View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20665_low_48 (Length: 393)

Name: NF20665_low_48
Description: NF20665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20665_low_48
NF20665_low_48
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (8-375)||(2368712-2369079)
chr6 (8-374)||(2362967-2363333)
chr6 (8-369)||(2351341-2351702)
chr6 (8-368)||(2339889-2340249)
chr6 (8-368)||(2307208-2307568)
chr6 (8-357)||(2357669-2358018)
chr6 (8-140)||(14711333-14711465)
chr6 (8-295)||(2261274-2261561)
chr6 (8-116)||(14753404-14753512)
chr6 (292-352)||(2297125-2297185)
chr6 (8-116)||(2297361-2297469)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-353)||(4305686-4306031)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-355)||(5804235-5804582)
[»] scaffold0408 (1 HSPs)
scaffold0408 (8-107)||(560-659)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 2369079 - 2368712
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2369079 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgatgacctctaacatcaacgtctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatt 2368980  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
T  2368979 tgaccaaatatttggatcagtgtgaatctttctaagattcaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccatctaaattgcaattctctgagaat 2368880  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2368879 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgacaatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctgtctctcttacac 2368780  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagt 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2368779 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaagt 2368712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 2363333 - 2362967
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  2363333 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaaaatcaatatctttatgcgttgtaagaaacctctccggtttgaatactaatggatc 2363234  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  2363233 tgaccaaacattaggatcagtgtgaatcttccaaagattcaaaattaatcgtgttccatttcttacatcatatccacctaaattacaattctctgagaat 2363134  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  2363133 tcacgaggcacagataaagggccaggtggatataatcttagtgtttctttgactatggcttgaaggtacaccaacttgtctatatctgactttcttacac 2363034  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatttctaag 374  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2363033 acctctcttttccaacttgagcatcaagttcttcttttgcttttttcaatattagaggatttctaag 2362967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2351702 - 2351341
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  2351702 ttctaccacttccaaatggtagtagttcaaaatgattacctctaacatcaacaactttatgagtggtaagaaacctttctggtttgaactctaatggatc 2351603  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||  || ||||| | | ||||||||||||| |||    
T  2351602 tgaccaaacactaggatcagtttgaatcttccaaagatttagcattaaccgagttccttttctaacatggtaaccaccaatagtgcaattctctgagaat 2351503  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||||| |  | ||| || | |||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||  | || || | |||  |||||     
T  2351502 tcacgaggtgcggcgagaggacctggtggatgcaatcttagggtttcttttactatagcttgaaggtataccaacttaccaatatccgactcgtttacaa 2351403  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggattt 369  Q
     ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  2351402 gcctttctttgccaacgtgagtgtcaagttcttcttttgcttttttcaatacaagaggattt 2351341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 2340249 - 2339889
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  2340249 ttctaccacttccaaatggtaatagttcaaaatgattacctctaacatcaacagctttatgagtggtaaaaaacctttctggtttgaactctaatggatc 2340150  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    || ||||||| | ||||| || ||||||||||||||||||   ||||| || ||||| ||| | || | ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||    
T  2340149 tggccaaacactaggatctgtttgaatcttccaaagatttgtgattaatcgagttccctttataacttgataaccacctaaattacaattctttgagaat 2340050  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||| ||| | || | ||| || | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| || | ||| ||   ||| |||| ||    
T  2340049 tcacgtggtccggagagaggacccggtggatacaatcttagtgtttctttgactatagcttgaaggtatatcaatttatttatatcaaactcgcttaaac 2339950  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatt 368  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  2339949 atctctctttgccaacttgagcatcaagttcttcttttgccttttccattacaagaggatt 2339889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 2307568 - 2307208
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||    
T  2307568 ttctaccacttccaaatggcaatagcacaaaattactacccctaacatcaacatctttatgagtggtaagaaatctttctggtttgaactctaatggatc 2307469  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    || ||||| ||| ||||| |||| |||| |||||||||||   ||||| || ||||| ||| | |||| ||| || |||||| | |||||||| || |||    
T  2307468 tggccaaatattaggatccgtgttaatcctccaaagatttgtgattaatcgagttccctttataacatgataacctcctaaagtacaattctccgagaat 2307369  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||| | || | |||  | | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||   ||| || | ||| |||| ||| | |||||    
T  2307368 tcacgaggtcctgaaagaggagcgggtggatataatcgtagtgtttctttgactatagcttgaaggtatgtcaatttatttatatctgactcacatacac 2307269  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaatattagaggatt 368  Q
    | |||||||| |||| |||||  || |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  2307268 atctctctttgccaatttgagcgtcgagttcttcttttgctttttccattacaagaggatt 2307208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2358018 - 2357669
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| |||||||||||| | |||||| |||   |||| |||||||||||||||||  ||  ||||||| |  |||||||| || |  ||||||||    
T  2358018 ttctaccacttccaaatggtaacaactcaaagtgacaccctcgaacatcaacatctttataagtgttaagaaatctttctggtttaaactttaatggatc 2357919  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
     |||||||||||  | || || || || |||||||||||||| ||||  || ||||||||| | |||||||| |||||||   | ||||| || |  ||     
T  2357918 cgaccaaacattatggtctgtttggattttccaaagatttaagattagtcgagttccttttatgacatcataaccacctatgttacaattttcggtaaac 2357819  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || | || | ||||||    
T  2357818 tcacgaggtgcagagagaggaccaactggatataatcttagggtttctttgattatcgcttgaaggtacaccaacttgtttatatccgactttgttacac 2357719  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttccaat 357  Q
    |  | ||| ||||||| ||    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  2357718 atttatctcttccaacgtggaagtcaagttctgcttttgctttttccaat 2357669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 140
Target Start/End: Original strand, 14711333 - 14711465
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||    
T  14711333 ttcttccacttccaaatggtaaaagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctctcaggtttgaactccaatggatc 14711432  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttcca 140  Q
     | ||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  14711433 cggccaaacactaggatcagtttggatcttcca 14711465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 295
Target Start/End: Original strand, 2261274 - 2261561
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | |||  |  ||||||||| ||| || || |||||||| |  ||||||||||| || ||||||||    
T  2261274 ttctaccacttccaaatggtaacaactcaaaatgttgacccttggcatcaacatttttgtgagtggtaagaaatctttctggtttgaactctaatggatc 2261373  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    || ||||| | ||||||| || ||||| ||||||||||||   || |  |  ||||||||| | | |  ||| ||||||||  | ||||  ||||  |||    
T  2261374 tggccaaatacttggatcggtttgaattttccaaagatttgtgataagtctagttccttttttgatacgatagccacctaacgtacaatcttctgtgaat 2261473  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctg 295  Q
    ||||||||||| || | ||| || |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  2261474 tcacgaggtgctgagagaggacctggaggatacaatcttagggtttctttgactattgcttgaagatataccaacttatttatgtctg 2261561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 116
Target Start/End: Original strand, 14753404 - 14753512
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || |||||||| | | | || ||||| |||||||||||    
T  14753404 ttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctcccaggcttgaactccaatggatc 14753503  T
Q  108 tgaccaaac 116  Q
     | ||||||    
T  14753504 cggccaaac 14753512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 292 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2297185 - 2297125
Alignment:
Q  292 tctggctctcttacacacctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgcttttt 352  Q
    |||| ||||||||||||  | |||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  2297185 tctgactctcttacacaattttcttttccaatttgtgtgttaagttcttcttttgcttttt 2297125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 2297469 - 2297361
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    |||| |||| ||||||||| || | ||||||||  | ||| | || |||||||||||| |  || ||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||    
T  2297469 ttcttccacttccaaatggcaacaactcaaaattttgacccccaagatcaacatctttgttagtggtaagaaacctttcaggtttaaattctaatggatc 2297370  T
Q  108 tgaccaaac 116  Q
    |||||||||    
T  2297369 tgaccaaac 2297361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4306031 - 4305686
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || ||    
T  4306031 ttctaccacttccaaatggtaataactcaaaatgatgacccttaacatcaacacctttatgagtagtaagaaaccgttctggtttgaactctaaaggttc 4305932  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    | ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |  ||||  |  ||||||||| | |||||||| ||||||||| |  | |||||||  ||     
T  4305931 taaccaaaccttaggatcagtatggatcttccatagattcatgattagtctagttccttttttgacatcataaccacctaaatttgagttctctgtgaac 4305832  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||| ||| | || | |||| | | |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || | |||| ||||||    
T  4305831 tcacgtggtcctgagagaggggcgggtggacataaccttagggtttctttgactatcgcttgaaggtataccaacttgtctatatccgactcttttacac 4305732  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttc 353  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||||||    
T  4305731 acctctctttgccaacttggatgtcaagttcttcttgtgctttttc 4305686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 355
Target Start/End: Original strand, 5804235 - 5804582
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||  ||||| || || || |||||||     
T  5804235 ttctaccacttccaaatggttgtagttcaaaatgattacccctaacatcaatatctttatgagttgtaagaaacctttctggcttaaaatctaatggatt 5804334  T
Q  108 tgaccaaacatttggatcagtgtgaatcttccaaagatttaaaattaaccgtgttccttttcttacatcatatccacctaaactgcaattctctgataat 207  Q
    || ||||||| |  |||| || || |||||||||||||||   ||||| || ||||||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  5804335 tggccaaacactaagatctgtttggatcttccaaagatttgtgattaatcgagttccttttgtaacatgataaccacctaaagtgcaattctctgagaat 5804434  T
Q  208 tcacgaggtgccgataaagggccagctggatataatcttagggtttctttgactatggcttgaagatacaccaacttgtctatgtctggctctcttacac 307  Q
    ||||||||| |   || |||  ||| |||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||   ||| |||| |||  | |||     
T  5804435 tcacgaggtccgcctagaggagcagatggatacaatctcagtgtttccttgactatagcttgaaggtataccaacttaattatatctgactcattcacaa 5804534  T
Q  308 acctctcttttccaacttgagtatcaagttcttcttttgctttttcca 355  Q
    | |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5804535 atctctctctaccaacatgagtgtcaagttcttcttttgctttttcca 5804582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0408 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0408
Description:

Target: scaffold0408; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 659 - 560
Alignment:
Q  8 ttctaccacctccaaatggtaatagctcaaaatgattacctctaacatcaacatctttatgggtagtaagaaaccgctctggtttgaattccaatggatc 107  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || |||||||| | | | || ||||| |||||||||||    
T  659 ttcttccacttccaaatggtaaaaactcaaaatgatgacccttaacatcaacatctttatgagttgtaagaaatctcccaggcttgaactccaatggatc 560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University