View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20665_low_125 (Length: 255)

Name: NF20665_low_125
Description: NF20665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20665_low_125
NF20665_low_125
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (10-255)||(13373107-13373352)
chr5 (10-253)||(13378905-13379148)
chr5 (85-255)||(13385391-13385561)
chr5 (29-255)||(13419365-13419591)
chr5 (18-255)||(13446916-13447153)
chr5 (85-254)||(13389212-13389381)
chr5 (162-255)||(13413020-13413113)
chr5 (18-251)||(13393552-13393785)
chr5 (18-255)||(13453869-13454106)
chr5 (29-255)||(13426256-13426482)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-255)||(28430520-28430765)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (100-251)||(47601191-47601342)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 226; Significance: 1e-125; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13373352 - 13373107
Alignment:
Q  10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373352 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 13373253  T
Q  110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13373252 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 13373153  T
Q  210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  13373152 tggattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgct 13373107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 13379148 - 13378905
Alignment:
Q  10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  13379148 aagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatg 13379049  T
Q  110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||| |||||  | ||| | |||||||||||||||||    
T  13379048 ctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttgg 13378949  T
Q  210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtg 253  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||    
T  13378948 tggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtg 13378905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 85 - 255
Target Start/End: Original strand, 13385391 - 13385561
Alignment:
Q  85 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 184  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||  |||| ||||||     
T  13385391 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtc 13385490  T
Q  185 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13385491 ttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgct 13385561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13419591 - 13419365
Alignment:
Q  29 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 128  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||| || | ||||||||||||    
T  13419591 tcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttg 13419492  T
Q  129 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 228  Q
     || || |||||||||||||| ||| |   | |||||| |||  ||||||||||| |  || | ||||| ||||||||||||||| | || |||||||||    
T  13419491 cgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggct 13419392  T
Q  229 gtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||    
T  13419391 gtgaaatttgcaaaagctttcggtgct 13419365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13447153 - 13446916
Alignment:
Q  18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
T  13447153 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 13447054  T
Q  118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||| |   | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | |    
T  13447053 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttg 13446954  T
Q  218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  13446953 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgct 13446916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 254
Target Start/End: Original strand, 13389212 - 13389381
Alignment:
Q  85 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 184  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||||| ||||||  | || ||||||     
T  13389212 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtc 13389311  T
Q  185 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgc 254  Q
    | | | | ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  13389312 ttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgc 13389381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13413113 - 13413020
Alignment:
Q  162 ttttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  13413113 ttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgct 13413020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Original strand, 13393552 - 13393785
Alignment:
Q  18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| || || |||||  |  | |  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||    
T  13393552 tgatggaagcatcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgct 13393651  T
Q  118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||| |||||||| || || || |||||||| ||| |   ||||||||||||  ||||||||||| |  || | ||| | ||||||||||||||| | |    
T  13393652 cctctcctttgtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttg 13393751  T
Q  218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttgg 251  Q
    ||||  ||| |||||| ||||  |||||||||||    
T  13393752 gtcacttgggtgtgaagtttgcaaaagcttttgg 13393785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13454106 - 13453869
Alignment:
Q  18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    ||||||||| | |||  ||||||||| ||||||  | |||||| ||||||| |||||  || | || ||||| |||   ||||| |||||||| ||||||    
T  13454106 tgatggaaccagcactcatggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgct 13454007  T
Q  118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||| |   | ||||||||||  ||||||||| | |  || | ||||| ||||||||||||||| | |    
T  13454006 cctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttg 13453907  T
Q  218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    | |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  13453906 gccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgct 13453869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13426482 - 13426256
Alignment:
Q  29 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 128  Q
    ||||||||||||| || || ||  | |||||||| || || |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | ||||||||||||    
T  13426482 tcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttg 13426383  T
Q  129 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 228  Q
     || ||  ||||||||||||| ||| |     |||||  |||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13426382 cgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggct 13426283  T
Q  229 gtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||    
T  13426282 gtgaaattcgccaaagcttttggtgct 13426256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Original strand, 28430520 - 28430765
Alignment:
Q  10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||  |||  ||||| | |||||  ||  | |||| |||||||    
T  28430520 aagaatcttgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatg 28430619  T
Q  110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    | || |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   || ||  | |||||||||||||||||    
T  28430620 ctgcagctcctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttgg 28430719  T
Q  210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgct 255  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28430720 tggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgct 28430765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 100 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 47601342 - 47601191
Alignment:
Q  100 ccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtgg 199  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |   ||||||||||||  | || |||||| | ||| | ||||| |    
T  47601342 ccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttg 47601243  T
Q  200 ttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttgg 251  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||  |||||||||||    
T  47601242 ttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttgg 47601191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University