 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8572751 - 8572591
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||   || ||||| ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |    
T  8572751 ggaattgaccttggcacgacttactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaatgatcgtgttgaaatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaactc 8572652  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    | |||||||||||||| |||||   |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8572651 cctcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgatcggtgatgctgccaaaaatcaagc 8572591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 337 - 471
Target Start/End: Original strand, 13332149 - 13332283
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13332149 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatca 13332248  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    | | ||    |||||| |||||||| |||||||||    
T  13332249 atctgccactaaccctgaaaacactatctttggta 13332283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 341 - 430
Target Start/End: Original strand, 8635502 - 8635591
Alignment:
Q  341 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaa 430  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8635502 tgagatcatccacaatgagcaagggaacagaatcacaccttcttgtgttgctttcactgacgcacaaaggttgattggtgatgctgccaa 8635591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 248 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 1302503 - 1302315
Alignment:
Q  248 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 347  Q
    |||||| | |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||     |||| ||||||    
T  1302503 catggcgataaagtacgaaggacgtgctgttggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatagagtagagatc 1302404  T
Q  348 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    ||  |||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1302403 atctacaacgaccaaggcaacaaaacaacaccgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 1302315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8546770 - 8546679
Alignment:
Q  345 atcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8546770 atcattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgctttcacaaattcccaaaggctgattggtgatgctgccaaaaatca 8546679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8647804 - 8647669
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  8647804 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaacagaactacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgctaaaaatca 8647705  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
     || |||   ||||||   |||||||||||||||||    
T  8647704 ggctgcttctaaccctaccaacactgtctttggtaa 8647669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 342 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 8591496 - 8591362
Alignment:
Q  342 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 441  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || || |    
T  8591496 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgcaaaaaaccaggctg 8591397  T
Q  442 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattta 476  Q
    ||   |||||   |||||||||||| |||||||||    
T  8591396 cttctaacccagcaaacactgtcttcggtaattta 8591362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 337 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 8630331 - 8630197
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8630331 gagttgagattattcacaatgatgaaggcaataaaatcacaccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8630232  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
     || ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8630231 ggctgccatcaacccacaaaacactgtctttggta 8630197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 279 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269067
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||  |  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||  || |    
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaacacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactactc 17269162  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 473  Q
    | |||| |||||||||  |||||||| ||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17269161 cgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgccatgaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17269067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 374 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8568904 - 8568839
Alignment:
Q  374 aacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8568904 aacaccttcttgtgttgctttcactaaatctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8568839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 617 - 827
Target Start/End: Original strand, 8640164 - 8640372
Alignment:
Q  617 gttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatc 716  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||   | || ||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |     
T  8640164 gttgttcaaaatgatatgaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaatgacaaacccacgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgtt 8640260  T
Q  717 tttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaat-caccggttaagaatgcagttgttactgtgc 815  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||  |||| |||  |||||||   | | || || |||||||||||||||||| |||    
T  8640261 tttgtgccgaggaaatatcatctatgatcctttcgaagatgcgagaggttgcagagaaatatttaatgtccccccgtaaagaatgcagttgttactatgc 8640360  T
Q  816 ctgcttatttca 827  Q
    ||||||| ||||    
T  8640361 ctgcttacttca 8640372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 337 - 471
Target Start/End: Original strand, 8584535 - 8584669
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8584535 gagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaaatcacaccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8584634  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
     || ||| |||||||  | ||||||||||||||||    
T  8584635 ggctgctatcaacccagagaacactgtctttggta 8584669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 669 - 827
Target Start/End: Original strand, 8636010 - 8636168
Alignment:
Q  669 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    |||||||||| ||||||   || || ||||||||| |  | ||||| |||| | |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||| |||||    
T  8636010 atgacaaacccatgattgttgtgaaatacaagggtgaacaaaagcaactttttcctgaggaaatatcgtctatggtcctgacaaagatgcgagagattgc 8636109  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttca 827  Q
    |||||||||| | |||||| | || |||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  8636110 tgaggcatatctggaatcatctgtcaagaatgcagtcattactgtgcccgcttatttca 8636168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 337 - 471
Target Start/End: Original strand, 10493000 - 10493134
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10493000 gagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 10493099  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    | | ||    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10493100 atctgccactaaccctgaaaacaccgtctttggta 10493134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 689 - 862
Target Start/End: Original strand, 7877420 - 7877593
Alignment:
Q  689 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 788  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  ||||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||   | ||| || ||||    
T  7877420 gttaagtataagggcgaggaaaagcacttttgtgccgaggaaatatcatccatgatccttacaaagatgcgcgagattgcagagaagtttttggagtcac 7877519  T
Q  789 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||  ||||||| || | ||||||||||    
T  7877520 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctcaacgaaaagccacaaaagatgctggt 7877593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 279 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8538965 - 8538805
Alignment:
Q  279 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 378  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||  ||||    
T  8538965 ggaattgaccttggcacgacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggagatcatacacaacgatcaaggaaacaaaaccacac 8538866  T
Q  379 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    |||||||||||| ||| | |||   |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8538865 cttcttgtgttggttttagtaattctcaacgattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8538805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 722 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 8570759 - 8570656
Alignment:
Q  722 gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgctt 821  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||| || || || ||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  8570759 gctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaagcatttttggagtctcctgttaagaatgcagtgattactgtacctgctt 8570660  T
Q  822 attt 825  Q
    ||||    
T  8570659 attt 8570656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #44
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 689 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 8602455 - 8602271
Alignment:
Q  689 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcac 788  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||||  | |||||||| ||| | ||||| ||| | || ||||||||||| |||||||| |||   | | | || ||||    
T  8602455 gttaagtataagggtggggaaaagcacttctgtgctgaggaaatctcatcaatggtccttacaaagatgcgtgaaattgcagagaagtttctggagtcac 8602356  T
Q  789 cggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctgg 873  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |  || |||||| ||||||| || | |||||||||| | ||||||||    
T  8602355 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctcagcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctgg 8602271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 337 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 8655452 - 8655317
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||  ||  |||||||    
T  8655452 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaatagaactacaccttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattggcaatggagctgagaatca 8655353  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 472  Q
    | | |||  ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  8655352 atctgctaccaaccccgaaaacactgtatttggtaa 8655317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #46
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8602832 - 8602738
Alignment:
Q  342 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  || ||||||| ||||||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8602832 gagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttcttttgttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatca 8602738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #47
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 689 - 861
Target Start/End: Original strand, 29581528 - 29581700
Alignment:
Q  689 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatca 787  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |  ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||  || ||||| |||  || ||| ||||      
T  29581528 gttaagtacaagggtgaagagaag-aggtttgttgctgaggaaatatcatctatgatcctctcaaagatgcatgatattgcagagaaatttttggaattg 29581626  T
Q  788 ccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctgg 861  Q
    || || |||||||||||  |||| ||||||||||||||||  || |||||| ||||||| || | |||||||||    
T  29581627 cctgtaaagaatgcagtgattaccgtgcctgcttatttcaatgattctcagcgaaaagccaccaaagatgctgg 29581700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #48
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 721 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 8576775 - 8576671
Alignment:
Q  721 tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgct 820  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| | | |  |  |||| ||||||||||||||  || |||||||||||    
T  8576775 tgctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaggcttttctgcagacacctgttaagaatgcagtgatttctgtgcctgct 8576676  T
Q  821 tattt 825  Q
    |||||    
T  8576675 tattt 8576671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #49
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 566 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 8559937 - 8559678
Alignment:
Q  566 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 665  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||    | || |||  |||| || |||||||||| || |||||||  ||||| |    
T  8559937 ttaatttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatacagtgattccatagtccaaagtgatgtactgttgtggccctttaaggtcatcgctggcg 8559838  T
Q  666 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 765  Q
      ||||||||||| | | |    || || |||| |||  |||| |||||||||  ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  8559837 ataatgacaaaccaacggtccttgtgaaatacaggggcaaggaaaagcatcttgttgccgaagaaatatcagctatgattctcacacagatgcgagagat 8559738  T
Q  766 tgctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattt 825  Q
    ||| || |||| ||| || ||  ||||| ||||||| ||  |||| || |||||||||||    
T  8559737 tgcagaagcatttttggagtcgacggttgagaatgctgtgattaccgtacctgcttattt 8559678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #50
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 351 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8577378 - 8577290
Alignment:
Q  351 cacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    |||||||| ||||| |||| ||  || ||||||||||||||||| || ||   |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8577378 cacaatgatcaaggaaacagaaccactccttcttgtgttgcttttaccaattctcaaagattgattggcgatgctgccaaaaatcaagc 8577290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #51
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 566 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 8570915 - 8570868
Alignment:
Q  566 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 613  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8570915 ttaatttttgcagatgtaaagaggttaattggaaggaagtatagtgat 8570868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 341 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 8610763 - 8610665
Alignment:
Q  341 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    |||||| || || ||||| ||||| |||| ||  || ||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  8610763 tgagataatccataatgagcaaggaaacagaaccactccttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagc 8610665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 339 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8104166 - 8104069
Alignment:
Q  339 gttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||  ||||| |||| ||||||||||||| |   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8104166 gttgagatcattgctaatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 8104069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 570 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 28220551 - 28220248
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||    ||    
T  28220551 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgactctgttgttcaagatgatataaagttgtggccattcaaggtcatttccggaacgaa 28220452  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
     |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||| | || ||||||||||| || |||||     
T  28220451 cgacaaacccatgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgtgagattgca 28220352  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||||| | ||| ||||  || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || | |||| | ||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  28220351 gaggcctttttggaatttcctgtcaagaatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattatcagcggaaagccaccatagatgcaggtaccattg 28220252  T
Q  870 ctgg 873  Q
    ||||    
T  28220251 ctgg 28220248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 337 - 471
Target Start/End: Original strand, 42554186 - 42554320
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  42554186 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatca 42554285  T
Q  437 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    | | ||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  42554286 aaccgccaccaacccccaaaacactgtctttggta 42554320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 588 - 816
Target Start/End: Original strand, 42555530 - 42555758
Alignment:
Q  588 ggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattac 687  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| | | ||  | |||| ||| || ||||||      
T  42555530 ggttaattggtaggaagtttaatgattatgttgttcaaaatgacatgaagttgtggccattcaaggtcatttccggaataaatggcaagcccatgattta 42555629  T
Q  688 cgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatca 787  Q
     || | |||| |||| |||||||| || || || || |||||| | ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| ||||||| ||| |||       
T  42555630 tgtaacgtacgagggacaggagaaacacctatgcgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgcaagattgcagaggcatttttggaaatg 42555729  T
Q  788 ccggttaagaatgcagttgttactgtgcc 816  Q
    || || |||||||||||||||||||||||    
T  42555730 cctgtcaagaatgcagttgttactgtgcc 42555758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 265 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 28221122 - 28220915
Alignment:
Q  265 aaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaagg 364  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  28221122 aaggatgtgctgtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaagg 28221023  T
Q  365 caacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtc 464  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||| || |||||| | ||   |||||| ||||| || |||    
T  28221022 caacaaaacaactccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaaacggccaacaacccccaaaataccgtc 28220923  T
Q  465 tttggtaa 472  Q
    ||||||||    
T  28220922 tttggtaa 28220915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 571 - 883
Target Start/End: Original strand, 34466362 - 34466674
Alignment:
Q  571 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 670  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  | |||||||   ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| |||    
T  34466362 tttttcagatgctaagaggttaattggcagaaaatttagtgatcctgatgttcaaacagatatgatgttatggccattcaaagttattgctggtgttaat 34466461  T
Q  671 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 770  Q
    ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| ||  |||||||||| || | ||| |    
T  34466462 gacaagccaatgatttcccttaagtataagggtcaggagaagcacctatgtgctgaggaaatctcatctatgatcctttcaaagatgcgggatactgcag 34466561  T
Q  771 aggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgc 870  Q
    ||| |||||| ||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||| |  || |||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||    
T  34466562 aggaatatttggaatcaccaattaagaatgcagttatcaccgtgcctgcttattttaatgattctcagcgaaaagctactgtggatgctggtactattgc 34466661  T
Q  871 tgggattaatgtt 883  Q
    |||  ||||||||    
T  34466662 tggccttaatgtt 34466674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 569 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 15595638 - 15595328
Alignment:
Q  569 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtt-gttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtc 667  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||     
T  15595638 attttttcagatgctaagagattaatcagtaggaagtttagtgattctgtttgttcaaaatgatataaagttgtggccattcaaggtcattg---gtgtg 15595542  T
Q  668 aatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattg 767  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| || ||||   |||||||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  15595541 aatgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtcaagaaaagcgcttttgtgctgaggaaatatcgtctatgattctcaaaaagatgcgagaggttg 15595442  T
Q  768 ctgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctat 867  Q
    | |||  || |||||  || || || || |||||||||||||| |||||||||||| |||  || |||||  ||||||| || |||||||| ||| | ||    
T  15595441 cagagaaatttttag--tctcccgtaaacaatgcagttgttaccgtgcctgcttatctcaatgattctcaacgaaaagccactatagatgcaggtgccat 15595344  T
Q  868 tgctgggattaatgtt 883  Q
    ||||||  ||||||||    
T  15595343 tgctggccttaatgtt 15595328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 570 - 882
Target Start/End: Original strand, 4678126 - 4678438
Alignment:
Q  570 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||| | || || |||||||||||||| | |||||   ||||||  ||    
T  4678126 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaggtatagtgattctgttgttcaaaaagacatcatgttgtggccatttagggtcatcactggtgagaa 4678225  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 769  Q
    ||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| ||||     
T  4678226 tgataaaccgatgattagtgttaagtacaagggtcaagagaagcaagttagtgttgaggaaatatcatcgatgatccttacaaagatgagagaagttgcc 4678325  T
Q  770 gaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattg 869  Q
    ||  ||||| ||   ||  | || |||||||  ||||||||||||||||| || ||||  || |||||  |||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  4678326 gaaacatatctaacttcgtctgtgaagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtgccattg 4678425  T
Q  870 ctgggattaatgt 882  Q
    ||||  |||||||    
T  4678426 ctggacttaatgt 4678438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 248 - 475
Target Start/End: Original strand, 34465158 - 34465385
Alignment:
Q  248 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 347  Q
    |||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  |  |||| |||||     
T  34465158 catggcgaaaaaatgtgaaggacgtgctgtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtagagtagagatt 34465257  T
Q  348 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtca 447  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  34465258 attgacaatgaccaaggtaacacaaccacaccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatcaaactgctacca 34465357  T
Q  448 accctcaaaacactgtctttggtaattt 475  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||    
T  34465358 acccacagaacactgtttttggtaattt 34465385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 257 - 472
Target Start/End: Original strand, 4677459 - 4677674
Alignment:
Q  257 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 356  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| || || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||   | |||| ||||| ||| |||||    
T  4677459 aaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaat 4677558  T
Q  357 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaa 456  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||   |||| || |||    
T  4677559 gaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaa 4677658  T
Q  457 acactgtctttggtaa 472  Q
    ||||||||||||||||    
T  4677659 acactgtctttggtaa 4677674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 337 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 15596162 - 15596060
Alignment:
Q  337 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  15596162 gagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacaccttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtca 15596063  T
Q  437 agc 439  Q
    |||    
T  15596062 agc 15596060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 580 - 665
Target Start/End: Original strand, 52549098 - 52549183
Alignment:
Q  580 tgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 665  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  52549098 tgctaagaggttaattggtaagaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatattgttatggtcattcaaggtcactgccggtg 52549183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 576 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 43745441 - 43745136
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| | | ||  | ||||||||    
T  43745441 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgattctgatgttcaaaatgatatgaagttgtggccgttcaaggtcatttccggattgaatgacaa 43745342  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
    |||  ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  43745341 acccgtgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgtgagattgcagagaca 43745242  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggttctattgctggga 875  Q
    | |||  |||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || | |||| | ||||| ||  ||||||||||| | |||||||||     
T  43745241 tttttgcaattgcctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattatcagcggaaagccac--tagatgctggtgccattgctgggc 43745144  T
Q  876 ttaatgtt 883  Q
    || |||||    
T  43745143 ttgatgtt 43745136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 249 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 12530059 - 12529869
Alignment:
Q  249 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 348  Q
    ||||| |||||||||||||||  || | | ||||| || || |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||  |   || || || || |    
T  12530059 atggcaaaaaagtatgaaggagttgctataggaattgatcttggcacaacttactcatgtgttggagtatggcaagagcaaactgatcgtgtggaaataa 12529960  T
Q  349 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 439  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  12529959 ttcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaagc 12529869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 276 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 43745985 - 43745793
Alignment:
Q  276 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 375  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||    
T  43745985 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaa---aa 43745889  T
Q  376 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 471  Q
    || |||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||   |||||||||||||||  |||||||||    
T  43745888 caacttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaacaccatctttggta 43745793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 571 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 12529103 - 12528847
Alignment:
Q  571 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtga-tcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 669  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| || | | |||||  | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  12529103 ttttgcagatgcaaagaggttaattggaagaaagtatagtgactcca-tagttcagaaggatcaactgttgtggccatttaaggtcactgctggtgctaa 12529005  T
Q  670 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgt-gctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 768  Q
    ||||||||| | |||    || || ||||| ||  ||||  | || |||||| ||||||||| |||| |||||||| ||  || |||||||||| |||||    
T  12529004 tgacaaaccgaagatccttgtgaactacaatgggaaggaacatca-ctttgttgctgaagaaatatcctctatgattctatcacagatgcgagagattgc 12528906  T
Q  769 tgaggcatatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttca 827  Q
     || |||| | | || ||||| ||||||||||||||  |||| ||||| || |||||||    
T  12528905 agatgcatttcttgagtcacctgttaagaatgcagtgattacggtgccagcgtatttca 12528847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 75; Significance: 5e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 576 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 28911176 - 28910890
Alignment:
Q  576 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 675  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28911176 cagatgctaagaggataattgataggaagtttagtgatcccgttgttcaaaacgattcaatgttgtcgccgttcaaggtcattgccggtgtcaatgacaa 28911077  T
Q  676 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 775  Q
     || |||||  | || |||||||||| |||||||||| |  | |||||||| ||| | |||||| || | ||| ||||||| || || ||||| | | ||    
T  28911076 ccccatgatatctgtcaagtacaaggatcaggagaagaaattatgtgctgaggaaatctcatctgtggttctctcaaagattcgcgagattgcagtgaca 28910977  T
Q  776 tatttagaatcaccggttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttatttcagcgactctcagagaaaagctacgatagatgctggt 862  Q
    | ||| ||||  || || ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||  || ||| |||| ||||| || ||||||||||||    
T  28910976 tttttggaattgcccgtcaagaatgcaattgttactttgactggttatttcaatgattcttagaggaaagccaccatagatgctggt 28910890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 402 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28911352 - 28911318
Alignment:
Q  402 gatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28911352 gatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 28911318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University