View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20665_high_34 (Length: 447)

Name: NF20665_high_34
Description: NF20665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20665_high_34
NF20665_high_34
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-437)||(34233010-34233427)
chr5 (20-412)||(34240808-34241200)
chr5 (20-412)||(42122936-42123328)
chr5 (47-412)||(41713800-41714165)
chr5 (20-436)||(42117188-42117604)
chr5 (38-436)||(42128348-42128746)
chr5 (30-334)||(41572339-41572643)
chr5 (30-334)||(41617978-41618282)
chr5 (189-398)||(41443970-41444179)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-436)||(11117599-11118015)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (23-424)||(25523264-25523665)
chr6 (170-436)||(24140436-24140702)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-412)||(8522559-8522951)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (23-436)||(12247898-12248311)
chr2 (23-436)||(11994618-11995032)
chr2 (270-436)||(32682134-32682306)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 34233427 - 34233010
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233427 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 34233328  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233327 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 34233228  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34233227 tgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccc 34233128  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34233127 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaagtttattggaatttttaccaat 34233028  T
Q  420 gtcatattgatccctttg 437  Q
    ||||||||||||||||||    
T  34233027 gtcatattgatccctttg 34233010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 34241200 - 34240808
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241200 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 34241101  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34241100 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 34241001  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34241000 tgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccc 34240901  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||    
T  34240900 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaacattgttggaatttt 34240808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 42122936 - 42123328
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  42122936 ggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttttttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattg 42123035  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  |  ||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  42123036 aactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttagttctgcaggaatcacatcag 42123135  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    |||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||| |   || ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  42123136 tgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccc 42123235  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 412  Q
    | ||||||| || || | ||| ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| | ||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  42123236 tatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatcaatacttacaaacttttttggaatttt 42123328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 47 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 41714165 - 41713800
Alignment:
Q  47 tccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctccc 146  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41714165 tccacaattcttggacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctccc 41714066  T
Q  147 acaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatg 246  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||| | | ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41714065 acaagatggttattagaaagatccaagacttcaagaaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatg 41713966  T
Q  247 attccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatc 346  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||| |||||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||| |    
T  41713965 attccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataac 41713866  T
Q  347 atttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 412  Q
    || ||||||  | |||| ||| || |||||||| ||||||||| || ||||| || ||||||||||    
T  41713865 atctggaatctccccatcaaatttatttcttgaaaaatcaatacttgcaaagatttttggaatttt 41713800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 20 - 436
Target Start/End: Original strand, 42117188 - 42117604
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    |||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| |||||||| |    
T  42117188 ggctgaaattggagaatgatgttcaggtccacaaatctttgacaacggaaatccacataaacccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcg 42117287  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    || |||    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  42117288 aagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccgg 42117387  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||  |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  42117388 taagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccc 42117487  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaat 419  Q
    ||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||  |||| | ||| |||||| |||| ||||||||| |||||||  |  |||||||||| ||||||    
T  42117488 tttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgttttttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcaccaat 42117587  T
Q  420 gtcatattgatcccttt 436  Q
    ||||| ||| |||||||    
T  42117588 gtcattttgctcccttt 42117604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 38 - 436
Target Start/End: Original strand, 42128348 - 42128746
Alignment:
Q  38 ttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggt 137  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  42128348 ttgttcaggtccacaattctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggt 42128447  T
Q  138 atttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgaga 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | |||||| ||||    
T  42128448 atttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaagaaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgaga 42128547  T
Q  238 gatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttc 337  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||| ||| | ||| ||||||| |||||||| || ||| | ||||| ||||| ||    
T  42128548 gatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctc 42128647  T
Q  338 tcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 436  Q
     || | ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||||||||| | ||| |||||||    
T  42128648 accaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttttgttcccttt 42128746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 30 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 41572643 - 41572339
Alignment:
Q  30 ggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttc 129  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||    
T  41572643 ggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttc 41572544  T
Q  130 cttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatt 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||    
T  41572543 cttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatt 41572444  T
Q  230 tgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcg 329  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  41572443 tgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgag 41572344  T
Q  330 tgaag 334  Q
    |||||    
T  41572343 tgaag 41572339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 30 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 41618282 - 41617978
Alignment:
Q  30 ggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttc 129  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||| || ||||    
T  41618282 ggagaatgttgttcaggttcacatttctttgacaagggaaatccgcataatcccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttc 41618183  T
Q  130 cttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatt 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||    
T  41618182 cttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaataccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatt 41618083  T
Q  230 tgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcg 329  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  41618082 tgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgag 41617983  T
Q  330 tgaag 334  Q
    |||||    
T  41617982 tgaag 41617978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 189 - 398
Target Start/End: Original strand, 41443970 - 41444179
Alignment:
Q  189 aaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggac 288  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | |||| |||| |||   | |||||||||||| | ||    
T  41443970 aaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcac 41444069  T
Q  289 cagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaat 388  Q
    |||| ||| | || || |||||||| || ||| ||| ||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  41444070 cagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaat 41444169  T
Q  389 agttacaaag 398  Q
    | ||||||||    
T  41444170 acttacaaag 41444179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 436
Target Start/End: Original strand, 11117599 - 11118015
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  11117599 ggctgaaggtggagaatgttgttcaggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccctgaatttccttcataggaatcatttgtaaatgtattg 11117698  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  11117699 aattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagcccaaattggttaattctgcaggaatcacactgg 11117798  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    | |  |||||||| || |||||||| |||||||||| || |||||||  |||||| |  |||||| ||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||    
T  11117799 ttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagccc 11117898  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaat 419  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| |||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |    
T  11117899 tttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatacttactaactttattggaattttcaccagt 11117998  T
Q  420 gtcatattgatcccttt 436  Q
    ||||| ||| |||||||    
T  11117999 gtcattttgttcccttt 11118015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 25523665 - 25523264
Alignment:
Q  23 tgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaat 122  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  25523665 tgaaggtggagaatgttgttcaagtccacatctctttgacaagggaaatccacataaccccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaat 25523566  T
Q  123 tgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtga 222  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||| || |    
T  25523565 tgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaagaaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggtta 25523466  T
Q  223 gaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagcccttt 322  Q
      |||||    || |||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || |||||||| || |||||||||||||||||    
T  25523465 acatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagcccttt 25523366  T
Q  323 gagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtc 422  Q
    |||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  25523365 gagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaaaaatcaatagatacaaactttattggaattttcaccaatttc 25523266  T
Q  423 at 424  Q
    ||    
T  25523265 at 25523264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 170 - 436
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140702
Alignment:
Q  170 caagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagt 269  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  || || |  |||||||| || |||| ||| |||||||||| |||||| |||       
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  270 atggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaact 369  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||  |||| | ||| |    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatt 24140635  T
Q  370 tgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 436  Q
    |||||||||| | ||| ||| ||||||| ||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||    
T  24140636 tgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtcattttggtcccttt 24140702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 8522559 - 8522951
Alignment:
Q  20 ggctgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8522559 ggctgaaggtgcagaatgttgttcaggtccacacatttttgacaagggtaatccacataaatccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattg 8522658  T
Q  120 aattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccag 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||||| | | |    
T  8522659 aattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagactgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcgg 8522758  T
Q  220 tgagaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccc 319  Q
    | |  |||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  8522759 ttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccc 8522858  T
Q  320 tttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttt 412  Q
    | ||| ||| ||||| || || |||   ||||||||  | || | ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8522859 tatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagttgtttggaatttt 8522951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 436
Target Start/End: Original strand, 12247898 - 12248311
Alignment:
Q  23 tgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaat 122  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| |||||| | |||     
T  12247898 tgaaggttgagaatattgttcaggtccacacttctttgacaagggaaatccacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaac 12247997  T
Q  123 tgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtga 222  Q
    || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||    
T  12247998 tgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtga 12248097  T
Q  223 gaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagcccttt 322  Q
    | |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  12248098 gcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctat 12248197  T
Q  323 gagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtc 422  Q
     ||||| ||||| ||  | ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |  |||||||||| ||| |||||    
T  12248198 aagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtc 12248297  T
Q  423 atattgatcccttt 436  Q
    || ||| |||||||    
T  12248298 attttgttcccttt 12248311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11995032 - 11994618
Alignment:
Q  23 tgaaggtggagaatgttgttccggtccacatttctttgacaagggtaatccacataaccccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattg-aa 121  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||  ||| |||||||||| |||||| | | ||    
T  11995032 tgaaggtggagaacgttgttcaggtccgcacttctttgacaagggaaattcacataactccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaa 11994933  T
Q  122 ttgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtg 221  Q
     || |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||| |||||  |  |||||||||||||| ||| ||||||| | |||||    
T  11994932 ctgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaagaaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtg 11994833  T
Q  222 agaatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgtcaagtttagtatggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctt 321  Q
    || |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||     
T  11994832 agcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagcccta 11994733  T
Q  322 tgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgt 421  Q
    | ||||| ||||| ||  | ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |  |||||||||| ||| ||||    
T  11994732 taagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgt 11994633  T
Q  422 catattgatcccttt 436  Q
    ||| ||| |||||||    
T  11994632 cattttgttcccttt 11994618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 32682306 - 32682134
Alignment:
Q  270 atggattgaggaataggaccagttagtctgttatgtgaaaggttaagccctttga------gtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccat 363  Q
    |||||||| |||||| || | || ||||||||||| ||||||||||||||| |||      |||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| |    
T  32682306 atggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctctcctt 32682207  T
Q  364 taaacttgtttcttgagaaatcaatagttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatattgatcccttt 436  Q
     |||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | |||||| ||| |||||||    
T  32682206 caaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcattttgctcccttt 32682134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University